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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3081 | 2025-07-26 |
A Bayesian nonparametric method for jointly clustering multiple spatial transcriptomic datasets and simultaneous gene selection
2025-Jul-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11693-5
PMID:40707561
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研究论文 | 提出一种贝叶斯非参数聚类算法,用于联合聚类多个空间转录组数据集并同时进行基因选择 | 能够整合多个供体的空间转录组数据,识别所有供体共有的和每个供体特有的簇,进行信息基因的变量选择,并自动确定簇的数量 | 未提及具体局限性 | 解决现有空间转录组聚类算法的局限性,如需要预先知道簇的数量、仅能推断单一供体数据以及无法识别多个供体间的共同信息 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯非参数聚类算法 | 空间转录组数据 | 未提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
3082 | 2025-07-26 |
Single-cell RNA sequencing analysis revealed the immunosuppressive remodeling of tumor-associated macrophages mediated by the MIF-CD74 axis in gastric cancer
2025-Jul-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10301-w
PMID:40707596
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research paper | 通过单细胞RNA测序分析揭示了胃癌中MIF-CD74轴介导的肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制重塑 | 识别了四种不同的TAM亚群,并揭示了MIF-CD74轴在TAM介导的免疫抑制中的关键作用 | 样本量较小,仅包含11个胃癌组织 | 研究胃癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其与肿瘤细胞的代谢相互作用 | 胃癌组织和肿瘤相关巨噬细胞 | digital pathology | gastric cancer | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 75,743个细胞来自11个胃癌组织 | NA | NA | NA | NA |
3083 | 2025-07-26 |
A multi-omic single-cell landscape reveals transcription and epigenetic regulatory features of t(8;21) AML
2025-Jul-24, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06659-0
PMID:40707954
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研究论文 | 通过单细胞转录组和染色质可及性的综合分析,揭示了t(8;21)急性髓系白血病(AML)的转录和表观遗传调控特征 | 整合单细胞转录组和染色质可及性数据,鉴定出TCF12作为AML1-ETO转录因子复合物的核心组分,并发现两个功能不同的T细胞亚群及一个新的白血病CMP样细胞群 | 研究样本量有限,且仅针对t(8;21) AML亚型 | 解析t(8;21) AML的异质性细胞特性和基因调控程序 | 新诊断的t(8;21) AML患者和健康对照的骨髓样本 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序 | 机器学习 | 单细胞多组学数据 | 来自t(8;21) AML患者和健康对照的骨髓样本,并在三个独立队列(德国AMLCG1999、GSE106291和TCGA LAML)中验证 | NA | NA | NA | NA |
3084 | 2025-07-26 |
Developing a novel aging assessment model to uncover heterogeneity in organ aging and screening of aging-related drugs
2025-Jul-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01501-0
PMID:40708007
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研究论文 | 开发了一种新型的多器官衰老评估模型(2A模型),用于揭示器官衰老的异质性并筛选抗衰老药物 | 构建了小鼠多器官衰老图谱,开发了2A模型,能够有效评估人类和小鼠组织的衰老状态,并筛选出潜在的抗衰老药物 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证可能有限 | 评估和延缓器官衰老,筛选抗衰老药物 | 小鼠和人类的16种器官 | 生物医学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序、随机游走算法、加权整合方法 | 2A模型 | 基因表达谱、药物基因组数据 | 小鼠多器官样本和人类组织样本 | NA | NA | NA | NA |
3085 | 2025-07-26 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Origin and Pathogenesis of Myofibroma in a Neonate: Case Report
2025-Jul-24, Pediatric blood & cancer
IF:2.4Q1
DOI:10.1002/pbc.31924
PMID:40708206
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
3086 | 2025-07-26 |
Subtypes and proliferation patterns of small intestine neuroendocrine tumors revealed by single-cell RNA sequencing
2025-Jul-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.101153
PMID:40699214
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示了小肠神经内分泌肿瘤的亚型和增殖模式 | 首次使用单细胞或单核RNA测序技术对低级别小肠神经内分泌肿瘤(SiNET)样本进行分析,揭示了两种不同的亚型,并发现神经内分泌细胞在两种亚型中均呈现非增殖状态,而B细胞和浆细胞在上皮样SiNET亚型中高度增殖 | 样本量较小,仅分析了10个SiNET样本和1个混合肺肿瘤样本 | 深入了解神经内分泌肿瘤的生物学特性,包括其肿瘤发生、肿瘤组成和混合神经内分泌非神经内分泌肿瘤(MiNEN)的现象 | 低级别小肠神经内分泌肿瘤(SiNET)和混合肺肿瘤 | 数字病理学 | 神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)或单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 10个SiNET样本和1个混合肺肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
3087 | 2025-07-26 |
Multi-omic Data Integration Reveals Drug Targets of Skin Fibrosis
2025-Jul-23, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 该研究通过多组学数据整合揭示了皮肤纤维化的药物靶点 | 首次在系统、局部和单细胞水平上通过双样本孟德尔随机化研究确定了瘢痕亚型特异性靶点,特别是NUDT2和PARK7 | 需要多民族队列研究来验证靶点的普遍性 | 寻找针对不同类型瘢痕(正常瘢痕、增生性瘢痕和瘢痕疙瘩)的药物靶点 | 正常瘢痕(NS)、增生性瘢痕(HS)和瘢痕疙瘩 | 生物信息学 | 皮肤纤维化 | 双样本孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据(蛋白质、mRNA、组织、单细胞) | 来自DECODE、EQTLGen、GTEx、ScQTLbase和FinnGen数据库的数据 | NA | NA | NA | NA |
3088 | 2025-07-26 |
BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells
2025-Jul-22, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062
PMID:40080674
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研究论文 | 研究BMP-2诱导的异位骨髓(BMP-eBM)是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境 | 首次证明BMP-eBM能够支持造血干细胞和CAR细胞,并可作为功能性造血器官移植 | 研究主要在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 | 探索BMP-2在生成功能性异位骨髓中的作用及其潜在应用 | BMP-2诱导的异位骨髓(BMP-eBM)及其微环境 | 生物医学工程 | 骨髓相关疾病 | 单细胞RNA测序和移植模型 | NA | RNA测序数据和移植实验数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
3089 | 2025-07-26 |
Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115907
PMID:40580476
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研究论文 | 研究探讨了多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响 | 首次通过3年跟踪研究揭示了多次疫苗接种后T细胞反应的稳定性和多样性 | 样本量较小(78人),且仅针对无症状感染者 | 评估COVID-19疫苗加强针接种对免疫系统的长期影响 | 78名未报告症状性感染的个体 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 免疫反应数据 | 78名未感染症状的个体 | NA | NA | NA | NA |
3090 | 2025-07-26 |
Lymph node fibroblast phenotypes and immune crosstalk regulated by podoplanin activity
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115908
PMID:40581928
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研究论文 | 研究探讨了淋巴节点中成纤维细胞表型及免疫细胞间相互作用受podoplanin活性调控的机制 | 首次直接测试了PDPN信号在成年淋巴节点成纤维网状细胞中的需求,揭示了PDPN缺失如何增加炎症信号并破坏基质-免疫细胞间的稳态和适应性免疫反应中的交流 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚待验证 | 探索PDPN在淋巴节点成纤维细胞功能和免疫调控中的作用 | 淋巴节点中的成纤维网状细胞(FRCs)及其与免疫细胞的相互作用 | 免疫学 | NA | 条件性体内删除模型PDGFRα, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
3091 | 2025-07-26 |
Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938
PMID:40608517
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研究论文 | 本文描述了一种精确切割的人类淋巴结切片模型,用于研究疫苗佐剂在淋巴组织中的免疫激活过程 | 开发了一种保留结构完整性的全器官横截面模型系统,结合单细胞转录组学和多重成像技术,揭示了先天淋巴细胞和基质在疫苗佐剂反应中的作用 | 模型可能无法完全模拟体内复杂环境,研究仅关注早期炎症反应 | 阐明人类对疫苗佐剂的免疫反应机制 | 人类淋巴结组织及其免疫细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学、多重成像 | 精确切割的人类淋巴结切片模型 | 转录组数据、图像数据 | 未明确说明样本数量的人类淋巴结组织 | NA | NA | NA | NA |
3092 | 2025-07-26 |
Controlling mitochondrial membrane architecture via MIC60 determines viral replication to promote anti-viral immunity
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115922
PMID:40628273
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研究论文 | 探讨线粒体内膜结构对病毒复制及抗病毒免疫的影响 | 揭示了线粒体内膜结构(特别是FF ATP合成酶和MICOS复合物)与病毒复制及免疫激活之间的新联系 | 研究主要基于小鼠模型和特定细胞类型(树突状细胞),结果在人类或其他细胞类型中的普适性尚需验证 | 研究线粒体结构如何影响病毒复制和免疫反应 | 线粒体内膜结构、病毒复制、免疫反应 | 细胞生物学 | 病毒感染 | 单细胞转录组学、基因敲除小鼠模型 | Mic60CD11c-Cre小鼠模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
3093 | 2025-07-26 |
Horizontal gene transfer-mediated enhancement of gut antifungal defense facilitates host plant adaptation in an invasive pest
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115970
PMID:40638393
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研究论文 | 本文研究了入侵性害虫通过水平基因转移(HGT)获得几丁质酶基因(HcuChiA)以增强肠道抗真菌防御能力,从而促进对新宿主水杉的适应 | 揭示了HGT来源的酶通过增强免疫防御促进入侵性害虫的宿主扩展,为多宿主适应和HGT的进化意义提供了新见解 | 未明确说明实验样本的具体数量或范围 | 探究水平基因转移在入侵性害虫适应新宿主中的作用机制 | 入侵性害虫美国白蛾(Hyphantria cunea)及其新宿主水杉(Metasequoia glyptostroboides) | 进化生物学 | NA | 比较转录组学、单细胞转录组学、系统发育分析、RNAi敲除 | NA | 基因表达数据 | 五种宿主植物和一种人工饲料 | NA | NA | NA | NA |
3094 | 2025-07-26 |
Single cell sequencing deciphering the heterogeneous landscape of blastic plasmacytoid dendritic cell neoplasm with novel MYB-ZFAT fusion gene
2025-Jul-21, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03899-4
PMID:40691845
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research paper | 该研究通过单细胞测序揭示了浆细胞样树突状细胞肿瘤(BPDCN)的异质性景观,并发现了一种新的MYB-ZFAT融合基因 | 发现了一种新的MYB-ZFAT融合基因,并揭示了BPDCN的细胞群体多样性,挑战了单一细胞类型的理论 | NA | 探索BPDCN的分子基础及其细胞群体多样性 | 浆细胞样树突状细胞肿瘤(BPDCN)患者 | digital pathology | blood cancer | single-cell sequencing, FACS immunophenotyping, karyotype analysis, transcriptome and protein structure analysis | NA | clinical samples, histology, sequencing data | NA | NA | NA | NA | NA |
3095 | 2025-07-26 |
MeCP2 dysregulation inhibits mitophagy and impairs neural development in cortical organoids
2025-Jul-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.07.035
PMID:40691988
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研究论文 | 本研究探讨了MeCP2在调控线粒体自噬中的作用及其功能障碍如何导致神经发育异常 | 揭示了MeCP2通过调控BNIP3L表达来调节线粒体自噬的新机制 | 研究仅基于皮质类器官模型,未在体内验证 | 探索MeCP2调控线粒体自噬的分子机制及其在神经发育异常中的作用 | MeCP2突变诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的皮质类器官(COs) | 神经科学 | 神经发育障碍 | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 | 皮质类器官模型 | 基因表达数据 | MeCP2突变iPSCs衍生的皮质类器官 | NA | NA | NA | NA |
3096 | 2025-07-26 |
A cluster-based cell-type deconvolution of spatial transcriptomic data
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf714
PMID:40705925
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研究论文 | 本文介绍了一种基于聚类的空间转录组数据去卷积方法DECLUST,用于准确估计细胞类型组成 | DECLUST方法通过结合基因表达和空间坐标识别空间聚类,保留组织空间结构,并在聚类水平进行去卷积,克服了传统方法在低表达水平和忽视空间关系方面的限制 | 方法仅在人类乳腺癌、卵巢癌和小鼠脑组织的ST数据集上进行了评估,尚未在其他组织类型中验证 | 开发一种更准确和稳健的空间转录组数据去卷积方法 | 空间转录组数据中的细胞类型组成 | 数字病理学 | 乳腺癌, 卵巢癌 | 空间转录组学(ST) | 聚类算法 | 空间转录组数据 | 模拟的人类乳腺癌组织数据集和两个真实ST数据集(人类卵巢癌和小鼠脑组织) | NA | NA | NA | NA |
3097 | 2025-07-26 |
Pathogenesis of Graves' Disease Determined Using Single-Cell Sequencing with Thyroid Autoantigen Peptide Stimulation in B Cells
2025-Jul-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14141102
PMID:40710355
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术评估Graves病患者外周血单个核细胞和甲状腺内单个核细胞中的B细胞,通过甲状腺自身抗原肽刺激揭示B细胞反应差异 | 首次在Graves病中应用单细胞RNA测序结合甲状腺自身抗原肽刺激技术分析B细胞反应特征 | 样本来源限于接受甲状腺切除术的患者,可能无法完全代表所有Graves病患者 | 阐明Graves病发病机制中B细胞对甲状腺自身抗原的应答特征 | Graves病患者的B细胞(来自外周血和甲状腺组织) | 免疫学 | Graves病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 接受甲状腺切除术的Graves病患者样本(具体数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA |
3098 | 2025-07-26 |
Recreating pathophysiology of CLN2 disease and demonstrating reversion by TPP1 gene therapy in hiPSC-derived retinal organoids and retina-on-chip
2025-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102244
PMID:40706588
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研究论文 | 该研究利用hiPSC衍生的视网膜类器官和视网膜芯片系统,建立了CLN2疾病的体外模型,并展示了AAV介导的TPP1基因治疗的潜力 | 创新性地建立了人类相关的微生理视网膜疾病模型,揭示了CLN2病理生理学的新机制,并证明了AAV9.hCLN2基因治疗的潜力 | 研究仅基于体外模型,尚未在体内或临床试验中验证 | 研究CLN2疾病的病理生理学并探索基因治疗方法 | hiPSC衍生的视网膜类器官、视网膜色素上皮细胞和视网膜芯片系统 | 基因治疗 | 神经元蜡样脂褐质沉积症2型(CLN2) | 单细胞RNA测序、AAV介导的基因治疗 | 视网膜类器官模型、视网膜芯片系统 | 基因表达数据、组织学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
3099 | 2025-07-26 |
Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma
2025-Jul-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200
PMID:40543508
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研究论文 | 该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱,揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构(TLSs)的特征,并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉(IFN-HEVs)与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的关联 | 首次揭示了IFN-HEVs在肿瘤TLS形成中的作用,并开发了预测免疫检查点阻断(ICB)治疗效果的CXCL9-TLS响应预测评分系统(CTRscore) | 研究主要基于鼻咽癌,其他癌症类型中的IFN-HEVs作用尚不明确 | 探究肿瘤TLS形成的驱动因素及其在ICB治疗中的作用 | 鼻咽癌(NPC)患者 | 肿瘤免疫学 | 鼻咽癌 | 空间转录组学、泛癌单细胞图谱分析 | NA | 转录组数据、单细胞数据 | 三个独立的鼻咽癌队列 | NA | NA | NA | NA |
3100 | 2025-07-26 |
Cardiolipin-mimic lipid nanoparticles without antibody modification delivered senolytic in vivo CAR-T therapy for inflamm-aging
2025-Jul-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102209
PMID:40602406
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研究论文 | 本研究开发了一种基于卡迪奥脂类似物的脂质纳米颗粒,用于递送senolytic体内CAR-T疗法,以治疗炎症性衰老相关疾病 | 首次使用无需抗体修饰的卡迪奥脂类似物脂质纳米颗粒递送mRNA编码的CAR-T疗法,并验证其在治疗肝纤维化和类风湿性关节炎中的效果 | 研究尚未进行大规模临床试验验证其安全性和有效性 | 开发新型体内CAR-T细胞工程递送系统,用于治疗炎症性衰老相关疾病 | T细胞、肝纤维化和类风湿性关节炎模型 | 生物医学工程 | 肝纤维化、类风湿性关节炎 | mRNA递送技术、单细胞测序 | CAR-T细胞疗法 | 实验数据、测序数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及体外和体内实验 | NA | NA | NA | NA |