单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-05-08	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793 PMID:39929468	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，利用机器学习识别氧化应激相关基因LUM和PCOLCE2作为心力衰竭的潜在生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，应用多种机器学习算法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因LUM和PCOLCE2，并验证其在诊断中的潜在价值	需要进一步研究验证其临床实用性	探索氧化应激相关基因在心力衰竭中的作用及其作为生物标志物的潜力	心力衰竭患者和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法（AUCell, UCell, singscore, ssgsea, AddModuleScore等）	多种机器学习模型（XGBoost, 随机森林, 支持向量机等）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括心力衰竭患者和小鼠模型
302	2025-05-08	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	通过比较单细胞转录组分析，研究基因组组织对新生转录起源的影响	提出了一种新的统计程序，识别了一组198个基因，这些基因能高度预测细胞类型身份，同时对跨越2500-3000万年进化的物种特异性差异保持稳健	研究仅限于三个密切相关的物种，可能不适用于更广泛的物种范围	研究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的影响	精子发生过程中的细胞类型和新生基因	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), RNA荧光原位杂交(FISH)	NA	转录组数据, 图像数据	三个密切相关的物种的精子发生过程中的细胞
303	2025-05-08	20 years of stemness: From stem cells to hypertranscription and back 2025-Mar-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102406 PMID:39919752	综述	本文回顾了过去20年从干细胞到超转录状态的研究历程，探讨了干细胞转录组学的技术进步及其在生理和疾病背景下的意义	揭示了干细胞/祖细胞普遍处于超转录状态，并发现20年前的干细胞特征基因标记实际上是超转录的稳健标志	主要基于历史研究回顾，缺乏新的实验数据验证	探讨干细胞转录组学的发展历程及其在生理和疾病研究中的意义	胚胎干细胞和成体干细胞	干细胞生物学	NA	微阵列技术、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
304	2025-05-08	Distinct cellular mechanisms underlie chemotherapies and PD-L1 blockade combinations in triple-negative breast cancer 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.007 PMID:39919737	研究论文	探讨三阴性乳腺癌中化疗与PD-L1阻断联合治疗的细胞机制	通过整合单细胞RNA测序数据，揭示了不同化疗药物与PD-L1抗体联合治疗对肿瘤免疫微环境的影响，特别是Nab-PTX与ATZ联合治疗对T细胞和骨髓细胞的重塑作用	机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证	研究三阴性乳腺癌中化疗与免疫检查点阻断联合治疗的机制	三阴性乳腺癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	人类TNBC样本和小鼠模型
305	2025-05-08	Microglial reprogramming enhances antitumor immunity and immunotherapy response in melanoma brain metastases 2025-Mar-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.008 PMID:39919736	研究论文	本研究通过临床前模型和单细胞转录组学，揭示了小胶质细胞中Rela/NF-κB通路的激活促进黑色素瘤脑转移的机制，并提出了增强抗肿瘤免疫和免疫检查点抑制剂反应的新策略	发现了小胶质细胞中Rela/NF-κB通路的激活促进黑色素瘤脑转移的新机制，并证明靶向该通路可增强抗肿瘤免疫和免疫治疗反应	研究主要基于临床前模型，临床应用的可行性和效果需要进一步验证	探索黑色素瘤脑转移的生物学机制及脑免疫微环境在治疗反应中的作用	黑色素瘤脑转移的临床前模型和患者样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组学	临床前模型	转录组数据	NA
306	2025-05-08	Proliferation of renal macrophage via MR/CSF1 pathway induced with aldosterone and inhibited by esaxerenone 2025-Mar-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114208 PMID:39923576	研究论文	研究醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖及其调控机制	揭示了醛固酮通过MR/CSF1通路诱导肾脏巨噬细胞增殖的机制，并发现抑制该通路可减少巨噬细胞增殖和肾脏损伤	巨噬细胞的高可塑性和异质性使得增殖细胞的来源和亚型仍不完全清楚	探究醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖的起源、亚型及调控机制	肾脏巨噬细胞	病理学	肾脏疾病	免疫荧光、流式细胞术、单细胞测序	NA	细胞数据	NA
307	2025-05-08	A comprehensive pan-cancer examination of transcription factor MAFF: Oncogenic potential, prognostic relevance, and immune landscape dynamics 2025-Mar-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114105 PMID:39923580	研究论文	通过多组学分析全面研究了转录因子MAFF在泛癌中的表达、预后相关性及其在肿瘤免疫和微环境中的作用	首次在泛癌范围内系统分析了MAFF的表达特征、预后价值及其与肿瘤免疫微环境的关联，并探索了靶向MAFF的抗癌药物	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索转录因子MAFF在多种癌症中的表达模式、预后价值和免疫调节作用	多种癌症类型中的MAFF表达及其与肿瘤免疫微环境的关联	生物信息学	泛癌研究(包括乳腺癌和子宫内膜癌等)	转录组分析、单细胞测序、空间转录组、分子对接	Cox回归分析、Spearman相关性分析、GSEA/GSVA富集分析	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	来自GDC和UCSC XENA等多个数据库的泛癌样本数据
308	2025-05-08	Multi-omics profiles reveal immune microenvironment alterations associated with PD-L1 checkpoint in acute pancreatitis in the early phase 2025-03-05, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151451 PMID:39922059	研究论文	通过多组学分析揭示急性胰腺炎早期阶段PD-L1检查点相关的免疫微环境变化	整合单细胞RNA测序、数字空间分析和CyTOF技术，首次在急性胰腺炎早期阶段揭示了PD-1/PD-L1通路在免疫调节中的关键作用	研究主要聚焦于疾病早期阶段，未涉及疾病进展或慢性阶段的免疫变化	探究急性胰腺炎早期阶段免疫调节的分子机制	小鼠模型和人类急性胰腺炎患者的胰腺及血液样本	多组学分析	急性胰腺炎	单细胞RNA测序、数字空间分析、CyTOF、bulk-RNA测序	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、空间转录组数据	CER-AP小鼠模型和AP患者血液样本
309	2025-05-08	Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth 2025-Mar, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02943-4 PMID:39920368	研究论文	通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞去分化的异质性和动态变化	首次发现Prom1+癌细胞在发育轨迹中的三种表型，并鉴定出E2F1作为Prom1谱系去分化的主要转录因子	样本量较小，且仅针对Müllerian腺肉瘤进行研究	探究Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞的异质性和去分化机制	Müllerian腺肉瘤（MASO）及其配对正常组织	数字病理学	子宫肉瘤	单细胞RNA测序，生物信息学分析，免疫组化	NA	RNA测序数据，免疫组化数据	MASO及配对正常组织样本
310	2025-05-08	Longitudinal MRI-Driven Multi-Modality Approach for Predicting Pathological Complete Response and B Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413702 PMID:39921294	research paper	该研究开发了一种基于纵向MRI的多模态模型，用于预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解及B细胞浸润情况	整合了纵向MRI空间栖息地放射组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，能够捕捉新辅助治疗期间肿瘤内部的动态异质性	模型需要在不同患者群体和临床环境中进行前瞻性验证	准确预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解(pCR)并探索其生物学基础	2279名乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	MRI, 放射组学, 转录组学, 单细胞RNA测序	multi-modality model	MRI图像, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据	2279名患者(来自12个中心)
311	2025-05-08	Identifying novel therapeutic targets in cystic fibrosis through advanced single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109748 PMID:39921941	研究论文	通过先进的单细胞转录组学分析，识别囊性纤维化中的新型治疗靶点	发现了以前未与囊性纤维化气道疾病相关的新基因和调控网络，为开发更有效的干预措施提供了新的潜在治疗靶点	NA	深入了解囊性纤维化相关基因表达，以改善囊性纤维化患者的预后和生活质量	囊性纤维化患者和健康对照者的单细胞转录组数据	数字病理学	囊性纤维化	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
312	2025-05-08	Endoplasmic reticulum stress and unfolded protein response play roles in recurrent pregnancy loss: A bioinformatics study 2025-Mar, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104446 PMID:39923360	research paper	本研究通过生物信息学方法探讨内质网应激(ERS)和未折叠蛋白反应(UPR)在复发性流产(RPL)中的作用	首次发现ERS和UPR过程与RPL发生相关，并确定了6个关键基因在RPL诊断中的潜在价值	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索ERS和UPR过程作为RPL预防、诊断和治疗靶点的可能性	复发性流产患者样本数据	生物信息学	复发性流产	差异表达基因分析、机器学习、scRNA-seq	机器学习模型	基因表达数据	两个RPL数据集(GSE165004和GSE26787)
313	2025-05-08	Single-cell transcriptomics reveals the alteration of immune cell profile in peripheral blood of Henoch-Schonlein purpura 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110443 PMID:39924084	research paper	该研究通过单细胞转录组学和多参数流式细胞术，揭示了过敏性紫癜（HSP）患者外周血中免疫细胞谱的变化	首次全面评估了HSP患者外周血单个核细胞的免疫细胞类型和状态，揭示了不同HSP亚型中免疫细胞的动态变化	研究样本量未明确说明，且仅关注外周血免疫细胞，未涉及组织特异性免疫反应	探究过敏性紫癜（HSP）患者外周血中免疫细胞谱的变化及其与疾病亚型的关系	健康供体和HSP患者的外周血单个核细胞	免疫学	过敏性紫癜	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多参数流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，流式细胞术数据	健康供体和HSP患者（具体数量未说明）
314	2025-05-08	A Unique Signature for Cancer-Associated Fibroblasts in Melanoma Metastases 2025-Mar, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.70002 PMID:39924882	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了黑色素瘤原发肿瘤和肺转移中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的独特转录特征及其与中性粒细胞的相互作用	首次在黑色素瘤转移中识别出CAFs的独特亚群，并揭示了其通过SAA3和IL1b相关信号通路与中性粒细胞的肿瘤依赖性串扰	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩大样本量	探究黑色素瘤转移中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	小鼠黑色素瘤原发肿瘤及肺转移组织中的CAFs和正常成纤维细胞，以及人类黑色素瘤转移样本	肿瘤微环境研究	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据、RNA和蛋白质水平空间表征数据	约8400个CAFs和正常成纤维细胞
315	2025-05-08	Role of TGF-β/SMAD/YAP/TAZ signaling in skeletal muscle fibrosis 2025-Mar-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00541.2024 PMID:39925133	research paper	研究TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的作用	揭示了TGF-β通过YAP/TAZ调控FAPs向肌成纤维细胞分化的新机制，并提出了YAP/TAZ作为肌肉纤维化治疗靶点的潜力	对FAPs分化为肌成纤维细胞的核调控因子理解尚处于初级阶段	阐明TGF-β/SMAD/YAP/TAZ信号通路在骨骼肌纤维化中的调控机制	骨骼肌中的纤维/脂肪生成祖细胞(FAPs)及其向肌成纤维细胞的分化过程	分子生物学	肌肉萎缩症	空间转录组学分析	小鼠纤维化模型	基因表达数据	小鼠模型和原代培养的FAPs
316	2025-05-08	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveals immune-mediated regulatory mechanisms and drug targets for COVID-19 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105596 PMID:39933264	研究论文	通过单细胞转录组孟德尔随机化和共定位分析，揭示了COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点	首次在14种外周血免疫细胞中利用26,597个单细胞表达数量性状位点（sc-eQTL）进行孟德尔随机化和共定位分析，发现了58个先前未报道的基因与COVID-19的关联	研究依赖于GWAS数据的可用性和质量，且部分发现的基因功能尚未通过实验验证	探索COVID-19的免疫介导调控机制并识别潜在药物靶点	14种外周血免疫细胞中的16,597个基因	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、共定位分析、深度学习模型	深度学习模型	单细胞转录组数据、GWAS数据	26,597个sc-eQTL
317	2025-05-08	The trabecular and compact myocardium of adult vertebrate ventricles are transcriptionally similar despite morphological differences 2025-Mar, Annals of the New York Academy of Sciences IF:4.1Q1 DOI:10.1111/nyas.15296 PMID:39934982	research paper	该研究通过转录组学分析比较了成年脊椎动物心室中梁状心肌和致密心肌的转录相似性，尽管它们在形态上存在差异	研究发现成年心脏中梁状心肌和致密心肌在转录水平上并无本质差异，尽管它们在形态上有明显不同	研究仅基于转录组学数据，未涉及蛋白质组或功能层面的验证	探究脊椎动物心脏中梁状心肌和致密心肌的内在差异及其进化意义	小鼠、人类、斑马雀、斑马鱼和金枪鱼的心脏组织	生物医学	心血管疾病	转录组学分析、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	多种脊椎动物（小鼠、人类、斑马雀、斑马鱼和金枪鱼）的心脏组织样本
318	2025-05-08	Integrated analyses uncover new features of atypical memory B cells and novel targets for intervention 2025-Mar, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152877 PMID:39938454	研究论文	本研究通过整合分析揭示了非典型记忆B细胞（AMB）的新特征及其在系统性风湿性疾病中的致病作用	首次通过单细胞RNA测序和CyTOF技术全面描述了AMB的转录组特征和免疫表型，并确认了其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征中的参与	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	揭示AMB的免疫特征及其在系统性风湿性疾病中的致病机制	非典型记忆B细胞（AMB）及其在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者中的变化	免疫学	系统性红斑狼疮, 类风湿性关节炎, 干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, CyTOF技术	NA	转录组数据, 免疫表型数据	未明确说明样本数量，但涉及系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和干燥综合征患者的血液和组织样本
319	2025-05-08	MAIT cells protect against sterile lung injury 2025-Feb-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275 PMID:39918959	研究论文	研究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的保护作用及其机制	首次揭示了MAIT细胞通过促进cDC1驱动的抗纤维化途径在无菌性肺损伤中的保护作用	研究主要基于小鼠模型和人类scRNA-seq数据，未涉及其他动物模型或更广泛的人类样本	探索MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能及其保护机制	MAIT细胞及其在无菌性肺损伤中的作用	免疫学	肺纤维化	scRNA-seq, 光谱分析, 过继转移	小鼠模型	RNA序列数据	小鼠模型和人类特发性肺纤维化患者的scRNA-seq数据
320	2025-05-08	Osteocyte connexin hemichannels and prostaglandin E2 release dictate bone marrow mesenchymal stromal cell commitment 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412144122 PMID:39937859	研究论文	本研究揭示了骨细胞连接蛋白43（Cx43）半通道通过释放前列腺素E2（PGE2）调控骨髓间充质干细胞和祖细胞（BM-MSPCs）命运决定的关键作用	首次发现骨细胞Cx43半通道通过PGE2释放调控BM-MSPCs的谱系定向，揭示了基质结合骨细胞与BM-MSPCs之间的精确调控通讯机制	研究主要基于转基因小鼠模型，人类骨细胞中Cx43半通道的作用尚需进一步验证	探究骨细胞如何与BM-MSPCs通讯以协调骨形成	骨髓间充质干细胞和祖细胞（BM-MSPCs）	骨生物学	骨代谢疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型（R76W和Δ130-136突变体）	基因表达数据、细胞表型数据	两种转基因小鼠模型的BM-MSPCs