单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-07-05	Fibroblasts-The emerging therapeutic target of the cardiovascular system? 2025-Jun-05, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1016/j.pharmr.2025.100072 PMID:40609323	综述	本文综述了成纤维细胞在心血管系统中的异质性和可塑性，及其在健康和疾病状态下的多样作用	揭示了成纤维细胞亚群的异质性及其在心血管系统中的治疗潜力	缺乏对成纤维细胞亚型的共识命名法，且血管干预研究有限	探讨成纤维细胞在心血管系统中的多样性和治疗潜力	成纤维细胞在心血管系统中的异质性和功能	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
302	2025-07-05	Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本文提出了一种名为基因空间整合（GSI）的深度学习方法，用于增强空间转录组学分析，并解决批次效应问题	利用表示学习方法提取基因的空间分布特征，并将其与基因表达特征整合到同一特征空间，同时解决了批次效应问题	方法仅在人类背外侧前额叶皮层数据集上进行了验证，尚未在其他组织或疾病中广泛应用	提升空间转录组学数据分析的准确性和整合能力	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	自编码器网络	基因表达数据和空间分布数据	人类背外侧前额叶皮层数据集（样本151673和151672）
303	2025-07-05	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户可用的集成方法，包括基于Python的方法，并在R环境中操作	提供了更广泛的集成方法选择，包括Python方法，并引入了自动化Python环境管理、跨语言对象转换以及评分处理和可视化工具	未提及具体的性能比较结果或在实际数据集上的应用效果	提高单细胞RNA测序数据分析中数据集集成的有效性和灵活性	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
304	2025-07-05	Safety and feasibility of 4-1BB co-stimulated CD19-specific CAR-NK cell therapy in refractory/relapsed large B cell lymphoma: a phase 1 trial 2025-May, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00940-3 PMID:40251398	research paper	该研究评估了4-1BB共刺激的CD19特异性CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和可行性	首次在临床试验中使用4-1BB和CD3ζ信号内域的CD19特异性CAR-NK细胞治疗B细胞淋巴瘤，并展示了其安全性和治疗效果	样本量较小（8名患者），且未达到最大耐受剂量	评估CD19-BBz CAR-NK细胞疗法在难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者中的安全性和治疗效果	难治性/复发性大B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序分析	CAR-NK细胞疗法	临床数据	8名患者
305	2025-07-05	Tumor-associated macrophage-based predictive and prognostic model for hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325120 PMID:40601653	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和批量测序数据，构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）特征的肝细胞癌（HCC）预后模型	整合单细胞RNA测序和批量测序数据，构建了一个新的HCC预后模型，并揭示了TAMs在HCC肿瘤微环境中的作用	需要在更大规模的前瞻性研究中验证结果，并进一步研究TAMs在HCC进展中的功能影响	研究肝细胞癌（HCC）的预后机制，并开发一个基于TAMs特征的预后模型	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量测序、生物信息学分析（差异基因表达分析、Cox回归、逻辑回归建模）	Cox回归模型、逻辑回归模型	RNA测序数据	多个HCC队列的数据
306	2025-07-05	Identification of three T cell-related genes as diagnostic and prognostic biomarkers for triple-negative breast cancer and exploration of potential mechanisms 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1584334 PMID:40606662	研究论文	本研究通过分析TCGA-BRCA数据集和GEO数据库的单细胞RNA测序数据，识别了三个与T细胞相关的基因（CACNA1H、KCNJ11和S100B）作为三阴性乳腺癌（TNBC）的诊断和预后生物标志物	首次将T细胞相关基因与TNBC的诊断和预后联系起来，并构建了基于这三个基因的逻辑回归模型，其诊断TNBC的AUC达到0.917	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证，且样本量可能不足以覆盖所有TNBC亚型	识别TNBC的诊断和预后生物标志物，探索其潜在的免疫相关机制	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习算法	逻辑回归（LR）模型	转录组数据、临床数据	TCGA-BRCA数据集和GEO数据库中的样本
307	2025-07-05	Comprehensive bioinformatics analysis of the common mechanism of atherosclerosis and atrial fibrillation: emphasizing mitochondrial metabolic disorder and immune inflammation 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1595048 PMID:40607061	研究论文	通过综合生物信息学分析揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同机制，重点关注线粒体代谢紊乱和免疫炎症	首次提出MRPS23作为连接线粒体功能障碍和免疫失调的新型生物标志物，并探索其在动脉粥样硬化和心房颤动共病中的潜在作用	需要进一步的临床前模型和临床队列验证以转化为诊断或治疗应用	揭示动脉粥样硬化和心房颤动的共同分子通路，并识别诊断生物标志物	动脉粥样硬化(AS)和心房颤动(AF)的转录组数据集	生物信息学	心血管疾病	GO和KEGG富集分析、WGCNA、LASSO、SVM、随机森林、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据	NA
308	2025-07-05	Interferon Regulatory Factor 4 Recruits Immature B Cells to Signal Tertiary Lymphoid Structure Immaturity and Progression of Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.113737 PMID:40607252	research paper	该研究通过整合转录组和临床数据，构建了一个与三级淋巴结构（TLS）相关的预后风险评分，并揭示了干扰素调节因子4（IRF4）在促进TLS不成熟和免疫功能障碍中的机制作用	构建了TLS相关的预后风险评分，揭示了IRF4在TLS不成熟和免疫功能障碍中的新机制	研究主要基于ccRCC患者数据，结果可能不适用于其他类型的癌症	探究TLS在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后相关性及其调控机制	928名ccRCC患者的转录组和临床数据，以及786-O和769-P ccRCC细胞系	肿瘤免疫学	透明细胞肾细胞癌	转录组分析、免疫组化、多重免疫荧光分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	机器学习算法	转录组数据、临床数据、图像数据	928名ccRCC患者
309	2025-07-05	Integrative multi-omics analysis of IFNγ-induced macrophages and atherosclerotic plaques reveals macrophage-dependent STAT1-driven transcription in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590953 PMID:40607379	research paper	该研究通过整合多组学分析，揭示了IFNγ诱导的巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块中STAT1驱动的转录机制在动脉粥样硬化中的作用	发现了STAT1与PU.1在巨噬细胞特异性IFNγ激活转录反应中的协同作用，并鉴定了新的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全反映人类动脉粥样硬化的复杂性	探究巨噬细胞STAT1介导的信号在动脉粥样硬化进展中的作用	IFNγ诱导的巨噬细胞和人类及小鼠的动脉粥样硬化病变	digital pathology	cardiovascular disease	ATAC-seq, ChIP-seq, RNA-seq, scRNA-seq	NA	genomic data, transcriptomic data	人类颈动脉和冠状动脉粥样硬化病变样本，以及LDLr-/-和ApoE-/-高脂饮食小鼠模型的主动脉病变样本
310	2025-07-05	Integrative analysis of T cell-associated markers in Ewing sarcoma reveals prognostic signatures and immune dynamics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586544 PMID:40607387	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq分析，探讨了尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态	识别了CLEC11A、BDP1和ID3作为关键的T细胞相关预后标志物，并构建了一个预测模型，揭示了ID3在免疫逃逸和肿瘤增殖中的作用	研究样本量较小，且仅基于RNA-seq数据，未考虑其他分子层面的影响	探索尤文肉瘤中T细胞相关标志物的预后特征和免疫动态，以改善预后评估和免疫治疗策略	尤文肉瘤患者样本和细胞系	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA-seq、WGCNA、CIBERSORT算法	Cox回归模型	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但使用了外部数据集进行验证
311	2025-07-05	Single-cell analysis of peripheral blood and pleural effusion reveals functional diversity of γδ T cells in tuberculosis infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1605827 PMID:40607390	研究论文	通过单细胞测序分析结核病患者外周血和胸水中的γδ T细胞亚群，揭示其在结核感染中的功能多样性	首次在单细胞水平上鉴定出结核病患者外周血和胸水中的7个γδ T细胞亚群，并发现具有强效应功能的Vδ2细胞亚群	研究样本量有限，且仅关注了γδ T细胞，未涉及其他免疫细胞类型的相互作用	探究γδ T细胞在结核病免疫应答中的具体作用和分化机制	结核病患者的外周血单个核细胞(PBMC)和结核性胸水细胞(TPE)	免疫学	结核病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，仅提及结核病患者的外周血和胸水样本
312	2025-07-05	Decoding neuroinflammation in Alzheimer's disease: a multi-omics and AI-driven perspective for precision medicine 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616899 PMID:40607399	research paper	本文探讨了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和AI驱动的多组学平台解码阿尔茨海默病（AD）中复杂的免疫炎症网络，以实现精准医疗	结合scRNA-seq和AI驱动的多组学分析，突破了传统大规模组织分析中的信号平均化限制，发现了与疾病相关的新的细胞亚群和关键分子标志物	尽管技术先进，但有效的治疗选择仍然有限	解码AD中的神经炎症，实现精准医疗	阿尔茨海默病（AD）患者脑组织	精准医疗	阿尔茨海默病	scRNA-seq, AI-driven analytics, multi-omics platforms	AI-driven analytics	RNA-seq数据, 多组学数据	NA
313	2025-07-05	Landscape analysis of matrix metalloproteinases reveals key prognostic markers for prostate cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582992 PMID:40607407	研究论文	本研究全面分析了基质金属蛋白酶（MMPs）在前列腺癌（PCa）中的作用，并特别强调了MMP11在肿瘤微环境重编程中的关键作用	首次全面评估了MMPs在PCa中的表达特征和预后价值，并发现MMP11通过重塑肿瘤微环境促进PCa进展	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于细胞水平	探索MMPs在PCa中的预后价值和生物学功能	前列腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	前列腺癌	生物信息学分析（UCSC/GEO数据库）、COX回归分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	来自UCSC和GEO数据库的多个前列腺癌数据集
314	2025-07-05	The functional and clinical significance of nucleoporin NUP153 across human cancers: a systematic study based on multi-omics analysis and bench work validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1613688 PMID:40607419	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，探讨了核孔蛋白NUP153在多种癌症中的功能和临床意义	首次系统研究了NUP153在多种癌症中的表达模式、突变情况、诊断价值及其与肿瘤免疫微环境的关系，并验证了其在胃癌中的高表达及其与免疫细胞浸润的相关性	需要进一步研究阐明NUP153在癌症中的具体分子机制及其临床应用的可行性	探索NUP153在癌症中的功能和临床意义	多种癌症类型，特别是胃癌	癌症研究	多种癌症，包括胆管癌、结直肠癌、头颈部鳞状细胞癌、胃癌等	多组学分析、免疫组化、RT-qPCR、单细胞分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、免疫细胞浸润数据、药物敏感性数据	来自TCGA和GTEx等公共数据库的数据，以及胃癌组织的实验验证样本
315	2025-07-05	Identification and validation of a KRAS-macrophage-associated gene signature as prognostic biomarkers and potential therapeutic targets in melanoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1566432 PMID:40607411	研究论文	本研究通过多平台方法识别并验证了一个与KRAS信号和巨噬细胞相关的基因特征（KMPAG），作为黑色素瘤的预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次构建了KRAS-巨噬细胞预后相关基因特征（KMPAG），并验证其在黑色素瘤预后和治疗反应预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分仍需进一步扩展	探索KRAS信号通路在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后生物标志物	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者样本和细胞系	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组化（IHC）	LASSO回归模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的黑色素瘤样本
316	2025-07-05	Transiently increased coordination in gene regulation during cell phenotypic transitions 2024-Dec, PRX life DOI:10.1103/prxlife.2.043009 PMID:40585428	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据，探讨了细胞表型转变过程中基因表达簇切换的协调机制	揭示了细胞表型转变过程中基因调控网络社区间相互作用的动态变化模式，并提出了一个普遍原则：在细胞表型转变过程中，社区间相互作用增加以协调全局基因表达重编程	研究仅分析了五种细胞转变过程，可能无法涵盖所有类型的细胞表型转变	探究细胞表型转变过程中基因表达簇切换的协调机制	五种不同的细胞转变过程	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	transition path theory	RNA-seq数据	五种不同的细胞转变过程
317	2025-07-05	Single-cell transcriptomics link gene expression signatures to clinicopathological features of gonadotroph and lactotroph PitNET 2024-Nov-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05821-4 PMID:39548496	研究论文	该研究通过单细胞转录组学分析，揭示了促性腺激素和催乳素垂体神经内分泌肿瘤（PitNET）中基因表达特征与临床病理特征的联系	首次在PitNET中系统比较了促性腺激素和催乳素亚型的肿瘤微环境差异，并发现了与肿瘤侵袭性相关的淋巴细胞亚群	样本量相对较小（7例促性腺激素和3例催乳素PitNET），且主要关注两种亚型	探究PitNET肿瘤微环境与肿瘤侵袭性行为的关系	促性腺激素和催乳素垂体神经内分泌肿瘤	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序，bulk RNA-seq，免疫组化	NA	基因表达数据，组织切片图像	10例单细胞测序样本（7例促性腺激素+3例催乳素），134例bulk RNA-seq样本
318	2025-07-05	The novel potential therapeutic target PSMP/MSMP promotes acute kidney injury via CCR2 2024-Jul-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.028 PMID:38796708	研究论文	本文探讨了PSMP/MSMP作为急性肾损伤（AKI）的新型潜在治疗靶点，通过CCR2促进AKI的机制	首次揭示了PSMP在AKI中的关键作用，并证明PSMP中和抗体可作为AKI的治疗药物	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证PSMP中和抗体的疗效	探索PSMP在AKI中的作用机制并评估其作为治疗靶点的潜力	AKI患者和小鼠模型	肾脏病学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	AKI小鼠模型（肾缺血再灌注损伤、甘油和顺铂诱导）	RNA测序数据、临床样本数据	AKI患者和小鼠模型，具体样本量未明确说明
319	2025-07-05	S100A8/A9hi neutrophils induce mitochondrial dysfunction and PANoptosis in endothelial cells via mitochondrial complex I deficiency during sepsis 2024-06-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06849-6 PMID:38942784	研究论文	本文研究了S100A8/A9高表达的中性粒细胞通过线粒体复合物I缺陷在脓毒症期间诱导内皮细胞线粒体功能障碍和PANoptosis的机制	揭示了S100A8/A9通过下调Nrf1表达抑制线粒体复合物I中的Ndufa3表达，进而导致线粒体功能障碍和PANoptosis的新机制	研究主要基于体外实验和测序分析，缺乏在体实验验证	探究S100A8/A9在脓毒症期间诱导内皮细胞功能障碍的分子机制	中性粒细胞和内皮细胞	分子生物学	脓毒症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	测序数据	NA
320	2025-07-05	Multiomics integration-based immunological characterizations of adamantinomatous craniopharyngioma in relation to keratinization 2024-06-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06840-1 PMID:38906852	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学对58,081个细胞核进行综合分析，揭示了颅咽管瘤的免疫微环境特征及其细胞间网络	首次通过多组学整合分析揭示了颅咽管瘤的免疫抑制微环境特征，并发现了一种与肿瘤角质化相关的调控网络	样本量相对有限，且研究结果需要进一步的功能验证	阐明颅咽管瘤的免疫微环境特征及其与肿瘤进展的关系	颅咽管瘤(ACP)样本	数字病理学	颅咽管瘤	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学, asmFISH	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	58,081个细胞核