单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3061	2025-07-05	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性并鉴定了细胞和组织标记物	首次对Botrylloides diegensis整个群体进行单细胞转录组测序，鉴定了29个主要细胞簇，并揭示了组织特化和发育轨迹	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	理解Botrylloides diegensis的发育、组织功能和再生机制	Botrylloides diegensis群体的所有细胞（包括个体、芽体和血管被膜）	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	一个完整的Botrylloides diegensis群体（包含多种细胞类型）
3062	2025-07-05	Single-cell landscape of immunological responses in patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101577 PMID:40605976	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究青少年特发性关节炎（JIA）患者免疫细胞的异质性及其功能变化	揭示了JIA患者中干扰素和急性炎症反应的紊乱，特别是在系统性JIA（sJIA）患者中更为显著，并识别了sJIA中独特的配体-受体对	样本量较小（14名JIA患者和4名健康个体），可能影响结果的普遍性	理解JIA患者免疫系统的细胞异质性及其功能变化	青少年特发性关节炎（JIA）患者和健康个体的外周血免疫细胞	生物医学研究	青少年特发性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	14名JIA患者和4名健康个体的外周血样本
3063	2025-07-05	Blood and urine-based biomarkers in prostate cancer: Current advances, clinical applications, and future directions 2025-Sep, The journal of liquid biopsy DOI:10.1016/j.jlb.2025.100305 PMID:40606769	综述	本文全面概述了前列腺癌（PCa）当前和新兴的诊断、预后和预测生物标志物，强调了它们的临床应用和未来前景	介绍了新兴技术如机器学习和单细胞组学在生物标志物发现中的应用，以及人工智能驱动模型在预测复发和治疗反应中的潜力	尽管介绍了多种生物标志物，但部分新兴技术如单细胞RNA测序和空间转录组学在临床实践中的应用仍处于探索阶段	探索前列腺癌更准确的生物标志物，以提高早期检测、个性化治疗和监测的能力	前列腺癌（PCa）患者	数字病理学	前列腺癌	液体活检（ctDNA和CTCs）、单细胞RNA测序、空间转录组学	人工智能驱动模型（如复制压力特征RSS）	血液和尿液样本	NA
3064	2025-07-05	Scalable inference of transcriptional variability with BASiCS 2025-Aug-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2025.112157 PMID:40479909	研究论文	本文介绍了一种扩展的BASiCS模型，用于单细胞RNA测序数据的可扩展贝叶斯推断	提出了一种分治推理方案，使BASiCS能够处理大规模数据集，并在准确性和可扩展性上优于标准MCMC和变分推理方法	未提及该方法在特定生物场景或复杂细胞类型中的适用性限制	开发可扩展的贝叶斯推断方法用于单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	BASiCS（贝叶斯层次模型）	基因表达数据	未明确提及具体样本量，但针对大规模数据集
3065	2025-07-05	Cellular Landscape of Synovial Chondromatosis Synovium Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500034RR PMID:40600952	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示滑膜软骨瘤病滑膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术全面描绘了滑膜软骨瘤病（SC）的细胞组成和转录特征，发现了新的成纤维细胞亚群和巨噬细胞表型转变，以及增殖性免疫细胞群体的动态变化	研究样本量可能有限，且功能验证实验尚未进行	解析滑膜软骨瘤病的细胞基础和病理机制	健康个体和滑膜软骨瘤病患者的滑膜组织	单细胞测序	滑膜软骨瘤病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康个体和SC患者的滑膜组织（具体数量未明确说明）
3066	2025-07-05	Single-cell analysis of the decidua unveils the mechanism of anti-inflammatory exosomes for chorioamnionitis in nonhuman primates 2025-Jul-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp0467 PMID:40601753	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了携带超抑制IκB的工程化外泌体在非人灵长类动物绒毛膜羊膜炎中的抗炎机制	首次在非人灵长类动物模型中验证了携带srIκB的外泌体对绒毛膜羊膜炎的治疗潜力及其作用机制	研究仅限于非人灵长类动物模型，尚未进行人体试验	探索工程化外泌体对绒毛膜羊膜炎的治疗潜力及其分子机制	怀孕的非人灵长类动物及其胎盘组织	生殖医学	绒毛膜羊膜炎	单细胞RNA测序、批量RNA测序	LPS诱导的绒毛膜羊膜炎动物模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了两种给药途径（羊膜内和静脉内）
3067	2025-07-05	Single-cell transcriptomics reveals hypoxia-driven iCAF_PLAU is associated with stemness and immunosuppression in anorectal malignant melanoma 2025-Jul-04, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02273-5 PMID:40613916	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了缺氧驱动的iCAF_PLAU在肛门直肠恶性黑色素瘤(ARMM)中与干性和免疫抑制相关	首次在ARMM中鉴定出独特的PLAU+成纤维细胞群(iCAF_PLAU)，并揭示了其通过WNT5A_FZD3_LRP6和NRG1_ERBB3配体-受体对增强癌细胞干性和侵袭性的机制	样本量较小(仅3例ARMM患者)，需要更大规模的研究验证发现	探究肛门直肠恶性黑色素瘤(ARMM)的肿瘤微环境特征及其治疗抵抗机制	肛门直肠恶性黑色素瘤(ARMM)患者肿瘤组织和血液样本	数字病理学	肛门直肠恶性黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	3例ARMM患者样本，结合GEO数据库皮肤黑色素瘤数据集
3068	2025-07-05	Hyperactivated Interferon-gamma Pathways in Perianal Fistulizing Crohn's Disease by Single-Cell and Spatial Multi-omics 2025-Jul-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI193413 PMID:40608410	研究论文	通过单细胞和空间多组学技术研究肛周瘘管型克罗恩病中干扰素-γ通路的过度激活	首次在肛周瘘管型克罗恩病中发现了干扰素-γ通路的全局性过度激活，并揭示了其由致病性Th17细胞和过度表达LPS特征的髓系细胞驱动的机制	样本量相对较小（PCD患者24例），且未探讨干扰素-γ阻断治疗的实际效果	阐明肛周瘘管型克罗恩病的免疫学发病机制并寻找潜在治疗靶点	肛周瘘管型克罗恩病患者（PCD）、无肛周病变的克罗恩病患者（NPCD）和特发性/隐窝腺性肛周瘘管患者（IPF）	免疫学	克罗恩病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术（CyTOF）、空间转录组学（ST）	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据	63例患者（PCD 24例，NPCD 10例，IPF 29例）
3069	2025-07-05	Rationale, design and baseline characteristics of REMODEL, a mechanism-of-action trial with semaglutide in people with type 2 diabetes and chronic kidney disease 2025-Jul-03, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfaf114 PMID:40608494	研究论文	REMODEL试验旨在研究GLP-1受体激动剂semaglutide在2型糖尿病和慢性肾病患者中的肾脏特异性效应及其作用机制	采用多模态MRI评估肾脏氧合、灌注和炎症变化，并结合单核及空间转录组学等先进组织学分析技术探索semaglutide的作用机制	样本量较小（总样本106例，其中活检亚组33例），且随访时间较短（52周）	阐明semaglutide在2型糖尿病合并慢性肾病患者中的肾脏保护作用机制	2型糖尿病合并慢性肾病的成年患者（HbA1c≤9%，eGFR 30-75 mL/min/1.73m²，UACR≥20mg/g）	临床医学	2型糖尿病/慢性肾病	MRI功能成像/单核转录组学/空间转录组学/组织病理学分析	随机双盲安慰剂对照试验	临床指标/影像学数据/组织学数据	106例患者（来自8个国家），其中33例完成肾脏活检
3070	2025-07-05	scVDM: A Diffusion Model Integrated with Conditional VAE for Generative Single-cell Tasks 2025-Jul-03, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3585960 PMID:40608883	研究论文	本文提出了一种名为scVDM的潜在扩散模型，结合了基于transformer的条件去噪器，用于学习单细胞数据中的三种生成任务	scVDM模型整合了条件VAE和transformer，能够处理单细胞RNA-seq数据中的高维非线性关系，并在条件数据生成、批次效应校正和药物扰动预测等任务中表现出色	未提及模型在更大规模数据集上的泛化能力或计算资源需求	开发一种能够处理单细胞RNA-seq数据中复杂关系的生成模型	单细胞RNA-seq数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	扩散模型(结合条件VAE和transformer)	基因表达数据	五个真实世界数据集(未提供具体样本数量)
3071	2025-07-05	Dissecting FAP+ Cell Diversity in Pancreatic Cancer Uncovers an Interferon-Response Subtype of Cancer-Associated Fibroblasts with Tumor-Restraining Properties 2025-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3252 PMID:40215177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胰腺导管腺癌(PDAC)中表达成纤维细胞激活蛋白-α(FAP)的间质细胞，发现了一种新型干扰素反应性癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型，并揭示了其在抑制肿瘤进展中的作用	首次发现并描述了干扰素反应性癌症相关成纤维细胞(ifCAF)亚型，证实了STING激动剂可诱导ifCAF表型并抑制肿瘤侵袭性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	解析PDAC中间质细胞的异质性并探索其调控机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的FAP+间质细胞	肿瘤微环境研究	胰腺癌	单细胞RNA测序，类器官共培养模型	NA	单细胞转录组数据	人类PDAC样本(具体数量未明确说明)
3072	2025-07-05	NEDDylation Regulates CD8+ T-cell Metabolism and Antitumor Immunity 2025-Jul-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0127 PMID:40261130	研究论文	本研究探讨了NEDDylation在CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用	揭示了NEDDylation作为CD8+ T细胞代谢和抗肿瘤免疫的关键调控机制	未涉及NEDDylation在其他免疫细胞类型中的作用	阐明NEDDylation在抗肿瘤免疫中的精确作用	CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、LC MS/MS蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠和人类CD8+ T细胞
3073	2025-07-05	Combining Spatial Transcriptomics, Pseudotime, and Machine Learning Enables Discovery of Biomarkers for Prostate Cancer 2025-Jul-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0269 PMID:40293712	研究论文	本研究结合空间转录组学、伪时间和机器学习技术，发现了前列腺癌的生物标志物	利用空间转录组学数据构建伪时间模型，结合机器学习识别前列腺癌的生物标志物	需要在前瞻性研究中进一步验证这些生物标志物的诊断潜力	发现可用于前列腺癌早期诊断的生物标志物	前列腺癌患者和对照组的血清、前列腺组织和尿液样本	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	机器学习模型	mRNA、IHC和蛋白质组学数据	超过2000名前列腺癌患者和对照组的样本
3074	2025-07-05	Single-cell omics in plant biology: mechanistic insights and applications for crop improvement 2025-Jul-02, Advanced biotechnology DOI:10.1007/s44307-025-00074-8 PMID:40593253	review	本文综述了单细胞组学技术在植物生物学中的应用及其对作物改良的潜在影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）等技术揭示了不同细胞群体的独特表达谱，促进了新细胞类型的识别和基因调控网络的阐明	NA	探讨单细胞组学技术在植物发育、细胞异质性和环境响应机制研究中的应用，以及其在作物改良和育种策略中的潜力	模型植物如拟南芥（Arabidopsis thaliana）以及主要农作物和园艺植物	植物生物学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞组学数据	NA
3075	2025-07-05	Unveiling diagnostic biomarkers and therapeutic targets in lung adenocarcinoma using bioinformatics and experimental validation 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05227-2 PMID:40595823	研究论文	通过生物信息学和实验验证揭示肺腺癌的诊断生物标志物和治疗靶点	整合差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）和机器学习方法，筛选出核心基因ST14，并验证其与临床预后、药物反应性和免疫浸润的关联	研究依赖于公共数据库数据，实验验证样本量未明确说明	寻找肺腺癌的诊断标志物和治疗靶点	肺腺癌（LUAD）	生物信息学	肺癌	差异基因表达分析、WGCNA、随机森林算法、单细胞RNA测序	随机森林	基因表达数据	未明确说明样本量，但涉及29种细胞亚型
3076	2025-07-05	A single-cell atlas of the murine limb skeleton integrating the developmental and adult stages 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05277-6 PMID:40596066	research paper	该研究整合了10个小鼠单细胞RNA测序数据集，创建了一个包含133,332个细胞的肢体骨骼细胞图谱，涵盖了从肢体诱导到成年骨形成的39种细胞类型和状态	填补了当前参考图谱项目中骨骼系统的空白，提供了一个全面的肢体骨骼细胞图谱，支持更完整的细胞间通讯和计算机模拟扰动研究	仅关注小鼠肢体骨骼系统，可能无法完全代表其他物种或骨骼系统的其他部分	解决骨骼系统在生物体范围图谱中的代表性不足问题，为骨骼生物学、代谢和再生医学研究提供资源	小鼠肢体骨骼细胞及其发育前体细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	133,332个细胞
3077	2025-07-05	Genotype-integrated single-cell transcriptome analysis reveals the role of DDX41 pR525H in a patient with myelodysplastic neoplasms 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06477-w PMID:40596075	研究论文	该研究通过整合基因型的单细胞转录组分析，揭示了DDX41 pR525H在骨髓增生异常肿瘤患者中的作用	首次在携带DDX41种系和体细胞变异的骨髓增生异常肿瘤患者中，结合单细胞RNA测序和基因分型技术，揭示了pR525H变异通过G2/M细胞周期阻滞和R-loop积累影响红细胞生成的分子机制	研究仅基于一个病例报告，样本量有限，且未建立能够完全模拟人类疾病表型的细胞或动物模型	阐明DDX41变异在骨髓增生异常肿瘤发病机制中的分子作用	携带DDX41种系和体细胞变异的骨髓增生异常肿瘤患者	基因组学	骨髓增生异常肿瘤	单细胞RNA测序, Terminator-Assisted Solid-phase cDNA扩增测序	NA	RNA-seq数据	1例患者
3078	2025-07-05	Endothelial cells expressing CPE and vWF are involved in the Immunopathogenesis of primary biliary cholangitis 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07311-z PMID:40596471	研究论文	本研究探讨了表达CPE和vWF的内皮细胞在原发性胆汁性胆管炎（PBC）免疫发病机制中的作用	发现了一种新定义的CPE vWF内皮细胞亚群，并揭示了其通过APP-CD74轴与胆管细胞相互作用，以及MIF和CD74在PBC中的促炎作用	研究中存在一种未明确的内皮细胞类型，其作用机制尚未完全阐明	探究肝窦内皮细胞（LSECs）在PBC发病机制中的潜在作用	原发性胆汁性胆管炎患者的内皮细胞和胆管细胞	数字病理学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	PBC患者与对照组（CTR）的比较
3079	2025-07-05	Automated integration of multi-slice spatial transcriptomics data in 2D and 3D using VR-Omics 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03630-6 PMID:40598307	研究论文	开发了一个名为VR-Omics的平台无关软件，用于自动化处理和集成多切片空间转录组数据	VR-Omics提供了首个全面且直观的解决方案，用于自动化集成和分析2D和3D多切片数据	未提及具体的技术或应用限制	解决空间转录组学领域缺乏自动化多切片数据集成和分析工具的问题	多切片空间转录组数据	数字病理学	小儿心脏横纹肌瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
3080	2025-07-05	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's disease 2025-Jul-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征(cSjD)中干扰素富集的单核细胞亚群中SUV3表达减少的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内研究验证	阐明SUV3表达减少在cSjD发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序, fCLIP-qPCR, TEM, J2抗dsRNA抗体检测	基因敲低模型	RNA测序数据, 显微镜图像	cSjD患者单核细胞样本(具体数量未明确说明)