单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3121	2025-05-02	RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction 2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20250573 PMID:40298935	research paper	该研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受和Treg诱导中的关键作用	首次证实RORγt eTACs是口服耐受诱导的必要细胞群体，并发现其独特的Itgb8表达特征	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需验证	阐明口服耐受的细胞机制和关键调控细胞	RORγt谱系抗原呈递细胞（包括ILC3s、树突状细胞和R-eTACs）	免疫学	自身免疫疾病	谱系追踪、单细胞测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
3122	2025-05-02	Taurine ameliorates liver fibrosis by repressing Fpr2-regulated macrophage M1 polarization 2025-Jun-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177614 PMID:40216178	研究论文	本研究探讨了牛磺酸通过抑制Fpr2调控的巨噬细胞M1极化来改善肝纤维化的机制	揭示了牛磺酸通过SLC6A6转运体和Fpr2/NF-κBp65通路调控巨噬细胞极化状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明牛磺酸在肝纤维化中的保护作用机制	人类纤维化肝组织样本和两种不同的小鼠肝纤维化模型	肝脏病理学	肝纤维化	氨基酸代谢组学、基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	SLC6A6野生型和敲除小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	人类纤维化肝组织样本和两种小鼠模型
3123	2025-05-02	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Unveils Efferocytosis Patterns and ceRNA Network in Ischemic Stroke 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01255-8 PMID:38678526	研究论文	本研究通过整合大量RNA和单细胞测序数据，揭示了缺血性中风中的细胞凋亡清除模式和ceRNA网络	首次整合大量RNA和单细胞测序数据，识别出与细胞凋亡清除相关的关键基因和转录因子，并验证了miR-125b-5p作为缺血性中风的治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨缺血性中风后炎症和细胞凋亡清除的分子机制及其对脑损伤和恢复的影响	缺血性中风患者和小鼠模型的基因表达数据	生物信息学	缺血性中风	RNA测序、单细胞测序、GSEA、GO、KEGG分析	LASSO、ceRNA网络	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE137482-3m、GSE137482-18m、GSE30655、GSE174574、GSE56267、GSE122709、GSE215212、GSE231431）和小鼠MCAO模型
3124	2025-05-02	Single-Cell Transcriptomics Revealed White Matter Repair Following Subarachnoid Hemorrhage 2025-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-024-01265-6 PMID:38861152	研究论文	通过单细胞转录组学揭示蛛网膜下腔出血后白质修复的机制	首次在SAH模型小鼠中识别出修复性小胶质细胞在白质富集区域的浸润和克隆扩增，并发现小胶质细胞相关多效蛋白（PTN）通过mTOR信号通路调控少突胶质前体细胞（OPCs）	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探究蛛网膜下腔出血后急性期和亚急性期脑细胞亚群在白质损伤修复中的作用	SAH模型小鼠的脑细胞亚群	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序、基因集富集分析、CellChat软件包分析、磁共振成像、免疫荧光双染色、Western blot	SAH小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据、蛋白质数据	SAH模型小鼠的脑组织样本
3125	2025-05-02	Single-cell transcriptomics in a child with coenzyme Q10 nephropathy: potential of single-cell RNA sequencing in pediatric kidney disease 2025-May, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06611-2 PMID:39805995	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了一名辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检样本，揭示了该疾病在细胞水平上的基因表达变化	首次在辅酶Q10肾病中应用单细胞RNA测序技术，揭示了跨细胞类型的线粒体基因表达下调特征	研究仅基于单个病例样本，结果需要更大样本验证	阐明辅酶Q10肾病在单个细胞水平的基因表达变异	5岁男性辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	1例患儿肾脏活检样本
3126	2025-05-02	Single-cell transcriptomic analysis reveals distinct plasma cell populations in chronic thromboembolic pulmonary hypertension 2025-May, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH IF:5.5Q1 DOI:10.1016/j.jtha.2025.02.010 PMID:39965671	research paper	通过单细胞转录组分析揭示了慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）中浆细胞的不同群体	识别了CTEPH中浆细胞的改变表型和分化模式，发现了新的浆细胞亚群（AHNAK和IGLC3）	样本量相对较小（5例CTEPH患者和6例正常肺动脉），且仅关注了浆细胞	研究CTEPH中浆细胞的表型和分化模式	CTEPH患者的肺动脉组织和血清免疫球蛋白	单细胞转录组学	慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和蛋白电泳	NA	RNA测序数据和蛋白质数据	5例CTEPH患者和6例正常肺动脉组织，273例CTEPH患者、259例IPAH患者和251例健康对照的血清样本
3127	2025-05-02	Micro-region transcriptomics profiling of cerebral organoids using a capillary-based microdissection system 2025-May-01, Analytical methods : advancing methods and applications IF:2.7Q1 DOI:10.1039/d5ay00277j PMID:40211824	研究论文	本文介绍了一种基于毛细管的组织微切割系统（CMS），用于高效获取培养的脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序（CMS-seq），以研究空间转录组学	开发了一种新型的毛细管组织微切割系统（CMS），能够高效获取脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序，并构建了mROIs的细胞类型空间注释图	未提及样本量是否足够大，以及该方法在其他类型组织中的适用性	研究脑类器官中细胞命运的空间转录组学	培养的脑类器官中的微区域（mROIs）	空间转录组学	NA	mRNA测序（CMS-seq），基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析	NA	mRNA测序数据	未明确提及具体样本量，但涉及20天和60天的脑类器官样本
3128	2025-05-02	A Visible-Light Photocatalysis/Hydrolysis Hydrogen-Generating Nanoplatform for Dynamic Inflammation Management via Immune Metabolism Orchestration during Wound Repair 2025-Apr-30, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c00667 PMID:40117501	研究论文	本研究介绍了一种通过可见光光催化/水解反应产生氢气的纳米平台，用于动态炎症管理，促进伤口修复	开发了一种新型的氢气生成纳米平台，实现了可控的氢气释放，并揭示了氢气在免疫代谢调控中的具体机制	未提及具体的临床前或临床试验结果，可能缺乏实际应用验证	探索氢气在动态炎症管理和伤口修复中的免疫代谢调控机制	炎症管理、伤口修复	纳米医学	慢性伤口	可见光光催化、水解反应、bulk-RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3129	2025-05-02	Spatial transcriptomics: advances and challenges in peripheral nerve sheath tumor 2025-Apr-30, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf116 PMID:40305521	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3130	2025-05-02	Single-Cell Transcriptome Reveals Aquaporin-Mediated Carbon Nanosol-Induced Growth Promotion of Plants 2025-Apr-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504459 PMID:40305768	研究论文	研究揭示了碳纳米溶胶通过水通道蛋白介导促进植物生长的单细胞转录组机制	首次在单细胞水平上解析了碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制，并发现水通道蛋白在此过程中的关键作用	研究仅针对烟草根部细胞，未涉及其他植物组织或物种	探究碳纳米溶胶促进植物生长的分子机制	烟草根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	7,897个细胞（代表13种不同细胞类型）
3131	2025-05-02	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组学特征	首次评估了冷冻保存对动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响，证实冷冻保存样本可用于大规模生物样本库建设	研究中颈动脉样本缺少LYVE1+巨噬细胞，可能由于手术过程中外膜层丢失所致	评估冷冻保存对动脉粥样硬化组织单细胞RNA测序结果的影响，探索生物样本库建设的可行性	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞测序	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本（3例冠状动脉和2例颈动脉）
3132	2025-05-02	Microglia aging in the hippocampus advances through intermediate states that drive activation and cognitive decline 2025-Apr-29, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97671 PMID:40298588	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和假时间分析，揭示了小鼠海马区小胶质细胞在衰老过程中的转录异质性，并确定了小胶质细胞衰老的中间状态	发现了小胶质细胞衰老的中间状态，并证明这些中间状态推动炎症激活和认知功能下降	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞在衰老过程中从稳态到功能障碍的进展机制	小鼠海马区小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA-Seq, 假时间分析	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	成年小鼠海马区小胶质细胞
3133	2025-05-02	Single-cell multi-dimensional data analysis decodes RNF19A-mediated drug resistance in rheumatoid arthritis fibroblast-like synoviocytes: mechanisms and biological insights 2025-Apr-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05707-8 PMID:40293542	research paper	该研究通过单细胞多维数据分析，揭示了RNF19A在类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞中介导药物耐药的机制及其生物学意义	首次发现RNF19A在耐药性成纤维样滑膜细胞中显著过表达，并通过泛素化降解MKP-1激活MAPK信号通路，形成正反馈循环促进药物耐药	研究主要基于公共单细胞转录组数据，实验验证部分可能受样本量限制	探索类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞药物耐药的分子机制	骨关节炎和类风湿关节炎滑膜组织的单细胞转录组数据	生物信息学	类风湿关节炎	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据库中的骨关节炎和类风湿关节炎滑膜组织样本
3134	2025-05-02	FOXM1 could serve as a bridge mediating prognosis and immunity for clear cell renal cell carcinoma via single-cell and bulk RNA-sequencing 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02438-x PMID:40293585	研究论文	本研究探讨了FOXM1在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的预后和免疫调节作用	首次通过单细胞和批量RNA测序验证了FOXM1在ccRCC中作为预后和免疫调节桥梁的作用	研究主要基于公共数据库数据，需要更多实验验证	探究FOXM1在ccRCC预后和免疫治疗中的作用机制	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和患者	癌症基因组学	肾细胞癌	批量RNA测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化, qRT-PCR	Cox回归分析	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的ccRCC样本
3135	2025-05-02	Mapping immune cell dynamics and macrophage plasticity in breast cancer tumor microenvironment through single-cell analysis 2025-Apr-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02419-0 PMID:40293603	研究论文	通过单细胞分析研究乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞动态和巨噬细胞可塑性	使用单细胞RNA测序技术和多种计算工具，全面分析乳腺癌中的免疫细胞亚群和巨噬细胞亚型，揭示了巨噬细胞亚型与乳腺癌细胞之间的潜在相互作用机制	NA	理解乳腺癌肿瘤微环境中免疫细胞与癌细胞之间的相互作用机制	乳腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和巨噬细胞亚型	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	Sc-Type, infercnv, CellChat, CytoTRACE, Monocle	单细胞RNA测序数据	NA
3136	2025-05-02	Epigenetic silencing of DNA sensing pathway by FOXM1 blocks stress ligand-dependent antitumor immunity and immune memory 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59186-3 PMID:40295473	研究论文	研究揭示了转录因子FOXM1通过表观遗传沉默DNA感知通路，抑制应激配体依赖的抗肿瘤免疫和免疫记忆的机制	首次发现FOXM1通过DNMT1-UHRF1复合物表观遗传沉默STING蛋白，从而抑制ULBP1表达，影响肿瘤免疫微环境	未涉及FOXM1在不同癌症类型中的普遍性验证	探究FOXM1在肿瘤免疫微环境中的作用机制	肿瘤细胞及其微环境	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3137	2025-05-02	Strigolactones optimise plant water usage by modulating vessel formation 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59072-y PMID:40295470	研究论文	研究揭示了独脚金内酯（SL）信号通路通过调节导管形成优化植物水分利用的机制	首次在单细胞水平上揭示了SL信号通路在导管形成中的负调控作用及其对植物水分利用的影响	研究仅限于拟南芥，未在其他植物物种中验证	探究植物维管组织发育调控机制及其与水分利用的关系	拟南芥的维管形成层干细胞（CSCs）及导管分子	植物生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
3138	2025-05-02	Unveiling fine-scale spatial structures and amplifying gene expression signals in ultra-large ST slices with HERGAST 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59139-w PMID:40295488	研究论文	提出HERGAST系统，用于超大规模和高分辨率空间转录组数据的空间结构识别和信号放大	设计了Divide-Iterate-Conquer框架处理超大规模空间转录组数据，构建异构图网络结合局部和全局空间关系	未明确提及	提升超大规模空间转录组数据的分析能力	超大规模和高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	结直肠癌, 乳腺癌	空间转录组学技术	异构图网络	空间转录组数据	未明确提及
3139	2025-05-02	Disulfidptosis in tumor progression 2025-Apr-28, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02495-9 PMID:40295497	review	本文系统阐述了二硫键凋亡在肿瘤代谢重编程中的关键作用，重点关注其分子机制及与其他细胞死亡途径的区别	通过整合多组学数据和单细胞转录组学，全面解析了二硫键凋亡相关基因的异质性表达模式及其与免疫微环境重塑的动态相互作用	NA	探讨二硫键凋亡在肿瘤进展中的作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	二硫键凋亡相关基因（DRGs）和二硫键凋亡相关长链非编码RNA（DRLs）	肿瘤学	肿瘤	多组学数据整合、单细胞转录组学	NA	多组学数据、单细胞转录组数据	NA
3140	2025-05-02	DNA damage in proximal tubules triggers systemic metabolic dysfunction through epigenetically altered macrophages 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59297-x PMID:40295524	研究论文	研究发现肾近端小管上皮细胞的DNA损伤通过表观遗传学改变的巨噬细胞引发全身代谢功能障碍	揭示了肾脏DNA损伤通过巨噬细胞的表观遗传学改变影响全身代谢的新机制	未明确DNA损伤如何具体导致巨噬细胞基因低甲基化的分子机制	探究肾近端小管上皮细胞DNA损伤对全身代谢功能的影响	肾近端小管上皮细胞、巨噬细胞、脂肪组织和肝脏	表观遗传学	代谢功能障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA