单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-07-03	Differential cellular communication inference framework for large-scale single-cell RNA-sequencing data 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf084 PMID:40585304	研究论文	提出一个可推广的计算框架scSeqCommDiff，用于从大规模单细胞转录组数据中推断和分析两种实验条件下的差异细胞通讯	开发了一个统计和基于网络的计算方法，用于快速且内存高效地表征改变的细胞间通讯，并提供了一个用户友好的Shiny应用CClens以促进交互式分析	现有方法在分析不同实验设计的灵活性和结果可视化方面普遍存在不足	研究细胞间通讯在不同实验条件下的变化	大规模单细胞转录组数据	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞转录组测序	统计和网络模型	单细胞RNA测序数据	大规模数据集（包括细胞图谱）和单核转录组数据集
302	2025-07-03	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-May-23, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型的骨转移生态系统，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	发现了三种不同的骨转移生态系统原型，每种原型由特定的免疫细胞富集所特征化，并验证了这些原型在不同癌症类型中的存在	样本量相对较小，仅包括42个骨转移样本和158个批量RNA测序/微阵列数据样本	研究骨转移生态系统的多样性和分子特征	42个来自八种癌症类型的骨转移样本	单细胞测序	骨转移	单细胞RNA测序，免疫染色，生物信息学分析	NA	RNA测序数据，微阵列数据	42个骨转移样本（单细胞RNA测序），158个骨转移样本（批量RNA测序/微阵列数据）
303	2025-07-03	iGTP: learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf296 PMID:40551620	研究论文	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架能够建模转录程序空间的重要性以及不同生物状态间的蛋白质-蛋白质相互作用，提供了生物意义明确的潜在空间表示	未明确提及具体限制	开发可解释的深度学习模型以揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	变分自编码器(VAE), 图神经网络(GNN), 潜在扩散模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
304	2025-07-03	Prior chemotherapy deteriorates T-cell quality for CAR T-cell therapy in B-cell non-Hodgkin's lymphoma 2025-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010709 PMID:40210237	research paper	该研究探讨了化疗对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者T细胞功能的影响，以及这些影响如何影响CAR T细胞疗法的效果	首次系统评估了化疗对T细胞功能的影响，并提出了在化疗前采集T细胞以提高CAR T细胞疗法效果的新策略	研究样本量有限，仅针对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者	评估化疗对T细胞功能的影响及其对CAR T细胞疗法效果的影响	B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的T细胞	免疫治疗	B细胞非霍奇金淋巴瘤	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组DNA甲基化阵列、体外功能测试	NA	细胞样本、基因表达数据、甲基化数据	两个B细胞非霍奇金淋巴瘤患者队列(治疗前和治疗后)
305	2025-07-03	Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia 2025-Mar-29, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035 PMID:40164294	研究论文	本研究探讨了在妊娠期和产后立即使用SGLT2抑制剂达格列净对叠加子痫前期小鼠模型心血管结局的短期和长期影响	首次在叠加子痫前期模型中测试了SGLT2抑制剂在围产期的心血管保护作用，并揭示了其抗纤维化和代谢调节的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，结果需要进一步在人类临床试验中验证	评估达格列净在妊娠期和产后对叠加子痫前期心血管结局的改善作用	BPH/2J小鼠模型（叠加子痫前期）	心血管疾病研究	心血管疾病	连续超声心动图、空间转录组学、Masson三色染色	BPH/2J小鼠模型	生理参数、分子标记、组织病理学数据	BPH/2J妊娠小鼠（具体数量未明确说明）
306	2025-07-03	Ash1l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development 2025-Jan-07, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae218 PMID:38943682	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶ASH1L功能丧失对小鼠出生缺陷和大脑皮层发育的影响	首次揭示了ASH1L在出生后存活和正常颅面发育中的关键作用，并阐明了其对大脑皮层神经元命运决定的影响	研究仅基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证	探究ASH1L功能丧失对发育的影响及其与神经发育障碍的关联	小鼠模型（特别是大脑皮层发育）	神经发育生物学	自闭症	免疫组织化学、EdU标记、单细胞RNA测序	Ash1l基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	胚胎期e18.5样本77个，出生后样本41个，鼻骨分析样本31个，皮层分析每组6个基因型
307	2025-07-03	Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges 2025-Jan-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351956.124 PMID:39496456	综述	本文探讨了通过空间转录组学解析正常和癌症干细胞微环境的机会与挑战	利用NGS、单细胞转录组学和空间转录组学等先进技术，揭示肿瘤异质性和治疗抵抗性的分子机制	技术限制和计算工具在处理特定瓶颈时的不足	研究正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的特性	正常干细胞（NSCs）和癌症干细胞（CSCs）及其微环境	数字病理学	癌症	NGS, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	分子数据	NA
308	2025-07-03	Reduced T-Cell stemness underlies Th17 expansion and graft dysfunction in kidney transplant recipients 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1588941 PMID:40584830	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了肾脏移植受者中T细胞干性降低与Th17细胞扩增及移植物功能障碍的关系	首次将CD4+ T细胞干性降低、Th17细胞极化优势及S100-TLR4轴信号传导与移植物功能障碍联系起来，并提出了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量较小（单细胞测序n=20，批量验证n=192），且未进行功能实验验证机制	阐明区分移植物功能稳定与受损受者的免疫机制	肾脏移植受者的外周血单个核细胞	免疫学	终末期肾病	单细胞RNA测序，批量RNA测序，WGCNA	Monocle（拟时序分析），iTalk（配体-受体互作推断）	RNA测序数据	单细胞测序20例（10正常/10异常），批量验证192例
309	2025-07-03	Single-cell transcriptomics of vascularized human brain organoids decipher lineage-specific stress adaptation in fetal hypoxia-reoxygenation injury 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.117001 PMID:40585969	研究论文	本研究建立了一种先进的血管化人类皮质类器官模型，用于解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	通过整合皮质和血管类器官开发了血管化人类皮质类器官模型，揭示了人类特异性神经血管病理生理学和应激适应网络	现有模型在理解人类特异性细胞机制方面存在局限性	解码缺氧-再氧合过程中的细胞类型特异性损伤机制和治疗靶点	血管化人类皮质类器官模型	数字病理学	新生儿疾病	单细胞转录组学	血管化人类皮质类器官模型	转录组数据	NA
310	2025-07-03	Endothelium-specific sensing of mechanical signals drives epidermal aging through coordinating retinoid metabolism 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.112299 PMID:40585982	research paper	研究揭示了机械响应性内皮细胞通过整合素介导的机械转导调控视黄醇代谢，从而驱动皮肤衰老的机制	首次揭示了内皮细胞通过机械信号感知调控皮肤衰老的三方轴（成纤维细胞-内皮-表皮）机制，并验证了视黄醇代谢物的 rejuvenating 效果	研究主要基于体外皮肤类器官模型和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究机械敏感的内皮细胞在皮肤衰老过程中的作用机制	人类皮肤样本（年轻、中年、老年）、小鼠衰老模型、皮肤类器官系统	生物医学	皮肤衰老	scRNA-seq、空间转录组学、PCCFM、CellChat分析、RNA-seq、免疫荧光染色、HE染色、RT-qPCR	皮肤类器官模型、小鼠衰老模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据、机械特性数据	不同年龄段的人类皮肤样本（具体数量未明确说明）、小鼠模型和皮肤类器官系统
311	2025-07-03	Epithelial cells with high TOP2A expression promote cervical cancer progression by regulating the transcription factor FOXM1 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1604960 PMID:40589640	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究宫颈癌中高表达TOP2A的上皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的作用	发现了一个高表达TOP2A的上皮细胞亚群，该亚群通过LAMC1-(ITGA3-ITGB1)信号通路在肿瘤微环境中起关键作用，并揭示了FOXM1作为关键转录因子的功能	未提及样本量是否足够大，以及是否进行了临床验证	探索宫颈癌进展中上皮细胞的分子特征，为精准治疗提供潜在靶点	宫颈癌中的上皮细胞(EPCs)	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Slingshot, Cellchat, SCENIC, CCK-8, 集落形成实验, EDU实验, 划痕实验, transwell实验	NA	单细胞RNA测序数据	NA
312	2025-07-03	ScRNA-seq combined with ATAC-seq analysis to explore the metabolic balance mechanism of CCl4-induced liver inflammatory injury 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1600685 PMID:40589742	研究论文	通过结合scRNA-seq和ATAC-seq分析，探索CCl4诱导的肝脏炎症损伤的代谢平衡机制	首次揭示了肝细胞组蛋白乙酰化随损伤时间延长而增强的现象，并发现了脂肪酸代谢在肝细胞损伤中的主导作用，以及Zhx2和Zbtb20在代谢平衡恢复中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CCl4诱导的肝损伤后的细胞代谢机制	CCl4诱导的慢性肝损伤小鼠模型	生物信息学	肝病	scRNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq	NA	基因组数据	小鼠模型
313	2025-07-03	Sphingosine-1-phosphate stimulates colorectal cancer tumor microenvironment angiogenesis and induces macrophage polarization via macrophage migration inhibitory factor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1564213 PMID:40589755	研究论文	本研究通过整合多组学数据和体外实验，探讨了鞘氨醇-1-磷酸（S1P）在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其通过巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）途径促进血管生成和诱导巨噬细胞极化的机制	揭示了S1P在结直肠癌肿瘤微环境中通过MIF途径促进血管生成和巨噬细胞极化的新机制，并提出了抑制S1P合成可能具有抗肿瘤效果的新策略	研究主要基于体外实验和组学数据分析，缺乏体内实验验证	阐明S1P在结直肠癌肿瘤微环境中的作用机制及其对血管生成和巨噬细胞极化的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的S1P及其相关分子机制	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组化染色（IHC）, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	NA
314	2025-07-03	Therapeutic implications of cancer-associated fibroblast heterogeneity: insights from single-cell and multi-omics analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1580315 PMID:40589759	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学数据分析，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用	识别了四种CAF亚群及其与肿瘤相关信号通路的差异，开发了用于生存预测和免疫治疗敏感性评估的风险评分模型（RiskScore），并验证了核心基因在肿瘤发展中的关键作用	研究可能受限于样本数量和多样性，且实验验证仅在部分基因上进行	探索CAF异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用，为个性化治疗提供理论支持	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的亚群	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学数据分析、siRNA干扰、qPCR、Western blotting	RiskScore模型、Cox和LASSO回归	单细胞RNA测序数据、多组学数据	未明确提及具体样本数量
315	2025-07-03	Cell types and neuronal genetic architecture in the rat CSF-contacting nucleus and the role of 5-HT in this nucleus in mediating morphine addiction through the brain-CSF circuit 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1603486 PMID:40589789	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征，并探讨了其在吗啡成瘾中的作用机制	首次系统描绘了脑脊液接触核的单细胞转录组图谱，发现其通过调控5-HT释放参与脑脊液介导的神经调节机制	研究主要基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征，探究其在吗啡成瘾中的作用机制	大鼠脑脊液接触核	神经科学	药物成瘾	单细胞RNA测序、化学遗传学技术、UPLC-MS、ELISA	NA	基因表达数据、行为学数据、生化检测数据	单细胞RNA测序数据(登录号CRR790158)
316	2025-07-03	Spatial Transcriptomic Analyses of Spermatogenesis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4698-4_3 PMID:40601269	研究论文	本文介绍了空间转录组技术在精子发生研究中的应用，并提供了使用Curio Biosciences的Seeker（SlideSeq V2）方法的具体步骤	利用空间转录组技术解决了传统转录组方法破坏组织三维结构的局限性，提供了精子发生过程中细胞异质性的空间信息	仅针对小鼠睾丸中的圆形精子细胞进行了示例分析，可能无法全面代表其他生殖细胞类型	探索精子发生过程中的细胞异质性和空间组织	小鼠睾丸组织中的生殖细胞	空间转录组学	NA	空间转录组学（SlideSeq V2）	NA	空间转录组数据	小鼠睾丸组织样本
317	2025-07-03	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-12-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	该研究探讨了心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制，发现特定的NKT细胞与良好的神经预后相关	首次发现多样NKT细胞（dNKT）在心脏骤停后神经保护中的作用，并验证了硫酸酯脂质治疗可改善神经功能	研究结果主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制及潜在治疗靶点	心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	临床样本数据和小鼠实验数据	大型OHCA患者队列和实验小鼠
318	2025-07-03	Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2024-11-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666 PMID:39602512	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，构建了儿童期狼疮性肾炎(cLN)肾脏组织的单细胞分辨率空间图谱，揭示了肾脏基质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	首次在单细胞分辨率下结合空间信息解析cLN肾脏组织的细胞互作网络，发现了免疫细胞的特异性定位模式以及空间相关的基因表达模块	样本量较小(8例患者和4例对照)，且单个肾小球转录特征与组织学评分相关性较低	解析儿童期狼疮性肾炎的免疫发病机制	狼疮性肾炎患者的肾脏组织	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	空间转录组数据	8例cLN患者和4例对照个体的肾脏组织样本
319	2025-07-03	Monoclonal antibodies that block Roundabout 1 and 2 signaling target pathological ocular neovascularization through myeloid cells 2024-11-20, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8388 PMID:39565875	研究论文	研究开发了针对ROBO1和ROBO2的单克隆抗体，用于阻断SLIT-ROBO信号通路，以治疗病理性眼血管新生	首次开发出能够阻断ROBO1和ROBO2信号传导的人源单克隆抗体，并证实其通过调节髓系细胞功能来减轻病理性眼血管新生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发针对病理性眼血管新生的新型治疗策略	ROBO1和ROBO2受体及其信号通路	生物医学	眼科疾病	单克隆抗体开发、单细胞RNA测序	氧诱导视网膜病变(OIR)和激光诱导角膜新生血管(CNV)小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	小鼠模型（具体数量未说明）
320	2025-07-03	A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.614002 PMID:39372792	research paper	该研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的高数量但功能耗竭的现象，并发现了SPP1+巨噬细胞与CD8+ T细胞的相互作用机制	研究主要基于小鼠模型和有限的患者数据，可能需要更多临床验证	研究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其对肿瘤免疫治疗的影响	小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤	免疫学	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白质组学CODEX、高维多组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	小鼠肿瘤模型和患者样本（具体数量未明确说明）