单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3141	2025-02-26	SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set 2025-Feb-25, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01568-y PMID:39998731	研究论文	本文介绍了一种名为SenSkin™的人类皮肤特异性细胞衰老基因集，通过文献综述和通路分析进行构建，并在时序衰老和光老化数据集中进行了验证	SenSkin™是针对皮肤特异性细胞衰老的基因集，相较于非组织特异性基因集，能更有效地检测皮肤中的衰老细胞	研究主要基于RNA-seq数据，未涉及其他类型的数据验证	开发并验证一种针对人类皮肤特异性细胞衰老的基因集，以提高检测皮肤衰老细胞的敏感性和特异性	人类皮肤细胞	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个RNA-seq数据集（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）
3142	2025-02-26	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals an Aggressive Basal-Like Tumor Cell Subpopulation Associated With Poor Prognosis in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2025-Feb-24, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16915 PMID:39993788	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肝内胆管癌中与不良预后相关的侵袭性基底样肿瘤细胞亚群	首次在肝内胆管癌中识别出基底样肿瘤细胞亚群，并揭示了其与MET信号通路激活及不良预后的关联	样本量相对较小，仅包括23名患者的26个肿瘤样本	解析肝内胆管癌的肿瘤异质性，识别新的治疗靶点	肝内胆管癌患者的肿瘤样本	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序、免疫组化染色、多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、图像数据	23名患者的26个肿瘤样本，6名患者的6个肿瘤切片
3143	2025-02-26	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify a distinct tumor stem cells and construct a novel prognostic signature for evaluating prognosis and immunotherapy in LUAD 2025-Feb-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06243-6 PMID:39987127	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了肺腺癌中的肿瘤干细胞基因特征，并构建了一个新的预后标志物模型，用于评估肺腺癌的预后和免疫治疗效果	结合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个包含49个肿瘤干细胞相关基因的预后模型，并揭示了TAF10在肺腺癌中的潜在治疗靶点作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于TAF10的功能研究，未全面验证所有基因的功能	识别肺腺癌中的肿瘤干细胞基因特征，构建预后模型并评估免疫治疗效果	肺腺癌（LUAD）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），qRT-PCR，Western blot，免疫组化	Lasso-Cox回归模型	RNA测序数据	NA
3144	2025-02-26	NK cell immunopotentiators-loaded nanoliposomes enhance ADCC effect for targeted therapy against HER2-positive breast cancer 2025-Feb-22, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-02023-9 PMID:39987140	研究论文	本研究探讨了通过负载NK细胞免疫增强剂的纳米脂质体增强ADCC效应，以针对HER2阳性乳腺癌进行靶向治疗	通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了HER2阳性乳腺癌对曲妥珠单抗反应降低的关键机制，并设计了HER2靶向的pH敏感纳米脂质体来递送NK细胞免疫增强剂，显著增强了NK细胞的功能活性和肿瘤微环境中的浸润，从而提高了曲妥珠单抗的抗肿瘤效果	研究主要基于体外实验和HER2乳腺癌模型，尚未进行大规模临床试验验证	增强HER2阳性乳腺癌对曲妥珠单抗的治疗反应，克服耐药性问题	HER2阳性乳腺癌患者肿瘤组织中的NK细胞	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	单细胞测序、生物信息学分析	NA	单细胞测序数据	NA
3145	2025-02-26	Interferon-gamma receptor signaling regulates innate immunity during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-22, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03376-9 PMID:39987156	研究论文	本文研究了干扰素-γ受体信号在金黄色葡萄球菌颅骨感染期间对先天免疫的调控作用	发现了IFN-γ在颅骨感染中的关键保护作用，通过增强巨噬细胞和小胶质细胞的抗菌活性	研究中未观察到粒细胞或巨噬细胞/小胶质细胞Ifngr1条件性敲除小鼠的表型变化，表明存在冗余机制	开发针对颅骨感染中免疫功能障碍的替代治疗策略	金黄色葡萄球菌颅骨感染模型	免疫学	感染性疾病	单细胞转录组学	Ifngr1缺陷小鼠模型	基因表达数据	Ifngr1缺陷小鼠与野生型小鼠
3146	2025-02-26	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57157-2 PMID:39987196	研究论文	本文介绍了sciRED方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	sciRED通过去除已知的混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，从而改进了单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	sciRED	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
3147	2025-02-26	Human nasal turbinate stem cells with specific gene signatures (HAS2, CXCL1, KRTAP1-5, GSTT2B, and C4B) attenuate rheumatoid arthritis 2025-Feb-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90707-8 PMID:39987230	研究论文	本研究探讨了人鼻甲来源的干细胞（hNTSCs）对类风湿性关节炎（RA）小鼠的治疗效果，并鉴定了具有治疗效果的hNTSCs基因特征	首次鉴定了hNTSCs在RA治疗中的特定基因特征（HAS2、CXCL1、KRTAP1-5、GSTT2B和C4B），并揭示了其通过抑制效应T细胞增殖和破骨细胞生成来发挥治疗作用的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究hNTSCs对RA的治疗效果及其机制	人鼻甲来源的干细胞（hNTSCs）和胶原诱导的关节炎（CIA）小鼠	干细胞治疗	类风湿性关节炎	流式细胞术、TRAP染色、微阵列分析、RT-qPCR、单细胞RNA测序	CIA小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	20名健康对照者的hNTSCs和CIA小鼠
3148	2025-02-26	Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57047-7 PMID:39987255	研究论文	本文介绍了一种名为SenePy的分析算法，用于定义跨多种细胞类型和组织的细胞衰老的细胞类型特异性和通用特征	开发了SenePy评分平台，利用72个小鼠和64个人类的加权单细胞转录组特征，更好地再现体内细胞衰老	NA	识别细胞衰老的细胞类型特异性特征，并研究其在健康和疾病状态下的积累动力学	小鼠和人类的单细胞转录组数据	生物信息学	肿瘤生成、炎症、心肌梗死	单细胞转录组学	SenePy算法	单细胞转录组数据	72个小鼠和64个人类的单细胞样本
3149	2025-02-26	Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis 2025-Feb-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07589-9 PMID:39987372	研究论文	本文研究了与肺纤维化发病和进展相关的细胞相互作用，通过单细胞RNA测序技术构建了年轻和老年Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型的肺细胞图谱	发现了HPS小鼠中SAA3炎症性肺成纤维细胞的年龄依赖性增加，并揭示了HPS1和HPS2小鼠中不同类型的细胞相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量较少，可能限制了结果的普适性	探究肺纤维化的发病机制及进展过程中的细胞相互作用	Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和老年HPS小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织
3150	2025-02-26	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-Feb-19, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	本研究通过数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，揭示了导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）中惰性和恶性状态的转录组差异	首次使用DSP-RNA技术对IPMN进行全转录组分析，发现了与病理分级显著相关的三种上皮转录组状态，并揭示了这些状态与胰腺导管腺癌（PDAC）分子亚型的关联	样本量较小，仅包括10个IPMN标本，可能需要更大规模的研究来验证这些发现	通过DSP-RNA技术定义和关联IPMN的转录组状态与癌症风险，以改进风险分层	导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）标本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA）	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本
3151	2025-02-26	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-Feb-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫系统重建机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系细胞，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞，并发现HSC亚群的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果主要基于小鼠异种移植模型	理解SCT后免疫系统如何重建，以及SCT是否可作为细胞疗法恢复适当的免疫细胞群体	难治性克罗恩病（CD）患者	免疫学	克罗恩病	CyTOF、scRNA-seq	小鼠异种移植模型	血液和肠道样本	19名难治性克罗恩病患者
3152	2025-02-26	Advancing our understanding of root development: Technologies and insights from diverse studies 2025-Feb-07, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae605 PMID:39688896	综述	本文综述了根发育研究中的技术进展，特别是单细胞基因表达分析的变革性影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的应用，使得根生物学研究能够进行详细的细胞特异性基因表达分析，创建全面的根图谱，预测细胞发育，并以前所未有的精度绘制基因调控网络（GRNs）	NA	增强对根发育的理解，以促进植物生长和健康	根发育	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多模态分析、生物信息学、CRISPR、生物传感器、微流控设备	NA	基因表达数据	NA
3153	2025-02-26	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	本文通过单细胞转录组学和增殖祖细胞的谱系追踪，研究了小鼠肺部在流感损伤后的再生过程，揭示了不同细胞区室的异步响应	揭示了损伤后出现的持续性损伤相关细胞状态，特别是损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP），这些细胞状态与人类肺部发育和退行性疾病中的内皮异常有相似之处	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺部再生和疾病的复杂性	理解肺部损伤后的细胞和分子响应复杂性，以及与人类发育和疾病响应的相关性	小鼠肺部细胞	单细胞转录组学	肺部疾病	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	小鼠肺部细胞样本
3154	2025-02-26	Experimental Framework for Assessing Mouse Retinal Regeneration Through Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_8 PMID:39240520	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序评估小鼠视网膜再生的实验框架	利用单细胞RNA测序技术增强了对Müller胶质细胞源性视网膜再生的理解，并提供了小鼠视网膜细胞制备的实验框架	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类视网膜再生	评估和促进视网膜再生，以治疗视网膜退行性疾病	小鼠视网膜细胞	生物信息学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
3155	2025-02-26	Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000542833 PMID:39602898	研究论文	本文首次对宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）进行了单细胞转录组测序，揭示了其细胞和分子景观，并筛选了临床预后的关键基因	首次对SCNECC进行单细胞转录组测序，揭示了其分子特征、起源和发病机制，并筛选了关键基因	样本量较小，仅包括一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本	研究SCNECC的分子特征、起源和发病机制，为治疗提供新见解	宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）	数字病理学	宫颈癌	单细胞转录组测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞转录组数据	一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本
3156	2025-02-26	Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19039 PMID:39989743	综述	本文综述了从经典到新型生物物理方法研究巨噬细胞的多种方法	介绍了单细胞测序、单细胞质谱、液滴微流控、扫描探针显微镜和原子力光谱等高科技方法	NA	探讨研究巨噬细胞的方法，以促进基于细胞的治疗策略的发展	巨噬细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序、单细胞质谱、液滴微流控、扫描探针显微镜、原子力光谱	NA	NA	NA
3157	2025-02-26	Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105591 PMID:39990231	研究论文	本文研究了钙联蛋白（CANX）在胶质母细胞瘤（GBM）进展中的作用及其通过MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬的机制	首次揭示了CANX通过MEK/ERK/BNIP3通路在GBM中诱导保护性线粒体自噬的分子机制，并发现CANX敲低可增强TMZ的敏感性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨CANX在GBM进展中的作用及其在药物耐药性中的分子机制	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	转录组测序、单细胞测序、透射电子显微镜（TEM）、Western blotting、免疫荧光、流式细胞术、细胞增殖实验、颅内异种移植小鼠模型	NA	基因表达数据、细胞实验数据、小鼠模型数据	NA
3158	2025-02-26	CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104650 PMID:39990233	研究论文	本文研究了CD34+ PI16+成纤维祖细胞在移植动脉新内膜病变中的作用及其通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT通路的机制	首次揭示了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过释放CCL11促进平滑肌细胞增殖和迁移，从而加剧移植动脉新内膜病变的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨CD34+ PI16+成纤维祖细胞在移植动脉硬化中的作用及其分子机制	小鼠模型中的CD34+ PI16+成纤维祖细胞	病理学	移植动脉硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、趋化因子抗体微阵列、ELISA检测、免疫组织化学	基因修饰小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	多种基因修饰小鼠模型（BALB/c, C57BL/6J, CD34-CreER, Rosa26-tdTomato, Rosa26-iDTR, CD34-Dre, PI16-CreER, CAG-LSL-RSR-tdTomato-2A-DTR）
3159	2025-02-26	Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3547543 PMID:39990773	研究论文	本研究旨在开发一个与乳酸化相关的基因特征（LRG）用于肝细胞癌（HCC），并通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析验证其预后价值	首次开发了一个基于乳酸化相关基因的HCC预后模型，并通过单细胞RNA测序揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	开发并验证一个乳酸化相关基因特征用于HCC的预后评估和治疗靶点识别	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归模型、Riskscore模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肿瘤和正常组织的对比分析
3160	2025-02-26	Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341 PMID:39991151	研究论文	本研究探讨了铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化（IPF）中的诊断价值，并通过生物信息学分析识别了与IPF诊断相关的生物标志物	首次系统地研究了铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF中的诊断价值，并提供了新的治疗策略思路	研究依赖于公开的微阵列数据集，样本量和多样性可能有限，且未进行实验验证	探索铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF诊断中的价值	特发性肺纤维化（IPF）患者	生物信息学	肺纤维化	微阵列分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四个微阵列数据集