单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3081	2025-02-27	Targeted delivery of CCL3 reprograms macrophage antigen presentation and enhances the efficacy of immune checkpoint blockade therapy in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010947 PMID:39988347	研究论文	本研究探讨了CCL3在调节肝细胞癌（HCC）肿瘤免疫微环境（TIME）中的作用，并展示了其通过增强抗原呈递和免疫细胞招募来提高免疫检查点阻断疗法效果的潜力	首次揭示了CCL3在HCC中的免疫调节作用，特别是其在增强巨噬细胞抗原呈递和T细胞激活方面的机制，并展示了其与免疫检查点阻断疗法结合的潜力	研究主要基于临床前模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验验证	研究CCL3在HCC肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫治疗效果的增强作用	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境（TIME）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光、共培养系统、共聚焦成像、代谢物检测	NA	基因表达数据、细胞功能数据、代谢数据	人类HCC样本（来自The Cancer Genome Atlas数据库）及临床前HCC模型
3082	2025-02-27	SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance 2025-Feb-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02354-7 PMID:39988626	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析	NA	RNA测序数据	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本
3083	2025-02-27	Osteocyte connexin hemichannels and prostaglandin E2 release dictate bone marrow mesenchymal stromal cell commitment 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412144122 PMID:39937859	研究论文	本文揭示了骨细胞连接蛋白43（Cx43）半通道在调控骨髓间充质干细胞和祖细胞（BM-MSPCs）命运决定中的关键作用	首次揭示了Cx43半通道通过释放前列腺素E2（PGE2）调控BM-MSPCs的成骨和成脂分化，提供了骨细胞与BM-MSPCs之间精确调控的通信机制	研究主要基于转基因小鼠模型，尚未在人类细胞或临床样本中验证	探讨骨细胞如何与BM-MSPCs通信以协调骨形成	骨髓间充质干细胞和祖细胞（BM-MSPCs）	细胞生物学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	两种转基因小鼠模型（R76W和Δ130 to 136）
3084	2025-02-27	The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation 2025-Feb-11, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) DOI:10.1016/j.tube.2025.102614 PMID:39999566	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证，揭示了免疫特征与肺结核肉芽肿病理变化之间的相关性	首次结合单细胞转录组和微环境空间特征分析，揭示了免疫细胞对肉芽肿扩展的贡献，并通过机器学习筛选出与肉芽肿大小相关的6种细胞因子	研究主要依赖于生物信息学分析和局部队列验证，可能需要更大规模的多中心研究来进一步验证结果	探讨免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用	肺结核肉芽肿及其相关的免疫细胞和细胞因子	生物信息学	肺结核	单细胞转录组分析、免疫荧光、流式细胞术、机器学习	NA	转录组数据、免疫细胞数据	局部队列的肺结核感染患者和健康对照
3085	2025-02-27	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	本文研究了长期饮酒（CAC）如何增强造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了CAC通过改变HSPCs的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究主要基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨长期饮酒对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化能力的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
3086	2025-02-27	paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host-parasite single-cell RNA-seq data 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf091 PMID:39988320	研究论文	本文介绍了一种名为paraCell的新型软件工具，用于交互式分析和可视化标准及双宿主-寄生虫单细胞RNA测序数据	paraCell软件工具的创新之处在于其允许用户无需编程技能即可可视化和分析预加载的单细胞数据，且源代码免费提供以支持远程安装	尽管paraCell降低了分析单细胞数据的门槛，但其功能和性能可能受限于预加载数据的质量和多样性	开发一个易于使用的软件工具，以促进寄生虫学领域对单细胞转录组数据的广泛利用	单细胞RNA测序数据，特别是涉及寄生虫及其宿主相互作用的数据	生物信息学	寄生虫感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	包括已发表的Plasmodium和Trypanosoma数据集，以及新生成的Toxoplasma-mouse和Theileria-cow scRNA-seq数据集
3087	2025-02-27	Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.634337 PMID:39975309	研究论文	本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响	本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解	研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证	研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法	RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集
3088	2025-02-27	Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods 2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf027 PMID:39898810	研究论文	本文介绍了一种名为TICCI的新方法，通过整合细胞间通讯信息来提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	TICCI通过引入细胞间通讯信息，解决了现有细胞分化轨迹推断算法在高维度、噪声和用户需要特定生物信息方面的挑战	NA	提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Louvain分区算法、Chu-Liu算法、改进的扩散拟合时间算法	单细胞RNA测序数据	NA
3089	2025-02-27	Sex-dependent molecular landscape of Alzheimer's disease revealed by large-scale single-cell transcriptomics 2025-Feb, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14476 PMID:39737748	研究论文	本研究通过大规模单细胞转录组学揭示了阿尔茨海默病（AD）中性别依赖的分子变化	首次在大规模单细胞转录组水平上揭示了AD中性别依赖的基因表达模式、通路改变和细胞间通讯变化	研究仅限于前额叶皮层，未涵盖其他脑区；样本量未明确说明	探究阿尔茨海默病中性别差异的分子机制	人类前额叶皮层的单细胞转录组数据	数字病理学	老年病	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3090	2025-02-27	Aldehyde Dehydrogenase 2 Lactylation Aggravates Mitochondrial Dysfunction by Disrupting PHB2 Mediated Mitophagy in Acute Kidney Injury 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411943 PMID:39737891	研究论文	本文探讨了急性肾损伤（AKI）中醛脱氢酶2（ALDH2）的乳酰化如何通过破坏PHB2介导的线粒体自噬加剧线粒体功能障碍	首次揭示了ALDH2乳酰化在AKI中的作用机制，并提出了ALDH2乳酰化作为潜在治疗靶点的新见解	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨ALDH2乳酰化在急性肾损伤中的作用及其机制	急性肾损伤患者和小鼠的肾组织，以及HK-2细胞	生物医学	急性肾损伤	单细胞RNA测序，免疫沉淀-质谱分析	NA	RNA测序数据，质谱数据	AKI患者和小鼠的肾组织，HK-2细胞
3091	2025-02-27	Inhibition of CDH11 Activates cGAS-STING by Stimulating Branched Chain Amino Acid Catabolism and Mitigates Lung Metastasis of Adenoid Cystic Carcinoma 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408751 PMID:39739317	研究论文	本文研究了唾液腺腺样囊性癌（SACC）中混合上皮-间质转化（EMT）细胞的作用及其与肺转移的关系，并探讨了CDH11作为潜在治疗靶点的可能性	通过单细胞RNA测序和空间转录组测序揭示了血管成纤维细胞微环境中的混合EMT亚群，并发现CDH11通过干扰支链氨基酸代谢激活mTOR通路，从而影响细胞功能	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中得到验证	探讨SACC中混合EMT细胞的作用及其与肺转移的关系，寻找潜在的治疗靶点	唾液腺腺样囊性癌（SACC）及其肺转移	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序，空间转录组测序	NA	RNA测序数据	NOD-SCID小鼠模型
3092	2025-02-27	Attractor Landscape Analysis Reveals a Reversion Switch in the Transition of Colorectal Tumorigenesis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412503 PMID:39840939	研究论文	本文介绍了一个名为REVERT的系统框架，用于重建核心分子调控网络模型，并在结直肠肿瘤发生过程中识别出基于单细胞转录组数据的逆转开关	提出了REVERT框架，能够重建核心分子调控网络模型，并识别出基于单细胞转录组数据的逆转开关	NA	研究结直肠肿瘤发生过程中的细胞命运转变机制，并寻找逆转这种转变的分子开关	结直肠肿瘤发生过程中的细胞命运转变	系统生物学	结直肠癌	单细胞转录组分析	核心分子调控网络模型	单细胞转录组数据	患者来源的匹配结肠癌和正常结肠类器官
3093	2025-02-27	A Universal Strategy of Anti-Tumor mRNA Vaccine by Harnessing "Off-the-Shelf" Immunity 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401287 PMID:39761175	研究论文	本研究开发了一种利用已知抗原的“现成”免疫力的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略	提出了一种不依赖于新抗原识别的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略，并展示了其在多种肿瘤模型中的有效性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发一种通用的抗肿瘤mRNA疫苗策略，以克服个性化新抗原疫苗的局限性	肿瘤细胞和免疫系统	生物医学工程	肿瘤	mRNA疫苗设计、单细胞测序	NA	实验数据	三种小鼠皮下实体瘤模型
3094	2025-02-27	Posttranscriptional Control of Neural Progenitors Temporal Dynamics During Neocortical Development by Syncrip 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411732 PMID:39776340	研究论文	本文研究了Syncrip在哺乳动物新皮层发育过程中对神经祖细胞时间动态的转录后调控机制	首次发现Syncrip通过相分离机制调控Notch信号通路，影响神经祖细胞的命运决定	研究主要基于小鼠模型，人类相关突变的功能验证仍需进一步研究	揭示Syncrip在新皮层神经发生中的转录后调控机制	小鼠的径向胶质细胞（RGCs）及其生成的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型
3095	2025-02-27	SEE: A Method for Predicting the Dynamics of Chromatin Conformation Based on Single-Cell Gene Expression 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406413 PMID:39778075	研究论文	本文介绍了一种名为SEE的人工智能方法，利用自编码器和transformer技术，通过单细胞RNA测序数据和少量单细胞Hi-C图谱分析染色质动态	SEE方法结合了自编码器和transformer技术，能够从单细胞水平高分辨率地分析染色质动态，并解释与疾病相关的单核苷酸多态性（SNPs）	SEE方法依赖于有限的单细胞Hi-C图谱数据，可能影响其广泛应用的准确性	研究染色质动态及其在基因表达、DNA复制和损伤修复等过程中的作用	染色质动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、单细胞Hi-C图谱	自编码器、transformer	单细胞RNA测序数据、单细胞Hi-C图谱	NA
3096	2025-02-27	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	研究论文	本研究通过人源化小鼠模型，利用空间转录组学分析，揭示了HIV和结核共感染早期的转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在HIV和结核共感染的人源化小鼠模型中，使用空间转录组学技术揭示早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解HIV和结核共感染早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	人源化小鼠模型	数字病理学	结核病	空间转录组学	NA	转录组数据	人源化小鼠感染后三周的肺样本
3097	2025-02-27	Single-cell sequencing of human Langerhans cells identifies altered gene expression profiles in patients with atopic dermatitis 2025-01-24, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlae009 PMID:39849992	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了特应性皮炎（AD）患者和健康对照者的皮肤Langerhans细胞（LCs）和T细胞，揭示了LCs在AD炎症循环中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别了AD患者皮肤中的LCs亚群，并揭示了这些细胞在AD炎症中的特定基因表达变化	研究样本量有限，且仅关注了LCs和T细胞，未涉及其他可能参与AD炎症的细胞类型	探讨Langerhans细胞在特应性皮炎（AD）炎症循环中的作用	特应性皮炎（AD）患者和健康对照者的皮肤Langerhans细胞（LCs）和T细胞	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	AD患者和健康对照者的皮肤活检样本
3098	2025-02-27	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，调查了正常结肠和右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎中肠肌层固有层的免疫细胞群体，揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性，并验证了其在不同条件下的表型变化	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证相对有限	研究结肠炎期间结肠肌层固有层免疫细胞的多样性和可塑性	结肠肌层固有层的免疫细胞，特别是巨噬细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、免疫组织化学、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像、流式细胞术数据	动物模型（小鼠）和人类溃疡性结肠炎患者的样本
3099	2025-02-27	Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning 2025-Jan-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06031-8 PMID:39748378	研究论文	本研究利用单细胞测序和机器学习技术，揭示了肺纤维化的复杂细胞和分子机制，旨在提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	通过单细胞测序和机器学习分析，发现了与肺纤维化相关的新的基因特征和免疫细胞特征，并开发了具有更高精度的诊断模型	研究主要基于肺纤维化患者的肺组织样本，样本来源和数量可能限制了结果的普适性	揭示肺纤维化的细胞和分子机制，提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	肺纤维化患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	肺纤维化患者的肺组织样本
3100	2025-02-27	Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis 2025, The American journal of Chinese medicine DOI:10.1142/S0192415X25500107 PMID:39829230	研究论文	本研究探讨了小檗碱（BBR）通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中与衰老相关分泌表型（SASP）相关的炎症的机制	揭示了BBR通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制SASP相关炎症的新机制，并验证了其在动脉粥样硬化治疗中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨BBR在动脉粥样硬化中抑制SASP相关炎症的分子机制	ApoE[Formula: see text]小鼠、RAW264.7细胞和腹膜巨噬细胞来源的泡沫细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲低	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	ApoE[Formula: see text]小鼠、RAW264.7细胞和腹膜巨噬细胞来源的泡沫细胞