单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-05-10	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分治疗脓毒症的作用机制	结合网络药理学、RNA测序、单细胞RNA测序和多种机器学习模型，系统分析了牛黄活性成分在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索牛黄活性成分治疗脓毒症的分子机制	牛黄活性成分与脓毒症相关基因	生物信息学	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost, SVM, Decision Tree, KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据，GSE65682数据库用于生存分析
302	2025-05-10	Identifying Aberrant 1CM-Related Pathways by Multi-Omics Analysis and Validating Tumor Inhibitory Effect of One-Carbon Donor Betaine in Gastric Cancer 2025-Apr-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083841 PMID:40332533	研究论文	通过多组学分析识别胃癌中异常的1CM相关通路，并验证一碳供体甜菜碱对胃癌的抑制作用	首次通过多组学联合分析揭示胃癌中1CM相关通路的异常激活，并发现甜菜碱作为一碳供体对胃癌细胞的抑制作用	样本量有限，特别是转录组测序仅使用了6对组织样本，需要更大规模的验证	阐明胃癌中代谢重编程的分子机制，特别是1CM相关通路的作用	胃癌患者和健康个体的血浆样本、胃癌组织	代谢组学	胃癌	代谢组学分析、转录组测序、单细胞测序、Random Forest分析	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	334例血浆样本（胃癌患者和健康个体）、6对组织样本
303	2025-05-10	The Complementary Role of Morphology in Understanding Microglial Functional Heterogeneity 2025-Apr-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083811 PMID:40332469	综述	本文探讨了小胶质细胞在稳态、发育阶段和疾病状态下的异质性，重点整合了转录组数据和形态学分析	通过整合转录组数据和形态学分析，深入理解小胶质细胞的异质性及其在不同条件下的功能	未提及具体实验样本量或数据来源的详细描述	揭示小胶质细胞的异质性及其在发育和疾病中的功能	小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据、形态学数据	NA
304	2025-05-10	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Apr-16, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	研究论文	本研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了PIK3CA通过HIF介导的缺氧信号上调内皮细胞中Vegf-a的表达，并在人类样本中验证了这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探究血管畸形的发病机制，为治疗提供新靶点	小鼠模型和人类血管畸形样本	NA	血管畸形	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、组织样本	小鼠模型和未明确数量的人类样本
305	2025-05-10	Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma 2025-Apr-16, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175 PMID:40250710	research paper	该研究通过空间表型分析发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的新标志物	首次揭示CD147+小胶质细胞在PFA-EPN肿瘤微环境中的关键作用及其与CD8+T细胞排斥的关系	样本量较小（G2组5例，G3组7例），且仅针对后颅窝A型室管膜瘤	探索儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的异质性及其与肿瘤分级的关系	儿童后颅窝A型室管膜瘤（WHO 2级和3级）肿瘤样本	digital pathology	ependymoma	多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	组织图像、基因表达数据	12例肿瘤样本（G2组5例，G3组7例）
306	2025-05-10	IRF5 Mediates Artery Inflammation in Salt-Sensitive Hypertension by Regulating STAT1 and STAT2 Phosphorylation to Increase ESM1 Transcription: Insights from Bioinformatics and Mechanistic Analysis 2025-Apr-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083722 PMID:40332339	研究论文	本研究揭示了IRF5通过调节STAT1和STAT2的磷酸化促进ESM1转录，从而在盐敏感性高血压中调节动脉炎症的分子机制	首次发现IRF5通过调控STAT1和STAT2磷酸化促进ESM1转录的机制，并验证了其在盐敏感性高血压中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证较少	探究盐敏感性高血压中动脉炎症的分子机制	盐敏感性高血压小鼠模型和人/小鼠主动脉内皮细胞	生物信息学与分子机制研究	心血管疾病	scRNA-seq, RNA测序, ChIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测	DOCA-盐诱导高血压小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型和人/小鼠主动脉内皮细胞
307	2025-05-10	Single-Cell Transcriptomic Analysis of the Potential Mechanisms of Follicular Development in Stra8-Deficient Mice 2025-Apr-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083734 PMID:40332359	研究论文	通过单细胞转录组分析探讨Stra8缺陷小鼠卵泡发育的潜在机制	使用单细胞RNA测序技术构建了野生型和Stra8缺陷小鼠卵巢细胞的全面转录图谱，揭示了Stra8在生殖细胞分化和卵泡形成中的复杂作用	研究仅限于胚胎期E14.5和E16.5阶段的小鼠卵巢细胞，未涉及其他发育阶段或其他物种	探讨Stra8缺陷对小鼠卵泡发育的影响及其分子机制	野生型和Stra8缺陷小鼠的卵巢细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14,755个单细胞，来自野生型和Stra8缺陷小鼠的卵巢
308	2025-05-10	Novel Link Between Myeloid-Specific Adenosine Deaminase 2 and CXCL10-CXCR3 Axis in Infectious ARDS 2025-Apr-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083678 PMID:40332245	research paper	研究发现骨髓特异性腺苷脱氨酶2（ADA2）与CXCL10-CXCR3轴在感染性ARDS中的新联系	揭示了ADA2与CXCL10及其受体CXCR3之间的新联系，以及在COVID-19相关ARDS中的关键作用	研究基于已发表的转录组数据，未进行实验验证	探究ARDS的病理生理特征及其与COVID-19的关联	COVID-19引起的ARDS患者肺部单核细胞	生物医学	ARDS, COVID-19	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	已发表数据集中的COVID-19相关ARDS肺部样本
309	2025-05-10	Integrating Machine Learning and Bulk and Single-Cell RNA Sequencing to Decipher Diverse Cell Death Patterns for Predicting the Prognosis of Neoadjuvant Chemotherapy in Breast Cancer 2025-Apr-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083682 PMID:40332226	研究论文	整合机器学习和批量及单细胞RNA测序技术，解析乳腺癌新辅助化疗预后中的多种细胞死亡模式	首次整合机器学习和批量及单细胞RNA测序技术，构建基于程序性细胞死亡相关基因的预后风险模型，用于预测乳腺癌新辅助化疗的临床结果	研究依赖于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证模型的预测能力	探索程序性细胞死亡模式与乳腺癌新辅助化疗预后之间的关系，并构建预测模型	921名接受新辅助化疗的乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	批量RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化(IHC)	机器学习算法组合	RNA测序数据, 临床数据	921名乳腺癌患者来自7个多中心队列
310	2025-05-10	Current Research Trends in Glioblastoma: Focus on Receptor Tyrosine Kinases 2025-Apr-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083503 PMID:40332008	review	本文综述了当前胶质母细胞瘤（GBM）研究中受体酪氨酸激酶（RTK）的研究趋势及其在多组学方法中的应用	整合多组学技术（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学）来全面理解RTK在GBM中的作用，揭示了新的治疗靶点和生物标志物	RTK信号通路的复杂性需要更广泛的整合视角，目前的研究仍面临挑战	通过多组学方法提高GBM患者的诊断准确性和治疗效果	胶质母细胞瘤（GBM）及其受体酪氨酸激酶（RTK）信号通路	digital pathology	glioblastoma	multi-omics (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics), single-cell transcriptomics	NA	molecular data (genomic, transcriptomic, proteomic, metabolomic)	NA
311	2025-05-10	Stress-Induced Cholesterol Metabolic Dysregulation and Differentiation Trajectory Shift in Oligodendrocytes Synergistically Drive Demyelination 2025-Apr-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083517 PMID:40332029	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、谱系追踪和功能干预，揭示了应激诱导的少突胶质细胞胆固醇代谢紊乱和分化轨迹改变共同驱动脱髓鞘的新机制	从少突胶质细胞的动态角度揭示了'代谢失衡、分化阻滞和免疫激活'三者协同驱动应激性脱髓鞘的新机制	研究仅在小鼠模型中开展，尚未在人类样本中验证	探究应激诱导脱髓鞘的动态调控网络	少突胶质细胞（OLG）	神经科学	抑郁症	单细胞转录组学、谱系追踪	约束应激小鼠模型	转录组数据	NA
312	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing of Baseline Immune Profiles After Third Vaccination Associated with Subsequent SARS-CoV-2 Infection in Naïve Individuals 2025-Apr-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083494 PMID:40331973	研究论文	通过单细胞RNA测序分析疫苗接种后基线免疫特征与后续SARS-CoV-2感染的关系	揭示了疫苗接种后长期保护与突破性感染个体基线免疫亚群的分子特征差异	样本来自先前纵向研究，可能受限于原始研究设计	识别与增强SARS-CoV-2保护相关的分子特征	接种ChAdOx1/ChAdOx1/BNT162b2疫苗后未感染和突破性感染个体	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 酶联免疫斑点试验(ELISPOT)	NA	基因表达数据	来自先前纵向研究的受试者样本(数量未明确说明)
313	2025-05-10	Macrophages protect against sensory axon loss in peripheral neuropathy 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08535-1 PMID:39939762	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在预防周围神经病变中感觉轴突损失中的作用	首次揭示了CCR2巨噬细胞在肥胖前糖尿病小鼠周围神经中的神经保护作用，通过galectin 3延缓感觉轴突退化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究炎症在周围神经病变发病机制中的作用	肥胖前糖尿病小鼠模型	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
314	2025-05-10	Exploration of common molecular mechanisms of psoriatic arthritis and aging based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167730 PMID:39965531	研究论文	通过整合和分析银屑病关节炎（PsA）和衰老患者的单细胞RNA测序数据，探索两者共有的关键基因和分子机制	首次发现CD8-CM在PsA和衰老患者中均上调表达，并鉴定出与PsA和衰老相关的关键基因TGFBR3、PPP3CC和APOBEC3G	样本来源仅限于PsA患者的滑膜液和衰老患者的外周血，未涵盖其他组织或更大规模的样本	探索银屑病关节炎和衰老的共同分子机制，为联合治疗提供新见解	银屑病关节炎患者和衰老患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化、KEGG通路分析	NA	单细胞RNA测序数据	PsA患者的滑膜液、衰老患者的外周血及正常人群的数据
315	2025-05-10	Divergent PTEN-p53 interaction upon DNA damage in a human thyroid organoid model with germline PTEN mutations 2025-Apr-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0216 PMID:39970536	研究论文	研究探讨了在携带不同PTEN基因突变的人类甲状腺类器官模型中，电离辐射如何基于PTEN变异类型改变DNA损伤反应	首次揭示了PTEN基因不同变异类型通过PTEN-p53网络相互作用调控p53通路激活的机制，解释了PTEN M134R变异导致甲状腺癌易感性的分子基础	研究仅针对两种PTEN变异类型（M134R和G132D）进行分析，可能无法涵盖所有临床相关变异	探究PTEN基因不同种系变异在辐射诱导DNA损伤反应中的差异及其与甲状腺癌发生风险的关系	携带野生型和两种杂合PTEN突变（M134R和G132D）的人类诱导多能干细胞衍生的甲状腺类器官	肿瘤生物学	甲状腺癌	CRISPR-Cas9基因编辑技术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	人类甲状腺类器官模型	转录组数据	野生型和两种PTEN突变型（M134R/G132D）的人类诱导多能干细胞系及其衍生的甲状腺类器官
316	2025-05-10	Therapeutic potential of p-coumaric acid in alleviating renal fibrosis through inhibition of M2 macrophage infiltration and cellular communication 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156507 PMID:39978279	研究论文	本研究探讨了对香豆酸（p-CA）在缓解肾纤维化中的治疗潜力及其通过抑制M2巨噬细胞浸润和细胞通讯的机制	首次揭示p-CA通过靶向M2巨噬细胞并破坏其与肾小管上皮细胞的相互作用来减轻肾纤维化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	评估p-CA在肾纤维化中的治疗潜力并阐明其作用机制	肾纤维化模型中的M2巨噬细胞和肾小管上皮细胞	药理学	肾纤维化	LC-MS, CyTOF, scRNA-seq, 流式细胞术, WB, qRT-PCR, IHC, IF	NA	代谢组学数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	UUO诱导的肾纤维化模型组织
317	2025-05-10	Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation 2025-Apr, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6405 PMID:39978863	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探讨了ANO7在良性前列腺上皮中的作用及其与AR信号相关脂质代谢和炎症的关联	首次揭示了ANO7在前列腺中的异质性表达模式及其与AR信号和脂质代谢的关联，并提出了ANO7可能作为肿瘤抑制因子的新假设	研究样本仅来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本，可能无法代表所有前列腺疾病状态	阐明ANO7基因在前列腺组织中的功能及其与前列腺癌的关系	ANO7基因在良性前列腺上皮中的表达模式及其相关分子机制	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学，RNA-seq	NA	转录组数据	来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本（具体数量未明确说明），分析了18,676个蛋白质编码基因
318	2025-05-10	Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant 2025-Apr, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010 PMID:39985963	研究论文	通过单细胞转录组学揭示扁桃体切除术改善肾移植后复发性免疫球蛋白A肾病临床效果的免疫机制	首次使用单细胞转录组学分析扁桃体切除术对IgANR患者B细胞表型和功能的影响，揭示了IGHA1表达下调、记忆B细胞失活及相关通路改变在降低Gd-IgA1水平中的作用	样本量较小（29例患者），且仅分析了1例扁桃体组织和3例PBMC样本	探究扁桃体切除术治疗IgANR的细胞和分子机制	IgANR患者的扁桃体组织和外周血单个核细胞（PBMCs）	免疫学	免疫球蛋白A肾病	流式细胞术、单细胞mRNA测序	NA	单细胞转录组数据	29例IgANR患者、1例扁桃体组织样本、3例PBMC样本
319	2025-05-10	Dihydromyricetin regulates the miR-155-5p/SIRT1/VDAC1 pathway to promote liver regeneration and improve alcohol-induced liver injury 2025-Apr, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156522 PMID:39986231	研究论文	探讨二氢杨梅素通过调节miR-155-5p/SIRT1/VDAC1通路促进肝脏再生并改善酒精性肝损伤的作用机制	首次揭示二氢杨梅素通过调控miR-155-5p/SIRT1/VDAC1正反馈环路改善肝脏炎症和细胞衰老，促进肝脏再生以改善酒精性肝病	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证相对有限	探索二氢杨梅素在酒精性肝病相关肝脏再生障碍中的治疗潜力及分子机制	酒精性肝病小鼠模型及临床样本	肝脏疾病研究	酒精性肝病	血清非靶向代谢组学、肝脏转录组学、单细胞测序、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、免疫荧光	NA	生化指标、组织病理学、多组学数据	小鼠模型及临床样本（具体数量未明确说明）
320	2025-05-10	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了接受化疗和免疫检查点阻断治疗的转移性三阴性乳腺癌患者的免疫景观	揭示了晚期功能障碍性CD8 T细胞的持续补充与化疗免疫治疗反应之间的关联	样本量较小，仅包括27名患者	探索肿瘤免疫景观如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27名患者的40份活检样本