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当前共找到 37403 篇文献，本页显示第 3041 - 3060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3041 | 2026-02-02 |
Integrative single‑cell multi‑omics network analysis to elucidate epigenetic regulation in neurodevelopmental disorders
2026-Jan-22, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2026.100395
PMID:41580083
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研究论文 | 本研究提出了一种整合单细胞多组学网络分析框架，用于阐明神经发育障碍中的表观遗传调控机制 | 整合scRNA-seq、scATAC-seq和单细胞DNA甲基化数据，通过相关分析、流形对齐和网络推断构建细胞类型特异性表观遗传调控网络，揭示多模态失调 | 未明确提及具体样本量限制或技术重复性验证细节 | 阐明神经发育障碍中表观遗传和转录失调的分子机制 | 发育中的人和小鼠脑组织以及患者来源的神经祖细胞模型 | 单细胞多组学 | 神经发育障碍 | scRNA-seq, scATAC-seq, 单细胞DNA甲基化测序 | 典型相关分析、流形对齐、潜变量模型、网络推断 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3042 | 2026-02-02 |
Advancing spatial cellular communication inference with ligand diffusion and transport model
2026-Jan-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09413-w
PMID:41501529
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研究论文 | 本研究提出了一种名为SCILD的基于优化框架，用于从空间转录组学数据中以单细胞分辨率推断空间细胞通讯 | SCILD整合了配体扩散、竞争性配体-受体结合和浓度衰减，构建了一个统一的优化模型，并利用神经网络建模和计算机扰动预测下游靶基因 | NA | 开发一种工具以从空间转录组学数据中推断单细胞水平的空间细胞通讯 | 细胞通讯中的配体-受体相互作用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 优化框架与神经网络 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3043 | 2026-02-02 |
Biological and prognostic relevance of A-to-I RNA editing across consensus molecular subtypes of colon cancer
2026-Jan-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-34043-x
PMID:41491064
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研究论文 | 本研究探讨了A-to-I RNA编辑在结肠癌共识分子亚型（CMS）中的生物学和预后相关性 | 首次在结肠癌CMS亚型中系统分析RNA编辑事件，揭示了亚型特异性编辑特征、ceRNA网络及其与肿瘤微环境和化疗耐药性的关联 | 研究基于100例患者的bulk RNA-seq数据，样本量相对有限；单细胞分析仅来自独立队列的II期患者，可能未覆盖所有疾病阶段 | 阐明RNA编辑在结肠癌发生发展中的调控作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 100例不同疾病阶段的结肠癌患者，以及独立队列的II期结肠癌患者单细胞数据 | 生物信息学 | 结肠癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 多变量Cox比例风险模型, ceRNA网络分析 | 转录组数据 | 100例结肠癌患者（bulk RNA-seq）和独立队列的II期结肠癌患者（单细胞RNA-seq） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3044 | 2026-02-02 |
CellCraft: an extensible visual programming application for gene regulatory network inference
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf684
PMID:41452748
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CellCraft的基于Web的应用程序，旨在简化从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的工作流程 | CellCraft提供了直观的图形用户界面和可视化编程接口，简化了复杂多步骤分析的设计与执行，并采用模块化插件架构确保可扩展性 | NA | 开发一个用户友好且可扩展的应用程序，用于单细胞RNA测序数据集的整合基因调控网络分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络推断工具（包括TENET等） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3045 | 2026-02-02 |
Unravelling the progression of the zebrafish primary body axis with reconstructed spatiotemporal transcriptomics
2026-Jan-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03917-8
PMID:41484648
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研究论文 | 本研究提出了一个名为Palette的流程，用于从bulk RNA-seq数据推断详细的空间基因表达模式，并构建了斑马鱼时空表达谱（zSTEP）资源 | 开发了Palette流程，通过平滑、插值和调整基因表达，利用现有空间转录组数据作为唯一参考，从bulk RNA-seq数据重建高分辨率时空表达谱 | 方法依赖于现有空间转录组数据作为参考，且当前空间转录组技术本身存在测序深度低和基因检测有限的问题 | 研究斑马鱼胚胎发育过程中基因表达的时空动态，特别是前后轴发育的调控机制 | 斑马鱼胚胎 | 空间转录组学 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习 | RNA-seq数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 三个发育阶段的53个连续切片bulk RNA-seq数据 | NA | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3046 | 2026-02-02 |
AUTOENCODIX: a generalized and versatile framework to train and evaluate autoencoders for biological representation learning and beyond
2026-Jan, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00916-4
PMID:41366150
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研究论文 | 本文介绍了一个名为AUTOENCODIX的开源框架，旨在为自编码器的预处理、训练和评估提供标准化且灵活的流程 | 提出了一个标准化、多功能且可比较的自编码器训练与评估框架，支持基于本体和跨模态的自编码器架构，增强了嵌入的可解释性和数据模态间的转换能力 | 未在摘要中明确说明具体局限性 | 开发一个通用框架以改进自编码器在生物表示学习中的应用，促进数据驱动研究 | 泛癌研究数据集（如The Cancer Genome Atlas）、单细胞测序数据以及成像数据 | 机器学习 | 癌症 | 自编码器、深度学习方法 | 自编码器（包括基于本体和跨模态的自编码器） | 多模态数据（包括测序数据和成像数据） | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3047 | 2026-02-02 |
Tumor-associated macrophage-specific SERPING1 contributes to M1-phenotype transition and suppress colorectal cancer tumorigenesis via NF-κB pathway
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150144
PMID:41513188
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研究论文 | 本研究探讨了丝氨酸蛋白酶抑制剂SERPING1通过抑制NF-κB通路，促进肿瘤相关巨噬细胞向M1表型极化，从而抑制结直肠癌发生发展的机制 | 首次揭示了SERPING1在肿瘤相关巨噬细胞中的特异性表达及其通过调控NF-κB通路影响巨噬细胞表型转换的新机制 | 研究主要基于细胞实验和小鼠模型，临床样本验证和具体信号通路细节有待进一步深入 | 阐明巨噬细胞在结直肠癌发生发展中的作用机制，特别是SERPING1对肿瘤相关巨噬细胞表型调控的功能 | 结直肠癌组织、肿瘤相关巨噬细胞、HCT116细胞系、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞功能实验数据 | 基于公共单细胞RNA-seq数据集和细胞系实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3048 | 2026-02-02 |
Multi-omics integration defines an ECM-associated intratumoral heterogeneity signature enabling prognosis assessment and therapeutic stratification in hepatocellular carcinoma
2026-Jan, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150143
PMID:41513193
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研究论文 | 本研究开发了一个基于多组学的肿瘤内异质性评分系统，用于改善肝细胞癌患者的风险分层和指导精准治疗 | 通过整合体细胞突变数据和单细胞RNA测序数据，建立了一个转录组为基础的肿瘤内异质性特征，并揭示了细胞外基质重塑与高异质性肿瘤的关联 | 样本量相对有限，单细胞RNA测序仅涉及20个样本，且主要依赖公共数据库和回顾性数据，需要进一步的前瞻性验证 | 量化肝细胞癌的肿瘤内异质性，以改善患者预后评估和治疗分层 | 肝细胞癌患者，包括来自TCGA数据库的361例患者和单细胞RNA测序的20个样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，体细胞突变分析，转录组分析 | 稳健排序聚合 | 基因组数据，转录组数据 | 361例TCGA患者和20个单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3049 | 2026-02-02 |
Mechanistic Investigation of Nitidine Chloride-Mediated Anti-Colorectal Cancer Activity: Centromere-Associated Protein E Targeting via Integrated Molecular Dynamics, Spatial Transcriptomic and Single-Cell Approaches
2026 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70054
PMID:41607031
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研究论文 | 本研究通过整合分子动力学模拟、空间转录组学和单细胞方法，探讨了氯化两面针碱靶向着丝粒相关蛋白E在抗结直肠癌活性中的分子机制 | 首次整合分子动力学模拟、空间转录组学和单细胞RNA测序技术，系统阐明氯化两面针碱通过靶向CENPE发挥抗结直肠癌作用的分子机制，为中药活性成分的精准治疗提供新方向 | 研究结果需要在更多实验体系中进一步验证，且对NC-CENPE复合物的结合模式预测需实验确认 | 阐明氯化两面针碱抗结直肠癌活性的分子机制，特别关注其与着丝粒相关蛋白E的相互作用，为基于中药活性成分的精准治疗提供科学依据 | 结直肠癌组织、细胞系及异种移植模型，着重研究CENPE蛋白的表达与功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、分子动力学模拟、实时定量PCR、免疫组化、CRISPR筛选 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、分子模拟数据、图像数据 | 涉及大规模mRNA队列分析，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3050 | 2026-02-02 |
Exploring the relationship between metabolism and immune microenvironment in breast cancer bone metastasis based on metabolic pathways
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0341270
PMID:41610108
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研究论文 | 本研究基于代谢通路探索乳腺癌骨转移中代谢与免疫微环境的关系 | 从代谢-免疫相互作用角度揭示乳腺癌骨转移的预后代谢通路和关键靶基因，并构建了代谢相关风险模型作为预后预测工具 | 研究主要依赖于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证，且样本量有限 | 阐明乳腺癌骨转移中代谢通路与免疫微环境之间的动态相互作用及其对预后的影响 | 乳腺癌骨转移患者的RNA-seq数据和临床信息 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 风险模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的乳腺癌骨转移患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3051 | 2026-02-02 |
SpaConTDS: A multimodal contrastive learning framework for identifying spatial domains by applying tuple disturbing strategy
2026-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013893
PMID:41610146
|
研究论文 | 本研究提出了一个名为SpaConTDS的新型多模态对比学习框架，用于准确识别空间转录组学数据中的空间域 | 该框架创新性地将强化学习与自监督多模态对比学习相结合，并通过数据增强和伪标签元组扰动策略生成正负样本，以学习捕获全局语义和跨模态交互的融合表示 | NA | 开发一个能够准确识别空间域并整合多模态空间转录组学数据的计算框架 | 多模态空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 多模态对比学习框架，结合强化学习 | 多模态空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3052 | 2026-02-02 |
THBS3 Functions as a Novel Biomarker for Prognosis and Immunotherapeutic Response in Colorectal Cancer: An Integrative Analysis and Validation of the Thrombospondin Gene Family
2026, Cancer informatics
IF:2.4Q3
DOI:10.1177/11769351251412614
PMID:41613418
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和实验验证，揭示了THBS3在结直肠癌中作为预后生物标志物和免疫治疗反应新靶点的作用 | 首次系统性地将THBS基因家族与结直肠癌的预后和免疫微环境联系起来，并确定THBS3为关键致癌基因，通过激活PI3K-AKT和EMT通路促进癌症进展 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且临床样本的具体来源和数量未详细说明 | 探究THBS基因家族在结直肠癌中的具体作用，并评估THBS3作为预后生物标志物和免疫治疗靶点的潜力 | 结直肠癌患者的多组学数据、细胞系以及THBS基因家族，特别是THBS3 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 多组学数据分析、单细胞RNA测序、GO/KEGG/GSEA富集分析、分子对接、体外实验 | NA | mRNA表达数据、临床病理特征数据、生存数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3053 | 2026-02-02 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Prostate Cancer: Unraveling Mechanisms and Therapeutic Implications
2026, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2025.073265
PMID:41613792
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综述 | 本文全面总结了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的细胞起源、表型和功能异质性、空间分布及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的分子机制，并评估了靶向CAFs的治疗策略 | 整合了单细胞和空间转录组学的最新进展，为理解CAF生物学提供了一个整体框架，并强调了基质重编程作为当前前列腺癌疗法辅助手段的潜在途径 | NA | 阐明前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的作用机制及其治疗意义 | 前列腺癌（PCa）及其肿瘤微环境（TME）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3054 | 2026-02-02 |
PIK3R1 as a Gastric Cancer Biomarker Linked to CD73 + Treg-Mediated Immunosuppression
2026, Oncology research
IF:2.0Q3
DOI:10.32604/or.2025.069453
PMID:41613810
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研究论文 | 本研究探讨了PIK3R1作为胃癌生物标志物的预后意义及其与CD73+ Treg介导的免疫抑制的关联 | 首次将PIK3R1过表达与胃癌中CD73+ Treg细胞浸润增加及不良预后联系起来，并构建了一个整合PIK3R1和CD73表达与临床参数的新型预后模型 | 研究主要基于回顾性队列数据，需要前瞻性研究验证；体外实验未能完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 研究PIK3R1在胃癌中的预后意义及其与肿瘤免疫微环境的关联 | 胃癌患者组织样本及胃癌细胞系 | 癌症生物标志物研究 | 胃癌 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、体外细胞功能实验 | 预后模型（列线图） | 基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据、图像数据 | 来自TCGA和SYSUCC队列的胃癌患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3055 | 2026-02-02 |
CellScope: high-performance cell atlas workflow with tree-structured representation
2025-Dec-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67890-3
PMID:41469386
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellScope的高性能细胞图谱工作流程，该流程采用树状结构表示，旨在解决现有单细胞分析框架在同时探索和可视化多级生物层次方面的不足 | CellScope通过两阶段流形拟合过程进行基因选择和降噪，结合凝聚聚类，并整合UMAP可视化与层次聚类，直观地同时表示细胞在多个层次（如细胞谱系、细胞类型和细胞亚型）上的关系，从而在聚类性能、可视化清晰度、计算效率和算法可解释性方面全面超越现有方法 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个能够同时探索和可视化多级生物层次的高性能细胞图谱工作流程，以更深入地理解细胞异质性和功能 | 单细胞测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 多个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3056 | 2026-02-02 |
Venetoclax resistance in preclinical KMT2A-rearranged acute lymphoblastic leukemia models is characterized by high inter- and intra-model heterogeneity
2025-Dec-29, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01249-1
PMID:41457105
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研究论文 | 本研究探讨了KMT2A重排急性淋巴细胞白血病模型中Venetoclax耐药的机制，揭示了其高异质性及肿瘤微环境的作用 | 首次在KMT2A重排ALL模型中系统表征Venetoclax耐药，并发现耐药具有高模型间和模型内异质性，同时通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤微环境在耐药发展中的潜在贡献 | 研究基于临床前细胞系和异种移植模型，可能无法完全反映人类患者的复杂情况，且耐药机制的多因素性仍需进一步验证 | 阐明Venetoclax在KMT2A重排急性淋巴细胞白血病中产生耐药的机制 | KMT2A重排的急性淋巴细胞白血病细胞系和异种移植模型 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 靶向DNA测序、mRNA测序、单细胞mRNA测序、蛋白质表达分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及细胞系和异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3057 | 2026-02-02 |
Interpretable multimodal deep learning improves postoperative risk stratification in intrahepatic cholangiocarcinoma in multicentre cohorts
2025-Dec-29, NPJ digital medicine
IF:12.4Q1
DOI:10.1038/s41746-025-02282-x
PMID:41466129
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研究论文 | 本研究开发了一种基于Transformer的可解释多模态深度学习框架，用于整合临床变量、影像组学特征和全切片病理图像，以改善肝内胆管癌患者的术后风险分层 | 提出了一种结合预训练编码器和Transformer网络的可解释多模态深度学习管道，并利用空间转录组学和蛋白质组学进行生物学验证，揭示了模型注意力机制与肿瘤侵袭性行为的关联 | 未明确说明样本的具体数量或来源细节，且模型在更广泛人群中的泛化能力有待进一步验证 | 提高肝内胆管癌患者术后风险分层的准确性 | 肝内胆管癌患者 | 计算机视觉 | 肝内胆管癌 | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | Transformer | 临床变量，影像组学特征，全切片病理图像 | NA | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 3058 | 2026-02-02 |
Defining the marker and developmental trajectory of myeloid-derived suppressor cells in aging by single-cell transcriptomics
2025-Dec-24, npj aging
IF:4.1Q2
DOI:10.1038/s41514-025-00317-x
PMID:41444228
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学定义了衰老过程中髓源性抑制细胞（MDSCs）的标记物和发育轨迹 | 建立了MDSC特异性基因特征，揭示了衰老过程中MDSCs的一般特性，并发现CD300c可作为改善衰老中MDSCs检测和富集的特异性标记物 | 未明确提及研究局限性 | 研究衰老过程中MDSCs的标记物和发育轨迹，以区分MDSCs与正常髓系细胞 | 衰老小鼠和年轻对照小鼠的MDSCs，以及人类髓系细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量，涉及小鼠和人类细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3059 | 2026-02-02 |
A proteogenomic gene signature defines prognostic subgroups highlighting PI3K/AKT/mTOR signaling pathway as a therapeutic vulnerability in myeloid malignancies
2025-Dec-16, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02568-3
PMID:41402890
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研究论文 | 本研究通过整合蛋白质组学和基因组学数据，开发了一个用于骨髓恶性肿瘤风险分层的预后基因标签，并验证了PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制作为一种有前景的治疗策略 | 通过双向孟德尔随机化分析确立了MPN是AML的前体，并整合血浆蛋白质组学数据开发了一个新的预后蛋白基因组学基因标签，揭示了PI3K/AKT/mTOR通路作为治疗靶点 | 研究主要基于回顾性队列分析，需要在前瞻性临床研究中进一步验证基因标签和治疗策略的有效性 | 探索骨髓恶性肿瘤（特别是MPN向AML转化）的分子机制，开发预后生物标志物并寻找新的治疗靶点 | 骨髓恶性肿瘤患者，包括急性髓系白血病（AML）和骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者，以及相关的细胞系和动物模型 | 生物信息学 | 血液系统恶性肿瘤 | 双向孟德尔随机化分析，血浆蛋白质组学，单细胞RNA测序（scRNA-seq），药物基因组学分析，体外和体内实验 | 预后基因标签模型 | 基因组数据，蛋白质组数据，单细胞转录组数据，临床数据 | BEAT-AML队列和TCGA-LAML队列的患者样本，未明确具体数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3060 | 2026-02-02 |
Tumor Microenvironment in Cancer Biology: A Comprehensive Review of Stromal, Immune, and Vascular Components Driving Malignancy
2025-Dec, Cureus
DOI:10.7759/cureus.100320
PMID:41613727
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综述 | 本文全面综述了肿瘤微环境（TME）中的基质、免疫和血管组分在癌症生长、转移和治疗反应中的关键作用 | 整合了单细胞RNA测序和AI辅助成像等先进方法的最新发现，强调了TME靶向治疗作为癌症治疗重大转变的潜力 | TME的异质性和肿瘤适应性对新兴靶向策略构成挑战 | 综述肿瘤微环境各组分在癌症生物学中的作用及靶向治疗策略 | 肿瘤微环境，包括细胞外基质、基质细胞、免疫细胞和血管组分 | 数字病理 | 癌症 | 单细胞RNA测序，AI辅助成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |