单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3121	2025-02-27	Dynamic Changes in the Gene Expression Patterns and Lipid Profiles in the Developing and Maturing Meibomian Glands 2022-Jul-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23147884 PMID:35887230	研究论文	本研究通过分析小鼠从新生儿到成年期睑板腺的脂质组和转录组，揭示了睑板腺发育和成熟过程中的生理变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析了年轻和成年小鼠的睑板腺转录组，揭示了多种独特的睑板腺细胞群体及其在脂质生成中的不同作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类睑板腺的类似研究	揭示睑板腺发育和成熟过程中的分子机制和脂质生成变化	小鼠的睑板腺	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据、脂质组数据	从新生儿到成年期的小鼠睑板腺样本
3122	2025-02-26	Exploring immune gene expression and potential regulatory mechanisms in anaplastic thyroid carcinoma using a combination of single-cell and bulk RNA sequencing data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108311 PMID:39674047	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量RNA测序数据，探索了未分化甲状腺癌（ATC）中的免疫基因表达及其潜在调控机制	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了ATC中的差异表达免疫基因，并发现了潜在的调控转录因子和药物靶点	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	识别ATC中的新型治疗靶点，以改善ATC的诊断和治疗	未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的ATC和PTC样本
3123	2025-02-26	Development of a centrosome amplification-associated signature in kidney renal clear cell carcinoma based on multiple machine learning models 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108317 PMID:39675190	研究论文	本研究通过多种机器学习模型开发了与肾透明细胞癌（KIRC）中心体扩增相关的特征，并评估了其对预后和治疗反应的预测能力	首次构建了与KIRC中心体扩增相关的预后指数（CAAPI），并揭示了其在肿瘤微环境调节和免疫治疗反应中的重要作用	研究主要依赖于TCGA-KIRC数据集，外部验证数据集较少，可能影响结果的普适性	探索中心体扩增相关特征在KIRC预后和治疗反应预测中的作用	肾透明细胞癌（KIRC）患者	机器学习	肾癌	随机生存森林分析、Cox回归分析、单细胞RNA测序	随机生存森林、Cox回归模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-KIRC数据集、ICGC和GEO数据集用于验证，单细胞RNA测序数据来自GSE159115
3124	2025-02-26	Application of bioinformatic tools in cell type classification for single-cell RNA-seq data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108332 PMID:39793515	研究论文	本文比较和评估了支持向量机（SVM）四种不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	本文首次系统地比较了SVM的不同核函数在单细胞RNA测序数据分类中的表现，并发现线性核和S型核在分类准确性和计算速度上具有优势	研究仅基于三个标准的单细胞RNA测序数据集，可能无法全面反映所有单细胞数据的复杂性	评估SVM不同核函数在单细胞RNA测序数据细胞类型分类中的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	支持向量机（SVM）	单细胞RNA测序数据	三个标准的单细胞RNA测序数据集
3125	2025-02-26	PcoCas12a: A novel CRISPR enzyme from Prevotella copri enhancing TCR-T-cell tumor suppression 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139740 PMID:39800033	研究论文	本研究鉴定了一种新型基因编辑酶CRISPR/PcoCas12a，源自Prevotella copri，并展示了其在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	发现了一种新型CRISPR酶PcoCas12a，具有更广泛的编辑位点和更高的编辑效率，特别是在TCR-T细胞中增强肿瘤抑制的能力	未明确提及研究的局限性	寻找并验证一种适用于免疫细胞编辑的高效基因编辑酶	TCR-T细胞	基因编辑	肿瘤	CRISPR/Cas12a	NA	单细胞测序数据	未明确提及样本数量
3126	2025-02-26	Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021 PMID:39837455	研究论文	本研究探讨了黄芪多糖（APS）在高脂饮食（HFD）下对急性胰腺炎（AP）严重程度的影响，发现APS通过调节肠道微生物群减轻HFD引起的AP恶化	揭示了APS通过增加L. reuteri和丙酸盐（PA）水平来减轻AP严重性的机制，并提出了肠道-胰腺轴作为AP治疗的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨APS在高脂饮食下对急性胰腺炎严重程度的影响及其机制	高脂饮食诱导的急性胰腺炎小鼠模型	消化系统疾病	急性胰腺炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、血清酶和细胞因子数据	未明确提及样本数量，但基于小鼠实验
3127	2025-02-26	Deciphering chondrocyte diversity in diabetic osteoarthritis through single-cell transcriptomics 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108356 PMID:39848169	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病性骨关节炎（DOA）与骨关节炎（OA）在细胞和分子机制上的差异，并发现了一种新的软骨细胞亚群	发现了DOA中一种新的软骨细胞亚群，称为'热休克'软骨细胞，并揭示了DOA中炎症通路的显著上调	未提及样本量的具体信息，且未讨论研究的长期临床意义	阐明糖尿病性骨关节炎（DOA）与骨关节炎（OA）在细胞和分子机制上的差异	软骨细胞	单细胞转录组学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3128	2025-02-26	High antigen-presenting CAF levels correlate with reduced glycosaminoglycan biosynthesis-heparan sulfate/heparin metabolism in immune cells and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma: Insights from bulk and single-cell transcriptome profiling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140418 PMID:39889995	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了食管鳞状细胞癌中抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）对肿瘤代谢环境的重塑作用及其与患者不良预后的关联	首次在食管鳞状细胞癌中识别出抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）亚群，并揭示了其对肿瘤代谢环境的重塑机制	研究中未详细探讨apCAF如何具体影响免疫逃逸的分子机制	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的代谢重编程作用及其对患者预后的影响	食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3129	2025-02-26	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA-seq数据的整合分析，揭示了Nintedanib在治疗特发性肺纤维化中的新机制	发现了Nintedanib通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a，进而抑制SPP1介导的纤维化通路，提供了新的治疗视角	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	揭示Nintedanib在治疗特发性肺纤维化中的具体作用机制	特发性肺纤维化小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序, RNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠肺组织样本
3130	2025-02-26	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and innovations 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108362 PMID:39919386	review	本文系统回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的应用和创新，特别是在胰岛细胞中的应用	强调了scRNA-seq在理解细胞类型、基因活动和细胞相互作用方面的进展，并讨论了其在复杂生物过程和疾病研究中的重要性	讨论了scRNA-seq的挑战和局限性	研究单细胞RNA测序在细胞多样性和复杂生物过程中的应用	胰岛细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3131	2025-02-26	Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538 PMID:39924075	研究论文	本文揭示了FKBP7在胰腺星状细胞激活、胶原重塑和肿瘤进展中的早期内质网哨兵作用	首次发现FKBP7作为胰腺星状细胞激活的早期标志物，并揭示其通过调节特定胶原亚型的分泌来影响肿瘤微环境	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中进行验证	探讨内质网驻留蛋白FKBP7在胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的作用	胰腺星状细胞（PSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能分析	NA	RNA测序数据、组织样本	PDAC患者组织样本
3132	2025-02-26	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	本文开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤（GBM），并展示了其在临床前模型中的抗肿瘤效果	开发了一种新型的双靶向CAR-T细胞（Tanζ-T28-Δ7R），结合了CD44和CD133的靶向能力以及IL-7受体α的细胞内结构域，增强了抗肿瘤效果	研究主要基于临床前模型，尚未进行大规模临床试验验证其安全性和有效性	开发一种针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服肿瘤异质性和免疫抑制微环境的挑战	胶质母细胞瘤（GBM）患者来源的胶质瘤干细胞（GSCs）、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和GBOs
3133	2025-02-26	Resolving the bone - optimizing decalcification in spatial transcriptomics and molecular pathology 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2446038 PMID:39723974	综述	本文探讨了在空间转录组学和分子病理学中优化骨组织脱钙的方法，以提高研究结果	提出了传统和现代脱钙方法的比较，并提供了技术和方法上的改进建议，以实现分子稳健的骨和钙化组织处理	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	优化骨组织脱钙方法，以改善空间转录组学和分子病理学的研究结果	骨组织和钙化组织	分子病理学	NA	脱钙技术	NA	NA	NA
3134	2025-02-26	Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: Current progress and future prospects 2025-Mar, Progress in biophysics and molecular biology DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2025.01.002 PMID:39778630	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卵巢癌研究中的应用，包括肿瘤发展、异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗的研究	填补了现有文献中缺乏对多篇研究结果进行综合总结的空白	讨论了scRNA-seq在卵巢癌研究中的局限性和未来方向	总结和比较不同研究中使用scRNA-seq理解卵巢癌发展、异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗的结果	卵巢癌	生物信息学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3135	2025-02-26	Biological and clinical significance of tumour-infiltrating lymphocytes in the era of immunotherapy: a multidimensional approach 2025-Mar, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00984-x PMID:39820025	综述	本文讨论了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在免疫治疗时代的生物学和临床意义，并提出了系统研究TILs的概念框架	提出了一个系统研究TILs的概念框架，并总结了TILs在免疫检查点抑制剂治疗中的生物学特性和生物标志物潜力	大多数研究集中在主要TIL亚群的丰度上，但尚未开发出标准化的量化策略或分析其他关键方面，如它们的功能特征、空间分布和/或排列、肿瘤抗原反应性、克隆多样性和异质性	探讨TILs在免疫治疗中的生物学和临床意义，并支持该领域的未来发展	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	免疫学	实体瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、高维空间平台和先进计算模型	NA	NA	NA
3136	2025-02-26	GAMG alleviates liver fibrosis through inducing ferroptosis in inflammatory macrophages via the IRF1/SLC7A11 signaling pathway 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103509 PMID:39904190	研究论文	本研究探讨了GAMG通过IRF1/SLC7A11信号通路诱导炎症巨噬细胞铁死亡，从而缓解肝纤维化的机制	首次揭示了GAMG通过激活IRF1/SLC7A11轴诱导炎症巨噬细胞铁死亡的新机制，为肝纤维化治疗提供了新策略	研究中未详细探讨GAMG在其他类型细胞中的作用及其潜在的副作用	研究GAMG在肝纤维化中的作用及其机制	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞	生物医学	肝纤维化	单细胞RNA测序、质谱代谢组学分析	NA	RNA测序数据、代谢组学数据	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞
3137	2025-02-26	Inhibition of glutathione peroxidase 4 suppresses gastric cancer peritoneal metastasis via regulation of RCC2 homeostasis 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103519 PMID:39908861	研究论文	本研究探讨了谷胱甘肽过氧化物酶4（GPx4）在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制	揭示了GPx4通过调节RCC2的稳态促进胃癌腹膜转移的分子机制，并发现GPx4抑制通过促进ROS诱导的RCC2泛素化和降解来抑制胃癌进展和转移	研究中使用的样本量有限，且主要依赖于体外和体内实验，需要进一步临床验证	探讨GPx4在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制，以寻找新的治疗靶点	胃癌细胞和腹膜转移模型	癌症研究	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	回顾性临床样本和实验模型
3138	2025-02-26	Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies 2025-Mar, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00390-4 PMID:39991096	研究论文	本研究利用多组学和机器学习方法揭示了B细胞在肺腺癌（LUAD）中的预后作用，并开发了预测、预防和个性化治疗（PPPM）策略	通过整合多组学数据和机器学习算法，开发了Scissor+相关B细胞评分（SRBS），并验证了其在预测预后和个性化治疗中的价值	研究结果需要进一步实验验证，且样本量可能限制了结果的普适性	揭示B细胞在肺腺癌中的预后作用，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	机器学习	肺癌	多组学数据整合（bulk RNA, ATAC-seq, 单细胞RNA, 空间转录组测序）	多种机器学习算法	多组学数据	训练集和验证集中的肺腺癌患者样本
3139	2025-02-26	Human placental extract improves liver cirrhosis in mice with regulation of macrophages and senescent cells 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.017 PMID:39991509	研究论文	本研究探讨了人胎盘提取物（HPE）对肝硬化小鼠模型的治疗效果及其机制	首次使用空间转录组学详细分析HPE对肝硬化的抗炎机制，特别是对巨噬细胞和衰老细胞的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	开发肝硬化的新型治疗方法，替代肝移植	肝硬化小鼠模型	生物医学	肝硬化	实时PCR、免疫染色、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、血清ALT水平数据	每组8只小鼠
3140	2025-02-26	Droplet microfluidics: unveiling the hidden complexity of the human microbiome 2025-Feb-25, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00877d PMID:39775305	综述	本文综述了液滴微流控技术在人类微生物组研究中的应用及其潜力	强调了液滴微流控技术在单细胞测序、微生物分离与培养以及微生物活动与相互作用研究中的创新应用	未具体提及技术在实际应用中可能遇到的具体限制或挑战	探讨液滴微流控技术如何推动微生物组研究，特别是在健康与疾病中的应用	人类微生物组	生物技术	NA	液滴微流控技术、单细胞测序、基因组测序、RNA测序	NA	微生物组数据	NA