单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3041	2025-06-10	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了鼻咽癌细胞在EBV裂解诱导下的不同反应状态，特别是发现了一种与癌症干细胞相似的抗诱导细胞状态	首次在单细胞水平上鉴定了EBV裂解诱导不敏感的细胞状态，并发现SOX2和NTRK2在这一状态中的关键作用	研究仅使用了NPC43细胞系，未在更多临床样本或体内模型中验证	探究鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导疗法的不同反应机制	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	基因表达数据	NPC43细胞系
3042	2025-06-10	sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03356-6 PMID:40155530	研究论文	该研究揭示了sEV介导的MGAT4A高表达与低表达肿瘤细胞间通过HOTAIRM1/miR-196b-5p轴促进CTCL中凋亡抗性的机制	首次发现HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在CTCL中的调控作用，并开发了工程化sEVs用于靶向治疗	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探究CTCL中凋亡抗性的分子机制并开发靶向治疗策略	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)细胞和良性CD4+T细胞	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤	全转录组测序、scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
3043	2025-06-10	Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics 2025-Jun, Journal of reproductive immunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jri.2025.104527 PMID:40203595	研究论文	通过生物信息学方法研究线粒体相关基因与子痫前期（PE）的关联及其与免疫细胞浸润的相关性	识别了五个关键线粒体相关基因（MOCS1、CYP11A1、GATM、SFXN3和BCL2L11），并发现它们与PE的诊断准确性及免疫细胞浸润相关，其中CYP11A1可能是HELLP综合征的潜在生物标志物	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受限于样本量和数据质量	探索线粒体相关基因在子痫前期中的作用及其调控机制	子痫前期（PE）患者及其胎盘组织	生物信息学	子痫前期	LASSO回归分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞测序分析、免疫荧光染色	LASSO回归	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906）
3044	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Jun, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3045	2025-06-10	Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma 2025-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70125 PMID:40462294	研究论文	通过空间转录组学技术研究早期皮肤鳞状细胞癌（SCC）侵袭部分与前恶性部分的肿瘤微环境差异	首次使用NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）技术对早期皮肤SCC的侵袭和前恶性部分的基因表达模式进行空间转录组学比较	样本量较小（17例患者），且为回顾性研究	探究皮肤SCC从前期病变（AK）向恶性转变过程中肿瘤微环境的基因表达变化	早期皮肤SCC组织样本中的肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学（NanoString GeoMx DSP）	NA	基因表达数据	17例早期皮肤SCC患者的组织样本
3046	2025-06-10	DDR2-mediated autophagy inhibition contributes to angiotensin II-induced adventitial remodeling 2025-Jun, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70361 PMID:40468620	研究论文	研究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中通过抑制自噬促进成纤维细胞表型转换的作用	揭示了DDR2通过PI3K/Akt/mTOR通路抑制自噬，进而促进成纤维细胞表型转换和外膜重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究DDR2在血管紧张素II诱导的外膜重塑中的作用机制	血管外膜成纤维细胞(AFs)	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠(具体数量未明确说明)
3047	2025-06-10	Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation 2025-May-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05079-5 PMID:40425564	研究论文	本研究通过从携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者诱导多能干细胞(iPSCs)生成视网膜类器官，并进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)，以研究Stargardt病的发病机制	使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，并进行纵向scRNA-seq分析，为研究Stargardt病提供了新的模型和数据集	研究仅针对中国STGD患者中最常见的ABCA4变异，可能无法涵盖所有突变类型	研究Stargardt病(ABCA4基因突变相关)的发病机制和视网膜发育过程	从患者iPSCs生成的视网膜类器官	遗传病研究	Stargardt病(遗传性视网膜变性)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 诱导多能干细胞(iPSCs)技术	视网膜类器官模型	单细胞转录组数据	多个发育阶段(40, 90, 150, 200和260天)的视网膜类器官样本
3048	2025-06-10	Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653860 PMID:40463072	研究论文	本文研究了选择性抑制GSK3α如何通过BRD0705促进不同类型干细胞（包括小鼠胚胎干细胞、外胚层干细胞和神经干细胞）的长期自我更新	发现选择性抑制GSK3α（而非泛GSK3α/β抑制）能独立于β-catenin信号通路促进干细胞的自我更新，并开发了一种BRD0705/IWR1混合培养系统，可稳定共培养多种多能干细胞状态	研究主要基于小鼠干细胞模型，尚未在人类干细胞中验证	探索GSK3α选择性抑制对干细胞自我更新的调控机制	小鼠胚胎干细胞（ESCs）、外胚层干细胞（EpiSCs）和神经干细胞（NSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验	NA	转录组数据、表观基因组数据	多种小鼠干细胞系
3049	2025-06-10	Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy 2025-May-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842 PMID:40187353	research paper	通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	发现了基于扩增的CD8克隆的响应特征，能够区分响应者与非响应者，并揭示了克隆转录状态与患者响应之间的差异	研究仅涉及6种癌症类型，样本量虽大但可能不足以覆盖所有癌症类型的T细胞克隆动态	探究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关联	767,606个T细胞，来自460个样本，涵盖6种癌症类型	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing, T cell receptor sequencing	NA	RNA-seq data	767,606个T细胞，460个样本，6种癌症类型
3050	2025-06-10	Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653038 PMID:40463045	research paper	提出了一种名为scCellFie的计算框架，用于从人和小鼠的转录组数据中推断单细胞和空间分辨率的代谢活动	开发了scCellFie框架，能够从转录组数据中推断代谢活动，填补了直接测量单细胞和空间分辨率代谢活动的技术空白	依赖于转录组数据推断代谢活动，可能无法完全反映实际的代谢状态	开发一种计算工具，用于从转录组数据中推断代谢活动，以研究细胞功能和通讯	人和小鼠的细胞	computational biology	endometriosis, endometrial carcinoma	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	scCellFie	transcriptomic data	约3000万个细胞图谱
3051	2025-06-10	Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653730 PMID:40463227	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了化疗后转录组水平上不同的衰老类型和静止-衰老连续体	结合时间推移成像和单细胞RNA测序技术，区分了静止和衰老状态，并发现了两种不同的衰老途径	研究仅基于etoposide处理后的细胞，可能不适用于其他化疗药物	区分化疗后细胞的静止和衰老状态，并研究其转录组特征	化疗处理后的细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序, 时间推移成像	伪时间轨迹分析	转录组数据, 图像数据	NA
3052	2025-06-10	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-05-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	research paper	研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，并揭示了重编程过程中的基因调控网络	开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了影响重编程效率的关键转录因子和信号通路	重编程过程的随机性限制了其效率，且研究仅针对特定转录因子和信号通路	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3053	2025-06-10	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴顶端调节因子在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并探讨了其通过IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理机制	发现了HCK作为COPD候选基因的新机制，即通过调节非传统T细胞轴（Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD患者中的直接证据尚待进一步验证	探究HCK在COPD发病机制中的具体作用及其调控通路	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	组织病理学数据、流式细胞数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本量，使用基因靶向小鼠模型进行研究
3054	2025-06-10	The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70347 PMID:40462502	研究论文	研究OTUD3通过去泛素化PLK1在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用	首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用	NA	探讨OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	小鼠神经元及脑组织	神经科学	脑缺血	共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、体外实验	氧糖剥夺模型(OGD/R)	实验数据	小鼠神经元及脑组织
3055	2025-06-10	Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.18.649575 PMID:40488132	研究论文	通过泛癌分析发现异位RUNX1T1与谱系可塑性相关	首次利用HOX代码量化癌症细胞的谱系可塑性，并识别出RUNX1T1作为泛癌标记物和谱系可塑性的关键介质	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步实验验证RUNX1T1的功能机制	研究癌症谱系可塑性的分子标记及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的作用	114种癌症类型的80,000多个RNA测序样本	生物信息学	泛癌（包括前列腺癌、肺癌和急性髓系白血病）	RNA测序（包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	超过80,000个RNA测序样本
3056	2025-06-10	Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751 PMID:39909111	研究论文	本研究旨在建立一个转录组特征来区分非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者的轻度或晚期纤维化，并监测疾病进展	通过差异基因表达分析确定了11个枢纽基因的特征，这些基因能够帮助识别NAFLD患者的纤维化阶段和疾病进展	研究依赖于公共数据库中的转录组数据，可能受到样本量和数据质量的限制	建立转录组特征以区分NAFLD患者的纤维化阶段和监测疾病进展	非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）患者	数字病理学	非酒精性脂肪性肝病	转录组分析	LASSO回归	转录组数据	六个批量转录组数据集和三个批量及一个单细胞转录组数据集
3057	2025-06-10	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文探讨了癌症遗传范式面临的挑战，并提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素在肿瘤发生中的作用	挑战了癌症作为‘遗传疾病’的传统观点，提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传因素的重要性	未提供具体的实验数据或模型验证，更多是理论探讨	探讨癌症发生的非遗传因素，解决遗传范式与生物现实之间的不一致	癌症组织和正常组织的基因组测序及单细胞转录组数据	肿瘤生物学	癌症	基因组测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
3058	2025-06-10	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	本研究通过修改PANoptosis模型，识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	识别了与广泛凋亡相关的五个差异表达基因作为膀胱癌患者预后的预测特征，并构建了风险模型	研究依赖于临床基因组数据库的数据，可能存在数据偏差	研究广泛凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组数据分析、单细胞测序分析	PANoptosis模型、最小绝对收缩分析	转录组数据、临床信息	NA
3059	2025-06-10	Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065 PMID:38753488	研究论文	提出了一种基于患者数据库中的scRNA-seq数据检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的方案	利用单细胞测序数据评估肿瘤免疫微环境、肿瘤纯度及异常信号传导和代谢途径	未提及具体样本量或数据集的局限性	评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路	肿瘤组织	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
3060	2025-06-10	Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050 PMID:38703368	研究论文	介绍了一种结合DRaqL和Smart-seq2的高质量单细胞RNA测序协议，适用于酒精固定的小鼠卵巢切片	提出了DRaqL-Smart-seq2协议，能够从酒精固定的组织切片中获取高质量的单细胞RNA测序数据，并提供了适用于福尔马林固定切片的可选方案	协议主要针对小鼠卵巢切片，未涉及其他组织或物种的验证	开发一种高质量的单细胞RNA测序方法，适用于不同类型的固定组织切片	酒精固定和福尔马林固定的小鼠卵巢切片	单细胞测序	NA	scRNA-seq, LCM, Smart-seq2	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提到使用小鼠卵巢切片