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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-05-01 |
Single Cell Data Enables Dissecting Cell Types Present in Bulk Transcriptome Data
2025-01, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2024.0152
PMID:39611952
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研究论文 | 提出一个管道,利用单细胞RNA测序数据解析批量转录组数据中的细胞类型组成 | 整合scRNA-seq数据与解卷积方法,实现了从批量转录组数据中估计细胞类型比例,为类器官质量评估提供了新工具 | 未明确说明该方法在不同组织或条件下的泛化能力,可能受限于已有scRNA-seq数据集的代表性 | 开发一种方法,通过单细胞数据解析批量转录组中的细胞类型组成,用于类器官模型的质量评估 | iPSC衍生的肾和脑类器官批量转录组数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 解卷积模型 | 基因表达数据 | 使用两个肾脏scRNA-seq数据集和一个脑scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 302 | 2026-05-01 |
Characterization of Ferroptosis-Related Genes in Aplastic Anaemia: An Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2025, Acta haematologica
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000543656
PMID:39938486
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研究论文 | 利用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,综合分析了再生障碍性贫血中与铁死亡相关的基因 | 首次基于批量与单细胞RNA测序数据整合分析,发现铁死亡相关基因(DDIT4和NCF2)在再生障碍性贫血(AA)中的作用,并揭示它们在血小板和基质细胞中的活性升高 | 研究基于公共数据集,缺乏实验验证;样本量有限,可能影响结论的通用性 | 探索再生障碍性贫血(AA)中关键的铁死亡相关基因(FRGs)及其潜在机制 | 再生障碍性贫血(AA)患者和对照样本 | 机器学习 | 再生障碍性贫血 | NA | NA | 基因表达数据 | NA(使用公共数据库数据,未明确样本数量) | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 303 | 2026-05-01 |
Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis
2025, Complex networks & their applications. International Conference on Complex Networks and Their Applications
DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32
PMID:40510773
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研究论文 | 提出一种基于网络分析的细胞通讯方法,用于空间转录组学数据的细胞信号表征 | 首次为空间转录组学数据构建全连接有向加权网络模型,利用低维嵌入和加权入度中心性量化配体-受体交互的信号活动 | 仅在三个特定配体-受体交互上验证,未评估高通量交互的扩展性 | 开发一种从空间转录组学数据中表征细胞信号活动的方法 | 空间转录组学数据中的配体-受体相互作用 | 机器学习, 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 网络模型(加权有向图) | 基因表达数据 | 一个真实空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 304 | 2026-05-01 |
Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity of hedgehog pathway in gastric cancer
2024-12, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00297-0
PMID:39251886
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研究论文 | 结合单细胞和空间转录组分析揭示胃癌中Hedgehog通路的细胞异质性 | 首次综合运用单细胞测序和空间转录组学深入探讨Hedgehog通路在胃癌中的作用,发现CCND1在成纤维细胞末端发育中起关键作用,并揭示其与肿瘤相关成纤维细胞形成及患者预后和治疗的关联 | 未提供明确的限制信息,但可能包括样本数量有限、验证仅基于bulk转录组数据等潜在局限 | 深入研究Hedgehog通路在胃癌中的作用,寻找潜在治疗靶点 | 胃癌肿瘤组织中的成纤维细胞及CCND1相关的细胞亚群 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, bulk转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk转录组数据 | 未明确说明样本数量,但涉及胃癌肿瘤组织、单细胞及空间转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 305 | 2026-05-01 |
Integrating bulk and single-cell transcriptomics to elucidate the role and potential mechanisms of autophagy in aging tissue
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00996-w
PMID:39414741
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研究论文 | 利用批量与单细胞转录组学结合的方法,揭示自噬在衰老组织中的作用及潜在机制 | 首次系统鉴定了与衰老最相关的组织为血液组织,并通过单细胞分辨率发现经典单核细胞中自噬水平升高与衰老密切相关,同时揭示了缺氧、促炎因子和活性氧在其中的作用 | 未详细说明,但可能涉及样本来源有限(如仅包括正常与急性髓系白血病样本)及机制验证不足 | 识别与衰老过程中自噬相关性最强的组织,并探索自噬在衰老组织微环境中的功能和机制 | 健康组织样本(超过7000个批量RNA-seq)、不同年龄血液单细胞测序数据、急性髓系白血病(AML)批量与单细胞数据 | 自然语言处理 | 急性髓系白血病 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过7000个正常组织批量RNA-seq样本、不同年龄血液单细胞样本、超过2000个AML批量RNA-seq样本及多组AML单细胞数据 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 306 | 2026-05-01 |
Non-glycanated ΔDCN isoform in muscle invasive bladder cancer mediates cancer stemness and gemcitabine resistance
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00998-8
PMID:39466536
|
研究论文 | 本研究探讨了非糖基化ΔDCN亚型在肌层浸润性膀胱癌中促进癌症干细胞性和吉西他滨耐药的机制 | 首次在膀胱癌干细胞中鉴定出非糖基化ΔDCN亚型,并阐明其通过细胞质定位差异促进干细胞表型和化疗耐药,与糖基化DCN的抗肿瘤功能形成鲜明对比 | 未具体说明研究局限性 | 探究DCN对膀胱癌干细胞的调控作用及其在肌层浸润性膀胱癌中的潜在机制 | 膀胱癌干细胞(BCSCs)和肌层浸润性膀胱癌(MIBC) | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据、临床病理数据、生存数据 | 从TCGA和GEO获取数据,涉及临床组织样本和膀胱癌细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 307 | 2026-05-01 |
Exploring tumor microenvironment interactions and apoptosis pathways in NSCLC through spatial transcriptomics and machine learning
2024-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-01025-6
PMID:39699801
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研究论文 | 通过空间转录组学和机器学习探索非小细胞肺癌中肿瘤微环境相互作用与凋亡通路 | 结合单细胞测序、空间转录组学、孟德尔随机化和多种机器学习算法构建预后模型,并验证SLC7A5基因在NSCLC中的功能 | 未提及具体局限性 | 探索程序性细胞死亡在NSCLC中的作用机制及潜在治疗靶点 | 非小细胞肺癌(NSCLC)细胞及其肿瘤微环境 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, 孟德尔随机化 | 多种机器学习算法(如LASSO、随机森林等) | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA(未提及具体样本量) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 308 | 2026-05-01 |
YY1 knockout in pro-B cells impairs lineage commitment, enabling unusual hematopoietic lineage plasticity
2024-10-16, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351734.124
PMID:39362773
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研究论文 | 本研究揭示YY1转录因子在pro-B细胞中敲除后导致B细胞谱系承诺丧失,赋予细胞异常的造血谱系可塑性 | 首次发现YY1在pro-B细胞阶段敲除可完全消除B细胞谱系承诺,并使细胞重获向T细胞等多谱系分化的能力,揭示了YY1在造血谱系决定中的关键调控作用 | 未明确说明研究限制 | 探究YY1转录因子在B细胞发育中pro-B细胞阶段对谱系承诺的调控作用 | YY1敲除的pro-B细胞及其分化后的T细胞样细胞 | 机器学习 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、RNA测序、ChIP测序、单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 未明确说明样本量 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 309 | 2026-05-01 |
Exploring the impact of PDGFD in osteosarcoma metastasis through single-cell sequencing analysis
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00949-3
PMID:38652223
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析探究PDGFD在骨肉瘤转移中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示非转移性骨肉瘤原发灶中PDGF信号通路激活,并发现PDGFD通过抑制EMT信号通路发挥抑制骨肉瘤转移的作用 | 仅纳入两例原发骨肉瘤样本(1例非转移性和1例转移性),样本量较小;机制研究主要基于体外实验,缺乏体内验证 | 验证非转移性与转移性骨肉瘤之间的差异表达基因和信号通路,加深对转移机制的理解并发现潜在治疗靶点 | 两例原发骨肉瘤病变(1例非转移性和1例转移性) | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2例原发骨肉瘤病变(1例非转移性和1例转移性) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 310 | 2026-04-01 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals immune suppression subtypes and establishes a novel signature for determining the prognosis in lung adenocarcinoma
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00948-4
PMID:38616208
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,揭示了肺腺癌中的免疫抑制亚型,并建立了一个新的预后特征 | 结合单细胞和bulk RNA测序进行多组学聚类,识别出与不良生存相关的免疫抑制亚型,并发现CDC25C基因作为新的预后生物标志物 | 样本量较小(仅6对配对组织),且未明确说明单细胞测序平台的具体技术细节 | 探索肺腺癌的生物学特性,识别新的生物标志物和治疗靶点 | 肺腺癌(LUAD)患者组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、bulk RNA测序、全外显子组测序 | NA | RNA测序数据 | 6对配对的原发性和邻近肺腺癌组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 311 | 2026-05-01 |
Machine-learning and scRNA-Seq-based diagnostic and prognostic models illustrating survival and therapy response of lung adenocarcinoma
2024-10, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00289-0
PMID:39075270
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研究论文 | 通过机器学习与单细胞RNA测序数据构建肺腺癌诊断和预后模型,以提高生存预测和治疗反应评估的准确性 | 利用阶段特异性肿瘤细胞标志物开发了高度灵敏和特异的诊断与预后模型,诊断模型准确率达96.4%,AUC达0.993,预后模型能有效预测总生存期,并揭示了风险评分与癌症相关成纤维细胞比例及免疫逃逸的关联 | 模型可能依赖于特定数据集,需在更多独立队列中验证其泛化能力 | 开发基于单细胞RNA测序数据的肺腺癌精确诊断与预后模型,以优化临床决策 | 肺腺癌肿瘤微环境中的细胞和分子特征 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林, Cox回归 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多个独立队列,具体样本量未明确 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 312 | 2026-05-01 |
Deciphering the molecular landscape: evolutionary progression from gynecomastia to aggressive male breast cancer
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00964-4
PMID:38888848
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序解析男性乳腺增生到男性乳腺癌的进化过程及分子机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示男性乳腺增生向男性乳腺癌演进的潜在致癌机制,发现共享突变特征(18p+和18q+)及CD13在驱动这一转变中的关键作用 | 未提及明确的局限性 | 阐明从男性乳腺增生到男性乳腺癌的进化进展及潜在分子机制 | 男性乳腺增生组织和男性乳腺癌细胞 | 数字病理 | 男性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 313 | 2026-05-01 |
Epigenetic reprogramming of CAR T cells for in vivo functional persistence against solid tumors
2024-10, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00262-x
PMID:38388813
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研究论文 | 通过在CAR T细胞中敲除SUV39H1基因,实现表观遗传重编程,增强其在实体瘤中的持续功能 | 首次证明通过抑制SUV39H1甲基转移酶活性可重编程CAR T细胞表型,使其获得自我更新和干细胞样特性,显著提升抗实体瘤持久性 | 主要基于体外和动物模型验证,尚需临床前安全性验证及大规模生产可行性评估,且实体瘤微环境其他免疫抑制机制可能影响实际疗效 | 探究通过表观遗传修饰增强CAR T细胞治疗实体瘤功能持久性的方法 | SUV39H1基因敲除的人源CAR T细胞及肿瘤浸润CAR T细胞 | 数字病理学 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据,染色质开放性数据 | 人源CAR T细胞样本(具体数量未提及)及肿瘤浸润样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞基因表达与染色质可及性联合分析平台 |
| 314 | 2026-05-01 |
Disrupting YAP1-mediated glutamine metabolism induces synthetic lethality alongside ODC1 inhibition in osteosarcoma
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00967-1
PMID:39115605
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研究论文 | 本研究探讨了在骨肉瘤中,破坏YAP1介导的谷氨酰胺代谢与ODC1抑制联合诱导合成致死性的机制 | 首次揭示YAP1介导的谷氨酰胺代谢作为多胺代谢抑制后DFMO的重要旁路机制,并提出DFMO与YAP1抑制剂CIL56联合治疗的“一记重拳”策略 | NA | 发现转移性和复发性骨肉瘤的新型治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、PDX和CDX模型、复发与非复发患者组织 | 机器学习和转录组学分析 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序、转录组测序、高通量药物筛选、RNA-seq、代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据、转录组测序数据、代谢组数据 | 包括单细胞RNA-seq数据、复发和非复发患者组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序, 代谢组学 | NA | NA |
| 315 | 2026-05-01 |
Single-cell RNA transcriptomic analyses of tumor microenvironment of ovarian metastasis in gastric cancer
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00974-2
PMID:39162990
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胃癌卵巢转移的肿瘤免疫微环境 | 首次对胃癌卵巢转移配对临床标本进行单细胞RNA测序分析,揭示免疫微环境异质性及特定肿瘤相关成纤维细胞亚群 | 样本量较小,仅涉及两对配对临床标本,且缺乏功能验证实验 | 阐明胃癌卵巢转移的免疫微环境特征,为治疗策略开发提供基础 | 胃癌卵巢转移组织、原发肿瘤组织及配对的非肿瘤邻近组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2对配对临床标本(原发肿瘤与卵巢转移组织) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 316 | 2026-05-01 |
Integrated analysis reveals NLRC4 as a potential biomarker in sepsis pathogenesis
2024-10, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00293-4
PMID:39181981
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研究论文 | 综合运用多种技术分析发现NLRC4作为脓毒症发病机制中的潜在生物标志物 | 首次通过整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和ELISA等多种技术,系统鉴定NLRC4在脓毒症中的表达升高及其在单核细胞和中性粒细胞中的变化,并利用pySCENIC识别调控NLRC4的上游转录因子 | NA | 揭示脓毒症免疫应答的分子机制并鉴定潜在生物标志物 | 脓毒症患者和健康个体的外周血样本 | 机器学习 | 脓毒症 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ELISA, WGCNA, PPI, pySCENIC | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 包含新诊断脓毒症、脓毒症诊断6小时后及健康样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 317 | 2026-05-01 |
Integrated analyses reveal CST7 and DUSP5 regulate Th2 cells differentiation to promote chronic HBV infection
2024-10, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00296-1
PMID:39237681
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研究论文 | 通过整合分析揭示CST7和DUSP5调节Th2细胞分化促进慢性HBV感染的机制 | 首次发现CST7和DUSP5在慢性乙型肝炎中高表达,并通过调控Th2细胞分化促进感染慢性化,为免疫治疗提供新靶点 | 未提及 | 探究慢性HBV感染中关键基因和免疫细胞的作用机制 | 慢性乙型肝炎患者肝组织样本(来自GSE83148、GSE84044和GSE182159数据集) | 机器学习 | 慢性乙型肝炎 | RNA-seq, scRNA-seq | 加权基因共表达网络分析(WGCNA) | bulk RNA-seq数据, scRNA-seq数据 | GSE83148和GSE84044的bulk表达数据集,GSE182159的scRNA-seq数据(具体样本数量未提及) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 318 | 2026-05-01 |
Developmental regulation of dermal adipose tissue by BCL11b
2024-09-19, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.351907.124
PMID:39266447
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研究论文 | 利用单细胞转录组学技术研究BCL11b对小鼠胚胎真皮脂肪组织发育的调控作用 | 首次发现BCL11b表达通过调节Wnt信号微环境促进真皮脂肪细胞分化,揭示了真皮与皮下及内脏脂肪组织在胚胎发育中的不同调控机制 | 未提供 | 研究胚胎发生过程中真皮脂肪组织的发育调控机制及其对代谢疾病的影响 | 小鼠胚胎发生过程中的细胞群体 | 单细胞转录组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 319 | 2026-05-01 |
Gene expression profile of human placental villous pericytes in the first trimester - An analysis by single-cell RNA sequencing
2024-Sep, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2024.100919
PMID:38941941
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类早期妊娠胎盘绒毛周细胞的基因表达谱 | 首次鉴定出胎盘绒毛周细胞的特异性标志物REN和AREG,并揭示其组织特异性功能,如整合素介导信号通路和胞外囊泡相关功能 | 未提及明确局限性 | 阐明早期妊娠胎盘绒毛周细胞的标志物和功能,为胎盘源性妊娠并发症提供潜在治疗靶点 | 人类早期妊娠胎盘绒毛周细胞 | 数字病理学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 早期妊娠胎盘绒毛样本(具体数量未提供) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台(具体产品未明确) | Seurat工具用于细胞类型鉴定,DAVID数据库用于GO分析,Cellchat工具用于细胞互作分析 |
| 320 | 2026-05-01 |
The shared role of neutrophils in ankylosing spondylitis and ulcerative colitis
2024-08, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00286-3
PMID:39060428
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研究论文 | 通过单细胞测序数据分析强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞相互作用,发现中性粒细胞在两种疾病中的共同作用 | 首次通过单细胞测序分析揭示中性粒细胞在强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中的共存免疫机制,并鉴定XBP1为两种疾病的共同关键基因 | 样本量较小(仅3例AS患者),未涉及UC患者样本的直接测序验证 | 探究强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞的相互作用及共享免疫机制 | 强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎患者 | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 3例强直性脊柱炎患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |