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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-06-20 |
CellSTAR: a comprehensive resource for single-cell transcriptomic annotation
2024-01-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad874
PMID:37855686
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研究论文 | CellSTAR是一个全面的单细胞转录组注释资源数据库,整合了 expertly 注释的参考数据和数万个标记基因,用于细胞类型注释 | 首次提供涵盖数百种细胞类型的综合专家注释参考数据,并整合了参考数据和标记基因的集体考量 | 无可用信息 | 开发一个全面的单细胞转录组注释资源数据库,支持细胞类型注释和细胞异质性研究 | 单细胞转录组数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | 无可用信息 | 单细胞转录组测序 | NA | 文本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 302 | 2026-06-20 |
CellCommuNet: an atlas of cell-cell communication networks from single-cell RNA sequencing of human and mouse tissues in normal and disease states
2024-01-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad906
PMID:37850657
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research paper | CellCommuNet是一个综合性数据资源,用于探索人类和小鼠组织在正常和疾病状态下单细胞RNA测序数据中的细胞间通信网络 | 首次构建了包含376个单数据集和118个疾病与正常样本比较数据集的细胞间通信网络图谱,提供交互式图形展示和差异分析功能 | NA | 建立全面的细胞间通信网络数据库,促进生物学研究 | 人类和小鼠组织在正常和疾病状态下的单细胞RNA测序数据 | machine learning | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 376个单数据集和118个比较数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 303 | 2026-06-20 |
CD73-generated extracellular adenosine promotes resolution of neutrophil-mediated tissue injury and restrains metaplasia in pancreatitis
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201537R
PMID:36468677
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研究论文 | 本研究探讨CD73产生的胞外腺苷在胰腺炎中促进中性粒细胞介导的组织损伤消退并抑制化生的作用 | 首次证明CD73缺失会加剧胰腺炎严重程度,并揭示通过清除中性粒细胞可减轻化生和急性胰腺炎,为CD73增强剂作为治疗策略提供新依据 | 研究主要基于小鼠模型,未在人胰腺炎样本中进行验证;且未深入探讨腺苷受体亚型的具体机制 | 阐明CD73产生的胞外腺苷在胰腺炎炎症消退和组织损伤修复中的关键作用 | CD73敲除和野生型C57BL/6小鼠的胰腺组织及浸润免疫细胞 | 机器学习 | 胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及CD73敲除和野生型小鼠,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 304 | 2026-06-20 |
Comparative single-cell transcriptomic analysis reveals differences in signaling pathways in gonadal primordial germ cells between chicken (Gallus gallus) and zebra finch (Taeniopygia guttata)
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201569R
PMID:36520042
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较鸡和斑胸草雀生殖腺原始生殖细胞中的信号通路差异 | 首次进行跨物种鸟类单细胞转录组分析,揭示了鸡形目和雀形目之间生殖细胞发育的信号通路差异 | NA | 探究鸡和斑胸草雀生殖腺原始生殖细胞及周围细胞的物种特异性特征 | 鸡和斑胸草雀的生殖腺原始生殖细胞及周围体细胞 | 机器学习和基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 305 | 2026-06-20 |
A single-cell transcriptomic atlas characterizes cell types and their molecular features in yak ovarian cortex
2023-01, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202201176RR
PMID:36527406
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建牦牛卵巢皮层的细胞图谱,表征细胞类型及其分子特征 | 首次构建了牦牛卵巢皮层的单细胞转录组图谱,并鉴定出八种主要细胞类型及其标志基因 | 未提供样本量信息,且仅对卵母细胞进行了亚型分类,其他细胞类型的异质性有待进一步探索 | 揭示牦牛卵巢皮层的细胞组成和分子特征,为理解雌性生殖生物学提供见解 | 牦牛卵巢皮层组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 306 | 2026-06-19 |
Integrative single-cell and spatial transcriptomics analysis reveals a baicalein-responsive 10-gene signature for non-small cell lung cancer
2026-Aug, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102853
PMID:42251782
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研究论文 | 整合单细胞和空间转录组学分析揭示了黄芩素应答的10基因签名用于非小细胞肺癌 | 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序、批量转录组学、空间转录组学、机器学习和体外实验,系统鉴定非小细胞肺癌中黄芩素应答基因,并建立了高诊断准确性的10基因签名,通过分子对接和动力学模拟验证了黄芩素与关键靶蛋白的结合稳定性 | 研究主要基于公开数据和体外实验,缺乏体内动物模型和临床试验验证,且黄芩素的具体作用机制仍需进一步深入探究 | 识别非小细胞肺癌中黄芩素应答基因并建立诊断签名 | 非小细胞肺癌细胞系(PC-9和A549细胞)及肿瘤微环境中的不同细胞类型 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组学, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习模型(用于选择基因签名) | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 未明确说明样本数量,但使用了公开数据集及体外实验中的PC-9和A549细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 307 | 2026-06-19 |
Telomerase-related gene EHHADH drives lung cancer progression and shapes the immunosuppressive tumor microenvironment
2026-Aug, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102852
PMID:42269569
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研究论文 | 本研究基于端粒酶相关基因构建肺癌预后风险模型,发现EHHADH驱动肺癌进展并塑造免疫抑制性肿瘤微环境 | 首次从端粒酶相关基因角度构建肺癌预后模型,并发现EHHADH作为关键致癌驱动基因在免疫逃逸中的作用 | 未在更大规模临床队列中验证模型,EHHADH的分子机制仍需进一步深入探索 | 评估端粒酶相关基因在肺癌中的预后价值及其对肿瘤微环境的影响 | 肺癌患者样本及公开数据集中的端粒酶相关基因 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归风险模型 | 基因表达数据 | 来自七个公开数据集的肺癌病例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 308 | 2026-06-19 |
Transcriptome profiling of peripheral blood for inflammatory subtype classification and diagnostic model construction in asthma
2026-Jul, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma
DOI:10.1080/02770903.2026.2633354
PMID:41732097
|
研究论文 | 通过外周血转录组测序进行哮喘炎症亚型分类并构建诊断模型 | 首次利用外周血转录组学数据,结合批量RNA测序和单细胞RNA测序,通过多级验证识别哮喘炎症亚型的关键生物标志物 | 研究主要基于公共数据库的样本,可能无法完全代表不同人群的异质性,且验证仅通过体外细胞模型进行 | 利用外周血转录组学识别哮喘炎症亚型并筛选候选生物标志物 | 哮喘患者的外周血样本 | 机器学习 | 哮喘 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | LASSO, SVM-RFE | RNA测序数据 | GSE69683数据集(批量RNA测序)和GSE172495数据集(单细胞RNA测序) | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 309 | 2026-06-19 |
Integrated bulk and single-cell RNA sequencing reveals peripheral immune dysregulation in adolescent major depressive disorder
2026-Jul, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106512
PMID:41740874
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研究论文 | 通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示青少年重度抑郁症的外周免疫失调 | 首次结合批量与单细胞RNA测序对青少年重度抑郁症进行多组学分析,揭示其独特的外周免疫基因下调模式,并发现现有单胺类抗抑郁药物对免疫失调的纠正作用有限 | 样本量较小(仅4例患者和4例对照进行单细胞测序),且未涉及药物治疗的长期跟踪 | 利用多组学方法表征青少年重度抑郁症的外周转录变化,探索免疫相关机制及潜在治疗靶点 | 青少年重度抑郁症患者的外周血样本 | 自然语言处理 | 青少年抑郁症 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、Connectivity Map分析 | NA | 基因表达数据 | 180例MDD患者和99名健康对照的批量RNA测序,其中4例患者和4名对照进行单细胞测序 | Illumina | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NovaSeq | NA |
| 310 | 2026-06-19 |
Integrative single-cell and bulk transcriptomics analysis reveals cellular heterogeneity, immune microenvironment dynamics, and prognostic signatures in oral squamous cell carcinoma
2026-Jul, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2026.100432
PMID:42140356
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组学分析,揭示了口腔鳞状细胞癌的细胞异质性、免疫微环境动态及预后标志物 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学与批量转录组数据,系统解析了OSCC的细胞异质性、免疫微环境动态及预后特征,并识别出六基因预后标志和免疫治疗响应生物标志 | 未提及明确局限,但样本量(如复发与非复发病例数)未详细说明,可能影响结论的普适性 | 阐明口腔鳞状细胞癌的分子和细胞复杂性,为精准治疗策略提供依据 | 口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本,包括HPV阳性、HPV阴性、复发和非复发病例 | 计算机视觉 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、甲基化测序 | Kaplan-Meier生存分析、GSEA通路富集分析、降维和轨迹推断 | 基因表达数据 | 未明确提及总体样本量,但涉及HPV阳性、HPV阴性、复发和非复发病例等多个亚组 | 10x Genomics, Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium 单细胞3'试剂盒, 10x Visium 空间基因表达解决方案, Illumina NovaSeq 测序平台 |
| 311 | 2026-06-19 |
Single-nucleus multi-omics dissection of dysregulated trophoblast development and disrupted immune microenvironment in complete hydatidiform moles
2026-Jul, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3191-5
PMID:41772202
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研究论文 | 通过单核多组学分析揭示完全性葡萄胎中滋养层发育失调和免疫微环境紊乱的细胞与分子机制 | 首次整合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学构建完全性葡萄胎的细胞图谱,并鉴定出RASA1作为新的关键调控因子 | 样本量有限且仅关注完全性葡萄胎,未涉及部分性葡萄胎或其他妊娠相关疾病 | 阐明完全性葡萄胎中滋养层细胞发育异常和免疫微环境紊乱的分子机制 | 完全性葡萄胎与孕龄匹配对照组的胎盘组织样本 | 机器学学 | 妊娠滋养层疾病 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 机器学习 | NA | 单细胞转录组, 单细胞染色质可及性, 空间转录组数据 | 完全性葡萄胎和对照组胎盘组织样本 | 10x Genomics, Illumina | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium 空间基因表达, Illumina NovaSeq 测序平台 |
| 312 | 2026-06-19 |
Spatial transcriptomics identifies distinct domains regulating yield-component traits of the wheat ear
2026-Jun-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aed1407
PMID:42308303
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研究论文 | 利用空间转录组学分析小麦花序发育过程中的转录景观,鉴定出两个空间上不同的区域调控小穗结构与产量相关性状 | 首次运用空间转录组学技术研究小麦花序的转录图谱,揭示了两个调控小穗结构的空间不同区域及其基因表达特征 | 未明确说明局限性,但可能包括样本数量有限或实验条件限制 | 探究小麦花序发育过程中基因如何相互作用调控花序形态及支持结构的发育 | 发育中的小麦花序 | 数字病理学、机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 未明确说明 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 313 | 2026-06-19 |
Spatial transcriptome mapping identifies Ppara-Anxa2 cross-talk in microplastic-induced hepatotoxicity
2026-Jun-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec8681
PMID:42308314
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研究论文 | 通过空间转录组分析揭示聚乙烯微塑料通过Ppara-Anxa2信号通路导致肝脏毒性的机制 | 首次结合整体和空间转录组学分析,鉴定出Ppara通过增强子和启动子结合调控Anxa2,揭示了微塑料诱导肝毒性的细胞异质性和空间转录特征 | 未明确描述研究局限 | 探究聚乙烯微塑料在代谢正常和代谢功能障碍相关脂肪性肝炎饮食条件下对肝脏的毒性机制 | 小鼠肝脏组织 | 空间转录组学 | 肝脏毒性 | 整体转录组测序,空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 研究者喂食标准或MASH诱导饮食的小鼠 | NA | 整体RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 314 | 2026-06-19 |
CXCL12 upregulates PD-L1 expression and promotes M2 polarisation of tumour-associated macrophages to confer anti-PD-1 resistance in gastric cancer
2026-Jun-18, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association
IF:6.0Q1
DOI:10.1007/s10120-026-01769-0
PMID:42310180
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研究论文 | 探究 CXCL12 通过上调 PD-L1 表达和促进肿瘤相关巨噬细胞 M2 极化导致胃癌抗 PD-1 耐药的机制 | 首次发现 CXCL12 作为胃癌抗 PD-1 耐药新基因,揭示 CXCL12/CXCR4/PI3K/AKT/HIF-1α 轴通过双重途径促进耐药 | NA | 阐明 CXCL12 在胃癌抗 PD-1 耐药中的作用及机制 | 抗 PD-1 耐药胃癌小鼠模型、人及小鼠胃癌细胞系 | machine learning | 胃癌 | 单细胞转录组测序、分子对接、药物亲和力响应靶标稳定性实验、RT-qPCR、ELISA、免疫荧光、蛋白质印迹 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 315 | 2026-06-19 |
Identifying breast cancer subtypes and exploring spatial expression patterns of the key subtype-specific gene based on pathological images, single-cell sequencing, and spatial transcriptomic data
2026-Jun-18, Breast cancer (Tokyo, Japan)
DOI:10.1007/s12282-026-01883-y
PMID:42310259
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研究论文 | 基于病理图像、单细胞测序和空间转录组数据识别乳腺癌亚型并探索关键亚型特异性基因的空间表达模式 | 结合病理图像特征提取、共识聚类和空间转录组学分析,识别出与预后相关的乳腺癌亚型,并揭示关键基因ESRP1在肿瘤区域中的空间分布及其与成纤维细胞的共定位模式 | 未明确说明方法的局限性 | 基于病理图像特征识别乳腺癌的预后亚型,并利用空间转录组学和单细胞RNA测序探索其潜在的分子和细胞机制 | 乳腺癌患者 | 计算机视觉, 自然语言处理, 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | H&E染色图像, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Cox回归, 机器学习, 共识聚类, WGCNA, Lasso回归 | 图像, 文本 | TCGA-BRCA数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 316 | 2026-06-19 |
TYRP1 defines a proliferative melanoma cell subpopulation, driving malignant progression and therapy resistance via the GPNMB-Notch1-SOX10/MITF axis
2026-Jun-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08436-z
PMID:42310652
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研究论文 | 本研究鉴定了TYRP1阳性的黑色素瘤细胞亚群,并阐明其通过GPNMB-Notch1-SOX10/MITF轴驱动肿瘤恶性进展和治疗耐药性的机制 | 首次发现TYRP1作为高度增殖的黑色素瘤亚群标志物,揭示其通过GPNMB-Notch1-SOX10/MITF正反馈环路驱动肿瘤进展并影响治疗反应 | 未探讨TYRP1亚群在转移能力外的其他恶性特征,且临床样本量及其异质性的影响需进一步验证 | 表征TYRP1阳性黑色素瘤细胞的功能特性及其在肿瘤增殖、信号调控和治疗反应中的作用 | TYRP1阳性的黑色素瘤细胞亚群 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 原发性和转移性黑色素瘤样本(具体数量未说明),以及患者来源类器官和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 317 | 2026-06-19 |
Integrated Bioinformatics and Explainable Machine Learning Analyses Reveal Mesenchymal Stem Cell Exosome-Related Biomarkers for Diabetic Retinopathy
2026-Jun-18, Journal of ocular pharmacology and therapeutics : the official journal of the Association for Ocular Pharmacology and Therapeutics
IF:1.9Q3
DOI:10.1177/10807683261460674
PMID:42311145
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研究论文 | 通过整合生物信息学和可解释机器学习分析,发现间充质干细胞外泌体相关的糖尿病视网膜病变生物标志物 | 首次结合Mfuzz聚类、可解释机器学习(LASSO和随机森林)与单细胞RNA测序,从间充质干细胞外泌体相关基因中识别出YBX1和PSMA7作为糖尿病视网膜病变的核心生物标志物,并基于此构建了诊断预测模型 | 诊断模型的AUC仅超过0.7,临床效用和治疗相关性仍需进一步研究验证 | 识别与间充质干细胞外泌体相关的糖尿病视网膜病变潜在生物标志物 | 糖尿病视网膜病变小鼠模型的视网膜组织 | 机器学习 | 糖尿病视网膜病变 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 蛋白质印迹法 | LASSO回归, 随机森林 | 转录组数据, 蛋白质数据, 单细胞RNA测序数据 | 糖尿病视网膜病变小鼠模型样本(数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 318 | 2026-06-19 |
Deciphering the metabolic landscape of MYCN non-amplified neuroblastoma through integrated multiomics
2026-Jun-18, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.70595
PMID:42311143
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、蛋白质组学和代谢组学,系统解析了MYCN非扩增型神经母细胞瘤的代谢特征,特别是脂质代谢重编程在高危疾病进展中的关键作用 | 首次对MYCN非扩增型神经母细胞瘤进行多组学整合代谢特征分析,结合单细胞RNA测序、蛋白质组学和代谢组学,并利用随机森林分类器和双向正交偏最小二乘法筛选生物标志物,揭示了脂质代谢重编程在高危疾病进展中的核心作用 | 样本量较小(仅22例神经母细胞瘤样本),可能限制结果的普遍性;缺乏功能验证实验来确认鉴定到的关键分子(如RPL9和POLR2G)和代谢物的因果关系 | 阐明MYCN非扩增型神经母细胞瘤的代谢景观,揭示脂质代谢重编程在其发病机制中的重要作用,并识别潜在的治疗靶点 | 22例神经母细胞瘤样本(包括MYCN扩增组和MYCN非扩增组) | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 代谢组学, 多组学整合分析 | 随机森林分类器 | 单细胞转录组, 蛋白质组, 代谢组 | 22例神经母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | NA |
| 319 | 2026-06-19 |
Slit2/Robo Signaling Restores Diabetic Erectile Function via Neurovascular Remodeling
2026-Jun-18, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70288
PMID:42312595
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研究论文 | 本文研究了Slit2/Robo信号通路在糖尿病性勃起功能障碍中通过神经血管重塑恢复勃起功能的作用 | 首次揭示了Slit2/Robo信号通路在糖尿病性勃起功能障碍中的调控作用,并通过AAV递送Slit2实现了同步的神经血管再生和功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证,且AAV递送的安全性和长期效果需要进一步评估 | 探索Slit2/Robo信号通路在糖尿病性勃起功能障碍中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 糖尿病小鼠的阴茎海绵体组织 | 数字病理学 | 糖尿病相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 胚胎到出生后阶段的生殖结节样本以及糖尿病和对照小鼠的阴茎海绵体组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 320 | 2026-06-19 |
Comprehensive multi-omic profiling of desmoplastic small round cell tumors identifies targetable pathways with therapeutic opportunities
2026-Jun-18, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-25-1134
PMID:42312950
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研究论文 | 对促纤维增生性小圆细胞肿瘤进行综合多组学分析,确定具有治疗机会的可靶向通路 | 首次对DSRCT患者肿瘤样本进行综合多组学分析,结合单细胞和整体RNA测序、蛋白质分析、免疫功能检测和同源重组缺陷功能性检测,揭示了患者特异性脆弱点和可靶向的生物学特征 | 样本量较小,仅来自5名患者的9个肿瘤活检样本 | 深入表征DSRCT肿瘤特征,发现可靶向通路以指导精准治疗策略 | 促纤维增生性小圆细胞肿瘤(DSRCT) | 机器学习 | 肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质谱, 免疫组化, 功能性HRD检测 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 蛋白质数据 | 5名患者的9个肿瘤活检样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq, 整体RNA-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序, Illumina NovaSeq整体RNA-seq |