单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 30321 - 30340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 30321 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-sequencing identifies the developmental trajectory of C-Myc-dependent NK1.1- T-bet+ intraepithelial lymphocyte precursors
2020-03, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-019-0220-y
PMID:31712600
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了NK1.1+ T-bet+上皮内淋巴细胞前体的发育轨迹 | 首次定义了基于CD122和T-bet顺序表达的发育轨迹，并发现了Id2和Id3蛋白作为IELP发育的新调控因子 | NA | 揭示NK1.1 IELPs在胸腺中的发育过程及其分子机制 | NK1.1 IELPs的发育轨迹和调控因子 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 异质性的胸腺CD4CD8αβTCRαβNK1.1 IEL前体细胞群 | NA | NA | NA | NA |
| 30322 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Stromal Evolution into LRRC15+ Myofibroblasts as a Determinant of Patient Response to Cancer Immunotherapy
2020-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0644
PMID:31699795
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中纤维母细胞景观的变化，特别是LRRC15+肌纤维母细胞在癌症免疫治疗患者反应中的决定作用 | 首次描述了TGFβ驱动的LRRC15 CAF谱系与免疫治疗不良反应的关联，并提出其作为联合治疗的潜在靶点 | NA | 深入理解肿瘤微环境，特别是纤维母细胞在癌症免疫治疗反应中的作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的纤维母细胞及其在免疫治疗中的作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过80,000个单细胞来自22名PDAC患者，以及70名患者的样本通过免疫组化分析 | NA | NA | NA | NA |
| 30323 | 2024-08-09 |
CancerTracer: a curated database for intrapatient tumor heterogeneity
2020-01-08, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz1061
PMID:31701131
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研究论文 | 介绍了一个名为CancerTracer的手动整理数据库，用于追踪和描述个体患者肿瘤生长的进化轨迹 | CancerTracer数据库提供了多区域和单细胞测序数据，帮助研究者识别肿瘤内的共同驱动事件和异质性体细胞事件 | NA | 旨在通过分析肿瘤的克隆组成及其在疾病进展和治疗中的演变，为药物设计确定精确的治疗靶点 | 肿瘤样本及其在个体患者中的进化轨迹 | 数字病理学 | NA | 多区域和单细胞测序 | NA | 数据 | 收集了来自1548名患者的6000多个肿瘤样本，涵盖45种不同类型的癌症 | NA | NA | NA | NA |
| 30324 | 2024-08-09 |
GP130 signaling and the control of naïve pluripotency in humans, monkeys, and pigs
2020-01-01, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2019.111712
PMID:31697928
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综述 | 本文综述了LIF/GP130/JAK/STAT3信号通路在支持人类、猴子和猪的多能干细胞（PSCs）的原始状态多能性中的作用 | 强调了LIF/GP130/JAK/STAT3信号在将传统的人类和猴子PSCs重编程为类似原始多能性中的作用 | NA | 探讨LIF/GP130/JAK/STAT3通路在非啮齿类物种中调控原始多能性的作用 | 人类、猴子和猪的多能干细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 人类和猴子胚胎中的多能细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30325 | 2024-08-09 |
Melatonin promotes the development of immature oocytes from the COH cycle into healthy offspring by protecting mitochondrial function
2020-Jan, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.12621
PMID:31714635
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研究论文 | 研究探讨了褪黑素（MT）通过保护线粒体功能促进从控制性卵巢过度刺激（COH）周期中获取的不成熟卵母细胞发育为健康后代的效果 | 首次详细探讨了褪黑素在人类卵母细胞发育中的有益效果，特别是在提高优质囊胚形成率和降低非整倍体率方面 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定的实验条件和临床试验 | 研究褪黑素在人类卵母细胞发育中的作用及其对线粒体功能的保护效果 | 从COH周期中获取的不成熟卵母细胞及其发育为健康后代的过程 | 生殖医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 193个不成熟卵母细胞，分为两组：MT组（105个）和非MT组（88个） | NA | NA | NA | NA |
| 30326 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of the human retinal pigment epithelium and choroid in health and macular degeneration
2019-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1914143116
PMID:31712411
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康和老年性黄斑变性患者的人类视网膜色素上皮（RPE）和脉络膜的转录组 | 首次在单细胞水平上详细描述了RPE和脉络膜主要细胞群的表达谱，并识别了与老年性黄斑变性相关的特定基因表达特征 | 仅基于7个人类供体眼的数据，样本量较小 | 探究健康和老年性黄斑变性患者视网膜色素上皮及脉络膜的单细胞转录组特征 | 人类视网膜色素上皮和脉络膜组织 | 数字病理学 | 老年性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个人类供体眼 | NA | NA | NA | NA |
| 30327 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals expansion of cytotoxic CD4 T cells in supercentenarians
2019-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1907883116
PMID:31719197
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了超百岁老人中细胞毒性CD4 T细胞的显著增加 | 首次发现超百岁老人中细胞毒性CD4 T细胞通过大规模克隆扩增积累，并显示出与CD8细胞毒性T细胞相似的转录组特征 | 样本量较小，仅包括7名超百岁老人和5名年轻对照组 | 探究超百岁老人免疫系统的独特特征及其对长寿的影响 | 超百岁老人和年轻对照组的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 61,202个外周血单个核细胞，来自7名超百岁老人和5名年轻对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 30328 | 2024-08-09 |
The in vivo endothelial cell translatome is highly heterogeneous across vascular beds
2019-11-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1912409116
PMID:31712416
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研究论文 | 通过应用内皮细胞特异性翻译核糖体亲和纯化（EC-TRAP）结合高通量RNA测序分析，全面描述了内皮细胞在不同血管床中的分子异质性 | 首次使用EC-TRAP技术结合RNA测序，识别了内皮细胞中泛富集基因和组织特异性转录本，包括已知标记和先前未被重视的基因 | EC-TRAP技术在细胞分离和体外扩增后限制了基因表达的变化，以及由于组织酶解所需的单细胞悬液制备导致的血管床特异性基因表达快速变化 | 研究内皮细胞在不同血管床中的分子异质性，并探讨其在生理和病理条件下的基因表达程序 | 内皮细胞在不同血管床中的分子特征及其对脂多糖（LPS）反应的差异 | NA | NA | 内皮细胞特异性翻译核糖体亲和纯化（EC-TRAP），高通量RNA测序 | NA | RNA | 多个血管床的内皮细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30329 | 2024-08-09 |
Single-cell reconstruction of differentiation trajectory reveals a critical role of ETS1 in human cardiac lineage commitment
2019-11-13, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-019-0709-6
PMID:31722692
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了ETS1在人类心脏谱系分化中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了心脏谱系分化过程中ETS1的激活及其对心脏结构基因的调控作用 | NA | 研究人类心脏谱系分化过程中的关键分子事件和调控因子 | 人类胚胎干细胞的心脏分化过程 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 6879个细胞，来自6个不同的心脏分化阶段 | NA | NA | NA | NA |
| 30330 | 2024-08-09 |
SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments
2019-Nov-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3167-9
PMID:31718533
|
研究论文 | 本文开发了一个名为SCOPIT的交互式网络应用程序，用于计算单细胞测序实验中每个亚群（细胞类型或癌症克隆）至少采样一定数量细胞的概率 | 提出了一个基于多项分布的计算工具，用于快速进行单细胞实验的样本量计算 | NA | 开发工具以辅助单细胞测序实验的样本量规划和回顾性评估 | 单细胞DNA和RNA测序实验中的细胞数量 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 多项分布 | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30331 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks
2019-11-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.47889
PMID:31710287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了22,439个小鼠新皮质神经元的数据，揭示了密集的皮质内神经肽调节网络的转录证据 | 发现了数十种分子上不同的神经肽调节网络，这些网络直接连接所有皮质神经元 | NA | 探索皮质突触网络的稳态、调节和可塑性的新见解 | 小鼠新皮质神经元的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 22,439个小鼠新皮质神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 30332 | 2024-08-09 |
Cell-by-cell deciphering of T cells in allergic inflammation
2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2019.10.001
PMID:31703761
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究了过敏性炎症患者的组织T细胞，揭示了T细胞的异质性，并提供了未来研究的方向 | 通过scRNA-seq技术，本文首次详细描述了过敏性炎症组织中T细胞的异质性，并识别出两种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体 | NA | 探讨过敏性炎症的病理机制，并提供未来单细胞下一代测序平台的研究方向 | 过敏性炎症患者的组织T细胞 | 数字病理学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 8种CD3 T细胞群体和2种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 30333 | 2024-08-09 |
Quantifying pluripotency landscape of cell differentiation from scRNA-seq data by continuous birth-death process
2019-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1007488
PMID:31721764
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研究论文 | 本文提出了一种名为Landscape of Differentiation Dynamics (LDD)的方法，通过连续的出生-死亡过程从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中计算细胞潜能并构建其分化景观 | LDD方法能够准确且高效地构建细胞的进化树并量化其分化景观，特别是在量化细胞潜能方面 | NA | 研究细胞分化过程，并提供一种计算工具来量化细胞潜能或Waddington潜能景观 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化过程 | 系统生物学 | NA | scRNA-seq | 连续出生-死亡过程 | scRNA-seq数据 | 七个基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 30334 | 2024-08-09 |
Understanding tumor-infiltrating lymphocytes by single cell RNA sequencing
2019, Advances in immunology
DOI:10.1016/bs.ai.2019.08.004
PMID:31699218
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研究论文 | 本文通过全长单细胞RNA测序技术研究了三种癌症类型的肿瘤浸润T细胞，并开发了STARTRAC分析框架来量化T细胞亚群的动态特性 | 本文开发了STARTRAC分析框架，揭示了肿瘤免疫微环境中T细胞亚群的保守性和癌症类型特异性，并提供了详细的分子图谱 | NA | 提高当前癌症免疫疗法的效果并开发新的治疗选项 | 肿瘤浸润T细胞及其在肿瘤免疫微环境中的特性 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 三种癌症类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30335 | 2024-08-09 |
Digitaldlsorter: Deep-Learning on scRNA-Seq to Deconvolute Gene Expression Data
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00978
PMID:31708961
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研究论文 | 本文介绍了一种基于深度学习的方法Digitaldlsorter，用于从scRNA-Seq数据中解卷积结直肠癌和乳腺癌的bulk RNA-Seq样本中的免疫浸润 | 该方法利用深度神经网络模型，不仅能够量化淋巴细胞总体，还能量化特定的CD8+、CD4Tmem、CD4Th和CD4Tregs亚群，以及B细胞和间质内容，并且签名是从肿瘤的scRNA-Seq数据构建的，保留了肿瘤微环境的特定特征 | NA | 旨在通过深度学习算法从scRNA-Seq数据中解卷积基因表达数据，以更好地理解细胞类型在疾病中的作用 | 结直肠癌和乳腺癌的bulk RNA-Seq样本中的免疫细胞浸润 | 机器学习 | 乳腺癌, 结直肠癌 | scRNA-Seq | 深度神经网络 (DNN) | RNA-Seq数据 | 应用到TCGA项目的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30336 | 2024-08-09 |
Evaluation of single-cell classifiers for single-cell RNA sequencing data sets
2020-09-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbz096
PMID:31675098
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研究论文 | 本文对九种专门为单细胞RNA测序数据集设计的分类软件工具进行了全面且公正的评估 | 提出了使用集成投票方法提高预测准确性，并在非理想情况下，基于簇级相似性的工具表现出优越性能 | 仅使用单细胞分类器难以捕捉到新的细胞类型，即使有分配'未分配'标签的功能 | 评估单细胞RNA测序数据集的分类工具，并提供选择和应用这些工具的指南 | 单细胞RNA测序数据集的细胞类型分类工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机森林、相关性分析、XGBoost | 单细胞RNA测序数据 | 涉及小规模和类别不平衡的参考数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 30337 | 2024-08-09 |
Differential expression of α6 and β1 integrins reveals epidermal heterogeneity at single-cell resolution
2020-03, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.29487
PMID:31680320
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研究论文 | 本研究通过基于α6和β1整合素差异表达的荧光激活细胞分选（FACS）策略，结合转录组分析，探索了表皮异质性 | 本研究提出了一种预分选方法，用于研究整合素表达与表皮异质性的关系，并识别了多种表皮细胞类型及其表达谱 | NA | 探索表皮异质性及整合素表达与表皮细胞类型的关系 | 表皮细胞及其整合素表达 | 数字病理学 | NA | 荧光激活细胞分选（FACS），RNA-seq | NA | 转录组数据 | 从C57BL/6小鼠背部皮肤获取的表皮细胞，共576个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30338 | 2024-08-09 |
TM3'seq: A Tagmentation-Mediated 3' Sequencing Approach for Improving Scalability of RNAseq Experiments
2020-01-07, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1534/g3.119.400821
PMID:31676507
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TM3'seq的新型3'富集文库制备协议，该协议使用Tn5转座酶并保留每个步骤中的样本身份，旨在提高RNA-seq实验的可扩展性 | TM3'seq协议能够在6小时内处理96个样本，且只需3小时的直接操作时间，成本仅为每样本1.5美元，显著降低了RNA-seq实验的成本和时间 | NA | 开发一种成本和时间效率高的RNA-seq文库制备方法，以促进大规模RNA-seq实验的普及 | 人类和其他RNA样本的转录组 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | RNA | 多种人类和其他RNA样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30339 | 2024-08-09 |
Developmental and cellular age direct conversion of CD4+ T cells into RORγ+ or Helios+ colon Treg cells
2020-01-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190428
PMID:31685531
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研究论文 | 研究探讨了CD4+ T细胞向RORγ+或Helios+结肠Treg细胞的定向分化 | 首次揭示了CD4+ Tconv细胞能够根据细胞或个体的年龄差异分化为RORγ+和Helios+ pTreg细胞，为结肠Treg细胞的生理适应性提供了新见解 | NA | 阐明结肠中RORγ+和Helios+ Treg细胞的起源和关系 | CD4+ T细胞、RORγ+和Helios+ Treg细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用单个结肠化和小鼠模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 30340 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Yes-Associated Protein 1-Dependent Hepatic Mesothelial Progenitors in Fibrolamellar Carcinoma
2020-01, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2019.09.018
PMID:31669305
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了来源于患者的纤维板层癌异种移植模型，并识别了治疗靶点 | 首次发现Yes相关蛋白1依赖的肝间皮祖细胞在纤维板层癌中的作用，并证实抑制YAP1可显著减少细胞生长和迁移 | NA | 探索纤维板层癌的治疗靶点 | 纤维板层癌细胞及其治疗靶点 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来源于患者的纤维板层癌异种移植模型 | NA | NA | NA | NA |