单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3021	2025-03-01	Single-cell RNA-seq in diabetic foot ulcer wound healing 2024 Nov-Dec, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.13218 PMID:39264020	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病足溃疡慢性伤口愈合的细胞亚群、基因和分子	通过单细胞RNA测序技术从炎症、血管生成和细胞外基质重塑三个方面探索糖尿病足溃疡的伤口愈合机制	未提及具体样本量或实验设计的局限性	深入了解糖尿病足溃疡伤口愈合的机制并识别潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡慢性伤口相关的细胞亚群、基因和分子	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3022	2025-03-01	Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView 2024-Oct-07, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02391-0 PMID:39375449	研究论文	本文介绍了PerturbView技术，一种能够在多种系统中进行高多重表型读出的光学池筛选技术	PerturbView通过体外转录扩增条形码，使得在包括原代细胞和组织在内的多种系统中进行高多重表型读出的筛选成为可能	NA	开发并验证一种新的光学池筛选技术，以扩展其在多种细胞和组织模型中的应用	诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型的肿瘤组织切片	数字病理学	NA	光学池筛选（OPS）、体外转录、原位测序	NA	图像、转录组数据	包括诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型的肿瘤组织切片
3023	2025-03-01	Intestinal Stromal Cells in the Turmoil of Inflammation and Defective Connective Tissue Remodeling in Inflammatory Bowel Disease 2024-09-03, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae066 PMID:38581412	研究论文	本文探讨了炎症性肠病（IBD）中肠道基质细胞在炎症和结缔组织重塑缺陷中的作用	揭示了肠道基质细胞在IBD中的复杂表型和功能，以及它们在炎症和细胞外基质重塑中的主动作用	当前IBD治疗主要针对炎症，对纤维狭窄或瘘管形成的疾病效果不佳	研究肠道基质细胞在IBD中的角色及其在炎症和细胞外基质重塑中的作用	肠道基质细胞，特别是肠道上皮下肌成纤维细胞	病理学	炎症性肠病	单细胞测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
3024	2025-03-01	HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405210121 PMID:39190360	研究论文	本文研究了HIV-1感染者在无抗逆转录病毒治疗（ART）情况下，血浆病毒载量与感染细胞中未剪接HIV RNA（HIV usRNA）的关系	研究发现，病毒控制与感染细胞中未剪接HIV RNA的比例无关，而是与感染细胞的总数相关	研究仅基于外周血单核细胞（PBMC），未涉及其他组织或细胞类型	探讨HIV-1感染者在无ART情况下血浆病毒载量控制的机制	HIV控制者和非控制者的外周血单核细胞（PBMC）	NA	HIV感染	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	HIV控制者和非控制者的PBMC样本
3025	2025-03-01	Bronchopulmonary Dysplasia with Pulmonary Hypertension Associates with Loss of Semaphorin Signaling and Functional Decrease in FOXF1 Expression 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609955 PMID:39253423	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了早产儿肺部在支气管肺发育不良（BPD）和BPD伴随肺动脉高压（PH）早期阶段的细胞和分子动态变化	揭示了BPD+PH中独特的异常毛细血管细胞状态，并发现semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究主要基于早产儿和鼠模型，可能无法完全代表所有BPD和PH患者的情况	探讨BPD及其伴随PH的细胞和分子机制	早产儿肺部组织	生物医学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	鼠模型	RNA序列数据	早产儿和足月婴儿的肺部样本
3026	2025-03-01	Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications 2024-Aug, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-024-09929-5 PMID:38775849	研究论文	本文开发并全面表征了一种可扩展的3D协议，用于生成表型稳定的心脏hPSC-微血管样内皮细胞（hPSC-CMVECs）和心脏周细胞样细胞，用于心脏应用	通过3D搅拌罐生物反应器培养血管类器官，并对生成的3D hPSC-ECs进行高浓度VEGF-A处理，促进了3DV hPSC-ECs的表型稳定性，并通过单细胞RNA测序揭示了心脏内皮和微血管相关基因的显著表达	NA	开发一种用于研究心脏微血管以及CMD的内皮依赖性和非依赖性机制的细胞模型	人类多能干细胞衍生的内皮细胞（hPSC-ECs）和心脏周细胞样细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3027	2025-03-01	West Nile Virus-Induced Expression of Senescent Gene Lgals3bp Regulates Microglial Phenotype within Cerebral Cortex 2024-Jul-08, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070808 PMID:39062523	研究论文	本研究探讨了西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，重点关注了LGALS3BP蛋白在抗病毒反应和衰老中的作用	首次揭示了LGALS3BP在调节神经炎症和小胶质细胞激活中的作用，并提出了靶向LGALS3BP可能缓解衰老和病毒感染后认知衰退的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究西尼罗河病毒感染与小胶质细胞衰老之间的关系，以及LGALS3BP在其中的作用	成年和老年小鼠的小胶质细胞	神经科学	西尼罗河病毒感染	空间转录组学、RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠
3028	2025-03-01	Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors 2024-Jul-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137435 PMID:39000540	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了甲状腺激素（TH）信号过度如何导致小鼠视锥细胞退化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示TH信号过度对视锥细胞转录组的影响，并发现光转导和氧化磷酸化受损以及线粒体功能障碍	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，且样本量有限	探讨TH信号过度如何导致视锥细胞退化	小鼠视锥细胞	转录组学	视网膜退化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	155,866个单细胞
3029	2025-03-01	Loss of p73 Expression Contributes to Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2024-01-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202303-0503OC PMID:37931077	研究论文	本文探讨了p73表达缺失在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，并通过小鼠模型和人类样本研究验证了这一假设	首次揭示了p73表达缺失与COPD病理之间的直接联系，并提供了吸烟和COPD对p73表达影响的实验证据	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，可能影响结果的普遍性	确定p73缺失是否会导致小鼠出现COPD样表型，并探讨吸烟或COPD是否影响p73表达	小鼠模型、吸烟者和COPD患者的呼吸道上皮细胞	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	电子显微镜、流式细胞术、形态计量学、强制振荡技术、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	小鼠模型、82名当前吸烟者、69名前吸烟者、11名COPD患者、12名无COPD的对照者
3030	2025-03-01	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序数据中激活KIR基因表达不足的问题，指出这是由于KIR基因的错误分配所致	揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在KIR转录本分配上的倾向性问题，特别是激活KIR转录本常被误分类为抑制性KIR表达	未提及具体的研究限制	研究单细胞RNA测序数据中KIR基因表达量的准确性	KIR基因转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3031	2025-03-01	Interleukin 13 Promotes Maturation and Proliferation in Metaplastic Gastroids 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101366 PMID:38815928	研究论文	本文研究了IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的作用，并建立了一个可靠的体外器官模型Meta1 gastroids来模拟SPEM细胞	首次建立了Meta1 gastroids模型来模拟SPEM细胞，并揭示了IL-13通过STAT6信号通路促进SPEM细胞成熟和增殖的分子机制	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证IL-13对SPEM细胞的影响	探讨IL-13在SPEM细胞成熟和增殖中的分子作用	SPEM细胞、Meta1 gastroids模型、ILC2s	细胞生物学	胃黏膜再生	单细胞RNA测序、细胞分选、三维共培养、STAT6抑制	Meta1 gastroids模型	基因表达数据、细胞培养数据	Mist1-Kras转基因小鼠和IL-13-tdTomato报告小鼠的胃组织
3032	2025-03-01	Immunophenotypic correlates of sustained MRD negativity in patients with multiple myeloma 2023-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40966-8 PMID:37660077	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体β测序以及CyTOF质谱流式细胞术，全面分析了多发性骨髓瘤患者的免疫系统，旨在发现长期治疗反应的关联因素	首次在多发性骨髓瘤患者中，通过单细胞RNA测序和CyTOF质谱流式细胞术，纵向分析了免疫微环境的变化，并发现了与持续微小残留病（MRD）阴性状态相关的免疫表型特征	样本量较小（23名患者），且仅观察了一年的治疗反应，长期效果尚不明确	探讨多发性骨髓瘤患者在接受持续来那度胺维持治疗期间，免疫微环境对长期治疗反应的影响	新诊断的多发性骨髓瘤患者	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序, T细胞受体β测序, CyTOF质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据, 质谱流式细胞数据	23名患者
3033	2025-03-01	Network analysis of large-scale ImmGen and Tabula Muris datasets highlights metabolic diversity of tissue mononuclear phagocytes 2023-02-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112046 PMID:36708514	研究论文	本文通过代谢网络分析，研究了单核吞噬细胞（MNP）在不同组织中的代谢多样性，并开发了一种基于网络的基因和代谢物（GAM）聚类方法	引入了三个大规模转录数据集，并开发了一种新的网络计算方法GAM聚类，用于无偏识别关键代谢子网络	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类MNP的代谢多样性	理解单核吞噬细胞在不同组织中的代谢多样性	单核吞噬细胞（MNP）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	GAM聚类	转录数据	337个样本（ImmGen MNP数据集），202个样本（ImmGen Phase I数据集），51,364个细胞（Tabula Muris Senis数据集）
3034	2025-03-01	Cross center single-cell RNA sequencing study of the immune microenvironment in rapid progressing multiple myeloma 2023-Jan-26, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00340-x PMID:36702834	研究论文	本研究通过多中心单细胞RNA测序技术，探讨了快速进展型多发性骨髓瘤（MM）患者免疫微环境的特征	首次在多中心背景下使用单细胞RNA测序技术分析快速进展型MM的免疫微环境，揭示了与疾病快速进展相关的细胞类型和信号通路	样本量相对较小（18名患者），且仅分析了诊断时的骨髓样本，未涵盖疾病进展过程中的动态变化	探讨快速进展型多发性骨髓瘤的免疫微环境特征，以识别促进疾病快速进展的因素	18名多发性骨髓瘤患者的48个CD138骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	102,207个细胞，来自18名患者的48个骨髓样本
3035	2025-03-01	Internal oligo(dT) priming introduces systematic bias in bulk and single-cell RNA sequencing count data 2022-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac035 PMID:35651651	研究论文	本文研究了在RNA测序中使用oligo(dT)引物进行mRNA富集和逆转录引发的系统性偏差问题，并开发了一种计算算法来识别和去除这些偏差	首次全面描述了内部oligo(dT)引发对基因表达量化的影响，并开发了一种新的计算算法来解决这一问题	研究主要基于公共数据集，可能无法涵盖所有实验条件和平台	探讨内部oligo(dT)引发对RNA测序数据的影响，并开发解决方案以提高基因表达测量的准确性	多个公共数据集中的bulk和单细胞RNA测序数据	转录组学	NA	RNA测序	计算算法	RNA测序数据	多个公共数据集
3036	2025-02-28	Monocyte-Derived cxcl12 Guides a Directional Migration of Blood Vessels in Zebrafish 2025-Mar, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321588 PMID:39846165	研究论文	本研究通过活体成像和单细胞测序分析，揭示了斑马鱼胸鳍血管长距离迁移和吻合的分子机制	首次发现Cxcl12a作为信号分子，指导斑马鱼胸鳍血管与节间血管的长距离迁移和吻合，并鉴定出表达Cxcl12a的特定单核细胞群	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在更高等的脊椎动物中验证	探索血管网络构建过程中血管生长到正确位置的分子机制	斑马鱼胸鳍血管和节间血管	发育生物学	NA	活体成像分析、全胚胎原位杂交、荧光原位杂交、单细胞测序分析	NA	图像数据、基因表达数据、单细胞测序数据	斑马鱼胚胎
3037	2025-02-28	A Unique Signature for Cancer-Associated Fibroblasts in Melanoma Metastases 2025-03, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.70002 PMID:39924882	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了约8400个癌症相关成纤维细胞（CAFs）和正常成纤维细胞的转录特征，并比较了小鼠黑色素瘤原发肿瘤和肺转移瘤中CAFs的遗传特征	揭示了原发肿瘤和转移瘤特异性CAF群体的不同亚群，并发现了肿瘤依赖的中性粒细胞与CAFs之间的相互作用，这种相互作用通过SAA3和IL1b相关信号通路介导	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析相对较少	研究黑色素瘤转移中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的独特特征及其潜在治疗影响	小鼠黑色素瘤原发肿瘤和肺转移瘤中的CAFs，以及人类黑色素瘤转移样本	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	约8400个CAFs和正常成纤维细胞
3038	2025-02-28	Single-cell profiling and clinical characteristics analysis of lung squamous carcinoma 2025-Feb-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01556-7 PMID:40014154	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了504个肺鳞状细胞癌（LUSC）样本，揭示了肿瘤微环境（TME）和临床特征，并构建了预后模型	首次使用单细胞RNA测序技术结合计算算法（ESTIMATE和CIBERSORT）分析LUSC的肿瘤微环境和免疫细胞浸润，并构建了基于3个差异表达基因（DEGs）的预后模型	研究样本量较大，但未提及是否涵盖不同种族或地理区域的样本，可能影响结果的普适性	揭示肺鳞状细胞癌的肿瘤微环境和临床特征，并构建预后模型	504个肺鳞状细胞癌样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	COX回归模型	基因表达数据	504个肺鳞状细胞癌样本
3039	2025-02-28	NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance 2025-Feb-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027020 PMID:40009499	研究论文	本文探讨了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）发生和维持中的关键作用	揭示了NOTCH1二聚体信号在人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）白血病发生中的重要性，并鉴定了依赖Notch二聚化的基因特征	研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植（PDXs），可能不完全反映所有T-ALL病例的复杂性	研究NOTCH1二聚体信号在T-ALL发生和维持中的作用	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL患者来源的异种移植（PDXs）	癌症研究	T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	RNA/Chip-sequencing, 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs）和T-ALL患者来源的异种移植（PDXs）
3040	2025-02-28	Denosumab Enhances antitumour Immunity by Suppressing SPP1 and Boosting Cytotoxic T Cells 2025-Feb-26, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-1094 PMID:40009710	研究论文	本文探讨了denosumab在增强抗肿瘤免疫中的新作用，通过抑制SPP1表达和增加细胞毒性T细胞活性	揭示了denosumab在抗肿瘤免疫中的新机制，即通过抑制SPP1表达和增强细胞毒性T细胞活性来增强抗肿瘤免疫	研究样本量较小，仅包括9名GCTB患者，且未涉及其他类型的癌症患者	探索denosumab在增强抗肿瘤免疫中的新作用	9名GCTB患者的样本，包括6名未治疗和3名仅接受denosumab治疗的患者	癌症研究	骨巨细胞瘤（GCTB）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	9名GCTB患者的样本