单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3081	2025-04-01	Spatial transcriptomics unveils estrogen-modulated immune responses and structural alterations in the ectocervical mucosa of depot medroxyprogesterone acetate users 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-83775-9 PMID:39762272	研究论文	本研究利用高分辨率空间转录组学技术，揭示了使用长效醋酸甲羟孕酮（DMPA）避孕药后，宫颈黏膜中雌激素调节的免疫反应和结构变化	首次应用空间转录组学技术揭示DMPA使用者的宫颈黏膜分子标记的空间定位及其与雌激素调控的关联	研究样本来自肯尼亚性工作者，可能限制了结果的普遍性	探究DMPA对宫颈黏膜屏障功能的影响及其分子机制	使用DMPA或非激素避孕药的肯尼亚性工作者的宫颈组织样本	数字病理学	妇科疾病	空间转录组学、基因集富集分析、免疫组化	无监督聚类	基因表达数据、免疫组化图像	来自肯尼亚性工作者的宫颈组织样本（具体数量未明确提及）
3082	2025-04-01	Integrated analysis and single-cell sequencing of mitochondrial metabolism related gene molecular subtype and diagnostic model in ulcerative colitis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0320010 PMID:40153427	研究论文	通过公共数据库数据和单细胞测序技术，研究线粒体代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的分子亚型和诊断模型	首次结合机器学习和单细胞测序技术，系统分析线粒体代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的作用及其分子亚型	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索溃疡性结肠炎的发病机制和潜在生物标志物	溃疡性结肠炎患者	生物信息学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、qRT-PCR、western blot	机器学习模型	基因表达数据	NA
3083	2025-04-01	Single-cell transcriptomes and chromatin accessibility of endothelial cells unravel transcription factors associated with dysregulated angiogenesis in systemic sclerosis 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225415 PMID:38754983	research paper	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，研究系统性硬化症中内皮细胞的转录因子与血管生成失调的关系	揭示了系统性硬化症内皮细胞的转录和染色质变化，提出ELK4、ERF和ETS1作为治疗血管并发症的新靶点	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究系统性硬化症中内皮细胞转录组和表观基因组的变化及其在血管病变中的作用	系统性硬化症患者和对照的内皮细胞	digital pathology	systemic sclerosis	single-cell RNA sequencing, single-nucleus transposase-accessible chromatin sequencing, immunofluorescent staining, proteomics assay	NA	transcriptomic data, chromatin accessibility data	未明确提及样本数量，但包括对照组和系统性硬化症患者的内皮细胞
3084	2025-04-01	Multimodal contrastive learning for spatial gene expression prediction using histology images 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae551 PMID:39471412	研究论文	提出了一种名为mclSTExp的多模态对比学习方法，用于利用组织学图像预测空间基因表达	结合Transformer和Densenet-121编码器，通过自注意力机制整合基因表达的空间上下文信息，并利用对比学习融合图像特征，提升了预测性能	未提及具体的技术局限性	开发一种成本效益高的方法，利用H&E染色图像预测空间基因表达，以克服空间转录组技术的高成本问题	乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集中的高度可变基因	数字病理学	乳腺癌, 皮肤鳞状细胞癌	空间转录组学(ST), 对比学习	Transformer, Densenet-121	图像, 基因表达数据	两个乳腺癌数据集和一个皮肤鳞状细胞癌数据集
3085	2025-04-01	Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy 2024-Sep-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798 PMID:39058036	研究论文	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序以及空间转录组学数据，揭示了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路对免疫检查点阻断（ICB）治疗反应的预测作用	发现了CD8 Trm和Vδ1 T细胞作为ICB反应的可临床操作的生物标志物，并揭示了它们在MCC中的功能趋同和克隆扩增	样本量虽然较大（n=116），但仍需更多独立队列验证这些发现	识别预测MCC对ICB治疗反应的生物标志物和治疗靶点	默克尔细胞癌（MCC）患者	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	116名患者的186个样本，包括14对ICB治疗前后的匹配样本
3086	2025-04-01	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间生物学中的细胞类型和状态注释	TACIT是一种无需训练数据的无监督算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学检测中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态注释的耗时和易出错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学检测、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	五个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）来自三个生态位（脑、肠、腺体）
3087	2025-04-01	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，无需训练数据即可进行细胞注释，并通过多组学分析识别模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和错误率问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析	无监督算法	空间转录组学和蛋白质组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
3088	2025-04-01	Gsα Regulates Macrophage Foam Cell Formation During Atherosclerosis 2024-Mar-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323156 PMID:38375634	研究论文	本研究探讨了Gsα在动脉粥样硬化过程中对巨噬细胞泡沫细胞形成的调控作用	揭示了Gsα通过激活cAMP反应元件结合蛋白的转录活性，增加CD36和SR-A1的表达，从而促进脂质摄取和泡沫细胞形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Gsα在动脉粥样硬化发展中的具体作用机制	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序、批量测序、免疫荧光、cAMP测量、骨髓移植、染色质免疫沉淀、荧光素酶报告基因检测	巨噬细胞特异性Gsα敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、影像数据	小鼠模型和人类斑块巨噬细胞样本
3089	2025-04-01	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-Jan-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤微环境内间充质细胞的分子变化及其作用	识别了八个具有跨物种一致性的间质细胞亚群，并发现晚期小鼠疾病中的间质特征与人类骨转移相似，揭示了periostin在侵袭和分化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明前列腺癌进展中肿瘤微环境间充质细胞的具体作用	前列腺癌肿瘤微环境中的间充质细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型(GEMMs)	RNA-seq数据	四个遗传工程小鼠模型及对应人类肿瘤样本
3090	2025-04-01	Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain 2023-01, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-022-00335-4 PMID:37118510	研究论文	本研究开发了基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化	首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟，并应用于量化转录组年轻化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程	小鼠大脑室下区神经发生区域的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	基于单细胞的回归模型	单细胞转录组数据	28只不同年龄的小鼠
3091	2025-04-01	Seeing is believing: new methods for in situ single-cell transcriptomics 2014-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb4169 PMID:25000927	研究论文	介绍用于原位单细胞转录组学研究的新方法	采用原位测序或从单光激活细胞中捕获mRNA的新技术	NA	开发研究复杂组织中单细胞转录组的新方法	复杂组织中的单细胞	转录组学	NA	RNA-seq	NA	mRNA	NA
3092	2025-03-30	Targeted editing of CCL5 with CRISPR-Cas9 nanoparticles enhances breast cancer immunotherapy 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02032-6 PMID:39870938	研究论文	本研究探讨了使用CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，以增强乳腺癌免疫治疗的疗效	创新性地结合CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，为乳腺癌免疫治疗提供了新策略	研究中未提及长期副作用或临床应用的具体障碍	提高乳腺癌免疫治疗的疗效	乳腺癌细胞和人源化小鼠模型	基因编辑与免疫治疗	乳腺癌	CRISPR-Cas9, scRNA-seq	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包括体外实验和体内小鼠模型
3093	2025-03-30	Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685 PMID:40146803	综述	本文回顾了血流剪切力对内皮细胞的生物物理和生化作用，特别关注其对心血管病理生理学的影响	整合了剪切力的生物物理和生化方面，提供了临床前和临床水平上血流动力学与内皮稳态之间复杂相互作用的新见解	讨论了体外和体内研究剪切力的实验模型及其潜在局限性	探讨剪切力对内皮细胞的影响及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞测序、空间组学、代谢组学、多组学技术	NA	NA	NA
3094	2025-03-30	Cardiac Fibrosis in the Multi-Omics Era: Implications for Heart Failure 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325402 PMID:40146800	综述	本文综述了高通量组学技术如何革新对心脏纤维化分子机制的理解，并探讨了这些技术在心脏纤维化研究中的应用	整合多组学数据揭示了心脏纤维化的新致病机制和潜在治疗靶点，包括细胞类型特异性干预和代谢调节剂	综述文章未涉及具体实验验证，且多组学数据的临床转化仍面临挑战	探讨多组学时代下心脏纤维化的研究进展及其对心力衰竭治疗的意义	心脏纤维化的分子机制及其与心力衰竭的关系	生物医学	心血管疾病	基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	多组学数据	NA
3095	2025-03-30	Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94820-6 PMID:40133574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物	首次结合单细胞转录组学和机器学习算法鉴定出5个新型AMI生物标志物，并预测了179种潜在治疗药物	动物模型与人类疾病存在差异，临床转化需要进一步验证	揭示急性心肌梗死的分子机制并寻找诊断生物标志物	急性心肌梗死患者样本和实验动物模型	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	未明确说明患者样本量，包含小鼠心肌细胞和心肌组织
3096	2025-03-30	Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells 2025-Mar-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03540-7 PMID:40134031	研究论文	本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了线粒体DNA变体在不同生物环境中的起源和克隆动态	揭示了线粒体DNA变体作为细胞谱系标记的有效性高度依赖于克隆扩张的程度，并提出了一个谱系信息评分来识别可靠的线粒体谱系追踪标记	研究主要关注线粒体DNA变体在特定条件下的应用，可能不适用于所有细胞类型或生物环境	评估线粒体DNA变体作为内源性条形码在人类细胞谱系追踪中的有效性	线粒体DNA变体在单细胞中的动态	基因组学	NA	单细胞基因组学、计算建模	NA	基因组数据	NA
3097	2025-03-30	Single-cell RNA sequencing reveals potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93916-3 PMID:40140461	research paper	通过单细胞RNA测序揭示肺鳞状细胞癌肿瘤微环境中的潜在治疗靶点	利用非负矩阵分解识别独特的恶性细胞表型（meta-programs），并揭示其临床相关性	研究基于公共数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索肺鳞状细胞癌（LUSC）肿瘤微环境的组成及其临床意义	肺鳞状细胞癌（LUSC）的肿瘤微环境	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	non-negative matrix factorization	RNA-seq data	两个队列的公共LUSC数据集
3098	2025-03-30	Ectopic expression of Slc1a2 in the prefrontal cortex of sleep-deprived male mice counteracts the glutamate/GABA-glutamine dysfunction 2025-Mar-26, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02161-7 PMID:40140835	研究论文	本研究探讨了Slc1a2在前额叶皮层中的异位表达对睡眠剥夺引起的谷氨酸/GABA-谷氨酰胺循环紊乱的影响	揭示了Slc1a2异位表达通过关键的星形胶质细胞-神经元通讯逆转睡眠剥夺诱导的GABA功能障碍	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性或其他物种	阐明睡眠剥夺对神经功能的影响机制及潜在治疗方法	雄性小鼠的前额叶皮层	神经科学	睡眠障碍	单细胞RNA测序、电生理学、免疫荧光染色、[1H-13C]-核磁共振	NA	基因表达数据、行为数据、代谢数据	未明确提及具体样本数量的小鼠
3099	2025-03-30	Unraveling anoikis in glioblastoma: insights from single-cell sequencing and prognostic modeling 2025-Mar-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03752-8 PMID:40140848	研究论文	本研究通过单细胞测序和预后模型探讨了胶质母细胞瘤中anoikis的作用及其在肿瘤进展和预后中的重要性	利用单细胞测序和机器学习算法构建了anoikis相关基因的预后模型，并验证了关键基因SLC43A3在肿瘤组织中的上调及其与不良预后的关联	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨anoikis在胶质母细胞瘤进展和预后中的作用	胶质母细胞瘤患者和细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、转录组测序	机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA、GEO和CGGA数据库的多组数据
3100	2025-03-30	Combined analysis of single-cell and bulk transcriptome sequencing data identifies critical glycolysis genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Mar-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06373-x PMID:40140873	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量转录组测序数据，鉴定了特发性肺动脉高压（IPAH）中糖酵解代谢的关键调控基因	首次通过整合单细胞和批量转录组数据分析，识别出IPAH中成纤维细胞介导的糖酵解关键基因IGF1、KARS、CASP3和CDKN2A	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了大鼠模型	探究IPAH中糖酵解代谢的关键调控机制	IPAH患者组织样本和大鼠PH模型	生物信息学	肺动脉高压	单细胞测序、批量转录组测序、scMetabolism分析、AUCcell分析、ssGSEA方法、WGCNA、PPI网络分析	大鼠MCT诱导的PH模型	转录组数据	GEO数据库中的IPAH患者样本和大鼠模型