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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3141 | 2026-04-27 |
SCTGE infers transformer-based graph embeddings to improve cell-cell interaction identification and cell identity annotations
2026-Apr-11, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | SCTGE是一种基于Transformer的图嵌入新架构,整合自适应多尺度注意力和图神经网络,用于解决单细胞转录组空间嵌入难题并提升细胞间相互作用识别与细胞身份注释性能 | 创新性地融合Transformer自注意力机制与图神经网络,引入上下文感知自适应多头注意力和APPNP增强特征传播,有效应对空间转录组学中的可扩展性和噪声挑战 | 在特定数据集上细胞身份注释性能存在例外情况 | 开发可扩展且可解释的解决方案,用于空间嵌入提取、细胞间通信分析和细胞身份注释 | 单细胞转录组数据中的空间嵌入和细胞间相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 基于Transformer的图神经网络 | 单细胞转录组数据 | 六个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3142 | 2026-04-27 |
Clonal amplification of peripheral CD4+ and CD8+ T cells is associated with clinical response to checkpoint blockade in chronic hepatitis B
2026-Apr-11, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlag020
PMID:42033764
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研究论文 | 通过单细胞测序分析,发现慢性乙型肝炎患者中外周血CD4+和CD8+ T细胞的克隆扩增与检查点阻断治疗的临床反应相关 | 首次揭示单次纳武利尤单抗治疗后,功能性治愈患者中干细胞样记忆CD8+ T细胞基线水平升高,以及T和B细胞特异性克隆的出现与阳性反应相关 | 样本量较小,仅对4名患者的血液样本进行分析 | 探究检查点阻断疗法在慢性乙型肝炎中的免疫机制 | 慢性乙型肝炎患者的血液样本,包括对纳武利尤单抗有反应和无反应的患者 | 机器学习 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 4名患者,多个时间点的血液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3143 | 2026-04-27 |
Multidimensional single-cell analysis reveals immune dysfunction and inflammatory response in lymphatic malformations
2026-Apr-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwaf103
PMID:41273773
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research paper | 通过单细胞多组学分析揭示了淋巴管畸形中免疫功能障碍和炎症反应的细胞类型特异性机制 | 首次整合单细胞RNA测序、T细胞受体测序和B细胞受体测序对淋巴管畸形患者外周血和胸腔积液进行多维免疫图谱分析,发现促炎性单核细胞和记忆B细胞扩增、细胞毒性T细胞和自然杀伤细胞减少,并鉴定出S100A8作为潜在治疗靶点 | 未提及 | 阐明淋巴管畸形中循环细胞的免疫表型和潜在分子机制 | 淋巴管畸形患者的外周血和胸腔积液样本 | 单细胞组学 | 淋巴管畸形 | scRNA-seq, scTCR-seq, scBCR-seq | NA | 单细胞转录组数据、T细胞受体序列、B细胞受体序列 | 淋巴管畸形患者样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell TCR-seq, single-cell BCR-seq | NA | NA |
| 3144 | 2026-04-27 |
Indirubin and Retinoic Acid Show Binding Affinity to Monocyte Biomarker CSF3R in Parkinson's Disease
2026-Apr, Journal of clinical laboratory analysis
IF:2.6Q2
DOI:10.1002/jcla.70197
PMID:41845882
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研究论文 | 本研究整合多组学数据分析,识别帕金森病单核细胞相关生物标志物CSF3R和IFITM3,并预测潜在靶向药物 | 首次结合单细胞测序与hdWGCNA分析,鉴定帕金森病外周血中单核细胞相关生物标志物,并预测其靶向药物 | NA | 通过多组学数据整合分析,揭示帕金森病中单核细胞的关键分子变化,识别新型生物标志物 | 帕金森病患者外周血单核细胞 | 机器学习 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序、芯片分析 | NA | 单细胞转录组数据、芯片数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3145 | 2026-04-27 |
Multi-Omics Profiling Uncovers Predictive Factors for Tumor-Infiltrating Lymphocyte Therapy in Ovarian Cancer
2026-Apr, Journal of clinical laboratory analysis
IF:2.6Q2
DOI:10.1002/jcla.70196
PMID:41877397
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research paper | 通过多组学分析揭示卵巢癌肿瘤浸润淋巴细胞治疗中的预测因素 | 首次对卵巢癌肿瘤样本进行多组学分析,整合全外显子组测序、bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据,系统性地识别与TIL治疗成功相关的细胞组成、代谢活性和细胞间通讯特征 | 样本量较小(仅10例患者),且主要基于回顾性分析,需要更大规模的前瞻性研究进行验证 | 识别预测卵巢癌患者肿瘤浸润淋巴细胞分离和扩增成功与否的关键因素 | 10例卵巢癌患者的肿瘤样本 | machine learning | ovarian cancer | 多组学分析 | NA | 基因组数据 | 10例卵巢癌患者的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3146 | 2026-04-27 |
Development of a pediatric immune cell atlas and characterization of CD4+ T cells in food allergy
2026-Apr, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology
IF:4.3Q1
DOI:10.1111/pai.70337
PMID:42025535
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研究论文 | 利用公开的单细胞RNA测序数据构建儿童免疫细胞图谱,并研究食物过敏中CD4+ T细胞的特征 | 首次构建了包含57名个体的儿童单细胞参考图谱,并鉴定了与食物过敏相关的细胞毒性Th2样细胞亚群 | 数据来源于多个临床研究,可能存在批次效应;样本量相对较小,需进一步验证 | 构建儿童免疫细胞参考图谱并探索食物过敏中CD4+ T细胞的异质性和功能 | 8项临床研究中外周血单核细胞样本,共57名儿童 | 单细胞测序 | 食物过敏 | scRNA-seq | 随机森林模型 | 单细胞基因表达数据 | 57名儿童的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3147 | 2026-04-27 |
Macrophage Cluster of Differentiation 163 promotes post-infarction cardiac repair and preserves left ventricular function via osteopontin
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70662
PMID:42026811
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研究论文 | 本文研究了巨噬细胞分化簇163(CD163)在心肌梗死后心脏修复中的作用,发现CD163通过上调骨桥蛋白表达促进修复并保护左心室功能 | 首次揭示了CD163在心肌梗死后心脏修复中的功能作用,并阐明了其通过上调骨桥蛋白表达的分子机制 | 主要基于小鼠模型,需进一步在人类中验证;未完全阐明CD163调控骨桥蛋白的具体信号通路 | 探讨CD163在心肌梗死后心脏修复中的作用及其分子机制 | 缺血性心肌病患者、野生型和Cd163基因敲除小鼠 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 临床研究比较心衰患者与非心衰个体;小鼠模型使用野生型和Cd163基因敲除小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 3148 | 2026-04-27 |
Comprehensive Multi-Omics Characterization of CYP2R1 as a Diagnostic and Functional Biomarker in Hepatocellular Carcinoma
2026-Apr-01, Medical sciences (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/medsci14020178
PMID:42029602
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研究论文 | 系统分析了57个CYP基因在肝细胞癌中的表达,发现CYP2R1作为诊断和功能生物标志物具有高准确性和预后价值 | 首次全面描绘CYP基因家族在肝细胞癌中的失调图谱,并鉴定CYP2R1为连接代谢、DNA修复和免疫调节的新型生物标志物 | 未提及具体局限性 | 鉴定肝细胞癌中可靠分子生物标志物并阐明其功能意义 | 肝细胞癌患者多队列转录组数据 | 数字病理学, 机器学习 | 肝癌 | 转录组测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多队列数据,具体样本量未提供 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3149 | 2026-04-27 |
Exploring the immune environment of glioblastoma in humanized mouse models
2026-Mar-30, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag073
PMID:41913047
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研究论文 | 通过建立人源化小鼠模型,探索胶质母细胞瘤的免疫微环境 | 首次利用表达关键人细胞因子的免疫缺陷小鼠模型,结合患者来源异种移植物和单细胞RNA测序,成功构建了模拟复发胶质母细胞瘤免疫特征的人源化小鼠模型 | 未明确提及具体局限性,但可能包括模型对肿瘤异质性复制的有限性和人源化小鼠免疫系统完全重建的挑战 | 建立能够模拟人类复发胶质母细胞瘤免疫环境的动物模型,以促进新疗法特别是免疫疗法的研究 | 胶质母细胞瘤患者来源的异种移植物及人源化小鼠中的肿瘤和免疫细胞 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | 未明确提及具体样本数量,涉及多个人源化小鼠模型和患者数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序 |
| 3150 | 2026-04-27 |
A Composite interaction Score: Prioritizing cell-cell interactions from single-cell RNA-seq with application to pre-menopausal epithelial barriers
2026-Mar-22, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.03.046
PMID:41875947
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研究论文 | 提出Composite Interaction Score (CIS)方法,整合六种细胞-细胞相互作用预测工具,优先排序来自单细胞RNA-seq的相互作用 | 通过排名偏差精度加权工具间一致性,强调排名列表顶部的一致性,优于简单平均值基线,并应用于上皮屏障组织 | 未明确提及局限性 | 开发优先排序细胞-细胞相互作用的共识策略,强调可重复性和生物学相关性 | 肠、皮肤和子宫的上皮屏障组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 来自肠、皮肤和子宫的单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3151 | 2026-03-18 |
Single-cell sequencing combined with transcriptome sequencing to reveal the molecular mechanisms related to integrated stress responses in atherosclerosis
2026-Mar-17, Journal of cardiothoracic surgery
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13019-026-03862-y
PMID:41840716
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3152 | 2026-03-19 |
Single-cell transcriptome analysis reveals DNMT1+ epithelial cells promote lymphatic metastasis via CXCL17-mediated TAM infiltration
2026-Mar-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08032-1
PMID:41845371
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3153 | 2026-04-27 |
AGPAT3 reshapes tumor cell vulnerability to IFNγ-mediated ferroptosis and enhances immunotherapy efficacy through lipid remodeling
2026-Mar-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013305
PMID:41807033
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研究论文 | 本研究揭示了AGPAT3通过脂质重塑调控肿瘤细胞对IFNγ介导的铁死亡易感性,并增强免疫检查点抑制剂疗效的机制 | 首次发现IFN-γ-IRF1-AGPAT3轴通过脂质重塑促进铁死亡,并构建了基于铁死亡相关基因的机器学习预测模型以提升免疫治疗效果 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,临床样本分析有限,且未深入探讨AGPAT3在其他免疫微环境细胞中的作用 | 探究铁死亡在增强免疫检查点抑制剂疗效中的潜力及其分子机制 | 肿瘤细胞(涉及IFN-γ信号通路和铁死亡敏感性) | 机器学习, 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序, 脂质组学, 转录组学, ChIP-seq, CUT&Tag | 机器学习模型(针对铁死亡相关基因) | 单细胞RNA测序数据, 脂质组数据, 转录组数据 | 大型单细胞RNA测序数据集(具体样本量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3154 | 2026-04-27 |
Dissecting the differentiation origins of intestinal metaplasia and early intestinal-type gastric cancer in gastric antrum by single-cell RNA profiling
2026-Mar-10, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01355-8
PMID:41807518
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序剖析胃窦肠上皮化生和早期肠型胃癌的分化起源 | 首次通过单细胞测序详细描绘了胃疾病不同阶段(非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠上皮化生和早期肠型胃癌)中上皮细胞的分化轨迹,揭示了祖细胞、腺体粘液细胞和凹坑粘液细胞在不同阶段的分化潜能,并鉴定出KIAA0101PRAP1祖细胞可能是早期肠型胃癌的潜在起源 | 尚未明确阐述不同疾病阶段细胞分化的分子机制及其致癌潜力的具体调控通路 | 探讨胃疾病不同阶段的细胞分化起源及其致癌潜力,为肠型胃癌的分子机制研究提供新见解 | 胃窦活检组织中的上皮细胞,包括祖细胞、腺体粘液细胞、凹坑粘液细胞、肠样干细胞表型细胞、成熟肠细胞、分泌前细胞和杯状细胞等 | 单细胞转录组学 | 肠型胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自具有癌前病变和早期胃癌患者的胃窦活检样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3155 | 2026-04-27 |
The changing landscape of gene expression analysis
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag185
PMID:42028808
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述评 | 综述了基因表达分析在过去25年中的技术演进,并展望了未来发展方向 | 通过分析707,831篇开放获取全文文章,将计算工具映射到统一时间线,并提出了三个未来方向:可搜索的转录组知识库、基因表达分析基础模型和可编程调控设计 | 未明确讨论现有技术在实际应用中的成本、可重复性和临床转化挑战 | 梳理基因表达分析的方法学里程碑和计算工具演进,并预测未来趋势 | 707,831篇开放获取全文文章中的生物信息学计算工具和文献计量学数据 | 自然语言处理, 机器学习 | NA | 表达序列标签, 微阵列, RNA测序, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | 统计学框架, 端到端分析生态系统 | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3156 | 2026-04-27 |
Metformin inhibits proliferation of residing fibroadipogenic progenitor cells from failing human hearts
2026-Feb-03, ESC heart failure
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/eschf/xvag001
PMID:41711740
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研究论文 | 研究二甲双胍对人衰竭心脏中纤维脂肪祖细胞增殖的抑制作用 | 首次利用11C-二甲双胍PET成像在HFrEF患者中评估心肌二甲双胍分布,并通过单细胞RNA测序鉴定出心脏FAPs是二甲双胍的作用靶点 | 样本量较小,仅纳入7名HFrEF患者和4例对照心脏;体外实验可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 探索二甲双胍在射血分数降低的心力衰竭(HFrEF)中的作用机制 | 7名HFrEF患者和4例对照心脏的细胞 | 机器学习和数字病理学 | 心血管疾病 | PET成像、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术 | NA | 图像、测序数据 | 7名HFrEF患者(平均射血分数36 ± 8%,中位年龄67岁)和4例对照人类心脏 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3157 | 2026-04-27 |
Ranitidine protects Müller cells against ferroptosis in diabetic retinopathy by regulating the AKT1/GSK3β pathway
2026-02-01, Indian journal of ophthalmology
IF:2.1Q2
DOI:10.4103/IJO.IJO_1522_25
PMID:41581041
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research paper | 研究雷尼替丁通过AKT1/GSK3β通路调控糖尿病视网膜病变中Müller细胞铁死亡的机制 | 首次揭示雷尼替丁通过AKT1/GSK3β信号通路抑制高糖诱导的Müller细胞铁死亡,为糖尿病视网膜病变治疗提供新靶点 | 仅限于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证,且未探讨临床患者样本的适用性 | 探索雷尼替丁对糖尿病视网膜病变的保护作用及潜在分子机制 | 小鼠视网膜Müller细胞系(rMC-1)和糖尿病小鼠 | machine learning | diabetic retinopathy | 单细胞测序, 网络药理学, 蛋白质印迹 | NA | 单细胞转录组数据, 细胞实验数据 | 使用rMC-1细胞系和糖尿病小鼠模型 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | SPIED3平台用于药物靶点预测 |
| 3158 | 2026-04-27 |
Epigenetic Programming of Macrophage Phenotypes by STING-IRF3 Drives Inflammation in Ascending Thoracic Aortic Dissection
2026-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.22.701198
PMID:41648393
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研究论文 | 该研究通过单细胞多组学技术揭示STING-IRF3信号轴介导的巨噬细胞表观遗传重编程驱动升主动脉夹层炎症 | 首次阐明STING-IRF3信号通过协调BRG1依赖的染色质开放和关闭,同时促进促炎基因程序并抑制吞噬基因表达,从而驱动巨噬细胞表观遗传重编程 | NA(摘要未明确提及局限性) | 探究表观遗传重编程是否调控巨噬细胞表型命运并促进升主动脉夹层发病机制 | 人类升主动脉组织(对照、升主动脉瘤患者、急性升主动脉夹层患者)和血管紧张素II输注的小鼠模型 | 单细胞组学 | 升主动脉夹层 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、单细胞染色质可及性数据、空间转录组数据 | 人类:对照、升主动脉瘤患者和急性升主动脉夹段患者;小鼠:Ang II输注模型及巨噬细胞特异性Sting-/-和Irf3-/-小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的10x Chromium平台 |
| 3159 | 2026-04-27 |
Network Hypoactivity in ALG13-CDG: Disrupted Developmental Pathways and E/I Imbalance as Early Drivers of Neurological Features in CDG
2026-01-14, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020147
PMID:41597222
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研究论文 | 研究ALG13-CDG中大脑特异性低糖基化对皮质网络功能的影响及其机制 | 首次结合多组学分析和MEA电生理记录,揭示ALG13-CDG中早期网络活动低下、神经元成熟时序异常和E/I失衡导致代偿性过度兴奋的机制 | 未提及 | 探究ALG13-CDG中大脑特异性低糖基化对神经发育路径和皮质网络功能障碍的直接影响 | ALG13-CDG患者来源的诱导多能干细胞分化的皮质类器官 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、糖蛋白质组学、N-聚糖成像、脂质组学、代谢组学、MEA电生理记录 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据、糖组数据、脂质组数据、代谢组数据、电生理数据 | ALG13-CDG患者来源的iPSC和皮质类器官样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'用于单细胞RNA测序 |
| 3160 | 2026-04-27 |
Mitochondrial dysfunction in diabetic cardiomyopathy: a review of pathogenic mechanisms and therapeutic strategies
2026, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2026.1751243
PMID:41908047
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综述 | 本文综述了线粒体功能障碍在糖尿病心肌病发病机制中的核心作用及潜在治疗策略 | 系统阐述了线粒体损伤通过能量代谢紊乱、氧化应激、炎症小体激活及凋亡/铁死亡通路驱动糖尿病心肌病的多维机制,并总结了线粒体靶向治疗的最新进展,包括小分子抗氧化剂、代谢调节剂、基因治疗、干细胞外泌体及生活方式干预 | 未详细讨论各治疗策略的临床试验阶段和具体疗效数据,对新兴技术如单细胞转录组学的应用前景仅作了简要提及 | 阐明线粒体功能障碍在糖尿病心肌病发病机制中的多维作用,并总结线粒体靶向治疗策略的研究进展 | 糖尿病心肌病患者及实验模型中的线粒体功能 | 机器学习 | 心血管疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |