单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3041	2025-02-28	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-Feb-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	研究论文	本文通过整合TCGA的多组学数据和单细胞测序分析，全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤（GBM）	研究首次揭示了ANXA2和ANXA4在胶质母细胞瘤中主要由M2巨噬细胞表达，并强调了使用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	研究中使用的分析工具存在差异，可能影响结果的准确性	探讨ANXA家族在癌症中的表达模式和功能影响，特别是其在胶质母细胞瘤中的作用	ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达，特别是胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	多组学数据分析，单细胞测序分析	NA	多组学数据，单细胞测序数据	NA
3042	2025-02-28	Cancer-associated fibroblasts promote EGFR-TKI resistance via the CTHRC1/glycolysis/H3K18la positive feedback loop 2025-Feb-26, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03318-y PMID:40011576	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过CTHRC1/糖酵解/H3K18la正反馈环路促进EGFR-TKI耐药的机制	首次通过单细胞RNA测序识别出CTHRC1过表达的CAFs亚群，并揭示了其在EGFR-TKI耐药中的关键作用及机制	研究主要基于实验室模型和患者样本，尚未进行大规模临床试验验证	探讨CAFs在EGFR-TKI耐药中的作用及其机制，寻找克服耐药的新策略	肺癌患者及其实验室模型	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	肺癌患者样本
3043	2025-02-28	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	本文提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了快速傅里叶变换（FFT）和增强型Transformer，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	scFTAT方法首次将FFT与增强型Transformer结合，通过LDA减少数据稀疏性，并引入核近似、位置编码增强和注意力增强模块来提高训练性能	NA	解决单细胞RNA测序数据注释中的高稀疏性和繁琐手动注释问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型的人类和小鼠组织scRNA-seq数据集
3044	2025-02-28	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	本文研究了GPSM1/CSF1信号通路在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用，并提出了针对GPSM1的新治疗策略	揭示了GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化，促进其在肿瘤微环境中的浸润，从而介导抗PD-1耐药的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模临床试验验证	探索GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用及其机制，寻找增强免疫检查点阻断疗法疗效的新策略	结直肠癌患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、质谱分析、免疫共沉淀	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像、质谱数据	抗PD-1耐药的结直肠癌患者肿瘤样本、C57BL/6小鼠模型
3045	2025-02-28	Identification of Mitochondrial-related Characteristic Biomarkers in Osteosarcoma using Bioinformatics and Machine Learning 2025-Feb-25, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073350964241203080017 PMID:40012292	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，识别了与骨肉瘤（OS）相关的线粒体特征生物标志物	首次结合生物信息学分析和机器学习算法（LASSO回归和SVM-RFE）识别了骨肉瘤中线粒体相关差异表达基因（MitoDEGs），并验证了其在免疫细胞浸润和微环境中的作用	研究主要依赖于公共数据库的mRNA表达数据，实验验证仅限于体外RT-PCR，缺乏体内实验验证	探索骨肉瘤中线粒体相关基因的诊断标志物及其在免疫调节中的作用	骨肉瘤（OS）患者	生物信息学	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq, RT-PCR	LASSO回归, SVM-RFE	mRNA表达数据	来自GSE16088和GSE19276数据库的骨肉瘤样本
3046	2025-02-27	Identification of splenic IRF7 as a nanotherapy target for tele-conditioning myocardial reperfusion injury 2025-Feb-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57048-6 PMID:39994192	研究论文	本文探讨了纳米疗法在心血管疾病治疗中的应用，特别是通过将纳米药物重定向至脾脏，利用其作为远程调节心肌再灌注损伤的高效靶点	提出了脾脏作为纳米药物靶向治疗的新途径，并发现IRF7在脾脏-心脏通讯网络中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模临床试验	探索纳米疗法在心血管疾病治疗中的新应用，特别是针对心肌再灌注损伤的治疗	脾脏和心肌再灌注损伤	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	雄性小鼠的临床前模型
3047	2025-02-28	CCN2 mediates fibroblast-macrophage interaction in knee arthrofibrosis based on single-cell RNA-seq analysis 2025-Feb-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00400-9 PMID:39994205	研究论文	本研究通过流式细胞术和单细胞RNA测序分析，揭示了CCN2在膝关节纤维化中通过TGF-β通路介导成纤维细胞与巨噬细胞相互作用的作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了CCN2在膝关节纤维化中的具体作用机制，并提出了CCN2作为潜在生物标志物的可能性	样本量较小，仅包括6名患者，可能需要更大规模的研究来验证结果	研究膝关节纤维化的病理机制，特别是CCN2在成纤维细胞与巨噬细胞相互作用中的作用	膝关节纤维化患者的滑膜组织	生物信息学	膝关节纤维化	单细胞RNA测序分析，流式细胞术	NA	RNA测序数据	6名膝关节纤维化患者
3048	2025-02-28	Comprehensive analysis of lipid metabolic signatures identified CEBPD promotes breast cancer cell proliferation 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90869-5 PMID:39994306	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组数据分析，识别了乳腺癌中与脂质代谢相关的基因表达模式及其预后意义，并构建了基于这些特征的预后风险模型	首次通过单细胞转录组分析识别出乳腺癌中特定的脂质代谢特征基因，并构建了预后风险模型，揭示了CEBPD在乳腺癌细胞增殖中的抑制作用	研究主要基于转录组数据，缺乏对脂质代谢具体分子机制的深入探索	探索乳腺癌中脂质代谢相关基因的表达模式及其对预后的影响	乳腺癌细胞	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 批量转录组分析	预后风险模型	转录组数据	原发性乳腺癌样本
3049	2025-02-28	POU2F2+ B cells enhance antitumor immunity and predict better survival in non small cell lung cancer 2025-Feb-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90817-3 PMID:39994401	研究论文	本研究探讨了POU2F2+ B细胞在非小细胞肺癌（NSCLC）中的抗肿瘤免疫作用及其对患者生存的影响	首次揭示了POU2F2+ B细胞在NSCLC中的关键作用，并提出了POU2F2作为NSCLC免疫治疗的新靶点	研究主要基于单细胞RNA测序和多重免疫组化数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	阐明POU2F2+ B细胞在NSCLC患者生存和免疫细胞浸润中的作用	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	两个NSCLC单细胞RNA测序数据集和两个NSCLC免疫治疗相关的大规模RNA测序数据集
3050	2025-02-28	Single-cell RNA transcriptome uncovers distinct developmental trajectories in the embryonic skeletal muscle of Daheng broiler and Tibetan chicken 2025-Feb-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11363-w PMID:39994525	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了大恒肉鸡和藏鸡胚胎骨骼肌发育的不同轨迹和动态基因表达谱	首次构建了胚胎鸡骨骼肌的全面细胞图谱，并揭示了大恒肉鸡和藏鸡在胚胎肌生成和脂肪生成中的关键基因差异	研究仅限于胚胎期的三个时间点，未涵盖整个发育过程	探究不同鸡品种骨骼肌表型差异的分子机制	大恒肉鸡和藏鸡的胚胎骨骼肌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	29,579个高质量细胞，代表6种不同的细胞类型
3051	2025-02-28	THBS1 in macrophage-derived exosomes exacerbates cerebral ischemia-reperfusion injury by inducing ferroptosis in endothelial cells 2025-Feb-24, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03382-x PMID:39994679	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞来源的外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用，特别是通过诱导内皮细胞铁死亡加剧损伤的机制	首次揭示了THBS1在巨噬细胞来源的外泌体中的作用，通过THBS1-OTUD5-GPX4轴驱动内皮细胞铁死亡和脑损伤	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨巨噬细胞来源的外泌体在脑缺血再灌注损伤中的作用及其机制	巨噬细胞来源的外泌体、内皮细胞、脑缺血再灌注损伤	生物医学	脑缺血再灌注损伤	蛋白质组测序、转录组测序、单细胞测序、RNA干扰、腺相关病毒转染、高通量筛选、分子对接、分子动力学模拟、细胞热位移分析	NA	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据	AIS患者外周血中的外泌体和单核细胞、OGD/R刺激的THP-1和RAW264.7细胞、tMCAO小鼠脑中的巨噬细胞
3052	2025-02-28	Comprehensive Analysis of TCR and BCR Repertoires: Insights into Methodologies, Challenges, and Applications 2025-Feb-24, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-024-00034-z PMID:39994831	review	本文综述了T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）多样性分析的关键方法、挑战和应用	整合了免疫学、生物信息学和临床研究，提供了对免疫功能、治疗反应和精准医学方法的深入见解	NA	探讨TCR和BCR序列分析的方法和应用	T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）	生物信息学	NA	RNA测序	NA	序列数据	NA
3053	2025-02-28	A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.635509 PMID:39975238	研究论文	本文介绍了一种名为AIR-SPACE的整合方法，结合高分辨率空间转录组学和高保真长读长测序技术，用于分析病毒感染后淋巴结中适应性免疫细胞的空间组织	AIR-SPACE方法首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体（AIR）库	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究目的是理解病毒感染后淋巴结中适应性免疫反应的空间和时间动态	研究对象为小鼠腘淋巴结在痘苗病毒感染后的适应性免疫反应	免疫学	病毒感染	高分辨率空间转录组学，高保真长读长测序	NA	空间转录组数据，长读长测序数据	五个不同时间点的小鼠腘淋巴结样本
3054	2025-02-28	Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635593 PMID:39975097	研究论文	本文介绍了一种名为causarray的双重稳健因果推断框架，用于分析基于阵列的基因组数据，旨在解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题	causarray框架结合了广义混杂因素调整方法和灵活的机器学习技术，能够在多种设置下稳健地分离处理效应和混杂因素，并保留生物信号	NA	解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题，揭示因果关系	基于阵列的基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据	基因组学	自闭症, 阿尔茨海默病	单细胞测序, CRISPR技术	NA	基因组数据	两个单细胞基因组研究：一个涉及发育中的小鼠大脑的自闭症风险基因的体内Perturb-seq研究，另一个涉及使用三个人类大脑转录组数据集的阿尔茨海默病病例对照研究
3055	2025-02-28	MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116 PMID:39710325	研究论文	本文研究了MAP3K4信号在滋养层干细胞中调控HDAC6和TRAF4共表达和稳定的机制	揭示了MAP3K4、HDAC6和TRAF4在胎盘发育中的新关联，并发现了Traf4与Map3k4或Hdac6在胎盘迷路分化过程中的共表达转换	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制尚需进一步验证	探讨MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与HDAC6和TRAF4的关系	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织样本
3056	2025-02-28	Discovery of Endothelial-Monocyte Crosstalk in Ischemic-Reperfusion Injury Following Liver Transplantation Based on Integration of Single-Cell RNA and Transcriptome RNA Sequencing 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70336 PMID:39993960	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，揭示了肝移植后缺血再灌注损伤中内皮细胞与单核细胞之间的相互作用	首次结合单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，深入探讨了肝缺血再灌注损伤中非免疫细胞与免疫细胞之间的相互作用，并识别了关键基因表达变化	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	揭示肝移植后缺血再灌注损伤的细胞相互作用和信号通路	肝移植患者的单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，以及小鼠模型	生物信息学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组RNA测序，免疫荧光技术，流式细胞术，Western Blot	小鼠模型	RNA测序数据	肝移植患者的单细胞RNA测序和转录组RNA测序数据，以及小鼠模型样本
3057	2025-02-28	Bulk and Single-Cell Transcriptomic Reveals Shared Key Genes and Patterns of Immune Dysregulation in Both Intestinal Inflammatory Disease and Sepsis 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70415 PMID:39993996	研究论文	本文通过批量转录组和单细胞转录组分析，揭示了炎症性肠病（IBD）和败血症在免疫失调方面的共同关键基因和模式	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了IBD和败血症的共同差异表达基因（DEGs），并验证了BCL2A1和CEBPB作为潜在诊断标志物	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证这些发现	探索IBD和败血症在免疫失调方面的共同分子和病理生理机制	炎症性肠病（IBD）和败血症	生物信息学	炎症性肠病, 败血症	单细胞RNA测序, 实时PCR, 蛋白质印迹	机器学习算法	RNA测序数据	小鼠模型
3058	2025-02-28	The future of cardiology: Integrating single-cell transcriptomics with multi-omics for enhanced cardiac disease insights 2025-Jan-31, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103005 PMID:39894239	综述	本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-seq）在心血管疾病研究中的应用及其与多组学技术整合的潜力	强调了将空间转录组学和其他组学技术整合以增强对心脏生物学的理解，并探索了个性化医疗中的关键研究缺口	当前scRNA-seq应用面临数据整合的挑战，需要全面的多组学方法来阐明心血管病理机制	旨在通过整合单细胞转录组学和多组学技术，提升对心血管疾病的理解，推动创新诊断和治疗策略的发展	哺乳动物心脏	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3059	2025-02-28	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635498 PMID:39975411	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个层次上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力，相比现有方法在控制假阳性率的同时增加了检测能力	NA	开发一种统计方法，用于识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌, 结核病, SARS-CoV-2感染	单细胞RNA测序	线性混合模型	单细胞RNA测序数据	NA
3060	2025-02-27	Optimizing duodenal tissue acquisition for mechanistic studies of duodenal ablation in type 2 diabetes 2025, Endoscopy international open IF:2.2Q2 DOI:10.1055/a-2503-2135 PMID:40007651	研究论文	本文介绍了一种优化的十二指肠组织采集协议，用于研究2型糖尿病和代谢综合征中十二指肠消融后的形态学变化	使用十二指肠冷圈套切除术创建组织微阵列（TMAs）并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以解决传统活检中组织方向变异性的问题	研究样本量较小，DIRECT研究中仅包括9名患者，EMINENT-2研究中样本量未明确	优化十二指肠组织采集协议，以支持十二指肠消融对代谢综合征和2型糖尿病影响的机制研究	接受上消化道内镜介入治疗的患者	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	DIRECT研究中9名患者，共16次冷圈套切除术；EMINENT-2研究中38次冷圈套切除术