单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3061	2025-04-04	A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience 2025-Mar-29, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006 PMID:40164433	教程	本文为神经科学领域中的单细胞转录组数据分析提供实用指南	专注于神经科学中的scRNA-seq数据分析，提供从质量控制到差异表达分析的完整工作流程，并强调结果的生物学解释	主要基于Seurat R包进行分析，可能未涵盖其他分析工具或方法	提高神经科学中scRNA-seq研究的可靠性和可重复性，支持对细胞机制和脑功能及疾病的研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经系统疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3062	2025-04-04	Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach 2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntaf075 PMID:40177951	研究论文	本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区（VTA）脑区中尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）的组成和分布	首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布，并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成	C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞	神经科学	NA	单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	6只小鼠的53,855个VTA细胞
3063	2025-04-04	LSD1 inhibition corrects dysregulated MHC-I and dendritic cells activation through IFNγ-CXCL9-CXCR3 axis to promote antitumor immunity in HNSCC 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643710 PMID:40166238	研究论文	本研究探讨了LSD1抑制在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中通过IFNγ-CXCL9-CXCR3轴调节MHC-I和树突状细胞激活以促进抗肿瘤免疫的机制	发现LSD1抑制通过上调MHC-I和诱导树突状细胞产生CXCL9，进而通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8+ T细胞产生IFNγ，揭示了LSD1在抗肿瘤免疫中的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明LSD1在HNSCC抗肿瘤免疫中的作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）小鼠模型和人类HNSCC细胞	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA-seq分析	小鼠HNSCC模型、人类HNSCC细胞与PBMCs共培养模型	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类PBMCs共培养实验
3064	2025-04-04	Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD 2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643146 PMID:40161827	研究论文	本文介绍了一种名为CONCORD的自监督对比学习框架，用于单细胞RNA测序数据的降维和整合	CONCORD通过概率性、数据集和邻域感知的采样策略，提高了细胞状态的分辨率并减少了批次效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观的复杂结构解析问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNAseq	对比学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
3065	2025-04-04	Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia 2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.14.25323827 PMID:40162239	研究论文	该研究通过整合遗传分析和单核RNA测序，揭示了精神分裂症中线粒体功能障碍等细胞类型特异性病因相关扰动	整合遗传分析与单核RNA测序技术，首次在精神分裂症中系统揭示了不同神经元亚型及胶质细胞的转录组变化与线粒体功能障碍的关联	样本量相对有限（43例患者和42例对照），且仅分析了背侧前额叶皮层（Brodmann Area 8/9）区域	阐明精神分裂症的细胞类型特异性分子机制	精神分裂症患者和神经典型对照的背侧前额叶皮层组织	神经科学	精神分裂症	单核RNA-seq（snRNA-seq）、表达数量性状位点分析（eQTL）、全转录组关联分析（TWAS）	NA	转录组数据	85例（43例精神分裂症患者和42例对照）的536,618个细胞核
3066	2025-04-04	Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643116 PMID:40161601	research paper	该研究探讨了AIMP蛋白家族在胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤中对抗血管生成治疗反应的影响	首次揭示了AIMP1/2/3在胶质瘤血管生成中的作用，并发现AIMP2可作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物	研究为回顾性分析，需要前瞻性临床试验验证AIMP2的预测价值	探索AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测标志物的潜力	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	digital pathology	glioblastoma	multi-omic分析（转录组学、表观遗传学、蛋白质组学）和单细胞转录组学	Cox比例风险模型	转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据和单细胞转录组数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集
3067	2025-04-04	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Feb-22, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	该研究通过分析1012个mCRPC组织样本，识别了与临床结果相关的五种基因表达通路簇，并探讨了其预后意义	首次全面分析了mCRPC中预后相关基因表达通路，并揭示了AR信号丢失、高增殖和糖酵解表型作为不良预后通路	仅272例患者有生存数据，样本量相对有限	探究mCRPC中基因表达通路与临床预后的关联	转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个mCRPC组织样本(来自769名患者)
3068	2025-04-04	CENPF as a Potential Biomarker Associated with the Immune Microenvironment of Renal Cancer 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251330791 PMID:40165474	研究论文	本研究探讨了中心粒蛋白F（CENPF）作为肾癌潜在预后生物标志物的作用及其与肿瘤免疫微环境的关系	首次发现CENPF在肾癌中的高表达与不良预后相关，并揭示了其与特定免疫细胞亚群的关联	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性研究进一步验证	探索肾癌的新型预后生物标志物及其在肿瘤免疫微环境中的作用	肾癌患者（包括KIRC、KICH和KIRP亚型）的组织和血浆样本	数字病理学	肾癌	qPCR、单细胞测序、CIBERSORT算法	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的肾癌样本及GSE159115数据集
3069	2025-04-04	Enhancing pancreatic cancer treatment: the role of H101 oncolytic virus in irreversible electroporation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546242 PMID:40170848	研究论文	本研究探讨了H101溶瘤病毒与不可逆电穿孔（IRE）联合治疗胰腺癌的效果及其机制	首次提出将H101溶瘤病毒作为IRE治疗的补充疗法，通过激活JNK-MAPK通路增强治疗效果	研究主要基于细胞实验和小鼠模型，尚未进行临床试验	提高胰腺癌治疗效果	胰腺癌细胞和小鼠模型	肿瘤治疗	胰腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	小鼠皮下肿瘤模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
3070	2025-04-04	A Noninvasive Menstrual Blood-Based Diagnostic Platform for Endometriosis Using Digital Droplet Enzyme-Linked Immunosorbent Assay and Single-Cell RNA Sequencing 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0652 PMID:40171018	research paper	开发了一种基于月经血的无创诊断平台，用于子宫内膜异位症的检测，结合了数字液滴酶联免疫吸附试验（ddELISA）和单细胞RNA测序技术	首次将月经血作为无创诊断样本，开发了高灵敏度的ddELISA方法，并结合单细胞RNA测序验证了月经血中子宫内膜细胞的炎症和免疫特性与子宫内膜异位症病变相似	研究中未提及样本的具体数量，且新方法的临床实用性尚需进一步验证	开发一种高特异性、无创的体外诊断方法，用于子宫内膜异位症的检测	月经血中的遗传和炎症标志物	digital pathology	endometriosis	digital droplet enzyme-linked immunosorbent assay (ddELISA), single-cell RNA sequencing	NA	genetic and inflammatory markers, RNA sequencing data	NA
3071	2025-04-04	Spatial genomics reveals cholesterol metabolism as a key factor in colorectal cancer immunotherapy resistance 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549237 PMID:40171265	研究论文	该研究利用空间转录组学技术揭示了胆固醇代谢在结直肠癌免疫治疗耐药中的关键作用	首次通过空间转录组学技术系统分析了肿瘤微环境中胆固醇代谢与免疫治疗耐药的关系	研究样本量相对较小(16个肿瘤)，且基于小鼠模型(Mc38)的结果需要进一步在人类样本中验证	探索结直肠癌免疫检查点抑制剂(ICI)治疗耐药的分子机制	MC38同源肿瘤模型(小鼠结直肠癌模型)	空间转录组学	结直肠癌	空间转录组学、bulk-RNA测序	MC38同源肿瘤模型	空间转录组数据、bulk-RNA测序数据	16个肿瘤样本，48,636个转录组测序点
3072	2025-04-04	Uncovering the heterogeneity of NK cells on the prognosis of HCC by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1570647 PMID:40171266	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了自然杀伤细胞(NK细胞)在肝细胞癌(HCC)预后中的异质性	首次基于NK细胞标志物建立了两基因预后特征，并揭示了其在肿瘤微环境(TME)中的作用，为免疫治疗策略提供了新见解	研究样本量有限，且仅基于特定数据集进行分析	探究NK细胞在HCC肿瘤微环境中的作用及其预后价值	肝细胞癌(HCC)患者及其肿瘤微环境中的NK细胞	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), WGCNA, ssGSEA	预后风险评分模型	RNA-seq数据	来自GSE149614和TCGA数据集的样本(具体数量未明确说明)
3073	2025-04-04	Single-Cell Multiomics Identifies Glycan Epitope LacNAc as a Potential Cell-Surface Effector Marker of Peripheral T Cells in Bladder Cancer Patients 2024-12-20, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.4c00635 PMID:39582226	研究论文	该研究通过单细胞多组学技术，鉴定出糖基化表位LacNAc作为膀胱癌患者外周T细胞的潜在表面效应标记物	首次系统整合了单细胞转录组、T细胞受体(TCR)库和糖基化表位LacNAc分析，揭示了LacNAc在外周T细胞中的新功能	研究仅针对膀胱癌患者，未验证其他癌症类型中LacNAc的功能	探索外周血免疫细胞在肿瘤进展中的表型变化及其分子机制	膀胱癌患者的外周血T细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞多组学分析、化学酶标记、DNA条形码	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据、糖基化数据	膀胱癌患者的外周血样本
3074	2025-04-04	Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids 2024-Nov-26, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-04124-z PMID:39592612	研究论文	本研究利用来自正常和RPGR突变的人类诱导多能干细胞(hiPSC)在四个发育阶段(40、90、150和200天)的视网膜类器官(ROs)，通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了71,096个细胞，探索RPGR相关视网膜变性的机制	首次提供了RPGR相关视网膜色素变性患者来源的视网膜类器官的单细胞转录组数据集，为探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制提供了数据资源和参考	研究仅针对RPGR相关视网膜色素变性，可能无法推广到其他类型的视网膜疾病	探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制，支持靶向治疗的开发	来自正常和RPGR突变的人类诱导多能干细胞(hiPSC)的视网膜类器官(ROs)	数字病理学	视网膜色素变性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	71,096个细胞(33,839个来自对照组，37,257个来自RPGR突变组)
3075	2025-04-04	Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages 2024-Nov-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181686 PMID:39405117	研究论文	本研究揭示了PADI2和PADI4在脓毒症诱导的急性肺损伤(ALI)中的关键作用及其通过调控NLRP3+巨噬细胞促进炎症消退和组织修复的机制	首次发现PADI2和PADI4双敲除通过抑制NLRP3+促炎巨噬细胞并促进Chil3+髓系细胞向抗炎巨噬细胞分化来改善脓毒症ALI，揭示了PADIs/NLRP3/Ym1通路作为潜在治疗靶点	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体作用机制	铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型	免疫学	脓毒症/急性肺损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)，基因敲除实验	基因敲除小鼠模型(Padi2-/- Padi4-/- DKO)	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型
3076	2025-04-04	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-Nov-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	research paper	该研究探讨了来那度胺诱导的纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）与红细胞上MHC-I分子表达升高的关联	揭示了来那度胺通过增加红细胞MHC-I表达，进而激活CD8 T细胞导致PRCA的新机制	研究基于单个病例，需要更大样本验证	探究来那度胺治疗导致PRCA的分子机制	多发性骨髓瘤患者	血液病学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1例多发性骨髓瘤患者
3077	2025-04-04	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624210 PMID:39605632	研究论文	本文通过器官靶向单细胞RNA测序技术，揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的主导作用，为探索非传统机械活性器官（如脂肪组织）中的机械感觉功能开辟了新途径	研究主要基于小鼠模型，人类脂肪组织中PIEZO2的功能尚需进一步验证	阐明脂肪组织中感觉传入神经的分子机制	脂肪组织感觉神经支配的背根神经节（DRG）神经元	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3078	2025-04-04	Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling 2024-10-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019 PMID:39321807	研究论文	通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据分析，识别了人类最近胸腺迁出细胞（RTE）的表面标记物CD38，并研究了其在年龄相关T细胞重塑中的作用	首次通过CD38蛋白表达明确识别CD8和CD4 RTE，并揭示了年龄相关的转录重编程和细胞因子产生的变化	研究样本量相对有限（158人），且未涉及不同疾病状态下的RTE变化	探索人类最近胸腺迁出细胞（RTE）的精确定义及其在免疫衰老中的作用	人类T细胞，特别是CD8和CD4 RTE	免疫学	NA	单细胞RNA-seq/ATAC-seq，光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据，表观遗传数据	158名个体
3079	2025-04-04	Enhancing Endogenous Hyaluronic Acid in Osteoarthritic Joints with an Anti-Inflammatory Supramolecular Nanofiber Hydrogel Delivering HAS2 Lentivirus 2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202400542 PMID:38593309	研究论文	开发了一种超分子纳米纤维水凝胶HAS2@DexP-Gel，用于增强骨关节炎关节内源性透明质酸的产生并抑制滑膜炎症	使用地塞米松磷酸钠作为载体递送编码透明质酸合成酶2的慢病毒，通过调节滑膜细胞亚群比例和滑膜成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用优化滑膜组织微环境	研究仅在动物模型中进行，尚未进行人体临床试验	开发一种新型水凝胶治疗策略，用于骨关节炎的治疗	骨关节炎小鼠模型	生物医学工程	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
3080	2025-04-04	Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614811 PMID:39386686	research paper	该研究探讨了肥胖与乳腺癌预后之间的关系，以及TREM2在瘦弱、肥胖和减肥小鼠中对乳腺癌肿瘤生长的影响	揭示了TREM2缺乏在瘦弱小鼠中减缓肿瘤生长的机制，并发现了肥胖和减肥条件下免疫反应的显著差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索肥胖与乳腺癌预后之间的机制，以及TREM2抑制的潜在疗效	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型中的乳腺癌肿瘤	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序，VDJ测序	基因功能缺失模型	RNA测序数据，免疫细胞数据	瘦弱、肥胖和减肥小鼠模型