单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3081	2025-04-08	RIPK2 promotes colorectal cancer metastasis by protecting YAP degradation from ITCH-mediated ubiquitination 2025-Apr-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07599-9 PMID:40185717	研究论文	本研究揭示了RIPK2通过保护YAP免受ITCH介导的泛素化降解促进结直肠癌转移的机制	首次发现RIPK2作为独立风险因子通过调控YAP稳定性促进结直肠癌转移，并揭示了细菌感染-MDP-NOD2-RIPK2-YAP信号轴	未明确RIPK2在其他癌症类型中的普适性作用，动物模型需要进一步验证	探究结直肠癌转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及肿瘤组织	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确样本量（包含CRC组织与癌旁组织的对比）
3082	2025-04-08	CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis 2025-Apr-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00442-4 PMID:40185975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和常规RNA测序分析脓毒症的免疫景观，发现适应性免疫受到急性且强烈的抑制	发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β（Aβ）的产生，与B细胞上的CD74相互作用，导致B细胞抑制和随后的适应性免疫抑制	研究主要基于小鼠模型，临床数据验证有限	阐明脓毒症中宿主反应失调的机制	脓毒症患者的免疫细胞和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和常规RNA-seq	NA	RNA测序数据	脓毒症患者和小鼠模型
3083	2025-04-08	CCR8 antagonist suppresses liver cancer progression via turning tumor-infiltrating Tregs into less immunosuppressive phenotype 2025-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03286-x PMID:40186298	研究论文	本研究探讨了CCR8拮抗剂IPG0521m通过改变肿瘤浸润性调节性T细胞（Tregs）的表型，抑制肝癌进展的机制	首次揭示了CCR8拮抗剂在肝癌中的作用机制，并展示了IPG0521m通过改变Tregs的免疫抑制表型增强抗肿瘤免疫的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究CCR8拮抗剂在肝癌治疗中的作用及机制	人类肝癌组织和小鼠肝癌模型	肿瘤免疫学	肝癌	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序、实时PCR	小鼠肝癌模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类肝癌组织样本和小鼠模型
3084	2025-04-08	Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70042 PMID:40193174	研究论文	探讨昼夜节律紊乱（CRD）对三阴性乳腺癌（TNBC）的影响，通过分析RNA测序数据、代谢组学特征和肿瘤微环境评估，揭示CRD对代谢重编程和免疫逃逸的作用	首次使用CYCLOPS方法分析TNBC中节律基因表达模式的显著变化，并发现CRD与色氨酸代谢上调和免疫抑制微环境的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其潜在治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、代谢组学分析	CYCLOPS	RNA测序数据、代谢组学数据	未明确说明样本数量
3085	2025-04-08	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了热射病（HS）诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	发现中性粒细胞通过'Cxcr2-Cxcl2'受体-配体对增强浸润是HS诱导肺损伤的显著特征，并识别了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe的转录调控功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索热射病导致多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	数字病理	热射病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提及使用小鼠模型
3086	2025-04-08	Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf136 PMID:40185158	review	本文综述了深度学习方法在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，并从数据科学的角度进行了系统评价	系统评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同数据集和评估指标间的显著差异，并提出了深度学习方法在转录组数据分析中的三个关键发展方向	高质量标注数据集仍然有限，且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间背景具有挑战性	探讨深度学习方法在单细胞和空间转录组数据分析中的应用及其面临的挑战	单细胞和空间转录组数据	machine learning	NA	单细胞测序、空间转录组学	深度学习	基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据	21个数据集来自9个基准测试
3087	2025-04-08	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-12-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	揭示了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的认知功能障碍中的新机制，并提出了潜在的干预靶点	研究仅基于新生小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究七氟烷麻醉对新生小鼠认知功能的影响及其分子机制	新生小鼠	神经科学	认知功能障碍	单细胞转录组测序、慢病毒介导的基因过表达	小鼠模型	转录组数据、行为学数据	未明确说明数量的新生小鼠
3088	2025-04-08	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据	开发了一个新的流程MultiSC，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合多组学数据并预测转录因子调控的靶基因	未提及具体的局限性	解决多组学单细胞数据整合和分析工具缺乏的问题	多组学单细胞数据	机器学习	NA	NEAT-seq	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达	未提及具体样本数量
3089	2025-04-08	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	综述	本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路及肿瘤微环境(TME)的潜在治疗价值	总结了TNBC治疗靶点的最新研究进展，并提出了针对TNBC分子异质性和TME的联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用挑战，以及临床前研究向临床实践的转化困难	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌(TNBC)	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、耐热II组内含子逆转录酶测序、人源化小鼠模型	NA	NA	NA
3090	2025-04-07	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	research paper	开发了一种电导性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应	开发了具有电导性的3D心脏芯片模型（eHOC），相比非导电模型，展现出增强的收缩功能、改善的钙瞬变及心脏相关基因表达的上调	未明确提及具体限制，但可能包括模型复杂性和实际应用中的技术挑战	构建更接近天然心肌的电导性心脏组织模型，用于药物测试和疾病建模	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的心肌细胞（hiCMs）和心脏成纤维细胞（hiCFs）	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D电导性心脏芯片（eHOC）	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3091	2025-04-07	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-Apr-05, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	研究论文	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇并构建了风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者预后较差的原因，并发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索乳酸代谢相关基因与DLBCL预后及免疫微环境相互作用的关系	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的患者数据
3092	2025-04-07	Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics 2025-Apr-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq1575 PMID:40184463	research paper	该研究通过空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了线粒体心肌病（MCM）从代偿到功能障碍转变的机制，并发现Atf3在女性MCM进展中的关键作用	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了Atf3在女性线粒体心肌病进展中的性别特异性调控作用	研究样本量有限，仅基于一名患者和小鼠模型，需要在更大样本中验证	探究线粒体心肌病从代偿到功能障碍转变的分子机制	线粒体心肌病患者的心脏组织和小鼠模型	转录组学	线粒体心肌病	空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	Ndufs6基因敲除小鼠模型(FS6KD)	RNA测序数据	一名患者和小鼠模型
3093	2025-04-07	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Apr-04, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎中滑膜免疫细胞的失调	首次揭示了损伤和肥胖在骨关节炎中独立和协同地改变滑膜免疫细胞景观的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及正常体重和肥胖小鼠的比较
3094	2025-04-07	Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies 2025-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58569-w PMID:40180929	研究论文	本文通过整合基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据，对145例中国患者的局限性前列腺癌进行了分子分型，并鉴定出NANS蛋白作为潜在的预后生物标志物和治疗靶点	首次在局限性前列腺癌中整合多组学数据进行分子分型，并发现NANS蛋白通过调节sialoglycan-sialic acid-Siglec轴逆转免疫抑制微环境的新机制	样本量相对有限（145例），且仅针对中国患者群体	阐明局限性前列腺癌的分子异质性并发现新的治疗靶点	145例中国患者的局限性前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	基因组测序、转录组测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、scRNA-seq、免疫荧光分析	细胞来源原位移植小鼠模型	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组）	145例局限性前列腺癌患者样本
3095	2025-04-07	Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14006-1 PMID:40181316	研究论文	本研究开发并验证了与基底膜相关的基因特征，用于预测颅底脊索瘤的术后复发、肿瘤微环境和药物候选	首次建立了由五个基底膜相关基因组成的预后特征，并验证了其在颅底脊索瘤中的独立预后价值，同时揭示了基底膜相关基因通过PI3K-Akt信号通路影响脊索瘤的恶性行为	样本量相对较小（77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序），且仅针对颅底脊索瘤患者	探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用	颅底脊索瘤患者	数字病理学	颅底脊索瘤	批量转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO Cox回归分析	NA	转录组数据	77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序的颅底脊索瘤患者
3096	2025-04-07	Microwave ablation of non-small cell lung cancer enhances local T-cell abundance and alters monocyte interactions 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14002-5 PMID:40181307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了微波消融（MWA）对非小细胞肺癌（NSCLC）微环境中免疫细胞群体和基因表达的影响	首次在单细胞水平上揭示了MWA后NSCLC微环境中T细胞丰度的增加以及单核细胞与T细胞（或B细胞）之间相互作用的改变	样本量较小，且仅针对NSCLC患者，结果可能不适用于其他癌症类型	探究MWA对NSCLC微环境中免疫细胞群体和基因表达的影响	接受分次MWA治疗的NSCLC患者的肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多次活检样本
3097	2025-04-07	FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation 2025-Apr-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02129-0 PMID:40181401	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了FOSB等关键基因在炎症性肠病（IBD）和急性心肌梗死（AMI）共病中的重要作用	首次通过多组学分析识别出THBD、FOSB等5个IBD-AMI共病关键基因，并构建了高预测精度的AMI诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证其临床适用性	阐明IBD与AMI共病的遗传机制并寻找潜在治疗靶点	IBD和AMI患者的基因表达数据	生物信息学	炎症性肠病, 急性心肌梗死	微阵列分析, WGCNA, 机器学习(LASSO/随机森林/Boruta), qRT-PCR, Western blotting, 单细胞测序	诊断模型	基因表达数据	NCBI GEO数据库中的多个微阵列数据集（具体数量未说明）
3098	2025-04-07	Channel synapse mediates neurotransmission of airway protective chemoreflexes 2025-Apr-02, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.007 PMID:40187347	研究论文	本研究揭示了小鼠喉咙中Pou2f3化学感应细胞家族通过通道突触与迷走神经元通信，介导气道保护性化学反射的神经传递	发现了Pou2f3上皮细胞通过CALHM1/3通道突触作为气道保护性反射的化学感应终末器官，并揭示了其在气道防御程序中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	研究喉咙中化学物质引起的神经反射机制，以保护气道免受吸入和感染	小鼠喉咙中的Pou2f3化学感应细胞家族和迷走神经元	神经生物学	慢性咳嗽	单细胞转录组学、光遗传学刺激	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、行为数据	NA
3099	2025-04-07	scTrans: Sparse attention powers fast and accurate cell type annotation in single-cell RNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012904 PMID:40184563	研究论文	介绍了一种基于Transformer的模型scTrans，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，旨在减少信息损失并提高注释速度和准确性	使用稀疏注意力机制利用所有非零基因，有效降低输入数据维度同时最小化信息损失	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的速度和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	RNA测序数据	31种不同组织的小鼠细胞图谱数据，接近百万细胞
3100	2025-04-07	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Apr-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的作用	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟并与抗PD-1治疗产生协同效应	研究仅聚焦于肝细胞癌，其他癌症类型中三级淋巴结构成熟的调控机制尚不明确	探究驱动三级淋巴结构成熟的关键因素及其在肿瘤免疫治疗中的作用	肝细胞癌中的三级淋巴结构及其微环境	空间转录组学	肝细胞癌	近单细胞空间转录组测序	NA	空间转录组数据	NA