单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3141	2025-04-03	An ultra high-throughput, massively multiplexable, single-cell RNA-seq platform in yeasts 2024-04, Yeast (Chichester, England) DOI:10.1002/yea.3927 PMID:38282330	research paper	该论文优化并应用了一种高通量单细胞RNA测序平台SPLiT-seq于酵母研究，实现了对多种酵母物种和倍性的43,388个细胞的转录组分析	采用组合条形码策略，实现了高通量、低成本、无需专用设备的单细胞RNA测序，能够同时处理数百种酵母基因型或生长条件	主要针对酵母研究，可能不直接适用于其他生物体系	开发并优化适用于酵母的高通量单细胞RNA测序技术	多种酵母物种和倍性的单细胞	基因组学	NA	SPLiT-seq (单细胞RNA测序)	NA	RNA-seq数据	43,388个酵母细胞
3142	2025-04-03	Profibrotic VEGFR3-Dependent Lymphatic Vessel Growth in Autoimmune Valvular Carditis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320326 PMID:38269589	研究论文	本研究揭示了自身免疫性瓣膜性心脏炎中VEGFR3依赖的淋巴管生长新机制及其与人类风湿性心脏病的相似性	发现了瓣膜表面内皮细胞在疾病进展中形成新的毛细淋巴管，并鉴定了一类新型淋巴瓣膜内皮细胞，其转录谱与其他瓣膜内皮细胞不同	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究内皮细胞在风湿性心脏病中的作用机制	小鼠模型中的自身免疫性瓣膜性心脏炎和人类风湿性心脏病患者的瓣膜组织	心血管疾病	风湿性心脏病	单细胞RNA测序、免疫染色、常规组织学、超声心动图	K/B.g7小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	小鼠模型和人类风湿性心脏病患者的瓣膜组织
3143	2025-04-03	Characterizing the T Cell Repertoire in the Proximal Airway in Health and Disease 2024-04, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.31088 PMID:37787469	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究健康与疾病状态下近端气道T细胞受体库的特征	首次比较了健康对照组与SGS和iLTS患者的T细胞受体库多样性，发现其多样性无显著差异，并揭示了高频率克隆型的目标仍未明确	高频率克隆型的目标尚未在公共数据集中找到匹配，研究样本量相对较小	探究近端气道在健康和疾病状态下的T细胞受体库特征	健康对照、特发性声门下狭窄（iSGS）和喉气管狭窄（iLTS）患者的近端气道黏膜	免疫学	喉气管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Immunarch生物信息学流程	RNA序列数据	iSGS患者24例，iLTS患者8例，健康对照7例
3144	2025-04-03	Supermultipotency and unpredictability in the developing superior colliculus 2024-Apr, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2024.03.001 PMID:38514350	research paper	该研究通过结合谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了发育中的上丘（SC）的意外特征	发现极度多能的单个祖细胞能够生成所有类型的SC神经元和胶质细胞，且这些细胞的定位模式并非预先确定，展示了SC发育中显著的不可预测性	NA	探索发育中的上丘（SC）的细胞生成模式和机制	发育中的上丘（SC）的祖细胞及其生成的神经元和胶质细胞	发育生物学	NA	谱系追踪，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3145	2025-04-03	Silencing XIST on the future active X: Searching human and bovine preimplantation embryos for the repressor 2024-Apr, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-022-01115-9 PMID:35585273	研究论文	研究人类和牛胚胎中XIST基因的沉默机制，探讨X染色体活性保护的分子基础	首次在人类和牛胚胎中证实XIST基因在未来活性X染色体上的低表达，并鉴定出DNMT1、UHRF1、SAFB和SAFB2等可能参与XIST抑制的基因	研究仅关注了19p13.3-13.2区域的候选基因，可能遗漏其他重要调控因子	探索X染色体活性保护的分子机制	人类和牛植入前胚胎	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	RNA测序数据	人类和牛植入前胚胎（未明确具体数量）
3146	2025-04-03	Potential Therapeutic Targets for Hypotension in Duchenne Muscular Dystrophy 2024-Apr, Medical hypotheses IF:2.1Q3 DOI:10.1016/j.mehy.2024.111318 PMID:38585412	research paper	该研究探讨了杜氏肌营养不良症（DMD）患者低血压的潜在治疗靶点	通过单细胞RNA测序数据识别出KCNQ5和RyR2作为DMD患者低血压的潜在候选基因	机制尚不明确，需进一步研究验证	探索DMD患者低血压的分子机制及潜在治疗靶点	DMD患者及DMD突变小鼠的血管平滑肌细胞	分子生物学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	DMD突变小鼠的血管平滑肌细胞
3147	2025-04-03	Multimodal Analytical Tools to Enhance Mechanistic Understanding of Aortic Valve Calcification 2024-04, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2023.06.017 PMID:37517686	综述	本文综述了用于增强主动脉瓣钙化机制理解的多模态分析工具	整合转录组学、蛋白质组学和分子成像技术，提供对CAVD的全方位研究视角	未提及具体实验数据或样本量的限制	促进钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)和药物靶点研究的进展	主动脉瓣钙化的分子机制和细胞行为	生物医学研究	心血管疾病	转录组学(bulk RNA测序和单细胞RNA测序)、蛋白质组学、分子成像(PET/CT)	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	NA
3148	2025-04-03	High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524 PMID:38385291	研究论文	该研究通过单细胞多组学技术详细描述了人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其与临床病理生理学的关联	首次通过单细胞转录组和表位测序技术全面描绘了颈动脉粥样硬化的细胞图谱，发现了多种新的细胞亚群及其功能特征	样本量相对较小(n=21)，且主要关注颈动脉病变，可能无法完全代表其他部位的动脉粥样硬化	深入了解人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其临床意义	人类颈动脉粥样硬化斑块中的细胞群体	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和转录组与表位细胞索引测序	NA	单细胞多组学数据	21例人类颈动脉病变样本(13例有症状)
3149	2025-04-03	Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics 2024-01-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03174-1 PMID:38273415	研究论文	本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于在靶向空间转录组学中选择基因面板	gpsFISH通过建模和调整平台效应，优化已知细胞类型的检测，优于现有方法，并能整合细胞类型层次结构和自定义基因偏好	现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术间的平台效应	开发一种计算方法来优化靶向空间转录组学中的基因面板选择	复杂组织中的细胞类型和过程	生物信息学	NA	靶向空间转录组学	gpsFISH	转录组数据	NA
3150	2025-04-03	A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS 2024-01-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011 PMID:38151022	研究论文	该研究开发了一个高通量药物筛选平台，利用同基因小鼠胰腺类器官筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂	首次报道了利用同基因胰腺类器官平台筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂perhexiline maleate，并揭示了其通过调控胆固醇合成通路发挥作用的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证	开发针对KRAS突变胰腺癌的特异性治疗方法	胰腺导管腺癌(PDAC)及其相关KRAS突变	癌症研究	胰腺癌	高通量药物筛选、scRNA-seq	胰腺类器官模型	基因表达数据	超过6000种化合物筛选，使用同基因小鼠胰腺类器官和原代人PDAC类器官
3151	2025-04-03	Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401 2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235 PMID:37463058	研究论文	评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗联合来那度胺维持治疗在自体造血细胞移植后的效果	首次在随机II期试验中评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗的临床反应率和免疫诱导效果	疫苗组与对照组在1年后的完全缓解率无统计学显著差异	评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者的疗效	多发性骨髓瘤患者	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	DC/MM融合疫苗技术、单细胞转录组学	NA	临床数据、免疫学数据	203名患者入组，140名随机分组，63名成功生产疫苗
3152	2025-04-02	Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp 2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70113 PMID:40162720	研究论文	本研究通过整合多组学分析，揭示了核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络候选基因	构建了核桃品种'湘灵'的高质量基因组组装和八个核桃物种的图形结构泛基因组，通过GWAS鉴定了与核桃驯化和改良相关的19个位点，并通过多组学分析揭示了与次生细胞生物合成和木质素积累相关的候选基因	研究主要集中于核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异，对其他性状的遗传基础研究较少	系统阐明核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络	波斯核桃（Juglans regia）及其八个近缘种	基因组学	NA	多组学分析（包括转录组学、代谢组学、DNA甲基化和空间转录组学）和GWAS	NA	基因组序列、转录组数据、代谢组数据、DNA甲基化数据和空间转录组数据	285个核桃种质资源
3153	2025-04-02	scPANDA: PAN-Blood Data Annotator with a 10-Million Single-Cell Atlas 2025-Apr-01, Chinese medical sciences journal = Chung-kuo i hsueh k'o hsueh tsa chih DOI:10.24920/004472 PMID:40164519	research paper	开发了一个名为scPANDA的PAN-blood单细胞数据注释工具，利用包含1000万个细胞的图谱进行精确的细胞类型注释	利用大规模单细胞图谱进行细胞类型注释，采用三层推断方法逐步细化细胞类型	未提及具体的技术限制或潜在问题	提高血液系统中细胞类型注释的准确性和可靠性	血液系统中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	来自16项研究的1000万个细胞
3154	2025-04-02	Enhancer Extrachromosomal Circular DNA ANKRD28 Elicits Drug Resistance via POU2F2-Mediated Transcriptional Network in Multiple Myeloma 2025-Apr-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415695 PMID:40167268	研究论文	本文研究了多发性骨髓瘤(MM)中药物抵抗的机制，特别是通过增强子环状DNA ANKRD28 (eccANKRD28)介导的转录网络	首次揭示了非编码环状DNA作为增强子在多发性骨髓瘤药物抵抗中的作用，并阐明了POU2F2介导的转录调控网络	研究主要基于体外和动物模型，临床样本数量有限，需要进一步验证	探索多发性骨髓瘤药物抵抗的分子机制	多发性骨髓瘤患者血清样本和耐药细胞系	表观遗传学	多发性骨髓瘤	H3K27ac ChIP-seq, scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag, CRISPR/Cas9	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	多发性骨髓瘤患者血清样本和耐药细胞系(具体数量未明确说明)
3155	2025-04-02	Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease 2025-Mar-31, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0535 PMID:40160027	research paper	该研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用	首次在诱导型2型糖尿病肾病模型中应用单细胞RNA测序技术，并验证了CXCL12介导的T细胞浸润的关键作用	研究结果仍需在更大规模的人类样本中进一步验证	探索2型糖尿病肾病中肾小球和近端肾小管细胞间的炎症相互作用机制	诱导型2型糖尿病肾病小鼠模型及人类肾脏活检组织	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq, flow cytometry, histological analysis	NA	RNA-seq data, histological images, flow cytometry data	诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾脏活检组织（具体数量未明确说明）
3156	2025-04-02	Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update 2025-Mar-31, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001085 PMID:40160177	综述	本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学，揭示了银屑病的细胞多样性及其在疾病进展中的关键作用	利用单细胞和空间转录组学技术揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞的亚型及其相互作用，特别是IL-17/IL-36和PRSS3-F2R通路的作用，以及代谢失调在慢性炎症中的关键角色	NA	探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对疾病机制的理解和治疗策略的影响	银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞	数字病理学	银屑病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
3157	2025-04-02	PPY-Induced iCAFs Cultivate an Immunosuppressive Microenvironment in Pancreatic Cancer 2025-Mar-31, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413432 PMID:40162859	研究论文	本研究揭示了胰腺多肽（PPY）在胰腺导管腺癌（PDAC）中通过诱导炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）塑造免疫抑制微环境的新机制	首次发现PPY作为iCAFs的新型诱导剂，并验证其通过非经典NF-κB通路激活的机制，为PDAC免疫治疗提供了新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证PPY靶向治疗的效果	探索PDAC免疫抑制微环境形成机制并寻找改善免疫治疗疗效的新策略	胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中的炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化（mIHC）、免疫共沉淀-质谱分析、分子对接	KPC（Kras; Trp53; Pdx1-Cre）小鼠原位移植瘤模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、影像数据（PET-CT）	人类PDAC组织微阵列、小鼠模型及共培养实验样本（具体数量未明确说明）
3158	2025-04-02	Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides 2025-Mar-31, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495 PMID:40163757	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，探究了蕈样肉芽肿（MF）疾病进展过程中的基因表达变化和肿瘤微环境特征	首次系统揭示了MF从斑片期到斑块期再到肿瘤期的动态转录组变化特征，并发现M2巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞（CAF）在早期MF进展中的关键作用	样本量相对有限，且未进行长期预后随访验证	识别早期MF患者疾病进展的生物标志物和微环境特征	蕈样肉芽肿（MF）患者组织样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学、免疫组织化学染色	NA	转录组数据、免疫组化图像	未明确说明具体样本数量，包含斑片期MF、斑块期MF和肿瘤期MF多阶段样本
3159	2025-04-02	IFN-γ promotes the progression of iMCD by activating inflammatory monocytes 2025-Mar-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027689 PMID:40163892	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的免疫景观，揭示了IL-6和IFN-γ在疾病进展中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序揭示iMCD中CCL单核细胞通过IFN-II信号通路与特定NK/NKT细胞相互作用，并发现血清IFN-γ水平与疾病严重程度和治疗抵抗呈正相关	样本量较小(15例患者和4例健康对照)，且部分发现需要在大规模独立队列中进一步验证	探索iMCD的免疫发病机制，寻找早期预后分层标志物和新治疗靶点	特发性多中心Castleman病(iMCD)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)、淋巴结和骨髓样本	免疫学	Castleman病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	15例iMCD患者和4例健康对照的外周血样本，以及部分淋巴结和骨髓样本
3160	2025-04-02	Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging 2025-Mar-30, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70053 PMID:40159808	research paper	该研究探讨了IGF-1信号通路在毛囊衰老中的作用，并提出了针对性的干预措施	揭示了IGF-1过度表达通过触发毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并验证了通过干预IGF-1信号通路下游机制来恢复毛囊健康的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的验证数据有限	探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程	小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞	geriatric disease	geriatric disease	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠和对照小鼠的皮肤样本