单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-06-06	SGTB: A graph representation learning model combining transformer and BERT for optimizing gene expression analysis in spatial transcriptomics data 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108482 PMID:40306096	研究论文	提出了一种结合Transformer和BERT的图表示学习模型SGTB，用于优化空间转录组学数据中的基因表达分析	整合了图卷积网络（GCN）、Transformer和BERT语言模型，以优化空间转录组学数据的表示能力，捕捉复杂的空间依赖性和全局特征	未提及具体的数据集或实验结果的局限性	优化空间转录组学数据的表示能力，提高细胞类型分类和基因调控网络构建等任务的准确性	空间转录组学数据	机器学习	NA	空间转录组学（ST）	GCN, Transformer, BERT	基因表达矩阵	NA
302	2025-06-06	Identification and validation of biomarkers in Alzheimer's disease based on machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108475 PMID:40315768	research paper	通过机器学习和单细胞测序分析，识别并验证了阿尔茨海默病的潜在生物标志物	结合多种机器学习算法和单细胞RNA测序数据，系统性识别并验证了SCG3作为阿尔茨海默病早期诊断标志物的潜力	样本量相对较小（295例），且仅基于公开数据集分析，未涉及大规模临床验证	识别阿尔茨海默病的诊断标志物以阐明其发病机制并促进早期诊断	阿尔茨海默病患者和正常对照的基因表达数据	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA-seq, immunofluorescence assay	LASSO, SVM-RFE, Random forest	gene expression data	295个样本（153例AD患者和142例正常对照）
303	2025-06-06	scDGG: Dynamic gene graphs for enhancing clustering analysis of single-cell RNA sequencing data via spatiotemporal representations 2025-Oct, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108483 PMID:40328048	research paper	本文提出了一种名为scDGG的多视图图学习架构，用于从不同信号通路中压缩动态基因图，以增强单细胞RNA测序数据的聚类分析	提出动态基因图（dynamic gene graphs）以更全面地观察调控机制，相比静态基因图能更好地捕捉动态调控机制	未明确提及具体局限性，但暗示静态基因图在传达动态调控机制方面信息有限	提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图图学习架构（multi-view graph learning architecture）	基因表达数据	基准scRNA-seq数据集（未明确提及具体数量）
304	2025-06-06	The analysis of X chromosome activity of porcine embryonic stem Cells: Study based on parthenogenetic embryonic stem cells with LCDM medium 2025-Sep-15, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2025.117479 PMID:40367543	研究论文	本研究旨在通过LCDM培养基从猪囊胚期胚胎建立猪胚胎干细胞系，并从X染色体活性的角度分析其特性	首次在猪孤雌生殖胚胎干细胞中观察到X染色体侵蚀样状态，并发现X染色体活性与干细胞多能性状态密切相关	猪原始态胚胎干细胞系尚未成功建立，且缺乏标准化的表征和评估标准	建立稳定的猪原始态胚胎干细胞系并研究X染色体活性与多能性的关系	猪孤雌生殖胚胎干细胞(ppLCDM)	干细胞生物学	NA	XIST RNA-FISH, 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	NA
305	2025-06-06	Activated Schwann cells promote tumor growth in colon cancer 2025-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791 PMID:40349909	research paper	该研究揭示了激活的雪旺细胞在结肠癌中的关键作用及其通过c-Jun依赖的机制促进肿瘤生长的过程	首次详细描述了雪旺细胞在结肠癌微环境中的激活机制及其通过c-Jun依赖的方式促进肿瘤生长的作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	探究雪旺细胞在结肠癌进展中的作用及其潜在的治疗靶点	结肠癌组织中的雪旺细胞及其与肿瘤细胞、成纤维细胞的相互作用	肿瘤生物学	结肠癌	单细胞RNA测序、共培养实验、基因敲除	NA	基因表达数据、临床样本数据	结肠癌组织样本与正常组织样本的比较
306	2025-06-06	Decipher the single-cell level responses to chemotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by a cross-time context graph model 2025-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217751 PMID:40294840	研究论文	通过跨时间上下文图模型解析胰腺导管腺癌中单细胞水平对化疗的反应	提出了一种可扩展的双层图模型scConGraph，用于整合跨时间上下文信息，揭示了干细胞特性和内质网应激对内在耐药性的贡献，以及癌细胞通过激活细胞周期、进入静止状态或诱导上皮-间质转化来获得耐药性的机制	研究基于PDX模型，可能无法完全反映人体内的复杂情况	研究胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗的耐药机制	胰腺导管腺癌(PDAC)患者来源的异种移植(PDX)模型	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scConGraph(双层图模型)	单细胞RNA测序数据	NA
307	2025-06-06	Emergence of regulatory and matrix-producing stromal cells during adipogenic induction in human ceiling culture-derived preadipocytes 2025-Jul-22, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152012 PMID:40409116	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和表观遗传学分析，探讨了人类天花板培养来源的前脂肪细胞在脂肪生成诱导早期的转录组变化	首次在单细胞水平上揭示了人类原代培养的天花板培养来源前脂肪细胞的脂肪生成反应，并发现了ATOH8转录因子在脂肪生成中的新角色	研究仅关注早期转录组变化，未涉及长期分化结果	探究天花板培养来源前脂肪细胞在脂肪生成诱导下的细胞异质性	人类天花板培养来源的前脂肪细胞和脂肪来源干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 表观遗传学分析	NA	RNA测序数据, 表观遗传数据	未明确说明样本数量的人类前脂肪细胞和脂肪来源干细胞
308	2025-06-06	CD105 blockade restores osimertinib sensitivity in drug-resistant EGFR-mutant non-small cell lung cancer 2025-Jul, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101237 PMID:40090182	研究论文	本研究探讨了CD105在非小细胞肺癌中对EGFR靶向治疗耐药性的作用，并发现阻断CD105可以恢复对奥希替尼的敏感性	首次揭示了CD105在EGFR突变型非小细胞肺癌耐药性中的关键作用，并验证了CD105中和抗体carotuximab能够恢复耐药肿瘤对奥希替尼的敏感性	研究样本量相对较小（66例肿瘤样本），且主要基于细胞系和小鼠模型，需要进一步临床验证	探究CD105在EGFR突变型非小细胞肺癌耐药性中的作用机制并寻找克服耐药性的策略	非小细胞肺癌（NSCLC）患者肿瘤样本和EGFR突变型细胞系	肿瘤学	非小细胞肺癌	成像质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、ATAC测序、SCENITH分析	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、代谢组数据	66例NSCLC肿瘤样本（其中44例有EGFR突变）和2种奥希替尼耐药EGFR突变细胞系
309	2025-06-06	Decoding Long-Distance Communication Under Mineral Stress: Advances in Vascular Signalling and Molecular Tools for Plant Resilience 2025-Jul, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15475 PMID:40091594	综述	本文探讨了植物在矿物质缺乏条件下通过长距离信号传导机制维持矿物质稳态和优化生长的复杂机制	强调了维管组织在感知和传递矿物质缺乏信号中的关键作用，并介绍了利用TRAP-Seq、异种嫁接和单细胞RNA测序等分子工具揭示的长距离信号传导新方面	NA	探索植物在矿物质缺乏条件下的长距离信号传导机制及其在作物抗逆性和矿物质利用效率中的应用	植物	植物生物学	NA	TRAP-Seq、异种嫁接、单细胞RNA测序	NA	分子生物学数据	NA
310	2025-06-06	Single-cell RNA sequencing indicates AP-1 as a potential therapeutic target for autoimmune uveitis 2025-Jul, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.116945 PMID:40228638	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了AP-1在自身免疫性葡萄膜炎（EAU）发病机制中的关键作用，并探索了AP-1抑制作为潜在治疗策略的效果	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定AP-1为EAU发病机制中的关键分子，并发现AP-1通过GM-CSF/IL-23反馈环路支持Th17细胞的致病性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索自身免疫性葡萄膜炎（EAU）的发病机制并寻找潜在治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠的脾脏和颈部引流淋巴结（CDLNs）	生物医学研究	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）小鼠模型	RNA测序数据	正常和EAU小鼠的脾脏和颈部引流淋巴结（CDLNs）样本
311	2025-06-06	Intrinsic immunosuppressive features of monocytes suppress CAR-T19 through IL-1 pathway modulation in mantle cell lymphoma 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200985 PMID:40458688	research paper	该研究揭示了单核细胞通过IL-1通路调节抑制CAR-T19在套细胞淋巴瘤中的内在免疫抑制特征	发现IL-1受体拮抗剂（IL-1ra）作为M2样巨噬细胞来源的CAR-T19抑制介质，并证实其可作为增强CAR-T19疗效的潜在靶点	研究主要基于临床前模型和ZUMA-2试验的临床样本，需要进一步在更大规模的临床试验中验证	探究CAR-T19在套细胞淋巴瘤中失效的机制，并寻找增强其疗效的方法	套细胞淋巴瘤患者和临床前模型中的CAR-T19细胞、巨噬细胞和肿瘤细胞	免疫治疗	套细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	临床前模型	基因表达数据、临床样本数据	ZUMA-2试验的临床样本及临床前模型数据
312	2025-06-06	Novel insights in the regulation of intercalated cell differentiation 2025-Jun-05, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000001095 PMID:40466010	review	本文综述了肾脏间质细胞在调节体内酸碱平衡中的关键作用，并探讨了Foxp1及其下游转录因子Dmrt2和Hmx2在间质细胞分化中的重要性	发现了Foxp1及其下游转录因子Dmrt2和Hmx2在间质细胞分化中的新作用，并结合单细胞测序技术揭示了过渡细胞的存在	综述性文章，未涉及具体实验验证	探讨间质细胞分化的分子调控机制及其在酸碱平衡中的作用	肾脏间质细胞及其分化过程	分子生物学	代谢性酸中毒或碱中毒	单细胞测序	NA	NA	NA
313	2025-06-06	scGANSL: Graph Attention Network with Subspace Learning for scRNA-seq Data Clustering 2025-Jun-05, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c00731 PMID:40468846	研究论文	本文提出了一种名为scGANSL的新型聚类方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析	结合了多视图共享图自编码器和自监督图注意力自编码器，引入了局部学习和自表达策略以保持数据的局部和全局结构	未明确提及具体局限性	提高scRNA-seq数据聚类的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT（图注意力网络）与自编码器结合	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（未明确具体数量）
314	2025-06-06	Real-Time Evolutionary Landscape of the Bronchial Epithelium and Corresponding Dynamic Immune Cell Alterations in Lung Squamous Cell Carcinogenesis 2025-Jun-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413256 PMID:40470646	研究论文	该研究通过建立大鼠模型，利用单细胞转录组测序技术揭示了肺鳞状细胞癌发生过程中支气管上皮细胞的实时进化轨迹及相应的免疫细胞动态变化	首次描绘了从正常上皮到浸润性鳞癌的全阶段单细胞转录组进化图谱，揭示了癌前病变阶段就已出现高频CNV事件和免疫感知现象	研究基于大鼠模型，与人类LUSC的病理过程可能存在差异	阐明肺鳞癌发生过程中肿瘤细胞与微环境的共进化机制	烟草致癌物诱导的大鼠支气管上皮细胞癌变过程	肿瘤进化	肺鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	大鼠致癌模型	单细胞RNA测序数据	涵盖正常、增生、化生、异型增生、原位癌到浸润癌的多阶段样本
315	2025-06-06	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Profiling of Penile Squamous Cell Carcinoma Reveals Dynamics of Tumor Differentiation and Immune Microenvironment 2025-Jun-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500216 PMID:40470730	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示阴茎鳞状细胞癌的肿瘤分化和免疫微环境动态	首次使用单核RNA测序和高分辨率空间转录组技术全面研究PSCC的发展轨迹和肿瘤微环境，发现了一种新的空间亚型Tum_1及其在肿瘤侵袭中的作用	研究样本可能有限，且主要关注PSCC，对其他类型鳞状细胞癌的普适性有待验证	探究阴茎鳞状细胞癌的肿瘤分化动态和免疫微环境特征	阴茎鳞状细胞癌(PSCC)组织	数字病理学	阴茎癌	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量，但包括PSCC患者组织样本
316	2025-06-06	Sustained macrophage reprogramming is required for CD8+ T cell-dependent long-term tumor eradication 2025-Jun-05, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0797 PMID:40471151	研究论文	研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤消退中的作用及其分子机制，发现通过TLR3和CD40激动剂组合（MCT）可原位重编程TAMs，促进CD8+ T细胞激活和长期肿瘤消退	揭示了TAMs在肿瘤消退中的瞬时重编程特性，并提出通过重复MCT给药可维持其抗肿瘤表型	研究基于小鼠乳腺癌模型，尚未在人类临床中验证	探究TAMs在抗肿瘤免疫中的功能状态及分子机制	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	原位小鼠乳腺癌模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及不同肿瘤阶段和MCT处理后的TAMs
317	2025-06-06	BMP5 signalling in beta cells and the impact on insulin secretion in the context of type 2 diabetes 2025-Jun-05, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06457-9 PMID:40471239	研究论文	研究BMP5信号在β细胞中的作用及其对2型糖尿病胰岛素分泌的影响	首次揭示BMP5在β细胞中的功能及其在2型糖尿病中的调控作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要进一步体内实验验证	探索BMP5信号通路在β细胞功能和2型糖尿病中的作用	人类胰岛β细胞和EndoC-βH1细胞	分子生物学	2型糖尿病	scRNA-seq, 基因表达分析, 线粒体呼吸测定, 葡萄糖刺激胰岛素分泌测试	NA	基因表达数据, 生理功能数据	来自有无2型糖尿病捐赠者的人类胰岛细胞
318	2025-06-06	NF-κB p65 mediated lnc-Traf3ip2 exacerbates renal fibrosis in diabetic kidney disease 2025-Jun-05, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-025-02515-1 PMID:40471299	研究论文	本研究探讨了NF-κB p65介导的长链非编码RNA lnc-Traf3ip2在糖尿病肾病(DKD)肾纤维化中的作用	首次揭示了lnc-Traf3ip2作为NF-κB p65调控的促纤维化因子在DKD中的作用机制	样本量相对较小(小鼠n=35，患者n=40)，且未进行临床干预试验	探究lnc-Traf3ip2在糖尿病肾病肾纤维化中的分子机制	糖尿病肾病患者的血浆样本(n=40)和db/db糖尿病肾病小鼠模型(n=35)	分子生物学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RNA-seq, qRT-PCR, western blot, 免疫荧光, 双荧光素酶报告基因检测, ChIP	db/db小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	患者血浆样本40例，糖尿病肾病小鼠35只，对照小鼠3只
319	2025-06-06	Mechanisms and therapeutic potential of epithelial-immune crosstalk in airway inflammation 2025-Jun-04, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2025.2514604 PMID:40452271	review	本文讨论了上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	总结了单细胞测序技术的新发现以及单克隆抗体靶向治疗的最新进展	气道炎症的复杂病理生理机制尚未完全阐明	探讨上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	慢性鼻窦炎(CRS)、过敏性鼻炎(AR)、哮喘、囊性纤维化(CF)和慢性阻塞性肺病(COPD)等慢性气道炎症疾病	NA	气道炎症疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
320	2025-06-06	DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue 2025-Jun-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133 PMID:40465796	研究论文	本文介绍了一种名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型，用于基于批量RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间	DeepDeconUQ通过整合不确定性量化，改进了现有恶性细胞比例估计方法，并利用单细胞RNA测序数据和符合性分位数回归生成可靠的预测区间	NA	提高癌症诊断、预后和治疗决策中恶性细胞比例估计的准确性	恶性细胞比例	生物信息学	癌症	scRNA-seq, RNA-seq	深度神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据集