单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-05-22	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	research paper	该研究通过空间蛋白质组学技术揭示了原发性与复发性肝细胞癌的免疫逃逸特征	发现了与早期术后复发相关的树突状细胞新亚群(PDL1 + CD103 + DCs)，并揭示了其通过多种配体-受体途径增强免疫抑制和免疫逃逸的机制	样本量相对有限(46例患者)，且研究结果需要更大规模的队列验证	探究肝细胞癌术后复发的空间分子结构变化	46例接受手术切除治疗的原发性和复发性肝细胞癌患者的92个手术标本	digital pathology	liver cancer	imaging mass cytometry, single-cell RNA sequencing	NA	spatial proteomic data, single-cell RNA sequencing data	46例患者的92个手术标本中的358,729个单细胞
302	2025-05-22	Revealing VCAN as a Potential Common Diagnostic Biomarker of Renal Tubules and Glomerulus in Diabetic Kidney Disease Based on Machine Learning, Single-Cell Transcriptome Analysis and Mendelian Randomization 2025-May, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0233 PMID:39849979	research paper	该研究通过机器学习、单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了VCAN作为糖尿病肾病肾小管和肾小球共同诊断生物标志物的潜力	首次将VCAN鉴定为糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断标志物，并验证其与免疫基因上调和免疫细胞浸润的关联	未明确说明样本量大小及具体机器学习模型类型	寻找糖尿病肾病肾小球和肾小管病变的共同诊断生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球壁上皮细胞和近曲小管细胞	machine learning	diabetic kidney disease	single-cell transcriptome analysis, Mendelian randomization	NA	gene expression data	NA
303	2025-05-22	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）的转录变化及其对粒细胞生成的贡献	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现非谱系定向的MPPs向髓系和红系祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中MPPs的作用及其转录变化	野生型小鼠中的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型小鼠的MPPs样本
304	2025-05-22	Correlative analysis of metallomic gene expression and metal ion content within the mouse hippocampus 2025-Mar-28, Metallomics : integrated biometal science IF:2.9Q3 DOI:10.1093/mtomcs/mfaf009 PMID:40175292	研究论文	本研究通过多模态模板结合X射线荧光显微镜和空间转录组学，揭示了小鼠海马区金属离子含量与金属组基因表达的相关性	首次将元素映射与空间转录组学结合，揭示了海马区金属离子富集与特定转录本区域富集的分子基础	研究仅局限于小鼠海马区，未涉及其他脑区或物种	探究大脑金属稳态的分子机制及其对神经功能的影响	小鼠海马区及其亚区域的金属离子含量和基因表达	神经科学	NA	X射线荧光显微镜, 空间转录组学	NA	元素映射数据, 基因表达数据	小鼠海马区样本
305	2025-05-22	CellPie: a scalable spatial transcriptomics factor discovery method via joint non-negative matrix factorization 2025-Mar-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf251 PMID:40167331	研究论文	介绍了一种名为CellPie的快速、无监督因子发现方法，用于联合非负矩阵分解空间RNA转录本和组织学图像特征	采用加速分层最小二乘法显著减少计算时间，适用于高维空间转录组数据集	NA	开发一种可扩展的空间转录组学因子发现方法	人类癌症组织的空间转录组数据	数字病理学	癌症	空间转录组学	非负矩阵分解(NMF)	空间RNA转录本和组织学图像	三种不同空间分辨率的人类癌症类型数据集，包括一个高分辨率的Visium HD数据集
306	2025-05-22	An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis 2025-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671 PMID:39615601	研究论文	通过单细胞数据分析揭示了AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果	首次使用单细胞测序技术分析AMG487对免疫细胞的影响，揭示了其在调节免疫细胞比例和功能方面的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和Vogt-Koyanagi-Harada患者的免疫细胞	数字病理学	葡萄膜炎	单细胞转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和RNA测序(RNA-seq)	NA	单细胞测序数据	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和Vogt-Koyanagi-Harada患者的样本
307	2025-05-22	Spatial transcriptomic clocks reveal cell proximity effects in brain ageing 2025-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08334-8 PMID:39695234	研究论文	本研究通过空间转录组学技术构建了大脑衰老的空间时钟模型，揭示了T细胞和神经干细胞对邻近细胞的促衰老和促再生效应	首次开发了空间衰老时钟模型，系统研究了衰老组织中细胞间相互作用的分子机制	研究仅基于小鼠模型，人类组织的验证仍需进一步研究	探究衰老过程中细胞间相互作用对组织功能衰退的影响机制	成年小鼠大脑中的420万个细胞	空间转录组学	神经退行性疾病	空间转录组测序	机器学习模型（空间衰老时钟）、深度学习	单细胞转录组数据	20个不同年龄段的420万个细胞
308	2025-05-22	CMAP prediction and experimental validation of Forskolin as a podocyte protective and anti-proteinuric drug for nephrotoxic serum-treated mice 2025-02, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116727 PMID:39716644	研究论文	该研究通过结合肾脏单细胞RNA-seq数据库和CMAP数据库预测并验证了Forskolin作为一种保护足细胞和抗蛋白尿的药物在肾毒性血清治疗小鼠中的效果	首次结合单细胞RNA-seq和CMAP数据库预测针对特定足细胞损伤的药物，并验证了Forskolin的保护作用	研究仅在小鼠模型和体外培养的足细胞中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索针对特定足细胞损伤的精准药物治疗策略	肾毒性血清(NTS)处理的小鼠和体外培养的足细胞	生物医学研究	肾脏疾病	单细胞RNA-seq, CMAP分析, GO和KEGG富集分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	NTS处理的小鼠和对照组小鼠的肾小球单细胞RNA-seq数据
309	2025-05-22	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	利用单细胞转录组学技术解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性及区域分布	首次系统性地描述了肝脏不同细胞类型和区域中药物处理基因的基线mRNA富集情况	研究仅基于已发表的单细胞和核转录组数据集，未进行实验验证	解析肝脏中药物处理基因的分布特征	小鼠肝脏细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	已发表的单细胞和核转录组数据集
310	2025-05-22	Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics 2025-01-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030156 PMID:39936948	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术探索人类子宫疾病的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了子宫疾病中的关键细胞类型、信号通路和阶段特异性动态	面临可扩展性和可重复性等挑战	研究子宫疾病的细胞和分子基础，以发现生物标志物和治疗靶点	子宫内膜异位症、腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病	digital pathology	gynecological disease	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data	NA
311	2025-05-22	Liver X receptor unlinks intestinal regeneration and tumorigenesis 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08247-6 PMID:39567700	研究论文	本研究通过RNA测序数据集挖掘和多种实验方法，发现肝脏X受体（LXR）通路激活作为组织对损伤的适应性反应，能够相互调节肠道再生和肿瘤发生	首次揭示了LXR通路在肠道损伤修复和肿瘤发生中的双重调节作用，并发现CYP27A1酶在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索肠道再生与肿瘤发生之间的分子调控机制	肠道上皮细胞和结直肠癌	分子生物学	结直肠癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序、肠道类器官培养、功能获得和缺失实验	NA	基因表达数据	两种肠道损伤模型和人类结直肠癌标本
312	2025-05-22	A research protocol for a prospective, multicenter, cohort study on interferon therapy for chronic hepatitis B combined with metabolism-associated fatty liver disease to achieve clinical cure 2025, Frontiers in public health IF:3.0Q2 DOI:10.3389/fpubh.2025.1546182 PMID:40161022	研究论文	一项前瞻性、多中心、队列研究，探讨聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病以实现临床治愈的效果	填补了慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病患者治疗策略的空白，并探讨了MAFLD对HBsAg清除的影响及免疫学机制	干扰素治疗常伴随副作用，可能降低患者依从性，影响长期随访和结果监测；MAFLD人群的异质性可能对干扰素治疗的疗效产生不同影响	评估聚乙二醇干扰素治疗慢性乙型肝炎合并代谢相关脂肪性肝病的疗效和安全性，并探讨MAFLD对HBsAg清除的影响	慢性乙型肝炎患者（HBsAg <1,500 IU/mL，HBeAg阴性，HBV DNA <10 IU/mL）及合并代谢相关脂肪性肝病的患者	临床医学	慢性乙型肝炎、代谢相关脂肪性肝病	单细胞转录组测序技术	NA	临床数据、转录组数据	多中心设计，具体样本量未明确提及
313	2025-05-22	TNFRSF12A expression in stomach adenocarcinoma and its preliminary role in predicting immunotherapy response 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1578068 PMID:40391219	研究论文	本研究探讨了TNFRSF12A在胃腺癌中的表达模式及其在预测免疫治疗反应中的初步作用	揭示了TNFRSF12A在胃腺癌中的高表达及其与免疫治疗反应的关系，为胃腺癌的个性化治疗提供了新思路	TNFRSF12A表达与临床特征无显著差异，研究样本来源有限	研究TNFRSF12A在胃腺癌中的表达模式及其在免疫治疗反应预测中的作用	胃腺癌(STAD)	肿瘤学	胃腺癌	scRNA-seq, TIDE评分, TMB分析, 体外实验	NA	基因表达数据, 单细胞数据	来自TCGA、GEO和GEPIA的数据集，体外实验使用胃腺癌细胞
314	2025-05-22	Single-cell and multi-omics integration reveals cholesterol biosynthesis as a synergistic target with HER2 in aggressive breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.030 PMID:40391299	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了胆固醇生物合成与HER2在侵袭性乳腺癌中的协同作用，并提出了针对这两个通路的联合治疗策略	开发了一个整合计算框架，结合scRNA-seq和多组学分析，首次发现胆固醇生物合成与HER2表达的显著相关性，并验证了联合靶向这两个通路的协同治疗效果	研究主要基于计算分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床试验验证	解码乳腺癌的分子机制并识别新的治疗靶点	乳腺癌患者的恶性细胞亚群	计算生物学	乳腺癌	scRNA-seq, 多组学分析	NA	基因表达谱, 蛋白质组数据, 药物处理评分, 细胞表面HER2强度测量	NA
315	2025-05-22	Divergent WNT signaling and drug sensitivity profiles within hepatoblastoma tumors and organoids 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52757-w PMID:39567475	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq、空间转录组学和高通量药物分析，揭示了肝母细胞瘤的分子异质性和药物敏感性	发现了肝母细胞瘤中两种不同的肿瘤上皮特征（胎儿型和胚胎型），并揭示了它们对WNT信号的不同反应模式以及对不同靶向药物的敏感性	NA	表征肝母细胞瘤的分子异质性并识别新的靶向治疗方法	肝母细胞瘤和肿瘤来源的类器官	癌症研究	肝母细胞瘤	单细胞RNA-seq/ATAC-seq, 空间转录组学, 高通量药物分析	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
316	2025-05-22	Molecular profiles, sources and lineage restrictions of stem cells in an annelid regeneration model 2024-11-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54041-3 PMID:39557833	研究论文	通过结合单细胞RNA测序和嵌合转基因技术，研究了海洋环节动物Platynereis dumerilii在后部再生过程中的细胞特征和谱系限制	揭示了细胞类型特异性损伤反应、位置身份因子的重新表达以及多个细胞群中干细胞特征的再现，并发现了一种新的嵌合转基因策略	研究仅针对海洋环节动物Platynereis dumerilii，可能不适用于其他动物门类	探讨动物再生能力的分子和细胞机制	海洋环节动物Platynereis dumerilii	再生生物学	NA	单细胞RNA测序、嵌合转基因技术	NA	RNA测序数据	NA
317	2025-05-22	Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer 2024-11-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54364-1 PMID:39550375	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了前列腺癌治疗过程中肿瘤微环境的转录组景观，并识别了club-like细胞作为与免疫抑制性髓系细胞相互作用的关键上皮细胞亚型	首次全面描绘了前列腺癌治疗时间线上多个时间点的肿瘤微环境转录组景观，并发现club-like细胞与免疫抑制性髓系细胞的相互作用及其在前列腺癌治疗抵抗中的作用	研究样本量相对有限（120例患者），且未深入探讨club-like细胞与PMN-MDSC相互作用的分子机制	探索前列腺癌治疗抵抗的机制，特别是肿瘤微环境在其中的作用	前列腺癌患者的肿瘤微环境，特别是club-like细胞和免疫抑制性髓系细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	转录组数据	120例前列腺癌患者
318	2025-05-22	GPRC5A promotes lung colonization of esophageal squamous cell carcinoma 2024-11-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54251-9 PMID:39550386	research paper	该研究探讨了GPRC5A在食管鳞状细胞癌（ESCC）早期扩散和肺转移中的作用及其机制	发现GPRC5A通过WWP1/LATS1/YAP1信号通路促进ESCC的早期扩散和肺转移，并提出了针对该通路的治疗策略	研究样本量有限（148例ESCC患者），且机制研究主要在体外和动物模型中进行	探究ESCC早期扩散细胞（DCCs）在肺中定植和转移的分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）的早期扩散细胞和肺转移灶	癌症生物学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	148例ESCC患者
319	2025-05-22	Defective germinal center selection results in persistence of self-reactive B cells from the primary to the secondary repertoire in Primary Antiphospholipid Syndrome 2024-11-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54228-8 PMID:39548093	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）谱分析、CITEseq分析和单细胞永生化技术，探讨了原发性抗磷脂综合征（PAPS）中自身反应性B细胞的起源	揭示了抗磷脂特异性B细胞在PAPS患者中的存在、多反应性及其从天然库中衍生的特性，并发现这些细胞在PAPS患者中未被清除，持续存在于记忆和长寿命浆细胞阶段	研究样本仅限于三重阳性PAPS患者，可能无法代表所有PAPS患者的情况	阐明PAPS中自身反应性B细胞的生存机制，并探索潜在的治疗靶点	PAPS患者的周围血液和骨髓中的B细胞	免疫学	原发性抗磷脂综合征	单细胞RNA测序、BCR谱分析、CITEseq分析、单细胞永生化	NA	单细胞RNA测序数据、BCR序列数据	三重阳性PAPS患者的周围血液和骨髓样本
320	2025-05-22	Multi-omics with dynamic network biomarker algorithm prefigures organ-specific metastasis of lung adenocarcinoma 2024-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53849-3 PMID:39543109	研究论文	本研究通过动态网络生物标志物算法和多组学数据，预测肺腺癌的器官特异性转移	利用动态网络生物标志物算法和单细胞RNA测序数据，定位癌细胞转移前状态及其基因特征，并构建神经网络模型预测癌细胞转移轨迹	研究仅基于两个临床队列，样本量可能有限	早期检测肺腺癌转移，提高患者生存率	肺腺癌患者及其转移病灶	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、液相色谱-质谱联用技术	神经网络	基因表达数据、血清蛋白质组数据	两个临床队列，涵盖四种主要类型的肺腺癌远处转移