单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-06-12	Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101 PMID:40315845	研究论文	本研究探讨了膀胱癌患者T细胞受体（TCR）多样性的临床意义及其与预后的关系	首次全面纵向分析了膀胱癌患者TCR多样性，揭示了低TCR多样性与不良预后的关联，并发现TCR多样性可作为潜在的生物标志物	研究样本量未明确说明，且仅针对膀胱癌患者，结果可能不适用于其他癌症类型	评估TCR多样性在膀胱癌患者中的临床意义及其作为预后生物标志物的潜力	膀胱癌患者的T细胞受体（TCR）多样性	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞测序	NA	测序数据	NA
302	2025-06-12	Targeting mitochondrial complex I of CD177+ neutrophils alleviates lung ischemia-reperfusion injury 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102140 PMID:40398393	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学研究了肺缺血再灌注损伤模型中的中性粒细胞亚型，发现CD177+中性粒细胞是导致肺损伤的关键亚群，并可作为预测严重原发性移植物功能障碍的早期生物标志物	首次识别CD177+中性粒细胞作为肺缺血再灌注损伤中的关键炎症驱动亚群，并证明靶向线粒体复合物I可减轻其活化和肺损伤	研究主要基于小鼠和大鼠模型，人类临床应用的转化效果需要进一步验证	探究中性粒细胞亚群在肺缺血再灌注损伤中的作用机制并寻找治疗靶点	CD177+中性粒细胞在肺缺血再灌注损伤中的作用	NA	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠IRI模型和大鼠左肺移植模型
303	2025-06-12	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-May-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文介绍了一种通过流式细胞术和单细胞转录组学研究分离和表征人类玻璃体免疫细胞浸润的定制方案	提供了一种改进的手术样本收集方法和其他措施，以最大化从人类玻璃体样本中获取免疫细胞的产量	未提及具体的技术限制或样本量限制	开发一种协议以研究眼内免疫反应	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	眼科疾病	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	未提及具体样本量
304	2025-06-12	Simvastatin inhibits proliferation and migration, promotes oxidative stress and ferroptosis in colon cancer 2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.104522 PMID:40487942	研究论文	本研究探讨了辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其潜在机制	发现辛伐他汀通过下调SERPINE1和激活cGMP/PKG通路抑制结肠癌细胞增殖和迁移，并提出了一种新的治疗策略	研究仅基于体外实验，未进行体内验证	研究辛伐他汀对结肠癌细胞功能的影响及其潜在机制	结肠癌细胞系NCM460、HCT-116和SW620	癌症研究	结肠癌	细胞计数试剂盒-8、集落形成实验、Transwell实验、流式细胞术、实时聚合酶链反应、Western blotting	NA	细胞实验数据	三种结肠癌细胞系
305	2025-06-12	Exploring the potential function of high expression of ANAPC1 in regulating ubiquitination in hepatocellular carcinoma 2025-May-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i5.103594 PMID:40487972	research paper	本研究探讨了ANAPC1在肝细胞癌（HCC）中通过泛素化相关通路调控细胞周期和代谢水平的潜在功能	首次全面研究了ANAPC1在HCC中的表达及其通过泛素化相关机制调控疾病进展的作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	阐明ANAPC1在HCC中的表达及其与泛素化相关的潜在调控机制	肝细胞癌（HCC）	肿瘤生物学	肝细胞癌	RNA测序、微阵列、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR分析	NA	RNA测序数据、微阵列数据、免疫组化组织样本、单细胞RNA测序数据	包括批量RNA样本、IHC组织样本和恶性肝细胞样本，具体数量未明确说明
306	2025-06-12	Expression of Immune-Related Genes and Possible Regulatory Mechanisms in Chronic Antibody-Mediated Rejection after Kidney Transplantation 2025-May, Archivos espanoles de urologia IF:0.6Q4 DOI:10.56434/j.arch.esp.urol.20257804.66 PMID:40495508	研究论文	本研究通过分析慢性抗体介导排斥反应（cABMR）患者的外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞RNA测序数据，探讨了免疫相关基因（IRGs）的表达模式及其潜在调控机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了cABMR患者PBMCs中免疫相关基因的表达模式，并鉴定了与这些基因表达相关的关键转录因子（STAT1、IRF1和FOS）	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证，且样本来源仅限于PBMCs和肾脏组织	阐明cABMR患者中免疫相关基因的表达模式及其调控机制	慢性抗体介导排斥反应（cABMR）患者的外周血单核细胞（PBMCs）和肾脏组织	生物信息学	肾脏移植排斥反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
307	2025-06-12	The Lung Is Not a Primary Site of Platelet Biogenesis 2025-Apr-30, Physiological research IF:1.9Q3 PMID:40432441	research paper	该研究探讨了肺部是否是血小板（PLT）生成的主要场所，并通过多种实验方法在不同物种中进行了验证	首次通过多种实验方法（包括自动血液分析仪、免疫组化染色和单细胞RNA测序）在不同物种中系统评估了肺部血小板生成的能力	研究样本量有限，且不同物种间的比较可能受到生物学差异的影响	验证肺部是否是血小板生成的主要场所	人类、大鼠、兔子和小鼠的血液、骨髓和肺部巨核细胞	NA	NA	自动血液分析仪、免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	血液参数、组织切片、RNA序列数据	人类（n=24，n=93）、大鼠（n=20，n=19）、兔子（n=19）、小鼠（未明确数量）
308	2025-06-12	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和RNA-seq数据分析，揭示了尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路改善肺纤维化的新机制	首次发现尼达尼布通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a/SPP1通路减轻肺纤维化，并鉴定NFκB为该过程中的关键转录因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究尼达尼布治疗特发性肺纤维化的分子机制	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型和间质巨噬细胞	分子病理学	肺纤维化	单细胞测序、RNA-seq、Monocle2、Cellchat、Scenic	动物模型（小鼠）	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
309	2025-06-12	Functional analysis of yak alveolar type II epithelial cells at high and low altitudes based on single-cell sequencing 2025-02, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119889 PMID:39681250	研究论文	通过单细胞测序技术研究高海拔和低海拔地区牦牛肺泡II型上皮细胞的功能差异	揭示了高海拔牦牛AEC II细胞在免疫调节、粘附和代谢活动方面的增强，以及SHIP1和SFTPC等因子在AEC I和AEC II转分化中的作用	研究仅针对牦牛，可能不适用于其他高原动物	探究牦牛肺泡II型上皮细胞在高海拔环境中的适应机制	牦牛肺泡II型上皮细胞	单细胞测序	NA	10× scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	高海拔（4000米）和低海拔（2600米）的牦牛肺组织
310	2025-06-12	Coupling of response biomarkers between tumor and peripheral blood in patients undergoing chemoimmunotherapy 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101882 PMID:39731918	研究论文	本文研究了化疗免疫治疗中肿瘤与外周血之间反应生物标志物的耦合关系	首次结合外周血单核细胞的时间序列RNA测序和肿瘤转录组数据，揭示了CD8 T效应记忆细胞在响应者外周血中的富集及其与肿瘤微环境转录状态的关联	研究样本量较小（N=54），且为单臂2期临床试验，缺乏对照组	探索化疗免疫治疗的免疫学机制并寻找预测性生物标志物	间皮瘤患者	肿瘤免疫学	间皮瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, TCR-seq	NA	转录组数据	54名患者
311	2025-06-12	Innate immune cell barrier-related genes inform precision prognosis in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1559373 PMID:40486509	研究论文	本研究通过分析先天免疫细胞屏障相关基因，开发了一个预测胰腺癌预后的模型，并揭示了新的治疗靶点	开发了基于先天免疫细胞屏障相关基因的CDRG-RSF预后模型，并发现UBASH3B基因在免疫抑制和药物耐药性中的双重作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别胰腺癌的预后生物标志物，开发预测模型，并发现个性化治疗的新靶点	胰腺癌患者及其相关基因表达数据	精准医学	胰腺癌	scRNA-seq, 机器学习算法	RSF模型	基因表达数据	TCGA和GTEx数据集中的样本
312	2025-06-12	TSLP pretreatment inhibits M1 macrophage polarization and attenuates LPS-induced iNKT cell-dependent acute lung injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1583235 PMID:40486522	研究论文	研究TSLP在脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征(ARDS)中的作用及其机制	首次揭示TSLP通过抑制M1巨噬细胞极化和减少iNKT细胞依赖的炎症反应来减轻LPS诱导的急性肺损伤	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探索TSLP在脓毒症相关ARDS中的保护作用机制	野生型小鼠和Jα18-/-小鼠的肺组织和免疫细胞	免疫学	急性呼吸窘迫综合征	转录组测序、单细胞转录组测序、流式细胞术	LPS诱导的急性肺损伤小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及野生型和基因敲除小鼠模型
313	2025-06-12	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals KRAS/TP53-Driven Neutrophil Reprogramming in Luad: A Multi-Gene Prognostic Model and Therapeutic Targeting of RHOV 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2025.062584 PMID:40486872	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了KRAS/TP53突变驱动的肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中中性粒细胞的重编程，并开发了一个基于中性粒细胞的预后标志物	揭示了KRAS/TP53突变对肿瘤微环境中中性粒细胞动态的影响，开发了五基因预后标志物，并验证了RHOV作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于体外细胞模型	阐明KRAS/TP53突变如何重编程肿瘤微环境，并开发LUAD的预后标志物	肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中的中性粒细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析（hdWGCNA），LASSO回归	预后标志物模型	转录组数据	TCGA-LUAD队列及外部验证队列（IMvigor210, GSE78220）
314	2025-06-12	Topology entropy: Enhancing graph partitioning for TAD identification and single-cell clustering 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.037 PMID:40487196	研究论文	本文提出了一种名为拓扑熵的新方法，用于量化生物图的复杂性，并开发了两种方法TEC-O和TEC-U，分别用于有序和无序生物图的分割	引入了拓扑熵来量化生物图的复杂性，并证明最小化相关熵等同于最优图分割，开发了两种新方法TEC-O和TEC-U	NA	探索大规模图中复杂结构的量化方法，并优化生物图的分割	生物图，包括Hi-C接触图和单细胞测序数据	生物信息学	NA	Hi-C测序，单细胞测序	TEC-O, TEC-U	图数据，测序数据	五个细胞系的Hi-C数据和十个单细胞测序数据集
315	2025-06-12	Exploring the anti-gastric cancer mechanisms of Diosgenin through integrated network analysis, bioinformatics, single-cell sequencing, and cell experiments 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1600960 PMID:40487391	研究论文	本研究通过整合网络分析、生物信息学、单细胞测序和细胞实验，探讨了薯蓣皂苷元抗胃癌的机制	采用多方法策略（包括网络分析、生物信息学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化和细胞实验）全面研究薯蓣皂苷元的抗胃癌机制，并识别了关键效应分子	未明确说明样本量及具体实验设计的局限性	全面研究薯蓣皂苷元抗胃癌的作用机制	薯蓣皂苷元及其在胃癌中的作用靶点	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	NA
316	2025-06-12	Single-cell and transcriptomic analyses reveal the role of PCDH17 in the non-inflammatory tumor microenvironment of pancreatic cancer 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1559909 PMID:40487760	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示PCDH17在胰腺癌非炎症性肿瘤微环境中的作用	首次揭示了PCDH17在胰腺癌肿瘤微环境中的调控机制及其与炎症基因和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于单细胞数据分析，实验验证部分有待进一步扩展	探究PCDH17在胰腺癌肿瘤微环境中的调控作用	胰腺癌组织、内皮细胞、T细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞测序、免疫荧光技术	NA	单细胞数据、转录组数据	多种肿瘤类型的组织样本（具体数量未明确说明）
317	2025-06-12	Utilizing Multi-omics analysis to elucidate the role of mitochondrial gene defects in Gastric cancer progression 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325520 PMID:40489463	研究论文	通过多组学分析揭示线粒体基因缺陷在胃癌进展中的作用	识别了八个与线粒体自噬相关的预后基因，并建立了预测胃癌患者3年生存状态的预后模型，其中DUSP1被确定为关键基因	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	阐明线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用	胃癌细胞	生物信息学	胃癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归分析, ssGSEA算法, CIBERSORT算法	预后模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
318	2025-06-12	Integration of Bulk and Single-Cell Transcriptomics Reveals BCL2L14 as a Novel IGKC+ T Cell-Associated Therapeutic Target in Breast Cancer 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523147 PMID:40491783	研究论文	本研究通过整合批量转录组和单细胞转录组数据，发现BCL2L14作为IGKC+ T细胞亚群的新型治疗靶点在乳腺癌中的作用	发现了一个新的IGKC+ T细胞亚群及其相关生物标志物BCL2L14，并验证了其在乳腺癌进展中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要进一步的体内实验验证	识别乳腺癌中新的免疫细胞亚群及其相关生物标志物，以开发靶向治疗策略	乳腺癌患者的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	机器学习算法	RNA测序数据	乳腺癌队列中的多个样本
319	2025-06-12	GSDMD is a novel predictive biomarker for immunotherapy response: in the pan-cancer and single cell landscapes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1570901 PMID:40491921	研究论文	该文章探讨了GSDMD作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次将GSDMD确立为跨癌种免疫治疗反应的预测生物标志物，并揭示了其通过增强焦亡途径调控PARPi抗肿瘤效应的新机制	研究主要基于TCGA数据库和类器官模型，尚未进行大规模临床队列验证	探索GSDMD作为免疫治疗预测标志物的潜力及其调控肿瘤免疫微环境的机制	多种癌症类型（pan-cancer）及免疫细胞群体	肿瘤免疫学	泛癌种	单细胞RNA测序、类器官功能实验、生物信息学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	TCGA泛癌数据集及单细胞测序数据
320	2025-06-12	A telomere-associated molecular landscape reveals immunological, microbial, and therapeutic heterogeneity in colorectal cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1615533 PMID:40492114	research paper	该研究开发了一个名为TELscore的端粒评分系统，通过整合转录组和肿瘤内微生物组数据，揭示了结直肠癌中的免疫、微生物和治疗异质性	开发了TELscore评分系统，首次将端粒生物学、免疫微环境和肿瘤内微生物组整合到结直肠癌的分子分型中	研究主要基于公开数据集，需要进一步的前瞻性临床验证	探索端粒生物学在结直肠癌中的临床意义并开发新的分子分型工具	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	转录组测序，16S rRNA测序，scRNA-seq，全切片数字病理成像，免疫组化	NA	转录组数据，微生物组数据，病理图像数据，单细胞RNA测序数据	多个公开结直肠癌队列的数据