单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3161	2025-02-26	Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393 PMID:39991156	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了区分银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术分析PsA患者的循环免疫细胞，发现TNFAIP3和NFKBIA在PsA CD8+ T细胞中的翻译可能受到抑制	样本量较小，仅包括3名PsA患者、3名PsC患者和2名健康对照	识别区分PsA、PsC和HC的生物标志物	银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的循环免疫细胞	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、NanoString nCounter®平台、免疫印迹	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	3名PsA患者、3名PsC患者和2名健康对照
3162	2025-02-26	Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105066 PMID:39991573	研究论文	本研究通过整合转录组学和蛋白质组学数据，分析了膀胱癌的预后基因，并建立了预后模型，旨在为膀胱癌治疗提供新的见解	整合多组学数据和机器学习方法，识别出膀胱癌的预后标志物和治疗靶点，构建了风险模型和列线图模型	样本量较小，仅使用了6个肿瘤组织和6个癌旁组织样本	分析膀胱癌的预后基因，建立预后模型，为膀胱癌治疗提供新的见解	膀胱癌肿瘤组织和癌旁组织	机器学习	膀胱癌	转录组学、蛋白质组学、蛋白质乙酰化测序、单细胞RNA测序	Cox回归分析、LASSO Cox回归	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	6个膀胱癌肿瘤组织和6个癌旁组织样本，以及TCGA-BLCA和GSE13507数据集
3163	2025-02-26	Single-Cell Sequencing Reveals PD-L1-Mediated Immune Escape Signaling in Lung Adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103656 PMID:39991571	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸信号机制	首次利用单细胞测序技术全面解析了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并鉴定了11个与PD-L1/PD-1免疫逃逸轴相关的差异表达基因	样本量较小，仅包含8名患者的肿瘤组织样本，可能限制了结果的普适性	研究肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并开发预测和治疗靶点	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞测序，定量聚合酶链反应（qPCR）	NA	单细胞测序数据	8名肺腺癌患者的肿瘤组织样本，共分析了58,810个单细胞
3164	2025-02-26	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.01.605536 PMID:39149356	研究论文	本文介绍了sciRED方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	sciRED通过去除已知的混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，从而改进了单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	sciRED	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
3165	2025-02-26	Nanomaterial-Mediated Reprogramming of Macrophages to Inhibit Refractory Muscle Fibrosis 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410368 PMID:39548911	研究论文	本研究探讨了纳米材料介导的巨噬细胞重编程在抑制难治性肌肉纤维化中的作用	通过工程化纳米材料调控巨噬细胞表型，利用单细胞RNA测序揭示其通过cfNA介导的TLR7/9-NF-κB信号通路减少促纤维化Gal3巨噬细胞比例，从而改变纤维脂肪生成祖细胞的亚群分布	研究主要针对口面部肌肉纤维化，其他类型肌肉纤维化的适用性尚需验证	开发新的治疗策略以调控先天炎症反应-纤维化稳态，治疗难治性肌肉纤维化	口面部肌肉纤维化	生物医学工程	肌肉纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3166	2025-02-26	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	研究论文	本研究利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，对10个IPMN样本进行全转录组分析，揭示了低风险（惰性）和高风险（恶性）表达程序，这些程序与胰腺导管腺癌（PDAC）的外分泌和基底样特征活动相关	通过DSP-RNA技术，首次在IPMN中识别出与PDAC风险相关的转录组状态，包括正常样、低风险和高风险状态，并发现这些状态与PDAC的外分泌和基底样程序显著相关	样本量较小，仅包括10个IPMN样本，可能限制结果的普遍性	开发分子诊断方法，提高IPMN风险分类的准确性，以改善患者护理	10个涵盖从正常导管到癌症的IPMN样本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA），Illumina测序	NA	RNA测序数据	10个IPMN样本
3167	2025-02-26	scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae526 PMID:39417321	研究论文	本文提出了一种基于多视图图注意力网络的新方法scMGATGRN，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	scMGATGRN结合了图注意力网络（GAT）、多视图模型和视图级注意力机制，能够同时利用基因调控网络中节点的局部特征信息和高阶邻居特征信息，动态调整节点嵌入表示的相对重要性，并高效聚合来自两个视图的节点嵌入表示	NA	推断基因调控网络（GRN）以理解细胞系统的结构和动态，揭示复杂的调控关系，并探索疾病机制	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图图注意力网络（scMGATGRN）	单细胞转录组数据	七个基准单细胞RNA测序数据集，来自五种细胞系（两种人类和三种小鼠），包含四种不同类型的真实网络
3168	2025-02-26	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	本文研究了致癌性钙网蛋白（CALR）突变如何通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增在骨髓微环境中诱导免疫逃逸	发现了CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴在骨髓增生性肿瘤（MPN）中诱导免疫抑制的新机制，并提出了针对TGFβ拮抗剂的免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本的验证仍需进一步扩大	探讨致癌性CALR突变在骨髓增生性肿瘤中的免疫逃逸机制，并寻找潜在的治疗靶点	骨髓增生性肿瘤（MPN）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	RNA测序数据	四个独立的患者队列和小鼠模型
3169	2025-02-26	Identification of microenvironment features associated with primary resistance to anti-PD-1/PD-L1 + antiangiogenesis in gastric cancer through spatial transcriptomics and plasma proteomics 2024-Sep-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02092-x PMID:39272096	研究论文	本研究通过空间转录组学和血浆蛋白质组学，识别了与胃癌抗PD-1/PD-L1和抗血管生成联合治疗原发性耐药相关的微环境特征	首次在Caucasian患者中评估regorafenib与avelumab联合治疗的效果，并揭示了M2巨噬细胞和S100A10蛋白在耐药机制中的关键作用	研究样本量较小，且主要针对Caucasian患者，可能限制了结果的普遍适用性	探讨胃癌患者对联合治疗的耐药机制，特别是肿瘤微环境中的免疫调节作用	晚期胃癌患者	数字病理学	胃癌	空间转录组学, 血浆蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	REGOMUNE II期研究中的Caucasian患者
3170	2025-02-26	CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia 2024-09-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021680 PMID:38776511	研究论文	本文探讨了急性髓性白血病（AML）中CD8+ T细胞分化、功能障碍与治疗反应之间的关系	利用高维流式细胞术和单细胞转录组学，发现早期记忆CD8+ T细胞与治疗反应相关，并分化为两种不同的终末状态	研究结果需要进一步在更大样本中验证	研究AML中CD8+ T细胞分化与功能障碍对治疗反应的影响	急性髓性白血病（AML）患者	生物医学	急性髓性白血病	高维流式细胞术、单细胞转录组学	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据	AML患者样本
3171	2025-02-26	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Aug-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1 PMID:39149508	研究论文	本文介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分析方法，旨在提高数据因子分析的解读能力	sciRED通过去除已知的混杂效应、使用旋转提高因子的可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕捉隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子所代表的基因和生物过程，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的解读能力	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	sciRED	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
3172	2025-02-26	High-dimensional single-cell analysis of human natural killer cell heterogeneity 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01883-0 PMID:38956378	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术，深入解析了人类自然杀伤细胞（NK细胞）的异质性	首次在健康人血液中识别出三个主要的NK细胞亚群，并进一步细分为六个不同的亚组，揭示了它们的分子特征、关键转录因子、生物学功能、代谢特性和细胞因子反应	研究主要基于健康个体的样本，对于疾病状态下的NK细胞异质性分析尚不充分	解析人类自然杀伤细胞的异质性及其在不同组织中的分布	人类自然杀伤细胞（NK细胞）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CITE-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康人血液、肺、扁桃体和上皮内淋巴细胞样本，以及22种肿瘤类型的样本
3173	2025-02-26	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，构建了人类大脑血管系统的分子图谱，涵盖了发育期、成年期及疾病状态	首次大规模单细胞RNA测序分析人类大脑血管系统，揭示了健康与疾病状态下血管的分子异质性及细胞间相互作用	样本来源主要为胎儿和成年患者，可能无法完全代表所有年龄段或疾病类型	研究人类大脑血管系统的细胞和分子结构，特别是在发育、成年及疾病状态下的变化	606,380个新鲜分离的内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本	单细胞测序	脑肿瘤、脑血管畸形	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	606,380个细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本
3174	2025-02-26	Pulmonary osteoclast-like cells in silica induced pulmonary fibrosis 2024-Jul-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4913 PMID:38985878	研究论文	本文探讨了硅尘诱导的肺纤维化的机制，通过人类肺样本和硅肺病小鼠模型进行研究	发现了硅尘诱导肺泡巨噬细胞和单核细胞向破骨细胞样分化的新机制，并提出了抗RANKL单克隆抗体治疗的新策略	研究主要依赖于动物模型和有限的临床样本，需要进一步验证在更大规模的人类研究中的效果	研究硅尘诱导的肺纤维化的病理生理机制，并探索潜在的治疗方法	人类肺样本和硅肺病小鼠模型	病理生理学	硅肺病	全肺单细胞RNA测序、组织学、生化和生理评估	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据、生化数据、生理数据	人类肺样本和硅肺病小鼠模型
3175	2025-02-26	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	研究论文	本文探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出了SCT作为免疫疾病细胞疗法的新范式，揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本量有限，且主要依赖于小鼠模型进行功能验证	研究SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术	小鼠异种移植模型	外周血和肠道组织样本	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本
3176	2025-02-26	SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918 PMID:38537539	研究论文	本研究探讨了SFXN1在肺腺癌（LUAD）中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了SFXN1在LUAD中的上调及其与不良预后的关联，并发现SFXN1通过抑制NK和细胞毒性T细胞的浸润促进肿瘤进展	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨SFXN1在LUAD中的功能及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌（LUAD）	肿瘤学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化	NA	RNA-seq数据、scRNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
3177	2025-02-26	Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration 2024-Jan-28, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-09173-y PMID:38281217	研究论文	本文通过整合小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了Ezh2在毛细胞再生中的潜在作用	首次通过整合多个公共单细胞RNA测序数据集，揭示了Ezh2在小鼠耳蜗毛细胞再生中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索小鼠耳蜗毛细胞再生的分子基础	小鼠耳蜗支持细胞	生物信息学	听力损失	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	多个公共数据集，涵盖E14到P33阶段的小鼠耳蜗样本
3178	2025-02-26	Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy 2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002 PMID:37746243	研究论文	本文研究了在杜氏肌营养不良症小鼠模型中，腺相关病毒（AAV）介导的先天性和适应性免疫反应	通过双剂量AAV9给药的小鼠模型，更好地模拟了人类对AAV的免疫反应，揭示了抗AAV IgG和补体激活在免疫反应中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	理解AAV诱导的免疫反应机制，以改进临床前模型	杜氏肌营养不良症小鼠模型	免疫学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
3179	2025-02-26	Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors 2023-09-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169314 PMID:37655659	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了免疫检查点阻断（ICB）对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的不同影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地比较了ICB对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的影响，并揭示了ICB对T细胞浸润和特定巨噬细胞群体的影响	样本量相对较小，且主要依赖于已发表的数据集，可能限制了结果的普遍性	探讨免疫检查点阻断（ICB）对转移性脑肿瘤微环境的影响，以寻找提高ICB疗效的潜在策略	19个ICB未治疗和9个ICB治疗的转移性脑肿瘤样本，以及已发表的复发性胶质母细胞瘤（rGBM）数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多重免疫荧光，空间转录组学	NA	RNA测序数据，图像数据	28个脑转移瘤样本（19个ICB未治疗，9个ICB治疗）
3180	2025-02-26	Matrix stiffness enhances cancer-macrophage interactions and M2-like macrophage accumulation in the breast tumor microenvironment 2023-06, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2022.04.031 PMID:35483629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了基质硬度对乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯和巨噬细胞表型的影响	首次系统地研究了基质硬度对肿瘤内异质性的影响，特别是对肿瘤促进型M2样巨噬细胞的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类肿瘤中的适用性尚需进一步验证	探讨基质硬度对乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯和巨噬细胞表型的影响	MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤样本