单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 31941 - 31960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 31941 | 2024-08-09 |
Genome-wide association and sequencing studies on colorectal cancer
2013-Dec, Seminars in cancer biology
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.semcancer.2013.09.005
PMID:24096009
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研究论文 | 本文通过全基因组关联研究和测序分析，探讨了结直肠癌的遗传机制 | 采用了全基因组突变分析和新兴的元基因组及单细胞测序技术 | 仍需解决结直肠癌流行病学变化、遗传检测问题及基因组数据的临床应用 | 提高结直肠癌的风险预测、预后评估和治疗效果 | 结直肠癌的遗传机制 | NA | 结直肠癌 | 全基因组关联研究、元基因组测序、单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31942 | 2024-08-09 |
Assembling single-cell genomes and mini-metagenomes from chimeric MDA products
2013-Oct, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2013.0084
PMID:24093227
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研究论文 | 本文介绍了用于识别和解析de Bruijn图中镶嵌边缘和复杂凸起的算法，显著提高了单细胞组装的质量，并描述了单细胞组装器SPAdes在捕获和测序“微生物暗物质”中的应用。 | 提出了新的算法来处理单细胞基因组学中的高镶嵌读取问题，并开发了SPAdes组装器，该组装器在单细胞细菌数据集上优于其他专门为单细胞测序设计的组装器。 | NA | 改进单细胞基因组和迷你元基因组的组装方法，以更好地进行全基因组测序。 | 单细胞基因组和迷你元基因组的组装算法及应用。 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | de Bruijn图 | 基因组数据 | 随机选择的单细胞组成的小池（迷你元基因组） | NA | NA | NA | NA |
| 31943 | 2024-08-09 |
Accounting for technical noise in single-cell RNA-seq experiments
2013-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.2645
PMID:24056876
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研究论文 | 本文开发了一种定量统计方法，用于区分单细胞RNA测序实验中的真实生物变异与高水平的实验技术噪声 | 提出了一个量化统计方法来区分单细胞RNA测序中的生物变异和技术噪声 | NA | 旨在区分单细胞RNA测序实验中的生物变异和技术噪声 | 单细胞RNA测序实验中的生物变异和技术噪声 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计方法 | 基因表达数据 | 使用了来自拟南芥和老鼠的两个独立数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 31944 | 2024-08-09 |
BAIT: Organizing genomes and mapping rearrangements in single cells
2013, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/gm486
PMID:24028793
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BAIT的软件，用于分析单细胞测序技术Strand-seq产生的数据，主要用于精细映射姐妹染色单体交换（SCEs）和其他重排 | BAIT软件能够识别和定位SCEs，并能改进已完成的参考基因组装配，识别出大约21 Mb的错误方向片段，并将超过一半的孤立片段定位到mm10/GRCm38中 | NA | 开发和验证一种新的软件工具，用于分析单细胞测序数据中的基因组重排 | 单细胞测序数据中的姐妹染色单体交换（SCEs）和其他重排 | 基因组学 | NA | 单细胞测序技术（Strand-seq） | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31945 | 2024-08-09 |
SAMstrt: statistical test for differential expression in single-cell transcriptome with spike-in normalization
2013-Nov-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btt511
PMID:23995393
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研究论文 | 本文介绍了SAMstrt，一个用于单细胞转录组差异表达分析的统计测试方法，支持内参标准化 | SAMstrt扩展了SAMseq方法，引入了内参标准化，并基于估计的每细胞绝对转录本数量进行统计测试 | NA | 重新审视单细胞转录组研究的统计假设 | 单细胞RNA-seq数据中的差异表达分析 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq | SAMseq | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31946 | 2024-08-09 |
Single cells from human primary colorectal tumors exhibit polyfunctional heterogeneity in secretions of ELR+ CXC chemokines
2013-Oct, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
IF:1.5Q4
DOI:10.1039/c3ib40059j
PMID:23995780
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研究论文 | 本文通过微刻技术和亚纳升孔阵列直接分析了数千个人类原发性结直肠肿瘤和基质细胞分泌的ELR+ CXC趋化因子的分泌行为 | 首次详细描述了单个细胞分泌ELR+ CXC趋化因子的多功能异质性 | NA | 研究肿瘤细胞分泌状态的复杂性和动态变化 | 人类原发性结直肠肿瘤和基质细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 微刻技术 | NA | 细胞分泌物 | 数千个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31947 | 2024-08-09 |
Distilled single-cell genome sequencing and de novo assembly for sparse microbial communities
2013-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btt420
PMID:23918251
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研究论文 | 本文介绍了一种新颖的分治方法，用于对微生物样本中所有不同基因组进行测序和从头组装，其测序成本和计算复杂度与基因组类型数量成正比，而非细胞数量。 | 提出了一种分治方法，通过减少与基因组类型数量成正比的测序成本和计算复杂度，有效降低了测序成本。 | NA | 旨在解决微生物样本中每个单细胞基因组识别的重要且具有挑战性的任务。 | 微生物样本中的单细胞基因组。 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组测序 | NA | 基因组数据 | 通常有数百万个细胞的微生物样本 | NA | NA | NA | NA |
| 31948 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells
2013-Sep, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/nsmb.2660
PMID:23934149
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了124个来自人类植入前胚胎和胚胎干细胞的单个细胞的基因表达 | 发现了22,687个母源表达基因，其中包括8,701个长非编码RNA，以及2,733个新的长非编码RNA，这些新发现的数量显著高于以往的研究 | NA | 探讨人类早期胚胎发育中基因调控网络的基因表达 | 人类植入前胚胎和胚胎干细胞的单个细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 124个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31949 | 2024-08-09 |
Single-neuron transcriptome and methylome sequencing for epigenomic analysis of aging
2013, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-62703-556-9_21
PMID:23929113
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研究论文 | 本文介绍了使用Aplysia作为单细胞水平上衰老基因组分析的模型，并提供了在衰老过程中对单独识别的神经元进行转录组和甲基组整合分析的协议 | 本文引入了单细胞RNA测序和DNA甲基化检测方法，这些方法与所有主要的下一代测序平台兼容，并能将表观遗传特征与转录输出整合 | NA | 研究正常衰老和与年龄相关疾病的机制 | 衰老过程中的单个神经元 | 数字病理学 | NA | 下一代测序平台（如Roche/454和SOLiD/Life Technologies） | NA | 转录组和甲基组数据 | 单独识别的神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 31950 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing-based technologies will revolutionize whole-organism science
2013-Sep, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/nrg3542
PMID:23897237
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学领域的应用及其对整个生物科学的影响 | 单细胞测序技术的发展将使许多新的和长期存在的问题得到解决，如细胞谱系关系、基于标记的细胞类型概念的替代以及单个细胞功能状态的分析 | NA | 探讨单细胞测序技术如何革新整个生物科学领域 | 单细胞测序技术在基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学中的应用 | 基因组学 | NA | 下一代测序技术 | NA | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31951 | 2024-08-09 |
Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing
2013-Aug-29, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/nature12364
PMID:23892778
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了从卵母细胞到桑椹胚阶段的人和鼠胚胎转录组动态变化 | 发现了新的阶段特异性单等位基因表达模式，并通过加权基因共表达网络分析揭示了每个发育阶段的功能模块 | NA | 揭示哺乳动物早期胚胎发育的基因调控机制 | 人和鼠的早期胚胎 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个人和鼠的早期胚胎样本 | NA | NA | NA | NA |
| 31952 | 2024-08-09 |
Single cell analysis of lymph node tissue from HIV-1 infected patients reveals that the majority of CD4+ T-cells contain one HIV-1 DNA molecule
2013, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1003432
PMID:23818847
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研究论文 | 本研究使用单细胞测序技术分析了来自HIV-1感染患者的淋巴结组织中的单个HIV-1 DNA分子，发现大多数CD4+ T细胞仅含有一个HIV-1 DNA分子。 | 本研究首次详细分析了感染细胞中前病毒的数量及其遗传关系，揭示了HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。 | 研究样本仅来自五名未经治疗的慢性感染患者，可能限制了结果的普遍性。 | 探讨HIV-1重组、遗传多样性和感染动态的机制。 | 来自HIV-1感染患者的淋巴结组织和外周血中的CD4+ T细胞。 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞测序 | NA | DNA | 五名未经治疗的慢性HIV-1感染患者 | NA | NA | NA | NA |
| 31953 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics for drug target discovery
2013-Oct, Current opinion in pharmacology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.coph.2013.04.011
PMID:23725882
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研究论文 | 本文探讨了单细胞转录组测序技术在药物靶点发现中的应用 | 介绍了新的样本制备技术、测序平台和生物信息学工具，提高了数据的数量和质量 | 单细胞测序技术仍处于相对初级阶段 | 探索单细胞测序技术在识别新药物靶点中的应用 | 单细胞转录组测序技术及其在药物靶点发现中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 31954 | 2024-08-09 |
Investigating evolutionary perspective of carcinogenesis with single-cell transcriptome analysis
2013-Dec, Chinese journal of cancer
DOI:10.5732/cjc.012.10291
PMID:23706768
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研究论文 | 本文开发了相变微流控装置用于大量单细胞的分子谱分析，并探讨了单细胞转录组分析技术在从进化角度研究白血病中耐药性发展中的应用。 | 本文采用单细胞技术克服了传统细胞裂解物中基因表达测量的细胞异质性问题，能够获取大量单细胞转录组数据，从而从进化角度研究癌症发生。 | NA | 研究癌症发生的进化视角以及白血病中耐药性的发展。 | 单细胞转录组数据及其在癌症治疗中的应用。 | 数字病理学 | 白血病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大量单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31955 | 2024-08-09 |
Rapid bacterial genome sequencing: methods and applications in clinical microbiology
2013-Sep, Clinical microbiology and infection : the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
IF:10.9Q1
DOI:10.1111/1469-0691.12217
PMID:23601179
|
综述 | 本文综述了高通量测序技术在临床微生物学中的应用及其革命性影响 | 高通量测序技术降低了测序成本并缩短了结果时间，使其在研究和诊断中更具吸引力 | NA | 探讨高通量测序技术如何革新临床微生物学及其未来潜力 | 包括目标DNA序列和抗原的快速鉴定、流行病学分型和病原体监测、以及抗生素抗性和毒力因子的研究 | NA | NA | 高通量测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31956 | 2024-08-09 |
Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity
2013-Apr-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/gb-2013-14-4-r31
PMID:23594475
|
研究论文 | 本研究介绍了一种名为Quartz-Seq的新型单细胞RNA测序方法，该方法具有更简单的实验流程和更高的重复性和灵敏度 | Quartz-Seq方法比现有方法更简单，重复性和灵敏度更高，能够定量检测各种非遗传细胞异质性 | NA | 开发一种高度可重复且敏感的单细胞RNA测序方法，以促进对非遗传细胞异质性的生物学角色和潜在机制的理解 | 单细胞RNA测序方法的开发及其在检测非遗传细胞异质性中的应用 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31957 | 2024-08-09 |
Nearly finished genomes produced using gel microdroplet culturing reveal substantial intraspecies genomic diversity within the human microbiome
2013-May, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.142208.112
PMID:23493677
|
研究论文 | 本文通过凝胶微滴培养技术揭示了人类微生物组中物种内基因组多样性 | 使用凝胶微滴培养技术减少了MDA反应中的偏差，并显著提高了基因组测序和组装的准确性 | MDA技术从单个染色体拷贝中存在放大偏差和大量特异性损失的问题 | 探索微生物基因组多样性，并改进基因组测序技术 | 人类口腔和粪便微生物组样本中的两种细菌物种 | NA | NA | 多重置换扩增(MDA) | NA | 基因组数据 | 数百至数千个遗传上相同的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31958 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing in its prime
2013-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.2523
PMID:23471069
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31959 | 2024-08-09 |
Inferring the kinetics of stochastic gene expression from single-cell RNA-sequencing data
2013-Jan-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/gb-2013-14-1-r7
PMID:23360624
|
research paper | 本文开发了一种统计框架，用于从单细胞RNA测序数据中研究随机基因表达的动力学 | 提出了一个新的统计模型，能够从单细胞RNA测序数据中推断基因表达的动力学参数，并发现组蛋白修饰对转录爆发的影响 | NA | 研究基因表达的动力学特性 | 单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | RNA-seq | 统计模型 | 数据 | 小鼠胚胎干细胞的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 31960 | 2024-08-09 |
High-throughput sequencing for biology and medicine
2013, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/msb.2012.61
PMID:23340846
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综述 | 本文综述了高通量测序技术在生物学和医学领域的广泛应用及其带来的新见解 | 介绍了高通量测序技术在转录组动态、基因组结构和基因组变异分析方面的创新方法 | 讨论了高通量测序在生物学和健康领域未来可能面临的障碍 | 探讨高通量测序技术在生物学和医学领域的新应用及其对复杂生物系统的洞察 | 涉及转录组、基因组结构、基因组变异、单细胞测序等多个生物学和医学研究对象 | 基因组学 | NA | 高通量测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |