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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3161 | 2026-04-27 |
Establishing an atherosclerosis diagnostic model based on WGCNA and machine learning algorithms with key genes in cholesterol metabolism and ferroptosis, and revealing the regulatory role of HMOX1 in cellular ferroptosis
2026, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2026.1715946
PMID:41908043
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研究论文 | 基于WGCNA和机器学习算法建立动脉粥样硬化诊断模型,揭示HMOX1在细胞铁死亡中的调控作用 | 整合胆固醇代谢和铁死亡相关基因,利用三种机器学习算法筛选核心特征基因,构建诊断模型并验证其鉴别能力 | 未提及具体局限性 | 建立动脉粥样硬化诊断模型并识别潜在生物标志物 | 动脉粥样硬化患者及ox-LDL诱导的THP-1细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 转录组测序 | 逻辑回归 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3162 | 2026-04-27 |
Distinct diversity of skin cell populations of rhinophyma and hypertrophic scar illustrated by scRNA-seq
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1703469
PMID:41909715
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示酒渣鼻和肥厚性疤痕皮肤细胞群体的独特多样性 | 首次通过单细胞转录组学比较酒渣鼻与肥厚性疤痕的细胞和分子差异,解释为何酒渣鼻术后能恢复正常而不复发疤痕 | 文中未明确提及研究限制 | 利用单细胞测序技术揭示两种病理状态的细胞和分子差异,以解决临床悖论 | 酒渣鼻和肥厚性疤痕组织中的单细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3163 | 2026-04-27 |
Identification and Experimental Verification Reveal SLC2A3 Associated With Prognosis and Immune Infiltration in Colon Adenocarcinoma
2026, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/8383379
PMID:42029110
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研究论文 | 通过整合转录组分析鉴定与结肠腺癌预后和免疫浸润相关的parthanatos相关基因,并实验验证SLC2A3的作用 | 首次系统表征parthanatos相关基因在结肠腺癌中的分子亚型,构建基于parthanatos的预后评分系统,并实验验证SLC2A3对肿瘤细胞增殖和侵袭的促进作用 | 体外实验发现SLC2A3可能促进结肠腺癌细胞增殖和侵袭,但需要在其他模型中进行验证 | 阐明parthanatos在结肠腺癌中的临床相关性,并提供新的预后评估和治疗靶向框架 | 结肠腺癌患者 | 机器学习 | 结肠腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | TCGA和GEO队列的多个样本 | Illumina | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 3164 | 2026-04-27 |
Reappraisal of profibrotic phenotype and cell-cycle state of renal tubular epithelium after ischemia-reperfusion injury
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0347835
PMID:42030280
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研究论文 | 重新评估肾小管上皮细胞在缺血再灌注损伤后的促纤维化表型和细胞周期状态 | 发现肾小管上皮细胞的促纤维化表型并非仅由G2/M期阻滞细胞获得,正常细胞周期中的静息G0/G1期细胞也可获得此表型 | 基于小鼠模型和体外实验,可能不完全代表人类慢性肾病的复杂病理过程 | 探究肾小管上皮细胞在缺血再灌注损伤后促纤维化表型与细胞周期阻滞的关系,并为慢性肾病治疗提供新思路 | 肾小管上皮细胞 | 机器学习 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序、体外细胞实验 | NA | 基因表达数据 | γGT.Fucci2aR小鼠单侧缺血再灌注损伤模型;人肾-2细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 使用公开的小鼠单细胞RNA测序数据 |
| 3165 | 2026-04-27 |
SPP1 + macrophage and Treg interaction mediates immunosuppression and adverse survival in HER2 + breast cancer
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-29530-0
PMID:41298703
|
研究论文 | 利用单细胞转录组数据和空间转录组学揭示SPP1+巨噬细胞与Treg细胞相互作用如何介导HER2+乳腺癌免疫抑制和不良预后 | 首次在HER2+乳腺癌中鉴定出SPP1+巨噬细胞通过CD86-CTLA4轴增强Treg免疫抑制功能,并利用空间转录组学验证其促肿瘤机制 | NA | 阐明SPP1+巨噬细胞在HER2+乳腺癌中的促肿瘤能力及其分子机制,寻找新的治疗靶点 | 健康乳腺组织和HER2+乳腺癌组织中的细胞亚群 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、空间转录组数据 | 包含健康乳腺组织和新辅助治疗前后HER2+乳腺癌样本的批量转录组数据集及独立内部患者队列 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium FFPE |
| 3166 | 2026-04-27 |
NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity
2025-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09303-5
PMID:40702186
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞RNA测序,揭示癌症相关成纤维细胞中NNMT抑制可恢复抗肿瘤免疫 | 首次发现并验证NNMT在CAF中通过H3K27me3低甲基化驱动补体分泌,进而招募免疫抑制性MDSC,并开发出特异性NNMT抑制剂 | 未提及 | 研究NNMT在高级别浆液性卵巢癌CAF中的免疫抑制机制及靶向治疗潜力 | 癌症相关成纤维细胞中的NNMT | 机器学习 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 高通量筛选 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 多个小鼠癌症模型(卵巢、乳腺、结肠) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学 |
| 3167 | 2026-04-27 |
Morphodynamics of human early brain organoid development
2025-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09151-3
PMID:40533563
|
研究论文 | 本研究建立了长期活体光片显微镜技术,用于追踪人脑类器官发育过程中的形态动力学,并结合多通道标记和计算解复用方法,揭示了细胞形态、组织状态转变及基质力学感应在大脑区域化中的作用 | 首次实现对未引导人脑类器官长达数周的活体光片显微成像,开发了双通道、多镶嵌和多蛋白标记策略结合计算解复用方法,同时量化多种亚细胞特征,并发现基质诱导的力学感应与WNT和Hippo信号通路相关 | 研究依赖于体外类器官模型,可能无法完全重现体内大脑发育的复杂性;实验条件(如基质存在与否)可能影响结果的可推广性 | 研究人脑早期发育中的形态动力学,特别是基质力学感应在大脑区域化中的作用 | 人类诱导多能干细胞衍生的未引导脑类器官 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 活体光片显微镜、单细胞转录组测序 | 计算解复用模型 | 图像, 转录组数据 | 多个未引导脑类器官样本,具体数量未明确提及 | NA | 单细胞RNA测序, 显微镜成像 | NA | 活体光片显微镜系统,具体配置未指定 |
| 3168 | 2026-04-27 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657738
PMID:40502179
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研究论文 | 通过整合新数据构建了Hydractinia symbiolongicarpus的更新单细胞图谱,鉴定了主要体细胞谱系及新型免疫细胞群,并进行了空间验证 | 首次鉴定出假定的免疫细胞群、新神经亚型、两种空间分离的腺细胞群体及水螅体特异性细胞类型,并完善了刺细胞发育轨迹 | 现有图谱在细胞数量和转录组深度上仍有局限,细胞类型分配部分依赖计算方法 | 提升对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态变化的理解,为刺胞动物研究提供资源 | Hydractinia symbiolongicarpus的取食息肉和匍匐茎组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 超过47,000个细胞,来自固定细胞和活细胞数据整合 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3169 | 2026-04-27 |
Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs
2025-05, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08727-3
PMID:40108456
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研究论文 | 通过组织学特征图谱揭示小鼠和人类肺部的抗纤维化因素 | 首次整合高维组织学纤维特征与多组学数据,构建时空分辨的基质转化轨迹,并识别出促纤维化与抗纤维化的成纤维细胞亚型及其相关因子 | 未在更大的样本集或不同纤维化模型中验证,且外泌实验的体内效果可能具有局限性 | 揭示肺纤维化进程中促纤维化与抗纤维化的生物学特征,并探索其对人类纤维化的功能性价值 | 博来霉素损伤的小鼠肺部及特发性肺纤维化患者肺部组织 | 数字病理学, 计算机视觉 | 肺纤维化 | 单细胞测序, Visium空间转录组学 | NA | 组织图像, 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 小鼠肺部样本(博来霉素损伤后多个时间点), 人类特发性肺纤维化患者肺部样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组分析 |
| 3170 | 2026-04-27 |
Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.610985
PMID:39896657
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研究论文 | 探究在血管紧张素II驱动的转录变化中,近端胸主动脉平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源间的微小差异 | 首次在预病理阶段比较了血管紧张素II诱导下第二心场和心脏神经嵴起源的平滑肌细胞与成纤维细胞的转录组差异,并发现了新的成纤维细胞亚群 | 仅关注预病理阶段,未涉及长期血管紧张素II输注后的进展期变化;且差异微小,可能需更大样本量或更敏感的方法来验证 | 揭示血管紧张素II介导的胸主动脉病变中不同胚胎起源细胞(平滑肌细胞和成纤维细胞)的转录组响应差异 | 小鼠近端胸主动脉的平滑肌细胞和成纤维细胞,分为第二心场起源和非第二心场起源 | 机器学习和生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠近端胸主动脉组织,经血管紧张素II输注或基线对照,每组样本量未明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 3171 | 2026-04-27 |
Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling
2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X241305914
PMID:39648853
|
综述 | 综述单细胞RNA测序在脑卒中和创伤性脑损伤中的应用现状、挑战及未来转录组分析的展望 | 系统总结了scRNA-seq在脑卒中和急性创伤性脑损伤领域的最新成果,并展望了结合空间转录组学的未来应用方向 | 组织解离过程可能诱导细胞应激反应,影响数据的准确性 | 概述单细胞RNA测序技术的工作流程、数据分析方法及优缺点,并探讨其在脑损伤研究中的应用与未来前景 | 脑卒中和创伤性脑损伤中的细胞类型及转录组特征 | 自然语言处理 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 基于液滴的scRNA-seq系统和空间转录组学平台 |
| 3172 | 2026-04-27 |
Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis
2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176207
PMID:39621585
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研究论文 | 本文发现内皮细胞中HIF脯氨酰羟化酶(PHD1-3)在缺血后失活通过诱导糖酵解促进肾脏不良修复 | 首次揭示内皮细胞PHD1、PHD2和PHD3联合失活(而非单独PHD2失活)通过糖酵解/MCT4轴驱动AKI向CKD转变,并发现MCT4抑制剂syrosingopine可恢复适应性修复 | 未明确提及,但可能包括机制细节需进一步验证和临床转化距离 | 探究内皮细胞氧感应PHD酶在缺血后肾脏修复中的调控作用 | 小鼠和人类肾脏内皮细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤、慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型、药物抑制 | NA | 单细胞转录组数据、组织病理数据 | 小鼠模型(PHDTiEC基因敲除小鼠)和人类肾组织样本(伴有严重AKI) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 3173 | 2026-04-27 |
CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07537-3
PMID:38867048
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现肠道IL-23受体表达细胞中,ILC3s上调CTLA-4以抑制IL-23介导的炎症 | 首次揭示ILC3s表达CTLA-4作为免疫检查点限制IL-23病理作用的新机制 | 未阐明CTLA-4阳性ILC3s在人类炎症性肠病中的具体功能变化及长期效应 | 探究IL-23介导组织保护与病理炎症之间的调控机制 | 肠道IL-23受体表达细胞(T细胞和ILC3s)及小鼠模型 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肠道细胞及人类ILC3s样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 3174 | 2026-04-27 |
Defective Sec61α1 underlies a novel cause of autosomal dominant severe congenital neutropenia
2020-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.03.034
PMID:32325141
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研究论文 | 发现SEC61A1基因的c.A275G;p.Q92R错义突变是导致常染色体显性遗传重症先天性中性粒细胞减少症的新病因 | 首次发现SEC61A1基因突变可导致重症先天性中性粒细胞减少症,扩展了SEC61A1相关疾病的表型谱,并揭示了未折叠蛋白反应失调作为潜在机制 | 仅基于一名患者的病例研究,样本量有限,需要更多病例验证 | 扩展SEC61A1介导的疾病谱系,将其与常染色体显性遗传重症先天性中性粒细胞减少症联系起来 | 一名父母非近亲婚配的比利时重症先天性中性粒细胞减少症患者及其CD34+细胞和HL-60细胞 | 自然语言处理 | 重症先天性中性粒细胞减少症 | 全外显子组测序、Western blotting、Ca2+通量测定、HL-60细胞分化、原代CD34细胞体外分化、定量PCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、钙离子流数据、蛋白质表达数据 | 1例患者及其骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3175 | 2026-04-27 |
Single-Cell Isolation from Regenerating Murine Muscles for RNA-Sequencing Analysis
2020-09-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100051
PMID:33111097
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实验方案 | 提出一个用于再生小鼠骨骼肌单细胞RNA测序分析的完整方案,重点从肌肉中分离单核细胞 | 针对骨骼肌细胞组成独特(主要为多核肌纤维)的特点,优化了单核细胞分离方法 | 未提及 | 建立无偏的再生小鼠骨骼肌单细胞RNA测序分析方案 | 再生小鼠骨骼肌中的单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3176 | 2026-04-27 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Lymph Node Stroma
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100021
PMID:33111075
|
研究论文 | 提供用于表征人类淋巴结基质细胞异质性的单细胞RNA测序的细胞制备方案 | 利用单细胞技术无偏倚地全面表征基质细胞异质性 | 未提供与Takeda等人(2019)研究相关的完整实验操作细节 | 为研究人类淋巴结基质细胞的单细胞转录组提供标准化实验方案 | 人类淋巴结基质细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 3177 | 2026-04-27 |
Protocol to Prepare Single-Cell Suspensions from Mouse Vagal Sensory Ganglia for Transcriptomic Studies
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100030
PMID:33111081
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protocol | 提供了一个从小鼠迷走感觉神经节制备单细胞悬浮液的详细方案,用于转录组研究 | 提供了从迷走神经节提取高质量单细胞悬浮液的标准化方案,可适用于其他外周和中枢神经元群体 | 文中未明确说明局限性 | 提供从小鼠迷走感觉神经节制备单细胞悬浮液用于转录组研究的详细方案 | 小鼠迷走感觉神经节 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞悬浮液 | 小鼠迷走感觉神经节样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3178 | 2026-04-27 |
Protocol for Dissection and Dissociation of Zebrafish Telencephalon for Single-Cell Sequencing
2020-06-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2020.100042
PMID:32835293
|
protocol | 展示如何解剖斑马鱼端脑并将其解离为单细胞悬浮液,随后通过流式细胞术分选富集神经祖干细胞 | 提供了一种详细的斑马鱼端脑解剖和解离方案,专门用于单细胞测序,能够从单个斑马鱼端脑中获取约70,000个活细胞 | 仅针对斑马鱼端脑组织,可能不适用于其他组织或物种;依赖流式细胞术分选,设备成本较高 | 提供一种从斑马鱼端脑制备高质量单细胞悬浮液的标准化实验方案 | 斑马鱼端脑及其中的神经祖干细胞 | machine learning | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 每个斑马鱼端脑样本约70,000个活细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3179 | 2026-04-26 |
Hemolysis transforms liver macrophages into antiinflammatory erythrophagocytes
2020-10-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI137282
PMID:32663195
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现溶血过程中肝脏巨噬细胞转化为抗炎性红细胞吞噬细胞,并可缓解炎症性疾病 | 首次揭示溶血诱导的肝脏巨噬细胞转化为具有MarcohiHmoxhiMHC class IIlo特征的红细胞吞噬细胞,并证明这种表型转化可显著减轻由巨噬细胞驱动的无菌性炎症疾病 | NA | 研究溶血过程中肝脏巨噬细胞吞噬受损红细胞后功能的改变及其在炎症性疾病中的作用 | 小鼠和人类巨噬细胞 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎, 高炎症综合征 | 单细胞RNA测序, 转座酶可及染色质单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 遗传性球形红细胞增多症小鼠模型和抗CD40诱导的高炎症综合征小鼠模型,以及非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序 |
| 3180 | 2026-04-25 |
Spatial transcriptomics unveils immune cellular ecosystems associated with patient survival in diffuse large B-cell lymphoma
2026-Dec-31, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2026.2660418
PMID:42010788
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研究论文 | 利用空间转录组学揭示弥漫大B细胞淋巴瘤中与患者生存相关的免疫细胞生态系统 | 首次在空间水平上识别弥漫大B细胞淋巴瘤肿瘤微环境中六种反复出现的细胞生态系统,并发现具有相似免疫细胞丰度的生态系统表现出不同的功能状态和相反的临床关联,揭示了空间背景和局部相互作用对免疫功能的塑造作用 | 作为初步研究,样本量可能有限,且空间转录组技术仍存在分辨率限制,需进一步在更大队列中验证 | 阐明弥漫大B细胞淋巴瘤中恶性细胞和免疫细胞在肿瘤微环境中的空间组织及其对免疫功能和临床预后的影响 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者的原发性组织切片 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过1000例弥漫大B细胞淋巴瘤患者的独立队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |