单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3021	2025-04-05	STopover captures spatial colocalization and interaction in the tumor microenvironment using topological analysis in spatial transcriptomics data 2025-Apr-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01457-1 PMID:40170080	research paper	介绍了一种名为STopover的新方法，利用空间分辨转录组学数据和拓扑分析来研究肿瘤微环境的空间配置	通过逐步降低特征阈值提取连通组件，利用Jaccard指数量化空间重叠，并通过转录组谱置换评估统计显著性	NA	阐明肿瘤微环境的空间配置以揭示肿瘤-免疫相互作用	肺和乳腺癌的空间分辨转录组学数据	digital pathology	lung cancer, breast cancer	spatially resolved transcriptomics (SRT), topological analysis	NA	spatial transcriptomics data	NA
3022	2025-04-05	Landscape of T Cells in Tuberculous Pleural Effusion 2025-Apr, The clinical respiratory journal DOI:10.1111/crj.70066 PMID:40170555	research paper	本研究通过单细胞RNA测序分析结核性胸腔积液（TPE）患者中T淋巴细胞亚群的分布、功能及调控机制	首次在单细胞水平上揭示了TPE患者胸腔积液和外周血中T淋巴细胞亚群的分布模式和动态变化	样本量较小（仅4例TPE患者），可能影响结果的普遍性	探究结核性胸腔积液患者T淋巴细胞亚群的表达模式、调控机制和功能	结核性胸腔积液患者的胸腔积液和外周血中的T淋巴细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, T-SNE, GSVA, 伪时间分析, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据, 细胞因子数据	4例TPE患者的胸腔积液和外周血样本
3023	2025-04-05	Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer 2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034 PMID:40180058	研究论文	通过基因组分类器预测胰腺癌细胞系和患者的放射敏感性，以实现基因组引导的放射治疗	利用单细胞RNA测序数据区分上皮和间充质细胞，预测胰腺癌细胞系的分化阶段，并发现分化阶段与放射敏感性相关	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床患者数据的验证仍需进一步研究	预测胰腺癌的放射敏感性，优化放射治疗方案	胰腺癌细胞系和患者	基因组学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	基因组分类器	RNA测序数据	45个胰腺癌细胞系和来自The Cancer Genome Atlas的胰腺癌患者数据
3024	2025-04-05	Integrative single-cell analysis reveals transcriptional and epigenetic regulatory features of human developmental dysplasia of the hip 2025-Mar-26, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.788 PMID:40154730	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，揭示了人类发育性髋关节发育不良（DDH）的转录和表观遗传调控特征	发现了一种具有独特分子特征的新型炎症性软骨细胞群体，并重建了软骨细胞的分化轨迹，阐明了它们在DDH发病机制中的作用	NA	理解DDH发展过程中涉及的特定软骨细胞组成，识别DDH预测的有效生物标志物，并阐明驱动DDH进展的基因调控元件	人类发育性髋关节发育不良（DDH）	表观遗传学	发育性髋关节发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA
3025	2025-04-05	An atlas of early human mandibular endochondral and osteogenic paracrine signaling regions of Meckel's cartilage 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2420466122 PMID:40096606	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学分析，建立了人类胎儿7至15周后受孕期间Meckel软骨（MC）的时空图谱，揭示了MC在下颌骨骨化中的关键作用	研究发现MC的两个不同区域通过不同机制参与下颌骨骨化，前部MC可分化为成骨细胞，中间MC通过细胞间通讯促进膜内骨化	研究主要基于胎儿样本，可能无法完全反映成人下颌骨发育的机制	探究Meckel软骨在下颌骨骨化过程中的作用机制	人类胎儿7至15周后受孕期间的Meckel软骨	发育生物学	口腔和颅面疾病	单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学分析	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类胎儿样本（7-15周后受孕）
3026	2025-04-05	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究探讨了Dnmt3a介导的FoxO3高甲基化在破骨细胞生成过程中促进氧化还原失衡的作用	揭示了Dnmt3a通过上调FoxO3抑制ROS从而缓解破骨细胞生成的新机制，而非通过诱导RANK和TRAF6的解离	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能不足	阐明FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松症中的作用及机制	FoxO3转录因子、Dnmt3a、破骨细胞生成过程	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq	Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	基因表达数据	人类股骨头样本及小鼠模型
3027	2025-04-05	Engineering sonogenetic EchoBack-CAR T cells 2025-Mar-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.035 PMID:40179881	研究论文	本文介绍了一种新型的声遗传学EchoBack-CAR T细胞，用于治疗实体瘤	利用从库中筛选的超敏感热休克启动子与CAR信号的正反馈回路结合，实现了在聚焦超声刺激下持久的CAR表达	NA	改善CAR T细胞疗法在实体瘤治疗中的效果，减少脱靶毒性和T细胞耗竭	EchoBack-CAR T细胞	生物医学工程	胶质母细胞瘤和前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	NA	3D胶质母细胞瘤模型和小鼠模型
3028	2025-04-05	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-Mar-21, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	研究论文	通过单细胞空间多组学分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的保守空间亚型和细胞邻域	发现了四种不同的空间CAF亚型，这些亚型在多种癌症类型和空间组学平台中具有保守性，并展示了独特的空间组织模式、邻域细胞组成、互作网络和转录组特征	NA	研究CAFs在肿瘤微环境（TME）中的空间组织和相互作用，以深入了解肿瘤生物学和免疫生物学	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	癌症	单细胞空间转录组学和蛋白质组学	NA	空间多组学数据	来自10种癌症类型的超过1400万个细胞
3029	2025-04-05	Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer 2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303359688250209090544 PMID:40183263	研究论文	通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱，揭示肿瘤细胞的异质性	首次构建了甲状腺癌的单细胞全景图谱，并发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其调控机制	样本量较小（20例患者），且数据来源于公共数据库，可能影响结果的广泛适用性	探索甲状腺癌的分子特征，为临床分期和治疗策略提供新见解	甲状腺癌及癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	20例患者的11个原发肿瘤组织、6个癌旁组织、8个转移淋巴结和2个远处转移灶
3030	2025-04-05	Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Prognostic Significance of HOXC9-Related Immune Gene Signatures in Hepatocellular Carcinoma 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S509625 PMID:40177614	研究论文	本研究整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了基于HOXC9相关免疫基因（HRIGs）的风险评分模型，并评估其在肝细胞癌（HCC）中的预后价值	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建基于HOXC9相关免疫基因的风险评分模型，并验证其在HCC预后评估和免疫治疗预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，缺乏多中心临床验证	评估HOXC9相关免疫基因在HCC预后和免疫微环境中的作用	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、临床数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
3031	2025-04-05	Single-cell sequencing in non-obstructive azoospermia: insights from primary and re-analysis studies 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1539063 PMID:40177631	综述	本文综述了单细胞测序在非梗阻性无精子症（NOA）中的应用，整合了原始研究和再分析研究的结果	首次系统地整合了NOA领域的原始单细胞测序研究和再分析研究，揭示了转录调控因子、RNA转录、内分泌干扰物和微管细胞骨架等新发现	未提及具体样本量的局限性，且临床转化应用仍面临挑战	探讨单细胞测序在NOA研究中的应用及其对男性不育治疗的潜在贡献	人类NOA睾丸组织中的生殖细胞、支持细胞和间质细胞	数字病理学	男性不育	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	10项原始研究的人类NOA睾丸样本和22项再分析研究
3032	2025-04-05	Unraveling the immunomodulatory impact of hydroxychloroquine on peripheral T cells using single-cell RNA sequencing 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103324 PMID:39405653	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了羟氯喹（HCQ）对外周T细胞的免疫调节作用	首次在单细胞水平上详细描述了HCQ对T细胞亚群的影响，特别是对效应CD4和CD8 T细胞的调控机制	研究主要基于体外实验，体内效应的验证需要进一步研究	阐明HCQ在T细胞中的免疫调节机制	外周T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括体外刺激的T细胞和狼疮患者的T细胞样本
3033	2025-04-05	Cellular communication network factor 3 contributes to the pathological process of rheumatoid arthritis through promoting cell senescence and osteoclastogenesis in the joint 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103334 PMID:39549484	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子3（CCN3）在类风湿性关节炎（RA）病理过程中的作用及其治疗潜力	研究发现CCN3通过促进细胞衰老和破骨细胞生成在RA关节中发挥重要作用，并评估了CCN3抗体作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证CCN3抗体的治疗效果	探究CCN3在RA病理过程中的分子功能及其作为治疗靶点的潜力	类风湿性关节炎患者的关节组织和实验模型小鼠	病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	实验性RA模型	基因表达数据和细胞实验数据	公共scRNA-seq数据和实验模型小鼠
3034	2025-04-05	EZH2 promotes B-cell autoimmunity in primary Sjogren's syndrome via METTL3-mediated m6A modification 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103341 PMID:39577129	研究论文	本研究探讨了EZH2在原发性干燥综合征(pSS)中通过METTL3介导的m6A修饰促进B细胞自身免疫反应的机制	揭示了EZH2通过METTL3介导的m6A修饰调控B细胞自身免疫反应的新机制，并提出了EZH2抑制作为pSS治疗的潜在策略	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	阐明EZH2在pSS中B细胞自身免疫反应中的作用并探索其治疗潜力	原发性干燥综合征(pSS)患者和干燥综合征小鼠模型中的B细胞	免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序、RNA-seq、ChIP-seq、ChIP-qPCR、流式细胞术、CFSE检测、RIP-qPCR、m6A-RIP-qPCR	NA	基因表达数据、表观遗传数据、临床数据	pSS患者外周血和唾液腺样本、三种不同干燥综合征小鼠模型
3035	2025-04-05	PAGE-based transfer learning from single-cell to bulk sequencing enhances model generalization for sepsis diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae661 PMID:39710434	研究论文	本文提出了一种基于单细胞和批量转录组数据融合的scPAGE2方法，用于提高脓毒症诊断模型的泛化能力	升级了scPAGE方法，通过迁移学习将单细胞转录组信息有效转移到批量转录组数据中，构建了性能优越的脓毒症诊断模型	NA	提高脓毒症诊断模型的泛化能力	脓毒症患者的转录组数据	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, FACS, 下一代测序, 微阵列	scPAGE2	转录组数据	7个数据集，涉及3个转录组平台和FACS数据
3036	2025-04-05	Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis 2024-11, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202402177 PMID:39077951	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控的自动化检测方法Digital-GPA，用于单抗生素耐药细菌的全基因组测序，实现基因型和表型分析	开发了Digital-GPA方法，能够高效分离和测序荧光D-氨基酸标记的抗生素耐药细菌，提供高质量的单细胞扩增基因组，识别微小和主要突变	未提及方法的具体操作复杂度和成本，可能限制其在临床中的广泛应用	全面分析抗生素耐药细菌的基因型和表型特征，以更好地理解抗生素耐药性	抗生素耐药细菌	数字病理学	细菌感染	数字微流控技术、全基因组测序、荧光D-氨基酸标记	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本中的耐药病原体
3037	2025-04-05	Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells 2024-Oct-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006 PMID:39232559	research paper	该研究探讨了炎症如何通过表观遗传印记影响肠道干细胞（ISCs）的代谢和再生能力	揭示了炎症通过琥珀酸积累重编程ISCs表观基因组，从而影响其分化和再生能力的机制	研究主要基于GI GVHD模型，可能不适用于其他炎症条件	探究炎症对肠道干细胞适应性和再生能力的长效影响	Lgr5标记的肠道干细胞	表观遗传学	胃肠道移植物抗宿主病	单细胞转录组学、类器官培养、代谢组学、表观基因组学	NA	转录组数据、代谢数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量
3038	2025-04-05	Single-cell sequencing analysis of chronic subdural hematoma cell subpopulations and their potential therapeutic mechanisms 2024-06-01, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.110936 PMID:38554980	研究论文	通过单细胞测序分析慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的细胞亚群及其潜在治疗机制	首次对手术切除的血肿中的细胞进行全面分类，并探讨其与CSDH复发的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	分析CSDH患者外周血和血肿部位的细胞亚群及其对疾病的影响	慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的外周血和手术切除的血肿	数字病理学	神经系统疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
3039	2025-04-04	Neuronal activity modulates the expression of secretagogin, a Ca2+ sensor protein, during mammalian forebrain development 2025-May, Acta physiologica (Oxford, England) DOI:10.1111/apha.70031 PMID:40165367	研究论文	研究揭示了分泌钙蛋白（secretagogin）在哺乳动物前脑发育过程中受神经元活动调控的表达模式	首次系统揭示了secretagogin表达受神经元活动动态调控的特性，并发现其在唐氏综合征胎儿中的表达延迟现象	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本分析相对有限	阐明secretagogin作为钙传感器蛋白在神经系统中的表达调控机制	人类胎儿前脑组织、Scgn-iCre::Ai9转基因小鼠、SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞、原代皮层神经元	神经科学	唐氏综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学、体外神经元培养	动物模型（小鼠）、细胞模型	基因表达数据、组织切片图像	人类胎儿样本（含唐氏综合征病例）、转基因小鼠群体、体外培养细胞
3040	2025-04-04	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	研究论文	本研究揭示了CAF来源的外泌体通过传递lncRNA LINC01711激活miR-4510/NELFE轴，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现CAF来源的外泌体中高表达的LINC01711通过miR-4510/NELFE轴调控TXN，促进乳腺癌细胞的糖酵解和恶性行为	未提及具体样本量或实验验证的局限性	探索乳腺癌进展的分子机制及潜在治疗靶点	乳腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞测序、降维聚类和细胞注释技术	NA	单细胞测序数据	NA