单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32005 篇文献，本页显示第 31821 - 31840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 31821 | 2024-08-09 |
Assessment of megabase-scale somatic copy number variation using single-cell sequencing
2016-Mar, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.198937.115
PMID:26772196
|
研究论文 | 本文开发了一种方法，用于在单个体细胞中可靠地检测兆碱基尺度的体细胞拷贝数变异（CNVs） | 本文首次严格测试了单细胞测序在CNV检测中的性能，并开发了一种新方法来可靠地检测兆碱基尺度的体细胞CNVs | NA | 研究体细胞中兆碱基尺度的拷贝数变异是否被容忍或甚至被正向选择 | 体细胞中的兆碱基尺度拷贝数变异 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 跨组织的8%-9%的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31822 | 2024-08-09 |
Characterizing transcriptional heterogeneity through pathway and gene set overdispersion analysis
2016-Mar, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/nmeth.3734
PMID:26780092
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研究论文 | 本文开发了一种名为PAGODA的方法，用于通过分析基因集在测量细胞间的协调变异性来解析转录异质性的多个方面 | 提出了路径和基因集过度分散分析（PAGODA）方法，用于从单细胞RNA-seq数据中识别转录异质性的多个方面 | NA | 开发新方法以从单细胞RNA-seq数据中识别转录异质性的多个方面 | 单细胞RNA-seq数据中的转录异质性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31823 | 2024-08-09 |
Myelopoiesis Reloaded: Single-Cell Transcriptomics Leads the Way
2016-Jan-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2015.12.019
PMID:26789920
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研究论文 | 本文探讨了髓系造血过程中的谱系承诺，指出在共同髓系祖细胞阶段之前就存在向特定谱系的早期承诺 | 提出髓系造血过程中谱系承诺发生的时间比以往认为的更早 | NA | 研究髓系造血过程中的谱系承诺时间点 | 髓系造血过程中的谱系承诺 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31824 | 2024-08-09 |
OEFinder: a user interface to identify and visualize ordering effects in single-cell RNA-seq data
2016-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btw004
PMID:26743507
|
research paper | 本文介绍了一种名为OEFinder的统计方法和软件，用于识别和可视化单细胞RNA测序数据中的排序效应基因 | 开发了OEFinder软件，提供了一个用户友好的图形界面，用于检测和处理由Fluidigm C1平台生成的单细胞RNA测序数据中的排序效应 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中排序效应导致的偏差问题 | 单细胞RNA测序数据中的排序效应基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31825 | 2024-08-09 |
Does mouse embryo primordial germ cell activation start before implantation as suggested by single-cell transcriptomics dynamics?
2016-Mar, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gav072
PMID:26740066
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组动力学分析，探讨了小鼠胚胎原生殖细胞（PGC）在植入前是否开始激活，以及转录因子TCFAP2C对DNA甲基转移酶3-样（Dnmt3l）的潜在调控作用。 | 发现了小鼠PGC标记物在植入前至少在胚胎日3.25开始激活，并识别出新的稳定PE和EPI标记物，这些发现对从多能细胞中衍生生殖细胞具有重要意义。 | 由于Dnmt3l受TCFAP2C调控的结果基于计算预测的DNA甲基化基序、Chip-Seq和转录组数据，需要功能性研究来验证这一结果。 | 评估早期植入前事件的时间，并更好地理解内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。 | 小鼠胚胎的原生殖细胞（PGC）和内细胞团（ICM）分化为原始内胚层（PE）和外胚层（EPI）的过程。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 基于三个独立的单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 31826 | 2024-08-09 |
Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics
2016-Feb, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/nn.4216
PMID:26727548
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类 | 首次构建了成年小鼠初级视觉皮层的细胞分类，并识别了49种转录组细胞类型 | NA | 揭示神经系统中细胞类型的多样性 | 成年小鼠的初级视觉皮层细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 49种转录组细胞类型，包括23种GABA能细胞、19种谷氨酸能细胞和7种非神经元细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31827 | 2024-08-09 |
A microfluidic platform enabling single-cell RNA-seq of multigenerational lineages
2016-Jan-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms10220
PMID:26732280
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研究论文 | 本文介绍了一种微流控平台，能够在受控培养条件下进行多代谱系追踪后，实现离体单细胞RNA测序。 | 该平台能够直接测量单细胞中谱系和细胞周期依赖的转录组特征，为免疫学、癌症和发育生物学等领域提供了新的研究工具。 | NA | 研究多代谱系追踪后单细胞的转录组特征。 | 小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的转录组。 | 数字病理学 | 淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠CD8+ T细胞和淋巴细胞白血病细胞系的多代谱系。 | NA | NA | NA | NA |
| 31828 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomes reveal characteristic features of human pancreatic islet cell types
2016-Feb, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.201540946
PMID:26691212
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了70个来自人类胰腺胰岛的细胞，揭示了不同胰岛细胞亚型的特征性转录组特征 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术全面解析了人类胰腺胰岛细胞的异质性，并验证了先前描述的标记基因，同时识别了特定表达的转录因子 | 研究样本量较小，仅包含70个细胞，可能无法完全代表所有人类胰腺胰岛细胞的多样性 | 解析人类胰腺胰岛细胞的细胞组成，并为所有主要细胞类型建立转录组 | 人类胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 70个来自人类胰腺胰岛的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31829 | 2024-08-09 |
Hierarchical deconstruction of mouse olfactory sensory neurons: from whole mucosa to single-cell RNA-seq
2015-Dec-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep18178
PMID:26670777
|
研究论文 | 本文通过分层应用RNA测序技术，从整体黏膜样本到成熟的单一嗅觉感觉神经元，揭示了小鼠嗅觉黏膜中基因表达的详细情况 | 本文发现了成熟嗅觉感觉神经元中未知的二分法，并确立了一种新的神经元细胞类型，该类型由55个基因的差异高表达定义 | NA | 揭示小鼠嗅觉黏膜中基因表达的详细情况 | 小鼠嗅觉黏膜中的嗅觉感觉神经元 | 分子生物学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 21个单一成熟嗅觉感觉神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 31830 | 2024-08-09 |
Epigenomic Reprogramming of Adult Cardiomyocyte-Derived Cardiac Progenitor Cells
2015-Dec-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/srep17686
PMID:26657817
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析，揭示了成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制 | 首次整合单细胞转录组和全基因组DNA甲基化分析，阐明了成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制 | NA | 探究成年小鼠心肌细胞去分化为心脏祖细胞的分子机制 | 成年小鼠心肌细胞及其去分化后的心脏祖细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析，全基因组DNA甲基化分析 | NA | 转录组数据，甲基化数据 | 成年小鼠心肌细胞及其去分化后的心脏祖细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31831 | 2024-08-09 |
Heal Thy Cell(f): A Single-Cell View of Regeneration
2015-Dec-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2015.11.019
PMID:26651286
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组测序技术研究涡虫细胞在再生伤口反应中的细胞类型特异性和时间动态 | 采用单细胞转录组测序技术深入研究再生过程中的细胞特异性和时间动态 | NA | 探究再生过程中细胞类型的特异性和时间动态 | 涡虫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31832 | 2024-08-09 |
Single-Cell Genomics Unveils Critical Regulators of Th17 Cell Pathogenicity
2015-Dec-03, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2015.11.009
PMID:26607794
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了Th17细胞在自身免疫性脑脊髓炎（EAE）高峰期从中枢神经系统（CNS）和淋巴结（LN）分离出的分子机制，以及其在体外分化条件下的异质性和致病性 | 本研究揭示了调控Th17细胞致病性和疾病易感性的基因，并使用基因敲除小鼠验证了四个新基因 | NA | 研究Th17细胞的分子机制及其在自身免疫中的功能 | Th17细胞的异质性和致病性 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从CNS和LN分离的Th17细胞，以及在体外分化条件下的Th17细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31833 | 2024-08-09 |
SINCERA: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Profiling Analysis
2015-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1004575
PMID:26600239
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SINCERA的计算流程，用于处理和分析来自整个器官或已分类细胞的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | SINCERA流程支持区分和识别主要细胞类型、识别细胞类型特异性基因签名以及确定特定细胞类型的驱动因素 | NA | 开发一种通用的分析流程，用于处理和分析单细胞RNA测序数据，以理解细胞异质性及其在生物系统中的作用 | 从胚胎小鼠肺中分离的单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 从胚胎小鼠肺中分离的多个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31834 | 2024-08-09 |
Reference-free inference of tumor phylogenies from single-cell sequencing data
2015, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/1471-2164-16-S11-S7
PMID:26576947
|
研究论文 | 本文提出了一种无参考的单细胞测序数据肿瘤系统发育推断方法 | 该方法通过提取单细胞肿瘤基因组DNA序列中的k-mer计数，利用归一化k-mer频率差异作为细胞间进化距离的代理，简化了从序列读取中提取系统发育标记的过程，并能绕过肿瘤基因组大规模重排对基于参考方法的挑战 | NA | 研究如何从单细胞测序数据中推断肿瘤的系统发育 | 单细胞肿瘤基因组DNA序列 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 使用公开的乳腺癌单细胞测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 31835 | 2024-08-09 |
Design and Analysis of Single-Cell Sequencing Experiments
2015-Nov-05, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2015.10.039
PMID:26544934
|
研究论文 | 本文综述了单细胞测序实验的设计和分析方法 | 介绍了单细胞测序技术在生物系统研究中的高分辨率潜力 | 单细胞测序面临重大技术挑战并产生复杂的数据输出 | 提供单细胞测序实验设计和数据分析的指南 | 单细胞测序技术及其在生物系统中的应用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 数据 | 个体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 31836 | 2024-08-09 |
Deciphering Transcriptional Dynamics In Vivo by Counting Nascent RNA Molecules
2015-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1004345
PMID:26544860
|
研究论文 | 本文提出通过测量细胞间新生RNA分子的数量变异性来解析细胞中转录起始机制的方法 | 提出了一种简单的转录起始和延伸动力学模型，并通过实验验证了该模型在解析转录起始机制中的有效性 | 仅测试了十二个组成型表达的酵母基因，可能需要进一步研究以验证其在其他基因和物种中的适用性 | 解析基因表达调控序列如何响应细胞内外信号的挑战 | 转录过程及其动态，特别是转录起始机制 | 基因组学 | NA | 单细胞测序和成像技术 | 动力学模型 | 单细胞测序数据，单分子成像和电子显微镜固定细胞图像 | 十二个组成型表达的酵母基因 | NA | NA | NA | NA |
| 31837 | 2024-08-09 |
Full-length single-cell RNA-seq applied to a viral human cancer: applications to HPV expression and splicing analysis in HeLa S3 cells
2015, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1186/s13742-015-0091-4
PMID:26550473
|
研究论文 | 本文开发了一种新的高通量平台，用于在纳升规模上制备单细胞RNA，并成功应用于HeLa S3细胞的HPV表达和剪接分析。 | 首次使用全长度单细胞RNA测序技术研究病毒诱导的肿瘤细胞异质性，并揭示了HPV-18在单细胞水平上的表达和剪接多样性。 | 仅限于HeLa S3细胞系的研究，样本量相对较小。 | 研究病毒感染细胞系的异质性，特别是HPV感染的宫颈癌细胞。 | HeLa S3细胞系，一种HPV阳性的宫颈癌细胞系。 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 全长度单细胞RNA测序 | NA | RNA | 669个单细胞样本，其中40个用于单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA |
| 31838 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals receptor transformations during olfactory neurogenesis
2015-Dec-04, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aad2456
PMID:26541607
|
研究论文 | 本文利用单神经元RNA测序技术，探索了小鼠鼻腔嗅觉神经元成熟过程中塑造嗅觉能力的发育机制 | 发现成熟的嗅觉神经元仅表达约1000个气味受体基因中的一个，而未成熟的神经元则表达多个气味受体基因，且这些基因在鼻腔上皮中的定位存在区域性偏倚 | NA | 揭示嗅觉神经发生过程中受体转化的机制 | 小鼠鼻腔嗅觉神经元的发育过程 | 数字病理学 | NA | 单神经元RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠鼻腔嗅觉神经元样本 | NA | NA | NA | NA |
| 31839 | 2024-08-09 |
Characterizing noise structure in single-cell RNA-seq distinguishes genuine from technical stochastic allelic expression
2015-Oct-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/ncomms9687
PMID:26489834
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研究论文 | 本文描述并验证了一种生成统计模型，该模型通过外部RNA spike-ins准确量化单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的技术噪声，并区分真正的随机等位基因表达与技术性随机等位基因表达。 | 本文提出了一种新的生成统计模型，能够准确区分单细胞RNA测序中的生物变异与技术噪声。 | 文章未明确提及具体的局限性。 | 研究旨在区分单细胞RNA测序中的生物变异与技术噪声，并量化技术噪声对随机等位基因表达的影响。 | 研究对象为单细胞RNA测序中的随机等位基因表达模式。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 生成统计模型 | RNA | 文章未提供具体的样本数量。 | NA | NA | NA | NA |
| 31840 | 2024-08-09 |
Intrinsic Age-Dependent Changes and Cell-Cell Contacts Regulate Nephron Progenitor Lifespan
2015-Oct-12, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2015.09.009
PMID:26460946
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研究论文 | 本文研究了胎儿发育期间，肾元前体细胞的寿命受内在年龄依赖性变化和细胞间接触调控的机制 | 通过移植实验比较了老和年轻前体细胞在同一年轻微环境中的植入情况，发现老前体细胞在年轻邻居环绕下寿命显著延长 | NA | 探索控制前体细胞寿命的内在和外在机制 | 肾元前体细胞的寿命及其调控机制 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |