单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3041	2025-05-08	Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness 2024-Jun-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae313 PMID:38682582	研究论文	研究人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性	揭示了p16阳性β细胞的衰老状态如何通过染色质重组激活功能成熟基因的增强子，从而增强胰岛素分泌能力，并首次发现这些细胞中干扰素刺激基因的升高	研究主要基于体外培养的β样细胞和单细胞转录组数据，未在体内模型中验证这些发现	探究人类胰腺β细胞衰老对其功能成熟和干扰素反应性的影响	人类胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	成人人类胰腺β细胞的单细胞转录组数据集
3042	2025-05-08	Cabergoline targets multiple pathways to inhibit PRL secretion and increases stromal fibrosis 2024-Jun-05, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1093/ejendo/lvae055 PMID:38781434	研究论文	通过单细胞RNA测序分析卡麦角林治疗和未治疗的泌乳素瘤的细胞组成和转录景观，揭示卡麦角林抑制PRL分泌及增加间质纤维化的多途径机制	首次描述了卡麦角林治疗后CD8+ T细胞的未知激活，这可能在其抗肿瘤作用中发挥作用	样本量较小（仅5例手术切除的泌乳素瘤）	揭示多巴胺激动剂治疗在人类泌乳素瘤肿瘤及邻近间质和免疫细胞中的潜在机制	3例卡麦角林治疗患者和2例未治疗患者的5例手术切除泌乳素瘤	单细胞转录组学	泌乳素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	5例手术切除的泌乳素瘤（3例治疗，2例未治疗）
3043	2025-05-08	Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1 PMID:38558984	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了衰老骨细胞在乳腺癌骨转移中促进骨破坏的作用	首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移中骨微环境重编程对骨细胞的影响	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, multiplex hybridization, AI-assisted analysis	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和乳腺癌骨转移患者样本
3044	2025-05-08	A review of single-cell transcriptomics and epigenomics studies in maternal and child health 2024, Epigenomics IF:3.0Q2 DOI:10.1080/17501911.2024.2343276 PMID:38709139	review	本文综述了单细胞转录组学和表观基因组学在母婴健康领域的研究	总结了16个人类和哺乳动物胎盘的单细胞图谱以及31项关于母体暴露和并发症的单细胞研究	NA	综述单细胞测序技术在母婴健康领域的应用	人类和哺乳动物胎盘以及母体暴露和并发症	单细胞测序	母婴健康相关疾病	单细胞转录组学和表观基因组学	NA	单细胞测序数据	16个单细胞图谱和31项单细胞研究
3045	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing and AlphaFold 3 insights into cytokine signaling and its role in uveal melanoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1458041 PMID:39916959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AlphaFold 3技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的细胞异质性及其与细胞因子信号传导的关系，并鉴定了预后生物标志物	首次在UVM中构建了单细胞分辨率的细胞因子反应字典，并利用AlphaFold 3预测关键蛋白的3D结构	样本量相对有限，且主要依赖生物信息学分析，需要进一步实验验证	阐明UVM的细胞异质性并鉴定预后生物标志物，为靶向治疗提供依据	葡萄膜黑色素瘤（UVM）的原发性和转移性肿瘤样本	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9筛选分析、AlphaFold 3	LASSO回归、ROC曲线分析、Kaplan-Meier生存分析	RNA-seq数据、蛋白质结构预测数据	TCGA-UVM和GSE84976队列中的样本
3046	2025-05-08	Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166 PMID:39926598	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习探索了2型糖尿病（T2D）的发病机制，特别关注免疫细胞浸润	结合scRNA-seq和12种机器学习算法，识别了与金属离子转运相关的关键基因，并揭示了它们与免疫细胞的关联	研究样本量有限，仅分析了T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞数据	探索T2D的分子机制，特别是金属离子转运相关基因在疾病中的作用	T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞	机器学习	2型糖尿病	scRNA-seq, ssGSEA, PPI网络分析	Stepglm[backward] plus GBM	RNA测序数据	T2D和ND患者的胰岛细胞数据
3047	2025-05-08	Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747 PMID:39926603	研究论文	通过单细胞测序技术研究DAPK1在胶质瘤中的机制作用及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序数据识别与生存相关的基因簇，并开发基于DAPK1的预后模型	DAPK1在胶质瘤中的具体机制尚未完全阐明	开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者的预后	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA-seq, 微阵列	LASSO, 逐步回归算法	RNA-seq数据, 微阵列数据, 单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO的胶质瘤患者数据
3048	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing revealed PPARG promoted osteosarcoma progression: based on osteoclast proliferation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506225 PMID:39936154	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究PPARG在促进骨肉瘤进展中的作用，重点关注破骨细胞增殖	首次在单细胞水平上识别出C2MKI67+破骨细胞亚群，并发现PPARG作为关键转录因子在破骨细胞增殖和分化中的重要作用	研究主要基于单细胞测序数据的分析，需要进一步的体内外实验验证	寻找新的骨肉瘤治疗靶点以阻止肿瘤进展和局部扩散	骨肉瘤患者和破骨细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR, CCK-8实验, 伤口愈合实验, Transwell实验	NA	单细胞测序数据	NA
3049	2025-05-08	Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330 PMID:39936155	研究论文	研究通过分析NOD和NOR小鼠的血清和泪液自身抗体，探讨其在干燥综合征（SjD）相关局部和全身炎症中的潜在诊断价值	首次在两种SjD小鼠模型中系统比较了血清和泪液自身抗体的差异，并发现泪液IgA同型自身抗体比IgG更具多样性	研究仅使用雄性小鼠模型，可能无法完全反映人类SjD的性别差异特征	探索干燥综合征相关自身抗体的诊断标志物	NOD和NOR小鼠的泪腺组织、血清和泪液样本	自身免疫疾病研究	干燥综合征	免疫荧光、自身抗体微阵列、scRNA-Seq	NOD和NOR小鼠模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	两种SjD小鼠模型（具体数量未明确说明）与健康BALB/c小鼠对照
3050	2025-05-08	SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43498-3 PMID:38040699	研究论文	研究SMARCB1基因缺失如何激活恶性横纹肌样瘤(MRT)中患者特异性的远端致癌增强子	揭示了SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成环状结构的机制	研究主要基于患者来源的类器官模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	阐明SMARCB1缺失在MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制	恶性横纹肌样瘤(MRT)患者来源的类器官组织和患者MRT组织	癌症表观遗传学	恶性横纹肌样瘤	多组学分析、染色体构象捕获实验、单细胞RNA-seq和ATAC-seq	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	患者来源的MRT类器官和患者MRT组织样本
3051	2025-05-08	PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43381-1 PMID:38030622	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了接受atezo/bev治疗的晚期肝细胞癌患者的肿瘤内和周围免疫环境，揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	首次在单细胞水平上揭示了atezo/bev治疗反应的免疫机制，发现了PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性	样本量有限，需要更大规模的验证研究	探索atezo/bev在晚期肝细胞癌中产生持久治疗反应的免疫机制	晚期肝细胞癌患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（晚期肝细胞癌患者）
3052	2025-05-08	Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43629-w PMID:38030617	research paper	提出了一种名为SpatialScope的深度生成模型方法，用于整合空间转录组学和单细胞转录组学数据	通过创新的模型和算法设计，SpatialScope能够将基于测序的空间转录组数据提升至单细胞分辨率，并为基于图像的空间转录组数据准确推断全转录组表达水平	未明确提及具体局限性	解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性	空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据	digital pathology	NA	next-generation sequencing, fluorescence in situ hybridization, scRNA-seq	deep generative models	spatial transcriptomics data, single-cell transcriptomics data	NA
3053	2025-05-08	Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease 2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.548027 PMID:38076913	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞基础	首次在全脑水平上揭示了细胞类型组成与tau病理选择性易损性的关系，并发现其与风险基因的贡献不同	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	揭示阿尔茨海默病中tau病理选择性易损性的细胞机制	小鼠大脑中的神经元和非神经元细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	Matrix Inversion and Subset Selection (MISS)分析流程	基因表达数据	12种不同的PS19转基因小鼠模型中的5项研究数据
3054	2025-05-08	Impact of Memory T Cells on SARS-COV-2 Vaccine Response in Hematopoietic Stem Cell Transplant 2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.26.564259 PMID:37961434	研究论文	研究造血干细胞移植（HSCT）受者中记忆T细胞对SARS-COV-2疫苗反应的影响	揭示了HSCT受者在接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后记忆T细胞群的缺陷及其与T细胞反应缺失的关联	样本量较小（42名HSCT受者和5名健康对照）	评估HSCT受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的体液和适应性免疫反应	造血干细胞移植（HSCT）受者和健康对照	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、TCR和BCR测序	NA	血清、外周血单核细胞	42名HSCT受者和5名健康对照
3055	2025-05-08	Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics 2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.17.524455 PMID:36789425	研究论文	研究通过血液免疫单细胞转录组学预测头颈癌患者的肿瘤免疫微环境和检查点治疗反应	首次展示通过外周血单核细胞的单细胞RNA测序推断肿瘤免疫状态，并预测免疫治疗反应的能力	需要更大规模的测试验证方法的普适性	探索通过血液免疫状态预测肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的可行性	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者	数字病理学	头颈癌	scRNA-Seq	NA	单细胞转录组数据	两个HNSCC患者数据集
3056	2025-05-07	Effects of Bacterial Infections under Heatwaves on Chinese Soft-Shelled Turtles and Their Single-Cell Transcriptomic Landscapes 2025-May-06, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c09111 PMID:40274607	研究论文	本研究探讨了细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响，通过单细胞转录组、行为和生理指标的综合分析	首次整合单细胞转录组、行为和生理指标，研究中华鳖在细菌感染和热浪双重压力下的免疫反应	研究仅针对中华鳖，结果可能不适用于其他物种	探究细菌感染和热浪双重压力对中华鳖的影响及其免疫反应机制	中华鳖	生态学与免疫学	细菌感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据、行为数据、生理指标	四组中华鳖（基于温度与感染状态分组）
3057	2025-05-07	Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis 2025-May-05, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf107 PMID:40324205	研究论文	研究虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟的作用	首次报道虾青素在小鼠卵母细胞体外成熟(IVM)中的作用，并揭示其通过增强线粒体活性和调节蛋白质稳态来提高成熟率	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前研究	探究虾青素对小鼠卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育的影响	小鼠卵母细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组测序、微蛋白质组学、透明带激光打孔辅助体外受精(IVF)	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明具体数量的小鼠卵母细胞
3058	2025-05-07	Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma 2025-May-05, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673352012250414100227 PMID:40326029	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术识别了髓外多发性骨髓瘤的预后生物标志物	利用LASSO方法开发预后特征，并通过外部MM队列验证其效能，揭示了CD4+ T细胞作为与MM进展相关的主要免疫细胞类型	研究依赖于公共数据库的转录组数据，可能受限于数据的质量和样本量	研究与髓外进展相关的多发性骨髓瘤克隆进化特征，识别新的预后生物标志物	多发性骨髓瘤（MM）患者	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, LASSO	risk score model	transcriptomic profiles, scRNA-seq data	126 DEGs identified, external MM cohorts for validation
3059	2025-05-07	Identifying the Pattern Characteristics of Anoikis-Related Genes in Keloid 2025-May, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0027 PMID:38775414	research paper	该研究首次全面分析了anoikis相关基因(ARGs)在瘢痕疙瘩(KD)中的作用，并鉴定了六个核心ARGs	首次研究ARGs在KD中的潜在价值，并鉴定了六个核心ARGs及其与KD免疫浸润的关联	研究仅基于三个KF RNA-seq数据集，样本量有限	探究ARGs在KD中的表达特征及其分子机制	瘢痕疙瘩(KD)和anoikis相关基因(ARGs)	生物信息学	瘢痕疙瘩	RNA-seq, 单细胞测序, LASSO-Cox回归分析	LASSO回归模型	基因表达数据	三个KF RNA-seq数据集
3060	2025-05-07	Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning 2025-May-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae537 PMID:39361430	research paper	本研究通过机器学习方法探索系统性红斑狼疮（SLE）患者与EB病毒感染相关的关键基因和免疫细胞动态	首次识别出IFI27作为SLE患者EBV感染的关键基因，并揭示了其对CD4 CTL和B细胞亚型的影响	研究样本量有限，且仅基于公开数据集分析	阐明SLE患者EBV感染的分子机制并寻找潜在诊断和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者与EB病毒感染	machine learning	systemic lupus erythematosus	RNA-seq, single-cell RNA sequencing, CIBERSORTx	machine-learning algorithms	gene expression data	多个GEO数据集（GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918）