单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3081 - 3100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3081 | 2025-10-06 |
Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.10.02.508492
PMID:40667258
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了结直肠癌中具有空间定义的多细胞功能单元 | 首次结合单细胞RNA测序、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析，构建了健康和异常结肠细胞生态系统的详细空间图谱 | 研究主要基于小鼠模型，虽然与人类数据进行了比较验证，但直接应用于人类临床仍需进一步验证 | 揭示结直肠癌中细胞的空间组织和功能相互作用 | 诱导性遗传结直肠癌小鼠模型和人类结直肠癌样本 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重RNA分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | Slide-seq | Slide-seq空间转录组技术 |
| 3082 | 2025-10-06 |
Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions
2025-Jun-19, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47060470
PMID:40699869
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综述 | 探讨人工智能与二代测序技术的融合及其在基因组学研究和临床应用中的变革性影响 | 系统阐述AI在NGS全流程中的增强作用，并前瞻性地讨论AI在第三代测序中的应用及联邦学习等未来方向 | 存在数据异质性、模型可解释性和伦理问题等挑战 | 研究人工智能与二代测序技术的协同整合及其在基因组学领域的应用 | 人工智能技术与二代测序技术的整合方法及应用场景 | 机器学习 | 癌症 | 二代测序，第三代测序，单细胞测序 | CNN, RNN, 混合架构 | 基因组数据，表观基因组数据，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，表观基因组分析，转录组学 | NA | NA |
| 3083 | 2025-10-06 |
Thymic DC2 are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells
2025-Jun-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659520
PMID:40666966
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示胸腺DC2细胞的异质性并鉴定新型过渡性树突状细胞群体 | 发现传统认为的DC2实际上包含4种不同细胞谱系，并首次鉴定出CX3CR1+过渡性树突状细胞新群体 | 研究主要基于小鼠模型，人类胸腺细胞异质性仍需验证 | 解析胸腺髓系细胞的起源、发育和稳态维持机制 | 胸腺髓系细胞（特别是DC2亚群） | 单细胞生物学 | 免疫系统疾病 | 单细胞转录组测序 | 谱系定义小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3084 | 2025-10-06 |
High-resolution spatial mapping of cell state and lineage dynamics in vivo with PEtracer
2025-Jun-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659774
PMID:40661400
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研究论文 | 开发了一种基于prime editing的谱系追踪技术PEtracer，能够在高空间分辨率下同时分析细胞状态和谱系关系 | 开发了兼容单细胞测序和多模态成像的进化谱系追踪技术，能够在保留组织空间结构的同时分析细胞状态和谱系动态 | NA | 绘制发育和疾病过程中细胞命运决定的时空动态图谱 | 小鼠肿瘤转移模型中的肿瘤细胞 | 空间转录组学 | 肿瘤转移 | prime editing, MERFISH空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据, 成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 3085 | 2025-10-06 |
Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2025-Jun-03, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366
PMID:39704522
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研究论文 | 通过多模态空间分析揭示输卵管前驱病变向高级别浆液性卵巢癌发展过程中的免疫抑制和微环境重塑机制 | 首次整合高plex成像和空间转录组学技术分析HGSOC发展过程中的人类组织样本，揭示了前驱病变中染色体不稳定、持续性IFN信号传导和免疫失调等分子变化 | 样本数量有限，研究结果需要在更大规模队列中验证 | 阐明输卵管前驱病变向高级别浆液性卵巢癌发展的分子机制 | 人类输卵管组织样本，包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC | 数字病理学 | 卵巢癌 | 高plex成像，空间转录组学 | NA | 图像，空间转录组数据 | 不同HGSOC发展阶段的人类组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3086 | 2025-10-06 |
Effect of Chronic Stress on Whole Blood Transcriptome: A Meta-Analysis of Publicly Available Datasets from Rodent Models
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657043
PMID:40661584
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荟萃分析 | 通过荟萃分析公开数据集研究慢性应激对小鼠全血转录组的影响 | 首次对多个公开数据集进行系统性荟萃分析，结合单细胞RNA测序数据探索细胞类型特异性富集 | 仅纳入三个数据集，样本量有限(n=92)，仅使用小鼠模型 | 研究慢性应激对全血转录组的影响，为神经精神疾病的诊断和治疗提供分子见解 | 8周龄小鼠 | 转录组学 | 神经精神疾病 | 转录组分析，单细胞RNA测序 | 随机效应模型，Limma分析流程 | 基因表达数据 | 92只小鼠(45只非应激组/47只应激组) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | NA | 小鼠外周血单个核细胞单细胞RNA测序数据集 |
| 3087 | 2025-10-06 |
Reconstructing Dynamic Gene Regulatory Networks Using f-Divergence from Time-Series scRNA-Seq Data
2025-May-30, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47060408
PMID:40699807
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研究论文 | 提出一种基于f-散度的动态基因调控网络推断方法f-DyGRN，用于从时间序列单细胞RNA测序数据重建动态基因调控网络 | 首次将f-散度应用于量化单细胞基因表达的时间变异，结合Granger因果关系模型和移动窗口策略捕捉动态调控变化 | 方法性能依赖于合适的f-散度度量选择，且仅使用THP-1细胞数据进行验证 | 从时间序列单细胞RNA测序数据推断动态基因调控网络 | THP-1人髓系单核细胞白血病细胞的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | f-DyGRN（基于f-散度的动态基因调控网络模型），Granger因果关系模型 | 单细胞RNA测序数据，时间序列数据 | 模拟数据和真实THP-1细胞单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3088 | 2025-10-06 |
Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics
2025-Apr-07, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47040256
PMID:40699655
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研究论文 | 利用空间转录组学技术绘制健康人牙龈组织中小细胞外囊泡分泌潜力的空间分布图谱 | 首次在sEVs生物发生特定背景下对可用牙龈转录组数据进行荟萃分析，揭示了沟内上皮浅层和深层是sEVs相关基因表达最富集的区域 | 研究基于公开转录组数据，未进行实验验证；仅分析了43个已知sEVs生物发生相关基因中的12个 | 探索健康人牙龈组织中不同结构在小细胞外囊泡生物发生中的作用 | 健康人牙龈组织 | 空间转录组学 | 口腔组织再生 | 空间转录组学，基因本体分析 | NA | 转录组数据，空间基因表达数据 | 公开可用的牙龈转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3089 | 2025-10-06 |
Tissue nanotransfection-based endothelial PLCγ2-targeted epigenetic gene editing rescues perfusion and diabetic ischemic wound healing
2025-Mar-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.034
PMID:39863930
|
研究论文 | 本研究通过组织纳米转染技术靶向内皮细胞PLCγ2基因的表观遗传编辑，改善糖尿病缺血性伤口的灌注和愈合 | 首次结合单细胞RNA测序指导的CRISPR-dCas9去甲基化技术与组织纳米转染技术，靶向改善糖尿病伤口内皮细胞功能 | 研究主要关注PLCγ2基因，未探讨其他可能影响糖尿病伤口愈合的基因或通路 | 改善糖尿病缺血性伤口的血管化和愈合效果 | 糖尿病缺血性伤口的内皮细胞 | 基因编辑与再生医学 | 糖尿病并发症 | 单细胞RNA测序, CRISPR-dCas9表观遗传编辑, 组织纳米转染 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 人类伤口边缘样本（五个内皮细胞亚群）和鼠类糖尿病缺血伤口模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3090 | 2025-10-06 |
Unraveling enhanced liver regeneration in ALPPS: Integrating multi-omics profiling and in vivo CRISPR in mouse models
2025-Mar-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000630
PMID:40048448
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析和体内CRISPR技术，揭示了ALPPS手术促进肝脏再生的分子机制 | 首次结合多组学分析和体内CRISPR验证，发现Plk1相关30基因特征和miR-30a-3p在ALPPS肝脏再生中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证 | 阐明ALPPS手术促进肝脏再生的分子机制 | 小鼠肝脏组织、肝细胞 | 多组学分析 | 肝脏疾病 | RNA-seq, microRNA-seq, scRNA-seq, CRISPR-cas9, 双荧光素酶报告系统 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, microRNA数据, 单细胞数据 | PVL和ALPPS小鼠模型，fumarylacetoacetate hydrolase敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, microRNA测序 | NA | NA |
| 3091 | 2025-10-06 |
A Complete Spatial Map of Mouse Retinal Ganglion Cells Reveals Density and Gene Expression Specializations
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637538
PMID:39990332
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和机器学习技术，绘制了小鼠视网膜神经节细胞亚型的完整空间分布图谱 | 首次揭示了所有视网膜神经节细胞亚型的空间分布特征，发现了基因表达在背腹轴和ART区域内的意外空间变异 | 小鼠与灵长类黄斑区域的基因谱相关性有限，表明物种间中央视觉特化存在差异 | 探索视网膜神经节细胞亚型的空间分布特化和基因表达特征 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学, 机器学习, 正面冷冻切片 | 机器学习 | 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3092 | 2025-10-06 |
Promising Nanoparticles-Based Oral Therapy for Effective Inhibition of Hepatocellular Carcinoma with Portal Vein Tumor Thrombus
2025-01-29, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.4c05798
PMID:39808085
|
研究论文 | 开发基于碳酸钙@聚多巴胺纳米颗粒的口服给药系统，用于治疗肝细胞癌合并门静脉癌栓 | 利用门静脉独特解剖结构和单细胞RNA测序技术开发口服纳米颗粒系统，将门静脉阻塞挑战转化为药物递送优势 | NA | 开发针对肝细胞癌合并门静脉癌栓的有效口服治疗方法 | 肝细胞癌合并门静脉癌栓患者 | 纳米医学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3093 | 2025-10-06 |
Mapping the spatial atlas of the human bone tissue integrating spatial and single-cell transcriptomics
2025-Jan-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1298
PMID:39817519
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研究论文 | 通过整合空间和单细胞转录组学技术，构建了人类骨组织的高分辨率空间图谱 | 首次整合空间和单细胞转录组学绘制人类骨骼和骨髓的高分辨率图谱，发现了骨形成特化微环境和从骨小梁辐射的细胞组成空间梯度 | 研究仅基于股骨组织样本，未涵盖其他骨骼部位 | 揭示骨组织微环境中细胞的空间组织和相互作用 | 人类骨组织和骨髓细胞 | 空间转录组学 | 骨相关疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 股骨组织样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3094 | 2025-10-06 |
Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning
2025-Jan-02, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-06031-8
PMID:39748378
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序和机器学习技术解析肺纤维化的细胞和分子机制 | 发现肺纤维化中激活的B细胞、CD4 T细胞、巨噬细胞和特定成纤维细胞亚群的显著富集，并鉴定出TMEM52B、PHACTR1和BLVRB等关键基因标志物 | NA | 提高肺纤维化的诊断准确性并发现潜在治疗靶点 | 肺纤维化患者的肺组织样本和博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型 | 机器学习 | 肺纤维化 | 单细胞测序，机器学习，基因敲低，基因敲除 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3095 | 2025-10-06 |
Reduced T-Cell stemness underlies Th17 expansion and graft dysfunction in kidney transplant recipients
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1588941
PMID:40584830
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肾移植受者免疫机制，发现T细胞干性降低与Th17细胞扩增及移植物功能障碍相关 | 首次将CD4+ T细胞干性特征与肾移植后Th17极化及移植物功能障碍联系起来，并识别出S100A4等关键生物标志物 | 样本量相对较小（单细胞测序n=20），需要在更大队列中验证发现 | 阐明肾移植受者移植物功能稳定与功能障碍的免疫机制差异 | 肾移植受者外周血单个核细胞 | 单细胞基因组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | Monocle, iTalk, WGCNA | RNA测序数据 | 单细胞测序20例（正常功能10例，功能障碍10例），批量验证队列192例 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3096 | 2025-10-06 |
Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia
2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.30.629739
PMID:39803459
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现与年龄相关的CD8 T细胞亚群与症状性良性前列腺增生相关 | 首次发现年龄相关的CD8 T细胞亚群(Taa)通过颗粒酶K介导的前列腺基质成纤维细胞SASP因子产生促进症状性BPH | 研究样本量有限，机制研究主要在体外进行 | 探究年龄相关免疫细胞变化在良性前列腺增生发病机制中的作用 | 人类前列腺组织和患者来源的前列腺成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 前列腺增生 | 单细胞RNA测序，体外细胞培养，细胞因子检测 | NA | 单细胞RNA测序数据，临床评分数据 | 未明确样本数量的人类前列腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3097 | 2025-10-06 |
STING Activation in Macrophages and Microglia Drives Poststroke Inflammation: Implications for Neuroinflammatory Mechanisms and Therapeutic Interventions
2024-12, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70106
PMID:39698742
|
研究论文 | 本研究揭示了STING激活通过I型干扰素信号驱动巨噬细胞和小胶质细胞向促炎表型转变的机制及其在脑卒中后神经炎症中的作用 | 首次阐明持续性吞噬作用通过激活STING信号通路促使巨噬细胞和小胶质细胞表型转变的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究脑卒中后巨噬细胞和小胶质细胞表型转变的分子机制 | 巨噬细胞、小胶质细胞及脑卒中模型小鼠 | 神经科学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序、免疫染色、细胞培养 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、行为学数据、影像数据 | C57BL/6雄性小鼠及原代细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3098 | 2025-10-06 |
Chemokine expression profile of an innate granuloma
2024-Nov-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96425
PMID:39541153
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析先天免疫肉芽肿形成过程中趋化因子的时空表达特征 | 首次利用空间转录组学技术揭示先天免疫肉芽肿形成过程中CC和CXC趋化因子及其受体的动态时空表达谱 | 研究仅基于小鼠感染模型，尚未在人类样本中验证 | 阐明指导免疫细胞形成肉芽肿特殊层次的趋化因子机制 | 小鼠肝脏先天免疫肉芽肿模型 | 空间转录组学 | 感染性疾病 | 空间转录组学 | 小鼠感染模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3099 | 2025-10-06 |
Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.07.570640
PMID:38106186
|
研究论文 | 本研究开发了一种单细胞eQTL定位方法，在酵母中揭示了生长与繁殖之间的权衡关系 | 开发了'一锅法'单细胞eQTL定位方法，首次在单细胞水平系统识别eQTL与细胞周期阶段的互作效应 | 研究仅限于酵母模型，尚未在更复杂生物系统中验证 | 探索遗传变异在单细胞水平对基因表达和性状影响的精细机制 | 酵母单细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | eQTL定位模型 | 单细胞基因表达数据 | 超过100,000个单细胞，来自三个杂交组合 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3100 | 2025-10-06 |
Gastroduodenal injury and repair mechanisms
2024-Nov-01, Current opinion in gastroenterology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/MOG.0000000000001049
PMID:38935320
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综述 | 本文综述了胃十二指肠黏膜损伤与修复机制的最新研究进展 | 揭示了成熟上皮细胞或定向干细胞去分化、重编程、增殖和再生黏膜的新机制，以及腺病毒疗法、植物基化合物递送系统和RNA技术在黏膜修复中的应用 | 关于急性浅表性病变的研究在过去一年中较为稀疏 | 探讨胃十二指肠黏膜损伤后的修复机制 | 胃十二指肠黏膜组织 | NA | 胃十二指肠疾病 | 单细胞RNA测序, 腺病毒疗法, 纳米颗粒技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |