单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3121	2025-05-16	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	research paper	该研究通过整合分析来自10种癌症类型的超过1400万个细胞的空间转录组学和蛋白质组学数据，揭示了四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAFs）空间亚型	发现了四种跨癌症类型和空间组学平台保守的CAF空间亚型，并揭示了它们在空间组织模式、邻近细胞组成、互作网络和转录组特征上的差异	研究涉及10种癌症类型，但未涵盖所有癌症类型，且样本量虽大但可能仍存在某些癌症类型的代表性不足	探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生物学和免疫生物学的影响	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, proteomics	NA	spatial omics data	超过1400万个细胞，来自10种癌症类型
3122	2025-05-16	Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02582-4 PMID:40354001	研究论文	通过结合单细胞和RNA测序分析，构建了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌的临床结果和免疫景观	开发了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），能够准确预测卵巢癌患者的预后并区分具有不同免疫景观特征的患者	研究依赖于特定的数据集（如EMTAB8107、TCGA-OV等），可能限制了结果的广泛适用性	探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗效果中的潜在作用	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序、RNA测序	机器学习	测序数据	多个卵巢癌队列（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712、GSE26193）
3123	2025-05-16	Multi-omics identify ribosome related causal genes methylation, splicing, and expression in prostate cancer 2025-May-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02584-2 PMID:40354008	研究论文	该研究通过整合多组学数据，探讨了核糖体相关基因与前列腺癌之间的关联	首次使用SMR和共定位分析结合单细胞分析，揭示了核糖体相关基因NSUN4和MPHOSPH6在前列腺癌中的因果作用	研究样本主要来自特定数据库(FinnGen等)，可能限制了结果的普适性	探究核糖体相关基因在前列腺癌发生发展中的作用机制	前列腺癌患者的多组学数据(基因组学、转录组学)	生物信息学	前列腺癌	SMR分析、共定位分析、单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	来自The Prostate Cancer Association Group和FinnGen研究的汇总数据
3124	2025-05-16	High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development 2025-May-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59206-2 PMID:40355462	研究论文	该研究通过高分辨率空间转录组学和细胞谱系分析，揭示了小鼠腭发育过程中颅神经嵴细胞(CNCCs)衍生的间充质细胞谱系多样化的时空动态	首次构建了小鼠腭发育过程中CNCCs衍生间充质细胞的高分辨率时空转录组图谱，并发现Sox9+间充质祖细胞群在腭发育起始时就存在异质性	研究仅针对小鼠模型，人类腭发育可能存在差异	阐明颅面发育过程中细胞命运决定的时空调控机制	小鼠胚胎颅神经嵴细胞(CNCCs)及其衍生的间充质细胞	发育生物学	NA	高分辨率空间转录组学、细胞谱系追踪	NA	转录组数据、空间定位数据	E10.5至E15.5的小鼠胚胎样本
3125	2025-05-16	IL-11/IL-11R signal inhibition by 9MW3811 remodels immune tumor microenvironment and enhances anti-tumor efficacy of PD-1 blockade 2025-May-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00913-w PMID:40355638	research paper	该研究介绍了一种名为9MW3811的单克隆抗体，通过抑制IL-11/IL-11R信号通路，重塑肿瘤免疫微环境并增强PD-1阻断疗法的抗肿瘤效果	9MW3811作为一种新型单克隆抗体，能够有效中和IL-11，并通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞功能，增强PD-1阻断疗法的疗效，特别是在PD-1无应答模型中表现出协同效应	研究主要基于小鼠模型，临床效果尚需进一步验证	探索IL-11信号通路抑制在抗肿瘤治疗中的作用及其与PD-1阻断疗法的协同效应	IL-11信号通路、肿瘤微环境、CD8+ T细胞	肿瘤免疫治疗	癌症	单克隆抗体技术、单细胞RNA-seq分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	多种小鼠肿瘤模型
3126	2025-05-16	INHBA+ macrophages and Pro-inflammatory CAFs are associated with distinctive immunosuppressive tumor microenvironment in submucous Fibrosis-Derived oral squamous cell carcinoma 2025-May-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14261-2 PMID:40355814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中独特的免疫抑制肿瘤微环境	首次揭示了INHBA+巨噬细胞和促炎性CAFs在口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中的免疫抑制作用及其与ACVR1/ACVR2A/ACVR2B的相互作用	研究主要基于转录组学和免疫荧光数据，缺乏体内功能验证实验	阐明口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中免疫抑制肿瘤微环境的特征	口腔鳞状细胞癌(OSCC)和口腔黏膜下纤维化(OSF)衍生的OSCC(ODSCC)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色	NA	转录组数据, 空间分布数据	来自GEO数据库的scRNA-seq和ST数据
3127	2025-05-16	Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy 2025-May-05, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763 PMID:40334802	review	本文综述了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用	总结了单细胞测序揭示的TAN亚型多样性，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群的区别与共性	缺乏全面的TAN分类系统	探讨TAN亚群在癌症免疫治疗中的变化及其作用	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
3128	2025-05-16	snPATHO-seq: A Detailed Protocol for Single Nucleus RNA Sequencing From FFPE 2025-May-05, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5291 PMID:40364991	research paper	介绍了一种名为snPATHO-seq的稳健且适应性强的单核RNA测序方法，用于从FFPE组织中生成高质量的转录组数据	snPATHO-seq通过优化的核分离和10× Genomics Flex检测，有效减少了组织碎片并保持了RNA完整性，优于现有的FFPE工作流程	未明确提及方法的局限性	开发一种能够从FFPE组织中生成高质量单核转录组数据的方法，以推动单细胞组学在转化和临床研究中的应用	FFPE组织样本，包括乳腺癌等疾病组织	单细胞组学	乳腺癌	单核RNA测序（snRNA-seq），10× Genomics Flex检测	NA	转录组数据	多样化的FFPE样本，包括疾病组织
3129	2025-05-16	CALB1 and RPL23 Are Essential for Maintaining Oocyte Quality and Function During Aging 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14466 PMID:39748132	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和蛋白质组分析，揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的关键机制，并确定了Calb1和Rpl23两个基因在卵母细胞衰老过程中的重要作用	首次在单细胞分辨率下揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的机制，并确定了Calb1和Rpl23两个关键基因的功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类卵母细胞中验证	探究卵母细胞衰老的分子机制	年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞	生殖生物学	生殖健康问题	单细胞转录组测序	小鼠模型	转录组数据	年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞
3130	2025-05-16	CTHRC1 expresses in cancer-associated fibroblasts and is associated with resistance to anti-androgen therapy in prostate cancer 2025-May, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01624-z PMID:40009323	research paper	本研究探讨了CTHRC1在前列腺癌中的表达及其对治疗抵抗的影响	首次揭示了CTHRC1在前列腺癌相关成纤维细胞中的表达及其与抗雄激素治疗抵抗的关联	研究主要基于公开数据库数据，缺乏实验验证	探索CTHRC1在前列腺癌中的表达及其对预后和治疗的影响	前列腺癌组织和正常前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法	NA	RNA测序数据, 免疫组织化学数据	1999例前列腺癌病例和531例正常对照，以及来自7个前列腺原发肿瘤的62,995个细胞的单细胞RNA测序数据
3131	2025-05-16	scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027 PMID:40333631	研究论文	本文介绍了一种名为scSDNE的半监督图嵌入模型，用于推断基于配体-受体（L-R）相互作用的细胞间通讯	scSDNE模型利用深度学习将相互作用细胞中的基因映射到一个共享的潜在空间，并结合基因调控信息提高推断的准确性和生物学可解释性	NA	全面理解细胞间复杂的相互作用机制	细胞间通讯中的配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督图嵌入模型（scSDNE）	基因表达数据	NA
3132	2025-05-16	Integration of Single-Cell RNA Sequencing Data and Bulk Sequencing Data to Characterise the CD8+ T-Cell Exhaustion Mediated Immune Microenvironment in CRC 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70556 PMID:40356050	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量测序数据，研究结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭介导的免疫微环境	揭示了MIF和CD99是CD8+ T细胞耗竭的关键调节因子，并开发了一个基于XGBoost的预后模型	未提及样本量是否足够大以支持广泛推广	研究结直肠癌中CD8+ T细胞耗竭的机制及免疫治疗效果的潜在生物标志物	结直肠癌中的CD8+ T细胞和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量测序	XGBoost	RNA测序数据	NA
3133	2025-05-16	SCGB3A1-Epi and KLK10-Epi Crosstalk With Fibroblasts Promotes Liver Metastasis of Breast Cancer and Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70904 PMID:40357856	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的关键上皮细胞亚型及其与成纤维细胞的相互作用机制	首次鉴定出SCGB3A1-Epi和KLK10-Epi作为乳腺癌和PDAC肝转移的关键驱动亚型，并揭示了它们与成纤维细胞的特定配体-受体相互作用	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步的体内外实验验证这些发现	阐明乳腺癌和胰腺导管腺癌肝转移的细胞亚型及其作用机制	乳腺癌和胰腺导管腺癌(PDAC)的肝转移样本	肿瘤生物学	乳腺癌, 胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
3134	2025-05-16	Identification and Validation of Potential Immune-Related Genes for Endometriosis 2025-May, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.70091 PMID:40367358	研究论文	通过综合生物信息学分析和免疫组化验证，识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因	使用单细胞RNA测序和传统批量RNA测序数据结合机器学习技术，识别出与子宫内膜异位症相关的特征性免疫基因TGFBR1和GIMAP4	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别和验证子宫内膜异位症中潜在的免疫相关基因	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织	生物信息学	子宫内膜异位症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC	机器学习算法	基因表达数据	来自GEO数据库的子宫内膜异位症患者样本
3135	2025-05-16	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和BCR测序分析，揭示了在自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者中，胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩增的变化	发现了自身抗体阳性和1型糖尿病患者中胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和克隆扩增的独特变化，并识别出多反应性B细胞的存在	研究样本量有限，且仅针对特定人群（自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者）	探究自身反应性B细胞在1型糖尿病中的作用及其作为疾病风险生物标志物的潜力	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序，BCR测序	NA	RNA序列数据	来自非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发1型糖尿病患者的B细胞样本
3136	2025-05-16	Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014 PMID:39753128	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据，揭示了Müller胶质细胞在视网膜发育和应激反应中的潜在表观遗传程序	首次在单细胞分辨率下鉴定了Müller胶质细胞中染色质可及性与基因表达的关系，并提出了'可塑性基因'的新概念	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据可能有限	探索视网膜发育和疾病响应中细胞类型特异的染色质结构变化	人类和小鼠视网膜中的Müller胶质细胞	表观遗传学	视网膜疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	人类和小鼠发育中的视网膜样本
3137	2025-05-16	Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞特征	发现了鸡肺特有的第三种肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并揭示了其与肺泡2型和1型细胞在空间上的分布模式	研究仅针对鸡肺，未与其他鸟类物种进行比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺的发育过程	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
3138	2025-05-16	Map3k3 I441M Knock-In Mouse Model of Cerebral Cavernous Malformations 2025-Apr, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.049935 PMID:40127145	研究论文	本研究建立了一个Map3k3I441M敲入小鼠模型，用于研究脑海绵状血管瘤(CCMs)的发病机制和治疗方法	首次建立了Map3k3I441M敲入小鼠模型，更准确地模拟了人类CCMs的单等位基因突变特征	模型仍需与PI3K信号通路激活相结合才能在成年小鼠中有效形成CCM样病变	研究脑海绵状血管瘤(CCMs)的发病机制和探索潜在治疗方法	Map3k3I441M敲入小鼠模型	神经血管疾病研究	脑海绵状血管瘤	基因敲入技术、磁共振成像、单细胞RNA测序、免疫染色	小鼠疾病模型	影像数据、基因表达数据	多种基因修饰小鼠模型(包括Map3k3I441M敲入小鼠、Ptenfl/fl小鼠等)
3139	2025-05-16	Machine Learning Unveils Sphingolipid Metabolism's Role in Tumour Microenvironment and Immunotherapy in Lung Cancer 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70435 PMID:40159631	研究论文	本研究通过机器学习揭示了鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境（TME）和免疫治疗中的作用	首次使用机器学习算法（Lasso回归和生存SVM）结合转录组分析和单细胞RNA测序数据，识别了与肺癌TME中免疫异质性相关的鞘脂代谢基因，并发现ASAH1和SMPD1作为强预后标志物	研究主要依赖于TCGA和GTEx数据库的临床样本，可能受到样本来源和数据质量的限制	探究鞘脂代谢在肺癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	肺癌（LUAD和LUSC）肿瘤微环境中的鞘脂代谢相关基因和免疫细胞	机器学习	肺癌	转录组分析、scRNA-seq、Lasso回归、生存SVM	Lasso回归、生存SVM	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据	TCGA和GTEx数据库中的临床样本
3140	2025-05-16	Transitional CXCL14+ cancer-associated fibroblasts enhance tumour metastasis and confer resistance to EGFR-TKIs, revealing therapeutic vulnerability to filgotinib in lung adenocarcinoma 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70281 PMID:40162549	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出一种独特的CXCL14+肌成纤维性癌症相关成纤维细胞（myCAFs）亚群，该亚群在肺腺癌（LUAD）中促进肿瘤转移并导致对EGFR-TKIs的耐药性，同时发现Filgotinib可逆转这种耐药性	首次识别出CXCL14+ myCAFs亚群在LUAD中的关键作用，并发现Filgotinib作为逆转EGFR-TKIs耐药性的潜在治疗药物	研究主要基于体外和动物实验，临床验证仍需进一步扩大样本量	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肺腺癌转移和EGFR-TKIs耐药性中的作用	肺腺癌（LUAD）患者和模型	癌症生物学	肺腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 免疫组织化学, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据, 临床样本数据	多个独立LUAD队列的临床组织样本和患者血浆样本