单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 34325 篇文献，本页显示第 3021 - 3040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3021 | 2025-11-04 |
Clinical application of single-cell RNA sequencing in disease and therapy
2025-Nov, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70512
PMID:41169094
|
综述 | 系统概述单细胞RNA测序技术在疾病机制研究和临床应用中的进展 | 整合单细胞与空间转录组技术，结合人工智能和机器学习算法分析大数据 | 存在技术挑战和数据分析障碍 | 探讨单细胞RNA测序在疾病研究和精准医疗中的应用 | 人类疾病中的体细胞进化、生物标志物发现和药物开发 | 自然语言处理 | 多种疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3022 | 2025-11-02 |
Parental Specific Expression by scRNA-Seq Reveals HaWRKY40 Contributing to Heterosis of Sunflower
2025-Nov, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70266
PMID:41170640
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3023 | 2025-11-04 |
Integrated analysis identifies CD276 in fibroblasts as a malignancy predictor and regulator of neutrophil infiltration in hepatoblastoma
2025-Nov-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000826
PMID:41171428
|
研究论文 | 本研究通过整合分析发现成纤维细胞中的CD276是肝母细胞瘤恶性程度的预测因子和中性粒细胞浸润的调节因子 | 首次系统表征CD276在肝母细胞瘤中的表达谱，发现其在癌相关成纤维细胞中高表达，并揭示其通过调节CXCL2调控中性粒细胞浸润的新机制 | 研究样本量有限，机制研究主要在动物模型中进行，需要更多临床验证 | 探究免疫检查点配体CD276在肝母细胞瘤中的临床意义及其对肿瘤免疫微环境的调控作用 | 肝母细胞瘤患者组织和细胞，小鼠模型 | 生物信息学，肿瘤免疫学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，多重免疫组织化学，去卷积分析，相关性分析 | 逻辑回归模型，风险评分模型，列线图 | RNA-seq数据，单细胞RNA-seq数据，图像数据 | 肝母细胞瘤患者组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3024 | 2025-11-04 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals a metastasis-associated PCSK1+ neuroendocrine subpopulation in pancreatic neuroendocrine tumors
2025-Nov, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.70084
PMID:40817830
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现胰腺神经内分泌肿瘤中与转移相关的PCSK1+神经内分泌亚群 | 首次在胰腺神经内分泌肿瘤中鉴定出富含于肝转移灶的PCSK1+神经内分泌亚群，并揭示其高拷贝数变异负荷、低分化潜能和独特的转录调控特征 | 基于公开数据库的回顾性分析，样本量有限（27个样本），需要后续实验验证机制 | 探索胰腺神经内分泌肿瘤中神经内分泌细胞的异质性及其与转移的关系 | 胰腺神经内分泌肿瘤患者组织样本（包括癌旁正常组织、原发肿瘤和肝转移灶） | 单细胞组学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序, 拷贝数变异分析, 伪时间轨迹分析, 转录调控网络分析, 细胞间通讯分析 | CytoTRACE2, Monocle3, SCENIC, CellChat | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 27个样本（包括正常组织、原发肿瘤和肝转移灶） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3025 | 2025-11-04 |
A novel spatial framework to validate arsenic exposure gene expression profiling in bladder cancer using multiplex FISH and AI-powered digital pathology
2025-Oct-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-23396-y
PMID:41168438
|
研究论文 | 本研究开发了一种结合多重荧光原位杂交和AI数字病理学的空间框架，用于验证膀胱癌中砷暴露相关基因表达特征 | 首次将mFISH与AI驱动的数字病理学整合，在单细胞分辨率下验证砷暴露相关三基因风险模型的空间分布特征 | 仅为探索性试点研究，样本量较小（5个膀胱肿瘤标本），需要更大规模研究验证 | 验证砷暴露相关基因表达特征在膀胱癌中的空间分布及其临床意义 | 膀胱肿瘤组织标本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 多重荧光原位杂交(mFISH), AI数字病理分析 | HoverNet | 全切片图像, 基因表达数据 | 5个膀胱肿瘤标本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3026 | 2025-11-04 |
Genome-wide association, single-cell, and spatial transcriptomics analyses reveal the role of the STK24-expressing positive cells in LUAD progression and the tumor microenvironment, identifying STK24 as a potential therapeutic target
2025-Oct-30, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07111-z
PMID:41168822
|
研究论文 | 本研究通过整合基因组关联分析、单细胞转录组学和空间转录组学，揭示了STK24阳性细胞在肺腺癌进展和肿瘤微环境中的作用 | 首次整合GWAS、单细胞和空间转录组学数据，发现STK24作为新的凋亡相关基因在LUAD中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限 | 探索肺腺癌的遗传机制和潜在治疗靶点 | 肺腺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 肺癌 | GWAS, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习 | 多种机器学习算法, 预后模型 | 基因组数据, 转录组数据, 空间位置数据 | 来自FinnGen、IEU OpenGWAS、GWAS Catalog和GEO数据库的多中心样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 3027 | 2025-11-04 |
Ex vivo lung-organoid model for aberrant basaloid cell induction and activation
2025-Oct-30, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-025-00396-z
PMID:41168897
|
研究论文 | 本研究开发了一种离体小鼠肺类器官模型，用于诱导和激活肺纤维化特异性异常基底样细胞 | 开发了首个能够诱导和激活肺纤维化特异性异常基底样细胞的离体肺类器官模型，并识别出两种不同的ABC亚群 | 研究基于小鼠模型，与人类疾病可能存在差异；模型验证仍需进一步临床相关性研究 | 研究肺纤维化中异常基底样细胞的诱导机制和功能 | 小鼠肺类器官和异常基底样细胞 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序，细胞-细胞相互作用分析 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3028 | 2025-11-04 |
Advancements in Personalized Medicine for Leukemia: Integrating Genetic, Transcriptomic, and Artificial Intelligence Insights
2025-Oct-29, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
|
综述 | 探讨遗传学、转录组学和人工智能在白血病精准医疗中的整合应用与进展 | 整合多组学数据与人工智能算法推动白血病个性化治疗策略的优化 | 存在克隆进化、遗传异质性和治疗耐药性等挑战 | 推进白血病精准医疗发展 | 白血病患者 | 自然语言处理 | 白血病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习, 深度学习 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3029 | 2025-11-04 |
Inhibition of 5αR2 promotes postoperative wound repair in BPH patients after TURP by alleviating fibrosis and inflammation
2025-Oct-28, Asian journal of andrology
IF:3.0Q1
DOI:10.4103/aja202561
PMID:41147439
|
研究论文 | 评估II型5α-还原酶抑制剂对BPH患者TURP术后伤口修复的影响 | 首次通过临床试验和动物实验证实II型5α-还原酶抑制剂能促进TURP术后伤口修复，并揭示其通过减轻纤维化和炎症的作用机制 | 样本量相对有限（87例患者，12只比格犬），随访时间较短（6个月） | 研究II型5α-还原酶抑制剂对BPH患者TURP术后伤口修复的影响 | BPH患者和比格犬动物模型 | 医学研究 | 前列腺增生 | 单细胞RNA测序，酶联免疫吸附试验，组织学分析 | NA | 临床数据，分子标记数据，组织学数据 | 87例BPH患者（47例治疗组，42例安慰剂组），12只比格犬 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3030 | 2025-11-04 |
Temporal Clonal Tracing Reveals Tumor-Intrinsic IFNγ-Dependencies Driving Niche Adaptation and Early Metastatic Colonization
2025-Oct-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.669778
PMID:40832237
|
研究论文 | 通过单细胞条形码和转录组分析揭示肿瘤细胞在转移灶中的克隆动态及IFNγ信号的关键作用 | 开发MetTag单细胞追踪技术，首次发现早期播散克隆具有IFNγ依赖的转移适应机制 | 研究主要聚焦腹膜转移模型，其他转移器官的普适性需进一步验证 | 解析肿瘤细胞在转移灶中的克隆动态和分子决定因素 | 播散性肿瘤细胞(DTCs)和转移微环境 | 单细胞组学 | 癌症转移 | 单细胞RNA测序,CRISPR/Cas9筛选,RNA速度分析 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 腹水和转移灶组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3031 | 2025-11-04 |
Isolation of mitochondrial mutation-specific T cell receptors
2025-Oct-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf139
PMID:40587813
|
研究论文 | 本研究首次成功分离出针对肿瘤线粒体DNA突变的特异性T细胞受体 | 首次报道从健康供体中分离出针对肿瘤线粒体DNA突变的特异性TCRs，证明了线粒体突变也能产生可被T细胞识别的新抗原 | 研究中存在一些生物学障碍需要考虑，且仅针对HLA-A*0201等位基因进行了筛选 | 探索肿瘤线粒体DNA突变是否能够产生被T细胞受体识别的新抗原 | 肿瘤线粒体DNA非同义突变及其对应的T细胞受体 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞测序，表位预测算法，TCR筛选验证 | NA | 基因组数据，蛋白质序列数据 | 10名HLA-A*0201纯合子健康供体，38种肿瘤类型的3,798个非同义单核苷酸突变 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 3032 | 2025-11-04 |
Single-Cell Transcriptomics Shows Cellular Heterogeneity, Intercellular Communication, and Extracellular Matrix Remodeling in Corneal Fibrosis In Vivo
2025-Oct-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.13.48
PMID:41147949
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术揭示兔角膜纤维化过程中细胞异质性、细胞间通讯和细胞外基质重塑的动态变化 | 首次在体内建立角膜纤维化的整合转录组框架，识别四种基质细胞亚群及其双向分化轨迹 | 研究仅使用新西兰白兔模型，未验证人类样本 | 表征角膜纤维化过程中的细胞异质性和细胞外基质重塑机制 | 新西兰白兔的正常和碱损伤纤维化角膜 | 单细胞组学 | 角膜纤维化 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类、轨迹推断、CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 新西兰白兔角膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3033 | 2025-11-04 |
Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006
PMID:40674215
|
研究论文 | 开发了一种名为Vivo-seq的创新平台，可在单细胞水平同时捕获转录组和磷酸化信号状态 | 开发了Vivo-seq平台，首次实现单细胞水平转录组与磷酸化信号状态的同步捕获 | NA | 研究Th17细胞分化过程中的信号转导和功能可塑性机制 | T辅助17细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序，细胞内转录组和表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据，磷酸化信号数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，单细胞多组学 | Vivo-seq | 使用低共熔溶剂固定细胞的单细胞转录组和表位索引测序平台 |
| 3034 | 2025-11-04 |
Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653038
PMID:40463045
|
研究论文 | 开发了一个名为scCellFie的计算框架，用于从单细胞和空间转录组数据推断代谢活动 | 提出了首个能够从转录组数据系统推断代谢活动的计算框架，并应用于约3000万个细胞图谱分析 | 基于转录组数据间接推断代谢活动，而非直接测量代谢物 | 开发计算工具从转录组数据推断细胞代谢功能 | 人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症,子宫内膜癌 | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 计算框架 | 转录组数据 | 约3000万个细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 3035 | 2025-11-04 |
A 3D Self-Assembly Platform Integrating Decellularized Matrix Recapitulates In Vivo Tumor Phenotypes and Heterogeneity
2025-May-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1954
PMID:39888317
|
研究论文 | 开发了一种无水凝胶自组装平台MatriSpheres，用于建立富含细胞外基质的3D肿瘤模型 | 使用脱细胞小肠粘膜下层ECM构建水凝胶自由的3D自组装平台，能够更好地模拟体内肿瘤表型和异质性 | NA | 研究肿瘤微环境中细胞外基质对肿瘤生物学的影响 | 小鼠和人类结直肠癌细胞 | 组织工程 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 3D细胞培养模型 | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3036 | 2025-11-04 |
Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States
2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529
PMID:39969959
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析导管内乳头状黏液性肿瘤，揭示了惰性和恶性状态的不同转录组特征 | 首次在IPMN中发现三种不同的上皮转录组状态，并将其与胰腺导管腺癌的分子亚型相关联 | 样本量较小(10个标本)，需要更大规模研究验证 | 探索IPMN的转录组特征以改进风险分层 | 导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 数字空间RNA分析(DSP-RNA), 全转录组分析 | NA | 空间转录组数据, 基因表达数据 | 10个IPMN标本 | NA | 空间转录组学 | NA | 数字空间RNA分析(DSP-RNA) |
| 3037 | 2025-11-04 |
Immune checkpoint TIM-3 regulates microglia and Alzheimer's disease
2025-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08852-z
PMID:40205047
|
研究论文 | 本研究揭示了免疫检查点分子TIM-3通过TGFβ信号通路维持小胶质细胞稳态，并探索其在阿尔茨海默病中的治疗潜力 | 首次发现TIM-3通过其羧基末端与SMAD2和TGFBR2相互作用，增强TGFβ信号传导，从而维持小胶质细胞稳态 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究TIM-3在小胶质细胞中的具体功能及其在阿尔茨海默病中的作用机制 | 小鼠小胶质细胞和5×FAD转基因阿尔茨海默病模型小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单核RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3038 | 2025-11-04 |
Construction of a prognostic prediction model for concurrent radiotherapy in cervical cancer using GEO and TCGA databases with preliminary validation analysis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0334281
PMID:41171827
|
研究论文 | 利用GEO和TCGA数据库构建宫颈癌同步放疗预后预测模型并进行初步验证分析 | 首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出MPP5、SNX7、LSM12和GALNT3四个与放疗敏感性相关的关键基因并构建预后预测模型 | 研究样本量相对有限，需要更大规模的前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性 | 开发宫颈癌同步放疗的预后预测模型，识别可靠的预后标志物 | 宫颈癌患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组织化学 | Cox回归模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 144例宫颈癌样本（来自TCGA数据库）和两个GEO数据集（GSE236738和GSE56363） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3039 | 2025-11-04 |
In-Silico discovery of Pediatric Acute-Myeloid-Leukemia (pAML) causing druggable molecular signatures highlighting their pathogenetic processes and therapeutic agents through single-cell RNA-Seq profile analysis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335410
PMID:41171828
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现儿童急性髓系白血病的可靶向分子特征及其治疗药物 | 首次通过整合单细胞RNA测序数据识别pAML关键细胞类型和核心基因，并系统筛选潜在治疗药物 | 研究基于计算模拟和体外数据分析，需要进一步实验验证 | 发现儿童急性髓系白血病的致病分子特征和替代治疗药物 | 儿童急性髓系白血病患者和健康对照组的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 白血病 | 单细胞RNA测序，分子对接，分子动力学模拟 | PPI网络分析，调控网络分析，GSEA分析 | 单细胞RNA测序数据 | 两个数据集(GSE154109和GSE235923) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3040 | 2025-11-03 |
Bioinformatics Analysis of Transcriptomic Data (Bulk and scRNA-Seq) for Immuno-Oncology
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4734-9_18
PMID:41028272
|
综述 | 本章提供了免疫学研究中使用生物信息学工具分析转录组数据的全面指南 | 系统整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序在免疫肿瘤学中的生物信息学分析方法 | NA | 促进免疫学数据分析和解读，帮助理解免疫反应机制 | 免疫系统动态、免疫细胞异质性、基因表达模式、免疫受体库 | 生物信息学 | 肿瘤 | 下一代测序(NGS), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 质谱流式细胞术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |