单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 3041 - 3060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3041 | 2025-10-06 |
Transdifferentiation of tongue muscle cells into cancer-associated fibroblasts in response to tongue squamous cell carcinoma
2025-Jul-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61951-3
PMID:40695868
|
研究论文 | 本研究揭示了舌鳞状细胞癌中舌肌细胞转分化为癌症相关成纤维细胞的机制 | 首次证实舌肌细胞在TSCC环境中可转分化为CAFs，并发现IL-17a抑制剂可抑制此过程 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限 | 探究舌鳞状细胞癌微环境中细胞转分化机制 | 舌肌细胞和癌症相关成纤维细胞 | 癌症生物学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序，谱系追踪移植实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 4-NQO诱导的TSCC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3042 | 2025-10-06 |
Mitochondria-related gene-based molecular subtypes of lung adenocarcinoma and their prognostic implications
2025-Jul-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-07982-8
PMID:40695869
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研究论文 | 基于线粒体相关基因对肺腺癌进行分子分型并评估其预后意义 | 首次利用线粒体相关基因对肺腺癌进行分子分型，并通过单细胞RNA测序揭示亚型间细胞异质性 | 研究样本量有限（515例），且为回顾性分析 | 探索线粒体相关基因在肺腺癌分型及预后预测中的价值 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序，XGBoost分类器 | XGBoost | 基因表达数据 | 515例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3043 | 2025-10-06 |
Beyond the nuclear border: single-cell analysis of in situ sequenced human brain tissue using cellular features
2025-Jul-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08518-6
PMID:40696148
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于细胞形态学的靶向转录本分配方法，用于优化FFPE保存的人脑组织原位测序数据分析 | 整合荧光成像数据指导转录本分配，结合核边界和扩展核边界分割方法，提高微胶质细胞检测数量和转录本分配特异性 | 研究主要针对形态复杂的中枢神经系统，方法在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 优化原位测序数据分析中的转录本分配策略，提高细胞分割和转录本定位的准确性 | 福尔马林固定石蜡包埋的人脑尸检组织 | 空间转录组学 | NA | 原位测序，荧光成像 | NA | 空间转录组数据，荧光成像数据 | NA | NA | 原位测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 3044 | 2025-10-06 |
FedscGen: privacy-preserving federated batch effect correction of single-cell RNA sequencing data
2025-Jul-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03684-6
PMID:40696440
|
研究论文 | 提出一种基于隐私保护的联邦学习方法FedscGen，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正 | 结合安全多方计算技术，在scGen模型基础上开发了通信效率高的联邦学习方法，支持新研究的集成 | NA | 解决单细胞RNA测序数据批次效应问题，同时保护基因组隐私 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | scGen, 联邦学习 | 基因表达数据 | 人类胰腺数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3045 | 2025-10-06 |
A single-cell transposable element atlas of human cell identity
2025-Jul-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101086
PMID:40543500
|
研究论文 | 开发了一种用于单细胞转座子元件位点水平分析的计算工具Stellarscope，并构建了人类PBMCs中转座子元件表达的图谱 | 首次在单细胞水平系统分析转座子元件表达，发现位点特异性转座子元件能够区分细胞类型和识别标准mRNA表达谱无法识别的细胞亚群 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 研究转座子元件在人类生物学中的影响 | 人类外周血单个核细胞(PBMCs) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 期望最大化算法 | 单细胞RNA测序数据 | 未在摘要中明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3046 | 2025-10-06 |
Automated denoising of CITE-seq data with ThresholdR
2025-Jul-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101088
PMID:40633544
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研究论文 | 开发了一种用于CITE-seq数据自动去噪的R工具ThresholdR | 提出首个专门针对CITE-seq中抗体衍生标签数据自动去噪的工具，能够可靠地分离信号与噪声 | NA | 解决CITE-seq数据中抗体衍生标签的技术噪声问题 | CITE-seq数据中的抗体衍生标签信号 | 单细胞测序数据分析 | NA | CITE-seq, 单细胞RNA测序 | 阈值算法 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, CITE-seq | NA | NA |
| 3047 | 2025-10-06 |
Integrating scRNA-seq and spatial transcriptomics to explore the implication of G6PD on immune microenvironment in lymphatic metastasis of breast cancer
2025-Jul-21, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02943-7
PMID:40690087
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探索G6PD在乳腺癌淋巴结转移免疫微环境中的作用 | 首次发现磷酸戊糖途径在乳腺癌转移过程中的激活，并揭示G6PD通过驱动Treg细胞浸润促进淋巴结转移的新机制 | 样本量相对有限（8例患者），需要更大规模研究验证 | 探索G6PD在乳腺癌淋巴结转移免疫微环境形成中的作用机制 | 乳腺癌患者及其转移性腋窝淋巴结组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据,空间基因表达数据 | 8例乳腺癌患者的118,127个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 3048 | 2025-10-06 |
Spatial-scERA: a method for reconstructing spatial single-cell enhancer activity in multicellular organisms
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf684
PMID:40694852
|
研究论文 | 开发了一种名为spatial-scERA的新方法，用于在多细胞生物中重建空间单细胞增强子活性 | 整合平行报告基因检测、单细胞RNA测序和最优传输空间重建，首次实现在3D虚拟样本中单细胞水平映射细胞类型特异性增强子活性 | 仅在果蝇胚胎中使用25个候选增强子进行了评估，需要进一步验证在其他生物系统中的适用性 | 开发能够准确重建增强子空间活动模式的方法 | 多细胞生物中的增强子区域 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 最优传输算法, 平行报告基因检测 | 最优传输模型 | 单细胞转录组数据, 空间重建数据 | 果蝇胚胎中的25个候选增强子 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3049 | 2025-10-06 |
A cluster-based cell-type deconvolution of spatial transcriptomic data
2025-Jul-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf714
PMID:40705925
|
研究论文 | 提出一种基于聚类的空间转录组数据细胞类型反卷积方法DECLUST | 通过识别包含基因表达和空间坐标的空间聚类来保持组织空间结构，并在聚类层面进行反卷积以克服单个点低表达水平的挑战 | 未提及方法在更广泛组织类型或疾病模型中的验证情况 | 开发更准确的空间转录组数据细胞类型反卷积方法 | 人类乳腺癌组织、人类卵巢癌和小鼠脑组织的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌,卵巢癌 | 空间转录组学 | 聚类分析 | 空间转录组数据 | 模拟人类乳腺癌数据集和两个真实数据集（人类卵巢癌、小鼠脑） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3050 | 2025-10-06 |
Machine learning-based integration develops a hypoxia-derived signature for improving outcomes in glioma
2025-Jul-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112023
PMID:40585359
|
研究论文 | 本研究通过机器学习整合开发了缺氧相关基因签名，用于改善胶质瘤患者的预后预测 | 首次基于单细胞RNA测序分析揭示胶质瘤缺氧微环境的细胞异质性通讯，并建立11基因缺氧特征签名 | NA | 开发胶质瘤缺氧相关预后预测工具并指导治疗决策 | 胶质瘤患者 | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 机器学习 | 基因表达数据 | 六个队列的胶质瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3051 | 2025-10-06 |
Immune and Inflammatory Properties of Megakaryocytes
2025-Jul-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14141053
PMID:40710306
|
综述 | 本综述探讨巨核细胞在健康和疾病状态下的免疫与炎症功能特性 | 揭示了巨核细胞通过单细胞RNA测序发现的具有免疫功能的亚群，这些细胞表达免疫标志物并参与病原体吞噬和抗原呈递 | NA | 系统总结巨核细胞新发现的免疫和炎症功能特性 | 巨核细胞及其免疫亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3052 | 2025-10-06 |
A Meta-Review of Spatial Transcriptomics Analysis Software
2025-Jul-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14141060
PMID:40710313
|
综述 | 对空间转录组学分析软件进行系统性评估与比较的元综述 | 整合多个基准测试研究结果，首次系统比较不同软件在四个关键分析领域的性能表现 | 未开发新软件或算法，主要基于现有文献进行总结归纳 | 为研究人员选择适合的空间转录组学分析软件提供指导 | 空间转录组学分析软件 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据与空间坐标数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3053 | 2025-10-06 |
High-precision immune-related plasma proteomics profiling predicts response to immunotherapy in patients with triple-negative breast cancer
2025-Jul-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
研究论文 | 本研究通过高精度血浆蛋白质组学分析预测三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的应答 | 首次发现ARG1、NOS3和CD28血浆蛋白与免疫治疗应答相关，并开发了血浆免疫预测评分系统 | 回顾性研究，样本量相对有限 | 开发非侵入性生物标志物预测三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的应答 | 195名接受抗PD-1免疫治疗的三阴性乳腺癌患者 | 蛋白质组学 | 乳腺癌 | 高精度蛋白质组学分析，单细胞RNA测序 | NA | 血浆蛋白质组数据，单细胞RNA测序数据 | 195名TNBC患者的配对基线、治疗中和治疗后血浆样本 | NA | 蛋白质组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3054 | 2025-10-06 |
Large-scale dependency and drug screens to characterize the therapeutic vulnerabilities of multiple myeloma with 1q
2025-Jul-03, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024025102
PMID:40073369
|
研究论文 | 通过大规模依赖性筛选和药物筛选系统表征1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性 | 首次结合单细胞RNA测序和等基因克隆分离技术揭示1q+与MCL1/PI3K抑制剂敏感性的关联机制 | 未明确1q+具体基因驱动机制及临床转化路径 | 开发1q+多发性骨髓瘤的靶向治疗策略 | 携带1q+染色体异常的多发性骨髓瘤患者样本 | 癌症基因组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序, 大规模依赖性筛选, 药物筛选 | NA | 基因组测序数据, 药物敏感性数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3055 | 2025-10-06 |
scGGC: a two-stage strategy for single-cell clustering through cellular gene pathway construction
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf368
PMID:40698866
|
研究论文 | 提出一种名为scGGC的两阶段单细胞聚类方法，通过构建细胞基因通路整合图自编码器和生成对抗网络技术 | 构建包含细胞-细胞和细胞-基因关系的邻接矩阵来捕捉复杂相互作用，并通过选择高置信度样本进行对抗神经网络训练来提升聚类性能 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类分析中的高维度、噪声和稀疏性挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器, 生成对抗网络 | 基因表达数据 | 九个公开可用的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3056 | 2025-10-06 |
Applications and techniques of single-cell RNA sequencing across diverse species
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf354
PMID:40698863
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在不同物种中的应用和技术进展 | 全面总结了scRNA-seq在模式和非模式物种中的跨物种应用潜力，特别是在生态基因组学等新兴领域的应用 | 存在技术和资金障碍，限制了在非模式生物和复杂细胞组成组织中的应用 | 探讨单细胞RNA测序技术的应用范围和技术发展 | 各种物种的单细胞转录组 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3057 | 2025-10-06 |
Path-MGCN: a pathway activity-based multi-view graph convolutional network for determining spatial domains
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf365
PMID:40698867
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研究论文 | 开发了一种基于通路活性的多视图图卷积网络Path-MGCN，用于空间转录组数据中的空间域识别 | 首次将通路水平功能背景整合到空间域识别中，通过多视图图卷积网络自适应融合空间和功能邻近性信息 | NA | 开发准确且可解释的空间转录组数据分析框架，解析组织异质性 | 人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌组织和鼠脑组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，基因集变异分析 | 多视图图卷积网络，注意力机制，零膨胀负二项式解码器 | 空间转录组数据 | 多个数据集（人类背外侧前额叶皮层、乳腺癌和鼠脑组织） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3058 | 2025-10-06 |
GRANet: a graph residual attention network for gene regulatory network inference
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf349
PMID:40708222
|
研究论文 | 提出一种名为GRANet的图残差注意力网络，用于基因调控网络推断 | 利用残差注意力机制自适应学习复杂基因调控关系，并整合多维生物特征进行更全面的推断 | NA | 改进单细胞水平基因调控网络推断的准确性 | 基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图残差注意力网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3059 | 2025-10-06 |
Multiplexed imaging to reveal tissue dendritic cell spatial localisation and function
2025-Jul, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.14962
PMID:38969618
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综述 | 本文综述了多重成像技术在揭示组织树突状细胞空间定位和功能方面的应用 | 利用新兴的多重成像技术解决传统方法无法提供细胞空间信息的问题，填补了树突状细胞空间定位研究的空白 | 作为综述文章，未包含原始实验数据，主要依赖已有文献进行总结 | 探讨多重成像技术在树突状细胞空间定位和功能研究中的应用 | 组织中的树突状细胞及其亚群 | 数字病理 | NA | 多重成像技术 | NA | 图像数据 | NA | NA | 空间成像技术 | NA | NA |
| 3060 | 2025-10-06 |
M2 Macrophage-Derived Extracellular Vesicles Reprogram Immature Neutrophils into Anxa1hi Neutrophils to Enhance Inflamed Bone Regeneration
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416159
PMID:40277454
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研究论文 | 本研究揭示了M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡通过重编程未成熟中性粒细胞为Anxa1hi中性粒细胞来增强炎症性骨再生 | 首次发现M2巨噬细胞来源的细胞外囊泡可重编程中性粒细胞成熟轨迹，产生具有修复功能的Anxa1中性粒细胞亚群 | NA | 探索M2巨噬细胞在牙周炎骨再生中的作用机制 | 牙周组织中的巨噬细胞和中性粒细胞 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |