单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 3081 - 3100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3081 | 2025-10-06 |
Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma
2025-Aug, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70095
PMID:40355804
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现YY1/EZH2表观遗传调控轴在成人T细胞白血病/淋巴瘤中的关键作用，并揭示MLH1作为潜在治疗靶点 | 首次在单细胞水平识别ATLL中YY1/EZH2表观遗传调控轴，并发现其通过调控MLH1影响疾病侵袭性 | ATLL的遗传背景多样性使得作用机制难以完全阐明，样本量有限 | 探索成人T细胞白血病/淋巴瘤的共同治疗靶点 | 成人T细胞白血病/淋巴瘤(ATLL)原代细胞和细胞系 | 单细胞测序分析 | 白血病/淋巴瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术, 计算机启动子分析, 慢病毒敲低 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 原代ATLL细胞和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3082 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell RNA and ATAC sequencing of B-cell lymphoma-3(Bcl3) and endothelin-2(Edn2) proteins as targets to prevent glaucoma progression
2025-Aug, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145455
PMID:40562139
|
研究论文 | 通过整合单细胞多组学分析发现Bcl3和Edn2是青光眼进展的关键蛋白，并验证其作为治疗靶点的潜力 | 首次通过整合单细胞RNA测序和ATAC测序识别Bcl3和Edn2在青光眼中的关键作用，并验证其通过NF-κB和Hippo信号通路影响疾病进展 | 研究样本量有限，需要更大规模的临床验证 | 探索原发性开角型青光眼的分子机制并识别潜在治疗靶点 | 青光眼患者样本、动物模型（视网膜缺血再灌注和NMDA诱导的青光眼大鼠模型）、R28细胞系 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, ATAC-seq, ELISA, RT-qPCR | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 蛋白质表达数据 | 多个公共数据集（GSE203499, GSE212186, GSE241782, GSE212188）和实验验证样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, ATAC-seq | NA | NA |
| 3083 | 2025-10-06 |
Microglial landscape and signaling in spinal cord injury
2025-Aug, Spinal cord
IF:2.1Q1
DOI:10.1038/s41393-025-01103-y
PMID:40624302
|
研究论文 | 通过整合生物信息学分析揭示脊髓损伤后小胶质细胞景观变化及其信号通路机制 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组和bulk RNA-seq数据，系统描绘脊髓损伤后小胶质细胞动态变化，并发现Trem2介导的神经炎症与TGFβ驱动修复机制的双重调控轴 | 基于公共数据库的二次分析研究，缺乏实验验证数据 | 探究脊髓损伤后小胶质细胞景观变化及其促进功能恢复的分子机制 | 脊髓损伤后的小胶质细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,空间转录组, bulk RNA-seq, 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3084 | 2025-10-06 |
Epiblast-derived CX3CR1+ progenitors generate cardiovascular cells during cardiogenesis
2025-Aug, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00488-z
PMID:40551012
|
研究论文 | 本研究揭示了胚胎CX3CR1+细胞作为多能性上胚层来源祖细胞群，在心脏发育过程中贡献于心肌细胞、内皮细胞和巨噬细胞的生成 | 首次通过遗传谱系追踪证明CX3CR1+细胞起源于上胚层，并在心脏发生过程中通过新生分化和细胞融合两种机制生成心血管细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制仍需验证 | 探究CX3CR1+细胞在心脏发育过程中的起源和命运 | 小鼠胚胎和成年心脏中的CX3CR1+细胞及其后代细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 遗传谱系追踪，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，细胞谱系数据 | 小鼠胚胎发育不同阶段（E6.5-E9.5）及成年心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3085 | 2025-10-06 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Aug-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00191.2025
PMID:40748676
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术构建了新生儿急性肺损伤的发育和疾病严重程度图谱 | 创建了基于常规收集的客观指标（胎龄和生存时间）的简化分类方案，识别了传统二元比较可能忽略的细胞类型模式 | 样本量相对有限（17个婴儿肺组织），空间转录组学技术本身的分辨率限制 | 阐明肺器官发生过程中的细胞转变时序和调控机制，理解正常和停滞的人类肺发育 | 17个不同发育阶段和损伤程度的人类婴儿肺组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺损伤 | 空间转录组学，单细胞转录组学 | 计算聚类方法 | 空间基因表达数据 | 17个人类婴儿肺组织，约120万个细胞 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | 成像基础的空间转录组学技术 |
| 3086 | 2025-10-06 |
BACH2 drives the development and function of group 2 innate lymphoid cells
2025-Aug, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ads4323
PMID:40749046
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子BACH2在2型先天淋巴细胞发育和功能中的关键作用 | 首次发现BACH2在ILC2s中高表达并表观遗传激活，通过整合多组学技术揭示其调控机制 | NA | 探究BACH2转录因子在2型先天淋巴细胞发育和功能调控中的作用机制 | 2型先天淋巴细胞及其祖细胞 | 免疫学 | 哮喘 | scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag-seq | NA | 单细胞转录组数据，表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，ATAC测序，CUT&Tag测序 | NA | NA |
| 3087 | 2025-10-06 |
Dihydroartemisinin enhances remyelination by switching microglia to the reparative phenotype
2025-Aug-01, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03510-7
PMID:40750890
|
研究论文 | 本研究首次证明双氢青蒿素通过促进小胶质细胞向修复表型转化增强髓鞘再生能力 | 首次揭示双氢青蒿素通过调控小胶质细胞表型转换促进髓鞘再生的新机制，特别是通过LXR介导的胆固醇循环代谢途径 | 研究主要基于动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 探究双氢青蒿素促进髓鞘再生的作用机制及其在脱髓鞘疾病治疗中的应用潜力 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎模型和铜宗诱导的脱髓鞘模型中的小胶质细胞和少突胶质前体细胞 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞测序, 细胞耗竭技术 | 动物疾病模型 | 基因表达数据, 组织学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3088 | 2025-10-06 |
Co-Expression of MHC-II and ANXA1: Mediators of PD-1/PD-L1 Therapy Resistance in Breast Cancer
2025-Aug, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70291
PMID:40744683
|
研究论文 | 本研究探讨MHC-II和ANXA1在乳腺癌中对PD-1/PD-L1治疗耐药性的潜在作用 | 发现ANXA1在PD-1/PD-L1治疗无应答者中表达增加，揭示了其作为免疫治疗耐药性介导因子的新机制 | ANXA1表达与总生存率缺乏直接相关性，需要进一步验证 | 研究MHC-II表达在乳腺癌免疫逃逸、肿瘤转移和免疫治疗疗效中的作用 | 三阴性乳腺癌患者和乳腺癌组织 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞测序, 差异表达分析, GO和KEGG通路富集分析, 孟德尔随机化分析 | Limma, clusterProfiler, Scanpy, CellTypist, UMAP, PCA, Leiden算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | UK Biobank和GEO数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3089 | 2025-10-06 |
Effects of Cholesterol Metabolism on Corneal Endothelial Dysfunction in Patients With Type 1 Diabetes
2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.11.9
PMID:40762538
|
研究论文 | 本研究从胆固醇代谢角度揭示糖尿病诱导角膜内皮功能障碍的机制 | 首次发现糖尿病通过抑制SREBF2/SQLE依赖的胆固醇生物合成途径导致角膜内皮功能障碍 | 研究主要基于动物模型和细胞实验，在人体中的直接证据有限 | 探究胆固醇代谢在糖尿病角膜内皮功能障碍中的作用机制 | 1型糖尿病小鼠模型、高糖培养的B4G12细胞、人和小鼠角膜内皮样本 | 眼科疾病研究 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,RNA测序,RT-qPCR,Western blotting,免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 糖尿病小鼠模型和高糖培养细胞模型 | NA | single-cell RNA-seq,RNA-seq | NA | NA |
| 3090 | 2025-10-06 |
A lipid metabolism-related gene signature predicts prognosis after tamoxifen treatment in ER + breast cancer and reflects tumor microenvironment heterogeneity through single-cell analysis
2025-Jul-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-025-02194-5
PMID:40745642
|
研究论文 | 本研究开发了一个基于脂质代谢相关基因的特征模型，用于预测ER阳性乳腺癌患者他莫昔芬治疗后的预后 | 整合脂质代谢基因表达和机器学习数据构建预后模型，并通过单细胞分析揭示肿瘤微环境异质性 | 研究样本量相对有限，需要更多独立队列验证 | 开发ER阳性乳腺癌患者他莫昔芬治疗后预后预测模型 | ER阳性乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞测序，机器学习 | 预后预测模型 | 基因表达数据 | TCGA-ER+BRCA数据集183例，验证数据集GSE17705(298例)、GSE22219(134例)、GSE42568(70例)、GSE58644(147例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3091 | 2025-10-06 |
Dual lineage origins contribute to neocortical astrocyte diversity
2025-Jul-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61829-4
PMID:40738880
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和谱系追踪技术揭示了小鼠新皮质中星形胶质细胞的五种亚型及其双重谱系起源机制 | 首次发现新皮质星形胶质细胞存在两种不同的发育谱系，并鉴定出Olig2作为关键调控因子控制特定谱系的分化 | 研究仅聚焦于小鼠新皮质区域，尚未验证其他脑区或物种的普适性 | 探究星形胶质细胞多样性形成的发育机制 | 小鼠新皮质中的星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 谱系追踪技术 | NA | 基因表达数据, 空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3092 | 2025-10-06 |
SETDB1 ensures the continuity of embryonic to adult neural stem cells through metabolic alterations in the dentate gyrus
2025-Jul-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424315122
PMID:40699919
|
研究论文 | 本研究揭示了SETDB1通过调控代谢状态确保胚胎神经祖细胞向成年神经干细胞连续转化的机制 | 首次发现SETDB1通过调控线粒体复合物组分COX6B2和氧化磷酸化过程，控制成年神经干细胞命运决定 | 研究主要聚焦于齿状回发育过程，其他脑区是否适用类似机制尚需验证 | 探索胚胎神经祖细胞向成年神经干细胞转化的分子机制 | 小鼠齿状回神经干细胞和星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3093 | 2025-10-06 |
Time-coexpress: temporal trajectory modeling of dynamic gene co-expression patterns using single-cell transcriptomics data
2025-Jul-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06218-w
PMID:40731381
|
研究论文 | 提出基于copula的TIME-CoExpress框架，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达随细胞时间轨迹的非线性动态变化 | 首次将copula模型与数据驱动平滑函数结合，能够捕捉基因共表达的非线性动态变化，同时建模零膨胀率和平均表达水平的动态变化 | 方法性能仅在模拟分析和单个scRNAseq数据集上验证，需要更多真实数据验证其普适性 | 开发能够识别单细胞转录组数据中基因共表达动态变化的计算方法 | 基因共表达模式、零膨胀率、平均表达水平沿细胞时间轨迹的动态变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | copula模型、数据驱动平滑函数 | 单细胞转录组数据 | 垂体胚胎发育过程中的scRNAseq数据集，比较[公式：见正文]和野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3094 | 2025-10-06 |
"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments"
2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03471-y
PMID:40691627
|
综述 | 本文综述了小细胞外囊泡在乳腺癌原发和远处微环境中的关键作用及其临床转化潜力 | 系统整合小细胞外囊泡在乳腺癌微环境通讯中的多功能角色，并探讨人工智能与多组学技术结合的解决方案 | 存在小细胞外囊泡异质性问题和追踪技术限制，临床转化仍面临靶向效率、体内稳定性等挑战 | 阐明小细胞外囊泡在乳腺癌进展和治疗抵抗中的分子机制及临床应用前景 | 乳腺癌相关的小细胞外囊泡及其携带的生物分子（蛋白质、脂质、非编码RNA等） | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学分析 | NA | 分子生物学数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞转录组学、多组学分析 | NA | NA |
| 3095 | 2025-10-06 |
Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9466
PMID:40680117
|
研究论文 | 开发基于人工智能的模型，利用H&E染色全切片图像推断肿瘤细胞轨迹并进行大规模癌症进展分析 | 首次利用常规病理切片中的细胞形态特征和组织学空间组织来推断肿瘤细胞分化状态和动态轨迹 | 方法依赖于图像质量，且在三组独立肺腺癌队列中验证但需进一步扩大验证范围 | 开发成本效益高的方法来分析肿瘤进展动态和肿瘤微环境细胞群体多样性 | 肺腺癌患者的H&E染色全切片图像和肿瘤细胞 | 数字病理 | 肺癌 | 人工智能模型，空间转录组学分析，批量转录组学分析 | AI模型 | 图像 | 三个独立肺腺癌队列 | NA | 空间转录组学，批量转录组学 | NA | NA |
| 3096 | 2025-10-06 |
Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf306
PMID:40748322
|
研究论文 | 开发了一种名为BLADE的空间转录组学数据伪影检测方法 | 首次提出跨平台的自动化统计方法，能够检测和去除三种类型的空间转录组数据伪影 | 仅验证了Visium和CosMx平台，在其他平台上的适用性尚未验证 | 开发空间转录组数据质量控制方法 | 空间转录组数据中的伪影 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 统计方法 | 空间转录组数据 | 37个10x Visium样本（人类和小鼠的肝脏和脂肪组织） | 10x Genomics,Nanostring | 空间转录组学 | 10x Visium,CosMx | 10x Visium空间转录组平台，CosMx空间分子成像平台 |
| 3097 | 2025-10-06 |
PoweREST: Statistical power estimation for spatial transcriptomics experiments to detect differentially expressed genes between two conditions
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013293
PMID:40729405
|
研究论文 | 开发了用于空间转录组学实验统计功效估计的工具PoweREST，支持10X Genomics Visium数据的差异表达基因检测功效计算 | 首个专门针对空间转录组学实验的统计功效估计工具，支持实验前和初步数据收集后的功效分析 | 目前仅支持10X Genomics Visium平台数据，未涵盖其他空间转录组学技术 | 解决空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效计算问题 | 空间转录组学数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 统计功效分析模型 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium空间转录组学平台 |
| 3098 | 2025-10-06 |
Multiomics identifies tumor-intrinsic SREBP1 driving immune exclusion in hepatocellular carcinoma
2025-Jun-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011537
PMID:40518290
|
研究论文 | 通过多组学分析鉴定肝细胞癌中驱动免疫排斥的肿瘤内在因子SREBP1 | 首次通过大规模多组学分析发现SREBP1作为免疫排斥的核心调控因子，并通过功能实验验证其在巨噬细胞重编程和CD8 T细胞浸润中的作用 | 样本量相对有限（31个单细胞RNA-seq样本），主要依赖体外3D共培养模型验证 | 寻找克服肝细胞癌免疫检查点抑制剂耐药的新治疗靶点 | 肝细胞癌患者样本和体外细胞模型 | 多组学分析 | 肝细胞癌 | RNA测序, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 成像质谱流式, 空间脂质组学, CRISPR基因敲除, 3D共培养 | 3D肿瘤-免疫共培养模型 | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞数据, 空间成像数据 | 900+人类样本, 31个肿瘤单细胞RNA-seq样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 质谱分析 | NA | 成像质谱流式技术, MALDI空间脂质组学分析 |
| 3099 | 2025-10-06 |
Systematic characterization of the ovarian landscape across mouse menopause models
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.658920
PMID:40661543
|
研究论文 | 本研究系统比较了三种小鼠绝经模型，揭示了卵巢衰老的分子特征和表型变化 | 首次系统比较三种不同绝经模型（自然衰老、化学诱导和遗传模型），结合单细胞转录组学和机器学习方法揭示模型特异性特征 | 研究仅限于小鼠模型，结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 建立可靠的临床前绝经模型以研究卵巢衰老的分子机制和系统性健康影响 | 三种小鼠绝经模型：自然衰老、VCD化学诱导和Foxl2单倍体不足遗传模型 | 生物医学研究 | 卵巢衰老相关疾病 | 组织学分析、血清激素分析、单细胞转录组学、机器学习 | 机器学习方法 | 组织图像、激素数据、单细胞转录组数据 | 三种不同小鼠模型的多年龄段样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3100 | 2025-10-06 |
Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics
2025-Jun, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-025-10889-6
PMID:40366552
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和大体积蛋白质组学整合分析，识别脂肪基质血管组分中具有不同免疫调节表型的干细胞亚群 | 首次整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，在未培养的基质血管组分中识别出与细胞因子激活的干细胞表型相似的亚群 | 研究样本量有限，主要基于体外实验数据 | 解析脂肪来源干细胞在基质血管组分中的异质性免疫调节潜能 | 脂肪来源的干细胞/基质细胞和基质血管组分 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | Scissor算法 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 大体积蛋白质组学 | NA | NA |