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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-12-03 |
Disturbed flow induces reprogramming of endothelial cells to immune-like and foam cells under hypercholesterolaemia during atherogenesis
2025-Nov-25, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf233
PMID:41288601
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和谱系示踪技术,验证了在动脉粥样硬化形成过程中,紊乱血流和高胆固醇血症共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫样细胞的假说 | 提出了“血流诱导的内皮细胞重编程”新概念,并首次通过遗传谱系示踪模型验证了内皮细胞向免疫样细胞和泡沫样细胞的转变 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,虽然分析了人类斑块数据,但直接的人类体内验证有限 | 探究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化发生中的协同作用机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞、人主动脉内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色,谱系示踪 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 95只小鼠,共98,553个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 302 | 2025-12-03 |
scRegulate: Single-Cell Regulatory-Embedded Variational Inference of Transcription Factor Activity from Gene Expression
2025-Nov-25, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf638
PMID:41288963
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRegulate的生成式深度学习框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性和基因调控网络 | scRegulate通过变分推理整合先验生物学知识与数据驱动推断,能够捕获新颖、动态和上下文特异的调控相互作用,相比现有方法更具可扩展性和生物学基础 | NA | 开发一种准确推断单细胞RNA测序数据中转录因子活性和基因调控网络的计算方法 | 单细胞RNA测序数据,包括公共实验数据集、合成数据集、Perturb-seq数据集和人类PBMC数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分推理,生成式深度学习框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 303 | 2025-12-03 |
Single-Cell Dissection Reveals Immune Dysregulation After CD5 or CD7-Directed Chimeric Antigen Receptor T-Cell Therapy
2025-Nov-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509259
PMID:41290542
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术,探讨了CD5或CD7导向的CAR-T细胞疗法在T细胞急性淋巴细胞白血病患者中引起的免疫失调 | 首次通过单细胞测序揭示了CD5和CD7 CAR-T疗法对多种免疫细胞类型的广泛影响,包括T细胞耗竭、B细胞功能受损、NK细胞功能增强及单核细胞激活变化,为理解感染风险提供了新机制 | 样本可能有限,且为观察性研究,因果关系需进一步验证 | 探究CD5或CD7导向的CAR-T疗法后的免疫失调机制及其与感染风险的关系 | 接受CD5或CD7 CAR-T治疗的T细胞急性淋巴细胞白血病患者 | 单细胞测序 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 304 | 2025-12-03 |
Single-cell immune transcriptomics reveals an inflammatory-inhibitory set-point spectrum in autoimmune diabetes
2025-Nov-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.199050
PMID:41325163
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了自身免疫性糖尿病中炎症-抑制设定点的谱系,并识别了潜在的治疗靶点 | 首次在单细胞水平上比较了LADA和T1D的免疫转录组,揭示了NF-κB/EGFR-JAK/STAT梯度和HLA-C-KIR轴作为疾病异质性的关键调控机制 | 研究样本仅来自外周血单核细胞,未直接分析胰腺组织;样本量相对有限;未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性 | 探究自身免疫性糖尿病(包括T1D和LADA)中决定不同炎症状态的免疫学机制 | LADA患者、新诊断T1D患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序,配对T和B细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据,V(D)J序列数据 | 超过400,000个外周血单核细胞,来自LADA、T1D患者和健康对照者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 305 | 2025-12-03 |
scATAnno: Automated Cell Type Annotation for Single-cell ATAC Sequencing Data
2025-Nov-24, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf108
PMID:41284927
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scATAnno的Python软件包,用于自动注释单细胞ATAC测序数据的细胞类型 | 开发了首个专门用于大规模scATAC-seq参考图谱构建和自动细胞类型注释的工作流程,无需依赖scRNA-seq数据,并整合了KNN和加权距离不确定性评分以提高注释准确性 | 未明确说明软件在处理高度异质性或罕见细胞类型时的性能限制,以及计算资源需求 | 开发自动化工具以解决单细胞ATAC测序数据中细胞类型注释的挑战 | 单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌、基底细胞癌 | 单细胞ATAC测序 | KNN、加权距离算法 | 表观基因组数据 | 多个数据集(包括PBMC、TNBC、BCC等) | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 306 | 2025-12-03 |
Regional and cell specific bioactivity of injectable extracellular matrix biomaterials in myocardial infarction
2025-Nov-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65351-5
PMID:41285846
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术,探究了可注射细胞外基质水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性 | 首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术,系统解析细胞外基质生物材料在心脏治疗中的细胞特异性作用机制 | 研究仅使用雌性大鼠模型,未涉及雄性或其他物种,可能限制结果的普适性 | 探究细胞外基质水凝胶在心肌梗死治疗中的生物活性机制 | 雌性大鼠心肌梗死模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2025-12-03 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2025-Nov-24, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02867-0
PMID:41286200
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术,实现了在60-200微米厚组织块中对数千个基因转录本及其翻译活性的三维原位定量分析 | 首次实现了在厚组织块(60-200微米)中进行单细胞转录组和翻译组的三维空间分析,突破了现有技术仅限于薄切片(5-20微米)的限制 | NA | 揭示基因在三维组织环境中如何塑造组织结构与功能,以理解健康与疾病状态 | 小鼠脑组织、人类皮肤癌组织 | 空间转录组学 | 皮肤癌 | 空间单细胞转录组学、空间翻译组学、三维组织成像 | NA | 空间转录组数据、翻译组数据、荧光成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 308 | 2025-12-03 |
IL-9 signaling redirects CAR T cell fate toward CD8+ memory and CD4+ cycling states, enhancing antitumor efficacy
2025-Nov-21, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.10.021
PMID:41274291
|
研究论文 | 本研究通过改造CAR T细胞使其表达IL-9受体,以增强其在实体瘤中的抗肿瘤效果 | 首次将IL-9信号通路引入CAR T细胞,改变其分化命运,避免功能障碍,增强抗肿瘤活性 | 研究基于临床前模型,尚未进行人体试验验证 | 提高CAR T细胞在实体瘤治疗中的疗效 | CAR T细胞 | 免疫治疗 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析和RNA速度分析 | 单细胞RNA测序数据 | 临床前实体瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 309 | 2025-12-03 |
Lineage tracing technology for decoding cell evolution in pathophysiology: a bibliometric analysis
2025-Nov-20, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003916
PMID:41327787
|
综述 | 本文通过文献计量学方法,全面回顾了谱系追踪技术的现状、热点和发展趋势 | 首次将定量图谱与技术演进分析相结合的文献计量学综述,通过数据驱动决策、算法处理、标准化分析工具和多维度指标交叉验证,克服了传统叙述性综述的局限性 | 分析基于Web of Science数据库的3252篇文献,可能未涵盖所有相关研究;文献计量学方法本身存在依赖检索策略和数据库覆盖范围的限制 | 解码细胞在病理生理学中的进化,并系统梳理谱系追踪技术的研究前沿与应用框架 | 谱系追踪技术相关的研究文献 | 生命科学/发育生物学 | NA | 文献计量学分析,谱系追踪技术 | NA | 文本(科学文献) | 3252篇相关文章(1979年1月1日至2024年9月22日) | NA | NA | NA | NA |
| 310 | 2025-12-03 |
Belimumab modulates type I interferon signalling in the treatment of systemic lupus erythematosus
2025-Nov-19, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/03t59o
PMID:41328601
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了系统性红斑狼疮患者在接受贝利尤单抗治疗前后的免疫图谱变化 | 首次在单细胞分辨率下揭示了贝利尤单抗通过调节I型干扰素信号通路发挥治疗作用的新机制 | 样本量较小(仅6例患者),且为观察性研究 | 探究贝利尤单抗对系统性红斑狼疮患者免疫图谱的影响 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例活动性系统性红斑狼疮患者(治疗组3例,对照组3例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 311 | 2025-12-03 |
Dual-modality Molecular Cartography: Integrating Multiplex mRNA Detection with Protein Imaging Mass Cytometry
2025-Nov-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68616
PMID:41325369
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研究论文 | 本文提出了一种双模态分子图谱技术,整合了多重mRNA检测与蛋白质成像质谱流式技术 | 通过金属探针将蛋白质成像质谱流式技术与mRNA原位杂交结合,实现蛋白质和mRNA在单一切片中的同时高维空间分析 | NA | 开发一种整合蛋白质和mRNA检测的双模态空间分析技术,以理解细胞在微环境中的通讯机制 | 组织切片中的蛋白质和mRNA分子 | 数字病理学 | NA | mRNA原位杂交,蛋白质成像质谱流式技术 | NA | 图像,空间分子数据 | NA | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 312 | 2025-12-03 |
Microfluidics-based High-throughput Circulating Tumor Cell Sorting and Single-cell Sequencing Technology
2025-Nov-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68708
PMID:41325384
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研究论文 | 本文提出了一种集成了微流控技术的高通量循环肿瘤细胞分选与单细胞测序方法 | 开发了一种集成了CTCs富集、纯化和单细胞测序的微流控一体化工作流程,克服了传统方法回收率低、工作流程繁琐和污染风险高的限制 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种高效、高通量的循环肿瘤细胞分选与单细胞测序技术,以更好地分析CTCs的异质性 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 313 | 2025-12-03 |
Uncovering CD248, MMP28, and SLC16A10 in primary Sjögren's disease: a machine learning-driven SHAP approach for CD4+ T cell-associated biomarker discovery
2025-Nov-14, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/2ffdc4
PMID:41328587
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习算法、SHAP可解释性建模、分子对接和单细胞分析,发现了CD248、MMP28和SLC16A10作为原发性干燥综合征的潜在生物标志物和治疗靶点 | 结合12种机器学习算法与SHAP可解释性分析,从转录组数据中识别出与CD4+ T细胞亚群相关的关键基因,并利用单细胞RNA测序和分子对接进行验证,揭示了干燥综合征发病机制中先前未被充分认识的机制 | 需要未来的实验验证来确认其转化潜力 | 促进干燥综合征的早期诊断和治疗 | 干燥综合征患者和健康对照的转录组数据,重点关注CD4+ T细胞亚群 | 机器学习 | 干燥综合征 | 转录组学分析,单细胞RNA测序,分子对接 | 多种机器学习算法(12种),SHAP | 转录组数据 | 训练队列包含382个样本(61名健康对照,321名干燥综合征患者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 314 | 2025-12-03 |
Mendelian Randomization and ScTranscriptomics Reveal a Lipid Low Malignant Cells Driving Immunosuppression and Matrix Remodeling in Oral squamous cell carcinoma
2025-Nov-13, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2025.104009
PMID:41237591
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术,揭示了口腔鳞状细胞癌中脂质低恶性细胞亚群与不良预后的关联 | 结合孟德尔随机化和单细胞转录组学方法,首次识别出与甘油磷脂代谢低相关的脂质低恶性细胞亚群,并发现其与患者预后不良、迁移能力增强、增殖活性及免疫逃逸特征相关 | NA | 探究口腔鳞状细胞癌中脂质代谢与患者预后不良风险的关系 | 口腔鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 315 | 2025-12-03 |
Myocardial reprogramming by HMGN1 underlies heart defects in trisomy 21
2025-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09593-9
PMID:41125893
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研究论文 | 本研究通过人类多能干细胞和小鼠模型,揭示了染色体21上的HMGN1基因在唐氏综合征相关先天性心脏缺陷中的关键作用 | 首次将HMGN1鉴定为唐氏综合征中心脏缺陷的剂量敏感调节因子,并利用CROP-seq技术筛选染色体21基因,阐明了其在房室管心肌细胞重编程中的机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,人类临床验证有限,且未全面探索其他染色体21基因的潜在协同效应 | 解析唐氏综合征中先天性心脏缺陷的遗传基础,特别是房室管缺陷的分子机制 | 人类多能干细胞、小鼠模型以及房室管心肌细胞 | 发育生物学与遗传学 | 先天性心脏缺陷与唐氏综合征 | 单细胞转录组学、CRISPR激活单细胞RNA液滴测序(CROP-seq)、基因编辑 | 人类多能干细胞模型、小鼠遗传模型 | 单细胞RNA测序数据、基因表达谱 | 未明确指定具体样本数量,但涉及人类干细胞和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 316 | 2025-12-03 |
Role of long-chain acyl-CoA synthetases in MASH-driven hepatocellular carcinoma and ferroptosis
2025-Nov-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00096.2025
PMID:40875358
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研究论文 | 本研究通过整合多种组学技术,揭示了代谢功能障碍相关脂肪性肝炎驱动的肝细胞癌中脂质代谢重编程的特征,并阐明了长链酰基辅酶A合成酶家族(特别是ACSL4)在调控铁死亡敏感性及肿瘤免疫微环境中的作用 | 首次在MASH-HCC中系统描绘了脂质代谢全景图,并发现ACSL4在肿瘤组织中特异性富集且与铁死亡敏感性相关,同时揭示了ACSL4在免疫细胞中的表达及其对肿瘤免疫微环境的潜在调控作用 | 研究主要基于观察性数据和体外实验,体内功能验证和具体分子机制有待进一步深入;小鼠模型与人类疾病存在物种差异 | 探究MASH-HCC中脂质代谢重编程的特征及其与铁死亡敏感性的关系,寻找潜在治疗靶点 | 人类MASH-HCC组织样本、人类HCC细胞系、饮食诱导的小鼠MASH-HCC模型 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 人类MASH和MASH-HCC肝脏样本(具体数量未明确),人类HCC细胞系,小鼠MASH-HCC模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 317 | 2025-12-03 |
Neuroprotective role of DNTαβ Cell transplantation on modulating immune microenvironment in spinal cord injured mice
2025-Oct, Neurotherapeutics : the journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics
IF:5.6Q1
DOI:10.1016/j.neurot.2025.e00743
PMID:40987706
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研究论文 | 本研究探讨了DNTαβ细胞移植在脊髓损伤小鼠中通过调节免疫微环境发挥神经保护作用的机制 | 首次利用单细胞测序揭示DNT细胞的异质性,并验证DNTαβ细胞移植通过Gzmb和IFN通路调节免疫反应,促进脊髓损伤后的早期修复和神经保护 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类临床试验中验证,且具体分子机制需进一步深入探索 | 探究DNTαβ细胞移植对脊髓损伤后免疫微环境的调节作用及其神经保护效果 | 脊髓损伤小鼠模型 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 流式细胞术、单细胞测序、转录组测序、免疫组织化学 | NA | 单细胞测序数据、转录组数据、流式细胞术数据、免疫组织化学图像 | 未明确指定样本数量,但使用小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 318 | 2025-12-03 |
Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages
2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.10.669536
PMID:40832301
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序,揭示了不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后诱导的差异性炎症反应 | 首次在单细胞分辨率下比较不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人巨噬细胞后的转录组差异,揭示了菌株特异性和细胞异质性对免疫应答的影响 | 研究仅使用人肺泡巨噬细胞,未涉及其他免疫细胞类型;体外感染模型可能无法完全模拟体内感染环境 | 阐明Coxiella burnetii不同菌株与宿主巨噬细胞相互作用的分子机制,为Q热治疗提供新见解 | 人肺泡巨噬细胞感染不同毒力Coxiella burnetii菌株(NMI、G、NMII、Dugway) | 感染免疫学 | Q热 | RNA测序,单细胞RNA测序,细胞因子检测 | NA | 转录组数据,单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 319 | 2025-12-03 |
Multi-region spatial transcriptomics reveals region specific differences in response to amyloid beta (Aβ) plaque induced changes in Alzheimer's Disease (AD)
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.31.667719
PMID:40766691
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研究论文 | 本研究利用多区域空间转录组学技术,揭示了阿尔茨海默病中不同脑区对淀粉样蛋白斑块诱导变化的区域特异性差异 | 首次在AD研究中同时进行匹配的多区域空间转录组学和Aβ免疫荧光染色,揭示了Aβ斑块微环境中细胞类型比例、基因表达和细胞间通讯的区域特异性差异 | 研究样本量较小(仅2名Braak III和Thal 4期AD患者),且仅分析了特定脑区,可能无法代表AD的完整疾病谱系 | 阐明AD中不同脑区对Aβ斑块诱导变化表现出不同脆弱性和恢复力的细胞类型和分子机制 | 两名Braak III和Thal 4期AD患者的四个脑区:内嗅皮层、颞枕皮层、背外侧前额叶皮层和纹状皮层 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,免疫荧光染色 | NA | 空间转录组数据,免疫荧光图像 | 2名AD患者的4个脑区组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 320 | 2025-12-03 |
Uncovering the Regional and Cell Specific Bioactivity of Injectable Extracellular Matrix Biomaterials in Myocardial Infarction through Spatial and Single Nucleus Transcriptomics
2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661525
PMID:40667036
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了注射性细胞外基质生物材料在心肌梗死中的区域和细胞特异性生物活性 | 首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术,系统探究细胞外基质水凝胶在心肌梗死治疗中的区域和细胞特异性生物活性,揭示了未发现的治疗靶点 | 未明确提及样本量或实验设计的局限性,可能缺乏长期疗效评估或临床转化验证 | 探究细胞外基质生物材料在心肌梗死治疗中的治疗活性和机制 | 心肌梗死模型中的心脏组织,包括巨噬细胞、成纤维细胞、淋巴管、血管、平滑肌细胞和心肌细胞等 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | NA |