单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28527 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-06-05 |
Transcriptional signatures of endothelial cells shape immune responses in cardiopulmonary health and disease
2025-May-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.191059
PMID:40401523
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review | 本文综述了心肺血管系统中内皮细胞（ECs）在健康和疾病状态下对免疫反应的调控作用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了心肺血管系统中内皮细胞的异质性及其免疫调节特性 | NA | 探讨内皮细胞在心肺健康和疾病中的免疫调节功能 | 心肺血管系统中的内皮细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 302 | 2025-06-05 |
Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration
2025-May-22, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01955-w
PMID:40404995
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研究论文 | 研究揭示了小胶质细胞激活通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进衰老相关白质退化的机制 | 揭示了CXCL10-CXCR3轴在衰老白质中CD8 T细胞招募和保留中的关键作用，以及这些细胞对白质退化的致病影响 | 研究主要基于小鼠模型，人类衰老白质退化的直接证据仍需进一步研究 | 探究衰老相关白质退化中小胶质细胞的功能及其与免疫系统的相互作用 | 小鼠的髓鞘化轴突和白质 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 303 | 2025-06-05 |
Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653878
PMID:40463198
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研究论文 | 该研究通过单细胞转录组学分析，发现低强度I型干扰素信号可增强CAR T细胞治疗r/r DLBCL的疗效 | 提出了一种利用低强度I型干扰素信号增强CAR T细胞疗效的新策略，并验证了其在不同共刺激信号CAR T细胞中的普适性 | 研究样本量较小（8例患者），需要在更大规模临床试验中验证 | 提高CD19靶向CAR T细胞治疗复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤的疗效 | 复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者 | 肿瘤免疫治疗 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 8例r/r DLBCL患者 |
| 304 | 2025-06-05 |
Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation
2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.653660
PMID:40463134
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研究论文 | 该研究通过纵向单细胞转录组测序揭示了RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化早期驱动因子的作用 | 首次发现t-NEPC发展过程中的早期中间过渡细胞状态，并鉴定RUNX1T1为NEPC转分化的关键转录调控因子 | 研究基于PDX模型，可能不完全反映人类肿瘤的复杂性 | 阐明治疗诱导神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)发展的分子机制 | 前列腺癌腺癌向神经内分泌癌转分化过程 | 数字病理学 | 前列腺癌 | scRNA-seq | PDX模型 | 单细胞转录组数据 | 7个时间点的LTL331/331R PDX模型样本 |
| 305 | 2025-06-05 |
Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.654160
PMID:40462922
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研究论文 | 本文研究了肌肉中Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨折修复中的关键作用 | 揭示了Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨折修复中的新机制，即这些细胞可以从肌肉迁移到骨折部位并分化为软骨细胞、成骨细胞和骨细胞 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证；在膜内骨损伤模型中，Prg4+ FAPs的贡献显著低于骨折模型 | 探究肌肉细胞在骨折修复中的作用机制 | 小鼠模型中的Prg4+纤维脂肪祖细胞 | 骨科学 | 骨折 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 小鼠骨折模型和膜内骨损伤模型 | 基因表达数据和细胞定位数据 | 未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型进行研究 |
| 306 | 2025-06-05 |
Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.653860
PMID:40463072
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研究论文 | 本研究揭示了选择性抑制GSK3α通过BRD0705促进多种干细胞状态的自我更新能力 | 首次发现选择性GSK3α抑制剂BRD0705可独立于β-catenin信号通路支持多种干细胞的长期自我更新，并开发出能稳定共培养不同多能干细胞状态的BRD0705/IWR1组合培养体系 | 研究仅在小鼠干细胞模型中进行，尚未验证其在人类干细胞中的适用性 | 探究选择性GSK3α抑制对干细胞自我更新能力的调控作用 | 小鼠胚胎干细胞(ESCs)、外胚层干细胞(EpiSCs)和神经干细胞(NSCs) | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、表观基因组分析 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 多种小鼠干细胞系（具体数量未明确说明） |
| 307 | 2025-06-05 |
Single-Cell RNA Sequencing and Inferred Protein Activity Analysis Reveal a Distinct Tumor Phenotype in Early-Onset Colorectal Cancer Patients
2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.653154
PMID:40462964
|
research paper | 通过单细胞RNA测序和推断的蛋白质活性分析，揭示了早发性结直肠癌患者的独特肿瘤表型 | 整合公共数据和内部临床样本，结合scRNA-seq和mIF技术，首次定义了EO-CRC中一个以前未被识别的上皮亚群，该亚群以TLR4和CCR5的高表达为特征 | 研究样本量可能有限，且仅比较了EO-CRC和LO-CRC，未涉及其他类型的结直肠癌 | 探究早发性结直肠癌（EO-CRC）与晚发性结直肠癌（LO-CRC）在分子和微环境驱动因素上的差异 | 早发性结直肠癌（EO-CRC）和晚发性结直肠癌（LO-CRC）患者 | digital pathology | colorectal cancer | scRNA-seq, mIF, VIPER | NA | RNA sequencing data, immunofluorescence data | 公共数据和内部临床样本（具体数量未提及） |
| 308 | 2025-06-05 |
High-Resolution Spatial Profiling of Microglia Reveals Proximity Associated Immunometabolic Reprogramming in Alzheimer's Disease
2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654329
PMID:40462993
|
研究论文 | 利用高分辨率空间转录组学技术揭示阿尔茨海默病中小胶质细胞的免疫代谢重编程 | 首次提供了跨物种、解剖区域和AD病理负担的小胶质细胞免疫代谢状态的高分辨率图谱 | 研究依赖于小鼠模型和人类尸检组织，可能无法完全反映活体情况 | 探究阿尔茨海默病病理标志物附近小胶质细胞基因表达与代谢特征的关系 | PS19、APP/PS1和5xFAD小鼠模型及人类死后背外侧前额叶皮层组织 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 高分辨率空间转录组学(Xenium平台) | 机器学习 | 空间转录组数据 | 三种小鼠模型和人类尸检组织 |
| 309 | 2025-06-05 |
PML1-Mediated Feedforward Loop Through PI3K and MAPK Axes Drives Endocrine Resistance
2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.653365
PMID:40463196
|
研究论文 | 该研究揭示了PML1通过PI3K和MAPK信号轴驱动的正反馈环路在雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗中的作用 | 首次发现PML1蛋白是克服内分泌抵抗的关键治疗靶点，并阐明了其通过PI3K/MAPK信号轴形成正反馈环路的分子机制 | 研究主要基于细胞实验和部分临床样本分析，尚未进行大规模临床试验验证 | 探索雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 雌激素受体阳性乳腺癌细胞及内分泌治疗耐药机制 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | scRNA-seq分析、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质水平数据 | 多种内分泌治疗耐药细胞系（包括4-羟基他莫昔芬、氟维司群、elacestrant和CDK4/6抑制剂耐药细胞） |
| 310 | 2025-06-05 |
Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy
2025-May-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842
PMID:40187353
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研究论文 | 通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联 | 首次在六种癌症类型中大规模分析T细胞克隆的动态变化，发现响应与非响应患者之间CD8克隆扩增的显著差异，并揭示了克隆转录状态与患者反应之间的联系 | 研究样本量虽大但仅涵盖六种癌症类型，可能无法代表所有癌症类型的T细胞反应 | 探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联 | T细胞克隆 | 免疫治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序/T细胞受体测序 | NA | 单细胞测序数据 | 460个样本中的767,606个T细胞，涵盖六种癌症类型 |
| 311 | 2025-06-05 |
Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response
2025-May-14, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050575
PMID:40428397
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research paper | 该研究通过基因组关联研究（GWAS）和功能基因组分析，识别出与自身免疫/自身炎症性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并提出了可能的癌症免疫治疗靶点 | 首次系统地搜索具有自身免疫疾病和癌症风险相反效应的遗传变异，并识别出五个可能的癌症免疫治疗靶点基因 | 研究依赖于GWAS数据，可能受到样本选择和统计方法的限制，且功能验证尚未在实验中进行 | 识别与自身免疫疾病和癌症风险相反的遗传变异，以发现潜在的癌症免疫治疗靶点 | 乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者及自身免疫/自身炎症性疾病患者 | genetics | breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, autoimmune/autoinflammatory diseases | GWAS, RNA-Seq, single-cell RNA-Seq | NA | genomic data, RNA-Seq data | 240,540 癌症病例/317,000 对照, 112,631 自身免疫病例/895,386 对照 |
| 312 | 2025-06-05 |
Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652924
PMID:40463031
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research paper | 研究肽基精氨酸脱亚胺酶（PADs）对脊髓损伤后中性粒细胞功能及长期恢复的性别依赖性影响 | 首次描述了脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能中的性别差异，并强调了在临床前研究中纳入两性的重要性 | 未观察到PAD4缺失对运动恢复的影响，仅观察到对组织保留的性别依赖性效应 | 探讨PADs在脊髓损伤恢复中的作用及其性别差异 | 小鼠模型中的中性粒细胞功能及脊髓损伤后的恢复情况 | 神经科学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和公开的scRNA-seq数据 |
| 313 | 2025-06-05 |
Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653038
PMID:40463045
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research paper | 该研究提出了scCellFie，一个从人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据推断代谢活动的计算框架 | 开发了一个可扩展的计算工具箱scCellFie，用于从转录组数据中提取可解释的代谢功能，并生成了跨人类器官的综合代谢图谱 | 方法依赖于转录组数据间接推断代谢活动，而非直接测量 | 通过计算框架推断单细胞和空间分辨率的代谢活动 | 人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据 | computational biology | endometriosis, endometrial carcinoma | single-cell and spatial transcriptomics | scCellFie | transcriptomic data | 约3000万个细胞图谱 |
| 314 | 2025-06-05 |
In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653118
PMID:40463110
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research paper | 该文章介绍了一种名为BCR-MERFISH的新技术，用于在组织中原位分析浆细胞的克隆性，并结合转录组分析 | 提出了BCR-MERFISH技术，能够基于V基因使用情况区分浆细胞克隆，并结合转录组分析，填补了现有方法在适应性免疫中功能变异定义的空白 | NA | 开发一种新技术以在组织中原位分析浆细胞的克隆性，并研究其在免疫学问题中的应用 | 浆细胞 | 免疫学 | NA | BCR-MERFISH（B细胞受体多重误差稳健荧光原位杂交） | NA | 单细胞转录组数据 | 细胞培养和小鼠模型 |
| 315 | 2025-06-05 |
Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652873
PMID:40463189
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研究论文 | 本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果，发现两者在运动恢复和组织病理学上相似，但在特定细胞亚群上存在差异 | 首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究，揭示了年龄相关的细胞亚群差异 | 研究仅比较了年轻和中老年两个年龄段，未涵盖更广泛的年龄范围 | 探究年龄对脊髓损伤后病理生物学反应的影响 | 年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠 | 分子病理学 | 脊髓损伤 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和中老年小鼠群体(具体数量未提及) |
| 316 | 2025-06-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653730
PMID:40463227
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体 | 结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并识别了多种衰老类型及其相关通路 | 研究仅基于etoposide处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物 | 区分化疗后细胞静止和衰老状态，并探索其转录组特征 | 化疗处理后的细胞 | 单细胞测序 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 时间推移成像 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA |
| 317 | 2025-06-05 |
Popari: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652741
PMID:40462963
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research paper | 介绍了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，以捕捉空间组织的条件特异性变化 | Popari模型通过差异先验和空间下采样技术，实现了多分辨率的层次分析，能够联合学习空间元基因及其在样本间的空间亲和性 | NA | 开发一个通用的、可解释的框架来分析多样本空间转录组数据中的变异 | 多样本空间转录组数据 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病（AD）、卵巢癌 | 空间转录组学技术（SRT） | 概率图模型 | 空间转录组数据 | 多个样本，包括小鼠大脑（STARmap PLUS）、胸腺（Slide-TCR-seq）和卵巢癌（CosMx）数据 |
| 318 | 2025-06-05 |
Pseudoassembly of k-mers
2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.11.653354
PMID:40463286
|
research paper | 介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法 | 提出了一种名为klue的程序，能够将k-mer组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列 | NA | 识别基因组序列中的变异 | 小鼠黑色素瘤模型的单细胞RNA-seq数据 | genomics | melanoma | single-cell RNA-seq | colored de Bruijn graphs | genomic sequences | NA |
| 319 | 2025-06-05 |
CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models
2025-May-13, ArXiv
PMID:40463689
|
research paper | 介绍了一种名为CellTypeAgent的可信大语言模型代理，用于单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释 | 结合大语言模型与相关数据库验证，提高了细胞类型注释的准确性并减少了幻觉现象 | NA | 提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的效率和可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型(LLM) | RNA测序数据 | 9个真实数据集，涉及36个组织的303种细胞类型 |
| 320 | 2025-06-05 |
Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability
2025-May-12, ArXiv
PMID:40463696
|
研究论文 | 提出了一种利用大型语言模型（LLMs）和NCBI基因数据库的基因特异性文本注释生成生物上下文细胞嵌入的新框架 | 通过结合单细胞RNA测序数据和基因描述文本，利用LLMs生成语义丰富的细胞嵌入表示，为细胞类型聚类和细胞脆弱性分析提供更可解释的方法 | NA | 解决计算生物学中通过单细胞水平测序数据理解细胞身份和功能的关键挑战 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | OpenAI text-embedding-ada-002, text-embedding-3-small, text-embedding-3-large, BioBERT, SciBERT | 基因表达数据和文本数据 | NA |