单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28135 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-05-22 |
Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection
2025-May-21, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70109
PMID:40396260
|
research paper | 该研究探讨了衰老如何影响病毒特异性T细胞在感染过程中的分化程序，特别是在冠状病毒感染模型中 | 揭示了衰老通过失调定义谱系的转录因子表达，损害了病毒特异性CD8 T细胞的终末分化并促进其耗竭 | 研究基于小鼠冠状病毒感染模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 研究衰老对病毒特异性T细胞分化程序的影响 | 老年小鼠中的CD8和CD4 T细胞 | 免疫学 | 冠状病毒感染 | bulk和单细胞转录组学 | 小鼠冠状病毒(MHV)感染模型 | 转录组数据 | 老年小鼠的CD8和CD4 T细胞 |
| 302 | 2025-05-22 |
Unraveling the cross-talk between a highly virulent PEDV strain and the host via single-cell transcriptomic analysis
2025-May-21, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00555-25
PMID:40396761
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示高毒力PEDV毒株与宿主之间的相互作用 | 首次使用单细胞测序技术分析PEDV感染后的宿主细胞组成、基因表达和细胞间通讯的变化，并发现PEDV可在B和T淋巴细胞中启动复制但无法产生感染性子代 | 研究仅针对一种流行的高毒力PEDV毒株，未涵盖其他毒株的相互作用 | 探究PEDV与宿主的相互作用机制，为设计靶向抗病毒干预措施提供依据 | 猪流行性腹泻病毒(PEDV)及其感染的仔猪空肠细胞 | 病毒学 | 猪流行性腹泻 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 19,612个空肠细胞（来自PEDV感染和对照仔猪） |
| 303 | 2025-05-22 |
Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress
2025-May-21, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077
PMID:40397040
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研究论文 | 该研究探讨了锦葵色素（Malvidin）通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激，从而缓解脂多糖诱导的急性肺损伤的作用 | 首次揭示了锦葵色素在急性肺损伤中的保护作用及其通过JAK2/STAT3信号通路的作用机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果 | 评估锦葵色素对急性肺损伤的治疗效果并探究其作用机制 | 脂多糖诱导的急性肺损伤小鼠模型 | 生物医学 | 急性肺损伤 | 单细胞转录组学、药物靶点预测、RNA测序、分子对接和动力学模拟、Western blot | 小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和体外实验 |
| 304 | 2025-05-22 |
The Role of HbA1c in Parkinson's Disease: An Integrative Analysis by Single-Cell, Bulk Transcriptome and Mendelian Randomization
2025-May-21, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05063-5
PMID:40397357
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research paper | 该研究通过单细胞、批量转录组和孟德尔随机化综合分析，探讨了HbA1c在帕金森病中的作用 | 首次将HbA1c与帕金森病预后关联，并通过多组学方法鉴定出5个潜在诊断靶点 | 研究依赖于公开数据库数据，可能存在样本选择偏差 | 探究HbA1c与帕金森病预后的因果关系及潜在诊断标志物 | 帕金森病患者和对照组的基因组和转录组数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | GWAS, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化 | 逆方差加权(IVW)方法, 机器学习 | 基因组数据, 转录组数据 | 223个独立SNPs, 625个基因, 842个差异表达基因 |
| 305 | 2025-05-22 |
Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF
2025-May-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202410745
PMID:40397381
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞身份和功能 | metaTF在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育过程中展示了其在表征细胞身份方面的改进效果，同时还能更好地表征乳腺癌上皮细胞的功能身份，并识别出肿瘤免疫微环境中一种新型神经调节T细胞亚群 | NA | 通过推断转录因子活性来解密单细胞转录组数据中的细胞身份 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | metaTF | 基因表达数据 | NA |
| 306 | 2025-05-22 |
Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction
2025-May-20, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 该研究探讨了骨髓脂肪酸代谢如何激活邻近的造血干细胞，从而促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的发展 | 发现了HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了骨髓脂肪酸代谢通过影响巨噬细胞线粒体代谢和Vcam1表达来促进HFpEF的机制 | 研究主要基于动物模型，人类样本验证仍需进一步扩大 | 探究HFpEF发病机制中免疫系统和代谢异常的作用 | HFpEF患者样本和动物模型 | 心血管疾病研究 | 心力衰竭 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记 | 高脂饮食和高血压诱导的HFpEF小鼠模型 | 基因表达数据、代谢组数据 | 患者样本和动物模型（具体数量未明确说明） |
| 307 | 2025-05-22 |
OrthologAL: A Shiny application for quality- aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2025-May-20, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311
PMID:40392208
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研究论文 | 介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源基因数据 | 开发了OrthologAL工具，能够高效地将非人类物种的单细胞或空间转录组数据转换为人类同源基因数据，并保留原始数据的维度结构 | 未提及具体的性能比较或转换准确率的量化评估 | 促进非人类转录组数据的人类同源基因转换，并将药物转录组数据库应用于临床前研究模型 | 单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤、脊髓损伤 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | Shiny应用程序 | 基因表达数据 | 使用了来自公共数据库的多组数据集，包括GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774 |
| 308 | 2025-05-22 |
Single cell transcription revealing key transcription factors in embryonic kidney development
2025-May-20, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05307-x
PMID:40392427
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示胚胎肾脏发育过程中的关键转录因子 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了肾祖细胞中的不同亚群及其转录景观，并识别了关键转录因子 | 需要进一步研究以验证这些发现及其治疗潜力 | 探索肾脏发育的分子机制 | 肾祖细胞及其分化为肾小管上皮细胞和足细胞的过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 309 | 2025-05-22 |
IL-1β Signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues
2025-May-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188724
PMID:40392614
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研究论文 | 该研究探讨了IL-1β信号在人类淋巴组织中如何调节滤泡辅助性T细胞（Tfh）和滤泡调节性T细胞（Tfr）的平衡 | 揭示了IL-1β通过IL-1R1和IL-1R2受体在人类淋巴组织中调节Tfh和Tfr细胞活化的新机制，并发现IL-1β信号与自身免疫疾病中自身抗体产生的关联 | 研究主要基于体外实验和有限的组织样本，未涉及大规模临床试验验证 | 阐明IL-1β信号在人类淋巴组织中对Tfh和Tfr细胞平衡的调节作用及其与自身免疫疾病的关联 | 人类次级淋巴器官（扁桃体、脾脏和肠系膜淋巴结）中的Tfh和Tfr细胞 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养 | NA | 细胞表型数据、基因表达数据 | 人类次级淋巴器官样本及自身免疫患者样本 |
| 310 | 2025-05-22 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human Bronchoalveolar Lavage Cells by scRNA-Sequencing
2025-May-20, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔的方法在分析冷冻保存的人类支气管肺泡灌洗细胞单细胞RNA测序中的应用 | 首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类支气管肺泡灌洗液细胞中的应用，特别关注了不同细胞类型的转录本和基因数量差异 | 仅使用了四个BALF样本，样本量较小 | 解决使用新鲜材料进行单细胞RNA测序的物流挑战，特别是在人类样本中 | 人类支气管肺泡灌洗液(BALF)细胞 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq, SCENIC | NA | RNA测序数据 | 4个BALF样本 |
| 311 | 2025-05-22 |
Spatial transcriptomics advances the use of canine patients in cancer research: analysis of osteosarcoma-bearing pet dogs enrolled in a clinical trial
2025-May-20, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0687
PMID:40392977
|
研究论文 | 本文首次应用GeoMx Canine Cancer Atlas技术对参与骨肉瘤临床试验的犬类患者的预后相关样本进行分析 | 首次将空间转录组学技术应用于犬类骨肉瘤样本，并与人类骨肉瘤研究结果进行对比 | 样本量较小（每组8例），且仅针对犬类样本 | 探索犬类骨肉瘤模型在人类癌症研究中的应用价值 | 参与骨肉瘤临床试验的犬类患者样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler） | NA | 组织微阵列（TMA） | 16例犬类骨肉瘤样本（高DFI组8例，低DFI组8例） |
| 312 | 2025-05-22 |
Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs
2025-May-20, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8523
PMID:40393465
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研究论文 | 本研究探讨了Asperosaponin VI (ASP)通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，从而促进骨质疏松性骨折愈合的机制 | 首次揭示了ASP通过激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路促进LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，为骨质疏松性骨折治疗提供了新的治疗策略 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证 | 阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并提出新的治疗方案 | LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs | 骨生物学 | 骨质疏松性骨折 | 单细胞RNA测序、分子对接、CETSA、DARTS、三维培养、划痕愈合实验、管形成实验、Western blotting、免疫荧光染色、流式细胞术 | OVX模型结合股骨骨折 | RNA测序数据、蛋白质表达数据 | NA |
| 313 | 2025-05-22 |
A dynamic and multimodal framework to define microglial states
2025-May-20, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01978-3
PMID:40394327
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research paper | 提出一个动态多模态框架来定义小胶质细胞状态，挑战现有离散分类范式 | 提出小胶质细胞连续状态模型，强调其动态特性而非离散分类 | 未明确说明具体实验验证方法或数据来源 | 建立更准确的小胶质细胞状态分类框架 | 中枢神经系统中的小胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 连续状态模型 | 基因表达数据 | NA |
| 314 | 2025-05-22 |
Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2025-May-20, Head & neck
DOI:10.1002/hed.28195
PMID:40395022
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序揭示原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的肿瘤细胞特征及细胞间通讯特征 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了配体-受体对模型以预测HPSCC患者的预后，并揭示了LNM恶性上皮细胞的基因表达特征及细胞通讯差异 | 研究样本量有限，未进行功能实验验证发现的生物标志物和机制 | 识别HPSCC淋巴转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点，以早期检测高风险患者并指导个性化治疗策略 | 原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 下咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 配体-受体对模型 | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但包括训练、测试和全部队列 |
| 315 | 2025-05-22 |
Spatiotemporal single-cell analysis elucidates the cellular and molecular dynamics of human cornea aging
2025-May-19, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01475-z
PMID:40390022
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研究论文 | 通过单细胞时空分析揭示人类角膜衰老的细胞和分子动态 | 首次构建了人类角膜的全面时空图谱，揭示了角膜衰老过程中的细胞迁移新模式和区域特异性分子特征 | 样本量相对较小（8个供体），年龄跨度为33-88岁 | 阐明人类角膜衰老过程中的细胞和分子动态 | 人类角膜组织 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | scRNA-seq, scStereo-seq, 免疫荧光染色, Western blotting | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 8个供体的角膜组织（年龄33-88岁） |
| 316 | 2025-05-22 |
Spatial transcriptomics reveal PI3K-AKT and metabolic alterations in aggressive, treatment-resistant lactotroph pituitary neuroendocrine tumors
2025-May-19, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02025-9
PMID:40390063
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了侵袭性、治疗抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤中PI3K-AKT和代谢通路的改变 | 首次在DA抵抗性泌乳素PitNET中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤内异质性和PI3K/AKT通路及脂质代谢的改变 | 样本量较小（13例患者），且未观察到从部分响应到完全无响应肿瘤的明确分子模式 | 揭示泌乳素垂体神经内分泌肿瘤的分子异质性，并鉴定侵袭性和药物治疗抵抗的生物标志物 | DA抵抗性泌乳素垂体神经内分泌肿瘤（PitNET） | 数字病理学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | Visium空间转录组学（ST）、全转录组测序（WTS）、全外显子组测序（WES） | NA | 空间转录组数据、基因组数据 | 13例DA抵抗性泌乳素PitNET患者（其中4例进行ST+WTS+WES，5例进行WTS+WES，2例进行ST+WES，2例仅进行ST） |
| 317 | 2025-05-22 |
Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics"
2025-May-19, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088
PMID:40393347
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 318 | 2025-05-22 |
Neutrophils predominate as IL1B-expressing cells in Schnitzler syndrome: Insights from the SCan study to evaluate the efficacy and safety of canakinumab in Japanese patients
2025-May-19, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2025.04.003
PMID:40393905
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research paper | 本研究探讨了Schnitzler综合征（SchS）中IL1B表达细胞的主要来源及canakinumab治疗的疗效和安全性 | 首次在SchS患者中通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定IL1B表达细胞主要为中性粒细胞，并揭示了canakinumab通过调节外周血中性粒细胞动态改善临床症状的机制 | 研究样本量较小（仅5名日本患者），且仅对其中2例进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析 | 评估canakinumab在SchS患者中的疗效和安全性，并探索IL1B表达细胞的来源 | 5名日本Schnitzler综合征患者 | 临床医学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组分析 | NA | 血浆细胞因子/趋化因子水平、外周血和皮肤病变组织的转录组数据 | 5名患者（其中2名进行了单细胞RNA测序和空间转录组分析） |
| 319 | 2025-05-22 |
Identification of progression related LncRNAs in colorectal cancer aggressiveness
2025-May-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02096-7
PMID:40383716
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研究论文 | 本研究通过整合TCGA和单细胞RNA测序数据，识别了与结直肠癌进展相关的关键长链非编码RNA（lncRNA） | 开发了一个评分系统，结合多种进展相关特征、差异表达和生存分析，系统性优先排序lncRNA，并识别了198个关键lncRNA，包括已知和新候选者 | 未提及具体样本量，且实验验证仅限于部分lncRNA | 探索结直肠癌进展的分子机制，并识别潜在的预后生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌（CRC）患者及其相关lncRNA | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 320 | 2025-05-22 |
Identification and verification of a polyamine metabolism-related gene signature for predicting prognosis and immune infiltration in osteosarcoma
2025-May-18, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-025-05716-0
PMID:40383808
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research paper | 本研究旨在识别与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因，并开发预后模型，为骨肉瘤患者的靶向治疗提供新见解 | 首次识别并验证了与骨肉瘤预后相关的多胺代谢相关基因特征，并构建了预测模型 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制 | 探索多胺代谢相关基因在骨肉瘤预后中的作用，并开发预测模型 | 骨肉瘤患者及其相关基因表达数据 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、单变量Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序、逆转录定量PCR、Western blotting、免疫组化 | 风险模型、列线图模型 | 基因表达数据、临床样本数据 | 96个候选基因，8个预后基因在临床样本中验证 |