单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39812 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-05-29 |
Extracellular Origins of Cognition: Lessons from Primate Neocortical ECM
2025-07, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.13979
PMID:40696865
|
评论 | 评论一篇关于灵长类新皮层细胞外基质在发育过程中的分子组成和空间组织的研究 | 通过多模态方法整合单细胞转录组学、蛋白质组学和免疫组织荧光技术，构建了人类和非人灵长类发育中新皮层的细胞外基质图谱 | 作为评论文章，未提供具体实验数据或验证研究结果 | 强调细胞外基质在早期大脑发育中的作用及其在神经发育障碍疾病中的潜在参与 | 人类和非人灵长类的新皮层细胞外基质 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学，蛋白质组学，免疫组织荧光 | NA | 基因表达数据，蛋白质数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 302 | 2026-05-29 |
MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656468
PMID:40502104
|
research paper | 提出了MIC-Drop-seq方法，将高通量基因破坏与多重单细胞RNA测序结合，用于斑马鱼胚胎的大规模表型分析 | 通过Multiplexed Intermixed CRISPR Droplets技术同时破坏50个转录调控因子，结合多重scRNAseq实现单细胞水平的大规模遗传筛选，能捕获细胞外效应并发现新功能 | NA | 开发可扩展的单细胞表型分析方法，用于大规模绘制脊椎动物胚胎基因功能图谱 | 斑马鱼胚胎中的50个转录调控因子突变体 | machine learning | NA | CRISPR, 单细胞RNA测序（scRNAseq）, 液滴微流控 | NA | RNA测序数据 | 1000个斑马鱼胚胎 | Illumina | 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 多重单细胞RNA测序与液滴微流控系统结合 |
| 303 | 2026-05-29 |
Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing
2025-04-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014
PMID:40081375
|
研究论文 | 提出一种名为“recall”的方法，通过人工变量避免单细胞RNA测序数据中的过度聚类问题 | 利用人工变量控制双重使用数据的影响（即“double dipping”），防止过度聚类，可适用于多种聚类算法 | 未明确说明 | 开发一种保护单细胞RNA测序分析免受过度聚类影响的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 使用模拟和真实数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 304 | 2026-05-29 |
Vagal Sensory Gut-Brain Pathways That Control Eating-Satiety and Beyond
2025-04, Comprehensive Physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1002/cph4.70010
PMID:40229922
|
综述 | 挑战迷走神经仅传递饱腹信号的传统观点，强调其在编码膳食信息中更复杂的作用 | 整合单细胞转录组学、神经回路图谱和功能性成像的最新进展，系统揭示迷走神经传入神经元在膳食信息编码中的多样性亚群、多模态感知和下游脑回路，拓展了其超越饱腹感的功能 | 限于综述性质，可能未涵盖最新未发表研究或具体实验验证 | 全面更新迷走神经感觉通路在肠道-大脑沟通中的作用，特别是其作为膳食信息整合器的功能 | 迷走神经传入神经元及其相关神经回路 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学、神经回路图谱、功能性成像 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 305 | 2026-05-29 |
Integrated Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Critical Blood Biomarkers and Potential Mechanisms in Epilepsy
2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70172
PMID:39753851
|
研究论文 | 通过整合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别癫痫的关键血液生物标志物和潜在机制 | 首次通过孟德尔随机化结合单细胞转录组学，系统揭示了癫痫风险相关基因及其对免疫微环境的影响，并建立了抗癫痫药物反应预测模型 | 未提及具体局限性，但可能包括样本量有限、动物模型与人类的差异、以及预测模型需进一步临床验证 | 阐明癫痫的遗传因果因素及其与免疫环境的动态关系 | 癫痫患者外周血样本、癫痫小鼠模型的海马组织 | 自然语言处理 | 癫痫 | 孟德尔随机化、单细胞转录组学、CIBERSORT免疫浸润分析、RNA-seq | 预测模型（具体类型未提及） | 基因表达数据、免疫细胞组成数据 | 未明确说明，但涉及eQTLGen和GWAS数据、癫痫患者外周血样本及小鼠模型 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 306 | 2026-05-29 |
Neuronal cell populations in circumoral nerve ring of sea cucumber Apostichopus japonicus: Ultrastructure and transcriptional profile
2024-12, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics
DOI:10.1016/j.cbd.2024.101263
PMID:38850626
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术研究了仿刺参围口神经环中神经元的超微结构和转录谱，鉴定出六种神经元细胞类型 | 首次对海参神经元细胞进行单细胞转录组分析，鉴定了六种神经元类型及神经肽前体基因和G蛋白偶联受体的表达模式 | 仅聚焦于围口神经环区域，未涵盖海参其他神经组织；尚未对鉴定出的神经元类型进行功能验证 | 阐明海参神经元细胞的类型、分子特征和进化意义 | 仿刺参（Apostichopus japonicus）围口神经环中的神经元细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2026-05-29 |
Dual spatial host-bacterial gene expression in Mycobacterium abscessus respiratory infections
2024-10-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06929-5
PMID:39384974
|
研究论文 | 该文章展示了在福尔马林固定石蜡包埋组织中利用定制细菌探针进行空间转录组学分析，以同时检测宿主和细菌基因表达的方法 | 首次在FFPE组织中成功实现宿主和病原体双空间转录组分析，揭示了宿主-病原体相互作用的时空信息 | 研究基于小鼠模型和特定细菌（脓肿分枝杆菌），可能未涵盖所有感染类型 | 探索使用定制细菌探针在FFPE组织中进行宿主和病原体空间转录组分析的可行性 | 慢性感染脓肿分枝杆菌的小鼠肺组织 | 空间转录组学 | 分枝杆菌感染 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肺组织样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE空间转录组学平台 |
| 308 | 2026-05-29 |
Imputing spatial transcriptomics through gene network constructed from protein language model
2024-10-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06964-2
PMID:39369061
|
研究论文 | 提出stImpute方法，利用蛋白质语言模型ESM-2构建基因网络，基于参考单细胞RNA-seq数据对空间转录组学进行基因表达插补 | 首次将蛋白质语言模型ESM-2用于构建基因-基因关系网络，结合自编码器和图神经网络提升空间转录组学基因插补准确性和细胞聚类能力 | 未明确阐述局限性，但依赖参考scRNA-seq数据质量，且仅适用于有限基因检测的空间转录组学技术 | 开发一种基于基因网络的空间转录组学缺失基因插补方法，提升预测准确性和细胞群体识别能力 | 图像型空间转录组学数据与参考单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序、单细胞RNA测序 | 自编码器、图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 309 | 2026-05-29 |
Spatial multi-omics in whole skeletal muscle reveals complex tissue architecture
2024-10-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06949-1
PMID:39369093
|
研究论文 | 结合RNA断层扫描和质谱成像技术，揭示整个小鼠胫骨前肌的空间转录组、代谢组和脂质组组织，发现肌纤维类型比例的显著区域化分布 | 首次结合两种空间组学技术（RNA断层扫描和质谱成像）在全肌肉水平上解析三维空间组织，发现基因表达沿近端-远端轴的意外强烈区域化及代谢差异 | 仅针对小鼠胫骨前肌进行了分析，尚未验证在其他肌肉或物种中的普遍性 | 阐明整个骨骼肌组织的完整空间结构，揭示肌纤维类型比例、基因表达和代谢的沿轴区域化分布 | 小鼠胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌的整个肌肉组织 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 质谱成像 | NA | 图像, 文本 | 24只小鼠的胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌样本 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 空间脂质组学 | NA | RNA tomography（RNA断层扫描）和MSI（质谱成像） |
| 310 | 2026-05-29 |
STPDA: Leveraging spatial-temporal patterns for downstream analysis in spatial transcriptomic data
2024-10, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出STPDA框架，利用空间-时间模式分析空间转录组数据，实现基因表达空间动态的高分辨率解析 | 创新性结合ARMA和LSTM模型同时捕捉全局与局部时空动态，将空间-时间模式整合进下游分析流程，实现配体-受体相互作用识别和细胞类型分类等任务性能超越现有方法 | 未提及验证数据集多样性及计算资源需求等局限性 | 开发适用于空间转录组数据下游分析的时空模式计算框架 | 空间转录组数据中的基因表达时空模式及细胞类型、配体-受体相互作用 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | ARMA, LSTM | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 311 | 2026-05-29 |
Single-cell transcriptome sequencing revealed the metabolic changes and microenvironment changes of cardiomyocytes induced by diabetes
2024-10, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组测序分析糖尿病小鼠心肌细胞的代谢变化和微环境变化 | 通过单细胞转录组测序揭示糖尿病诱导的代谢重组及心肌细胞与心肌成纤维细胞、淋巴内皮细胞等微环境成分间配体-受体相互作用改变 | 仅基于一个公开数据集进行分析，缺乏实验验证；研究对象为小鼠模型，结论向人类转化需进一步验证 | 探究糖尿病对心肌细胞异质性及细胞间通讯特性的影响 | 对照组和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心脏 | 单细胞转录组学 | 糖尿病性心肌病 | 单细胞RNA测序 | 无明确模型应用 | 基因表达数据 | GEO数据库GSE213337数据集，包含糖尿病和对照小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 312 | 2026-05-29 |
XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data
2024-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066
PMID:39180857
|
研究论文 | 提出一种结合XGBoost和CNN的新方法XgCPred，用于单细胞RNA-seq数据中的细胞类型分类 | 首次将XGBoost与CNN集成应用于scRNA-seq细胞类型分类，利用KEGG BRITE数据库中基因层级组织生成基因表达图像表示 | 未明确提及局限性，但隐含了对不同数据集适应性的潜在挑战 | 提高单细胞RNA-seq数据中细胞类型分类的准确性和可靠性 | 单细胞RNA-seq数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost, CNN | 基因表达图像 | 多个scRNA-seq数据集，涵盖不同细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 313 | 2026-05-29 |
Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins
2024-09, Proteomics. Clinical applications
DOI:10.1002/prca.202300075
PMID:38552248
|
研究论文 | 使用DIA-MS技术对炎症性肠病（IBD）患者粪便蛋白质组进行综合分析，识别与疾病活动相关的非侵入性生物标志物 | 首次采用数据非依赖采集（DIA）LC-MS/MS方法系统分析IBD患者的粪便蛋白质组，在两个独立队列中鉴定了523种常见蛋白质，并发现了新的粪便蛋白质与免疫细胞浸润和溃疡/直肠出血等IBD病理标志相关 | 样本量相对较小（健康对照组25例，UC患者15例，CD患者15例），研究结果需在更大规模队列中验证 | 识别可用于监测炎症性肠病疾病活动性的非侵入性粪便生物标志物 | 炎症性肠病（IBD）患者，包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）患者，以及健康对照者 | 蛋白质组学 | 炎症性肠病 | DIA-MS（数据非依赖采集质谱） | NA | 蛋白质质谱数据，单细胞RNA测序数据 | 队列1：健康5例，UC 5例，CD 5例；队列2：健康20例，UC 10例，CD 10例（共计健康25例，UC 15例，CD 15例） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 314 | 2026-05-29 |
Perturbed liver gene zonation in a mouse model of non-alcoholic steatohepatitis
2024-05, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2024.155830
PMID:38428673
|
研究论文 | 结合空间转录组学、批量RNA测序和原位杂交技术，研究非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型中肝脏基因分区模式的扰动 | 首次在NASH小鼠模型中系统揭示Wnt信号通路调控的肝脏基因分区扰动，发现Rspo3表达区域从中央静脉周围扩展到门静脉周围，并通过AAV介导的过表达和基因敲除实验验证其因果作用 | 未观察到Rspo3调控对NASH病理特征（脂肪变性、炎症、纤维化）的影响，可能无法直接解释疾病进展 | 探究NASH疾病状态下肝脏基因分区及其调控因子的变化机制 | 非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型（对照与NASH模型小鼠） | 计算机视觉, 自然语言处理, 空间转录组学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 空间转录组学, 批量RNA测序, 原位杂交, AAV介导的基因调控 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA（未在摘要中明确样本数量） | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 315 | 2026-05-29 |
Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer
2024-04, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02598-7
PMID:38332180
|
research paper | 研究化疗免疫联合疗法在膀胱癌中诱导三级淋巴结构形成的协同作用 | 首次系统揭示免疫治疗和化疗对三级淋巴结构（TLS）形成的各自影响，并证明联合疗法在促进TLS成熟和提高治疗反应率方面具有协同优势 | NA | 探究免疫治疗联合其他治疗方式能否增强免疫反应，从而改善膀胱癌患者的总体缓解率 | 膀胱癌患者的肿瘤组织样本及转录组数据 | machine learning | bladder cancer | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 包括IMvigor 210研究队列和RJBLC-I2N003队列中的膀胱癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 316 | 2026-05-29 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveals that PTPRG activates the m6A methyltransferase VIRMA to block mitophagy-mediated neuronal death in Alzheimer's disease
2024-03, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107098
PMID:38325728
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示PTPRG通过激活m6A甲基转移酶VIRMA阻断线粒体自噬介导的阿尔茨海默病神经元死亡 | 首次发现PTPRG通过结合并上调m6A甲基转移酶VIRMA抑制PRKN mRNA翻译，从而阻断线粒体自噬导致神经元死亡的信号通路，并阐明小胶质细胞亚群Mic_PTPRG与特定神经元亚群的通讯机制 | 未提及但可能包括：动物模型与人类AD的差异、实验验证范围有限、样本来源的地理和人口多样性不足 | 阐明阿尔茨海默病中神经元死亡的起始机制，探索潜在治疗靶点 | 阿尔茨海默病相关脑区和外周血 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据 | 85个AD样本和83个对照样本，6只App AD小鼠和6只对照C57Bl/6J小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 317 | 2026-05-29 |
Allosteric inhibitor of SHP2 enhances macrophage endocytosis and bacteria elimination by increasing caveolae activation and protects against bacterial sepsis
2024-03, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107096
PMID:38320736
|
研究论文 | SHP2变构抑制剂通过增强小窝蛋白活化促进巨噬细胞胞吞和细菌清除，保护小鼠免受细菌性脓毒症侵害 | 首次揭示SHP2变构抑制剂通过维持Cav-1磷酸化增强巨噬细胞胞吞功能以清除细菌，并提出其与抗生素联用可完全保护小鼠免于死亡 | 未明确说明本研究的局限性 | 研究巨噬细胞在脓毒症中胞吞功能受损的分子机制，并评估SHP2变构抑制剂作为治疗脓毒症的潜力 | 脓毒症小鼠和巨噬细胞 | 机器学习 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型（大肠杆菌感染或盲肠结扎穿刺诱导脓毒症） | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'试剂盒用于单细胞RNA测序；Illumina NovaSeq用于批量RNA测序 |
| 318 | 2026-05-29 |
MMP14high macrophages orchestrate progressive pulmonary fibrosis in SR-Ag-induced hypersensitivity pneumonitis
2024-02, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107070
PMID:38218353
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析，发现MMP14高表达的巨噬细胞在SR-Ag诱导的过敏性肺炎中驱动进行性肺纤维化 | 首次鉴定出MMP14高表达的巨噬细胞亚群在纤维化过敏性肺炎中的作用，并揭示其通过外泌体MMP14调控成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未完全阐明人类纤维化过敏性肺炎中MMP14巨噬细胞的具体作用机制及临床转化潜力 | 探究MMP14高表达巨噬细胞在SR-Ag诱导的纤维化过敏性肺炎中的作用及机制 | 纤维化过敏性肺炎小鼠模型中的肺巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | 决策树模型 | 基因表达数据 | 未明确提及样本量 | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 未明确提及 |
| 319 | 2026-05-29 |
Effect of aging on the human myometrium at single-cell resolution
2024-01-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45143-z
PMID:38296945
|
研究论文 | 利用单细胞/单核RNA测序和空间转录组学，构建了衰老子宫肌层的细胞图谱，揭示了与衰老相关的细胞变化 | 首次在单细胞分辨率下研究人类子宫肌层衰老，鉴定了23个细胞亚群，并发现了衰老导致的细胞间通讯改变和25条信号通路丧失 | 样本量有限（20名围绝经期和绝经后女性），可能无法完全代表所有年龄段的女性，且功能性验证不足 | 研究衰老对人类子宫肌层在单细胞水平的影响 | 围绝经期和绝经后女性的子宫肌层组织 | 单细胞生物学 | 妊娠并发症、分娩并发症 | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | 20名围绝经期和绝经后女性的186,120个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，单核RNA-seq，空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium Spatial Gene Expression |
| 320 | 2026-05-29 |
scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data
2024-01-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45227-w
PMID:38291052
|
研究论文 | 提出scDisInFact框架，用于多批次多条件单细胞RNA测序数据的解耦学习，同时实现批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测 | 首次通过解耦学习同时处理批次效应和条件效应，实现三个任务的统一框架 | 未提及具体局限性，但可能依赖数据质量且真实场景中复杂条件效应可能难以完全解耦 | 开发一种能够同时处理多批次单细胞RNA测序数据中技术批次效应和生物条件效应的深度学习方法 | 多批次多条件下的单细胞RNA测序数据，包括不同人口统计组、疾病阶段和药物处理的样本 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架（解耦学习） | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |