单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 30281 - 30300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 30281 | 2024-08-09 |
Early Transcriptional Landscapes of Chlamydia trachomatis-Infected Epithelial Cells at Single Cell Resolution
2019, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2019.00392
PMID:31803632
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-Seq）分析了衣原体感染的HEp-2细胞的早期转录组景观 | 首次在单细胞水平上研究衣原体感染的早期转录组变化，揭示了感染特定细胞轨迹和差异表达基因 | 研究样本量较小，仅包括200个细胞，可能影响结果的普遍性 | 评估单细胞RNA测序技术在衣原体生物学中的应用，并识别早期宿主细胞的衣原体感染生物标志物 | 衣原体感染的HEp-2细胞和模拟感染的HEp-2细胞 | 数字病理学 | 生殖道疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 264个时间匹配的衣原体感染和模拟感染的HEp-2细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30282 | 2024-08-09 |
CellBench: R/Bioconductor software for comparing single-cell RNA-seq analysis methods
2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz889
PMID:31778143
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研究论文 | 本文介绍了CellBench软件，用于比较单细胞RNA测序分析方法 | CellBench软件支持任务中心或组合方式的方法比较，自动运行方法组合，并提供运行时间测量和表格输出，便于总结和可视化 | NA | 开发新软件以管理单细胞RNA测序分析方法的基准测试 | 单细胞RNA测序分析方法的基准测试 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30283 | 2024-08-09 |
A single-cell transcriptome atlas for zebrafish development
2020-03-15, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2019.11.008
PMID:31782996
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序方法，构建了一个斑马鱼发育过程中的单细胞转录组图谱 | 首次系统地描述了斑马鱼从咽囊到早期幼体阶段的细胞类型及其基因表达变化，为生物学家提供了新的细胞类型和发育阶段特异性表达信息 | NA | 旨在填补我们对动物发育及人类疾病中细胞类型及其变化了解的空白 | 斑马鱼发育过程中的细胞类型及其基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 44,102个细胞，跨越四天的发育过程，使用重复实验确认高重复性 | NA | NA | NA | NA |
| 30284 | 2024-08-09 |
Tumor mutation burden, immune checkpoint crosstalk and radiosensitivity in single-cell RNA sequencing data of breast cancer
2020-01, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.radonc.2019.11.003
PMID:31767471
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研究论文 | 本研究分析了乳腺癌和免疫细胞的单细胞RNA测序数据，主要关注肿瘤突变负荷（TMB）、免疫检查点交叉对话和放射敏感性 | 本研究首次在单细胞水平上探讨了乳腺癌中肿瘤突变负荷、免疫检查点交叉对话与放射敏感性的关系 | 研究样本量较小，且仅使用了公开数据库中的数据，可能限制了结果的普遍性 | 探讨乳腺癌中单细胞RNA测序数据中的肿瘤突变负荷、免疫检查点交叉对话和放射敏感性的关系 | 乳腺癌细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 肿瘤细胞和免疫细胞共492个，其中肿瘤细胞来自原发肿瘤和转移淋巴结共317个 | NA | NA | NA | NA |
| 30285 | 2024-08-09 |
Single-Cell Capture, RNA-seq, and Transcriptome Analysis from the Neural Retina
2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0175-4_12
PMID:31786788
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研究论文 | 本文描述了从成年视网膜组织中进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）的当前技术，包括视网膜解剖、视网膜分离、细胞群体评估、cDNA合成、文库构建和下一代测序，并介绍了使用开源工具的scRNA-seq数据分析流程 | 介绍了从成年视网膜组织中进行scRNA-seq的技术流程，并引入了使用开源工具的数据分析方法 | NA | 解决细胞异质性挑战 | 成年视网膜组织中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 超过100种神经细胞亚型 | NA | NA | NA | NA |
| 30286 | 2024-08-09 |
Refining the adipose progenitor cell landscape in healthy and obese visceral adipose tissue using single-cell gene expression profiling
2019-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.201900561
PMID:31767614
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对健康和肥胖小鼠内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞进行了细胞图谱构建和异质性分析 | 研究首次识别出两种不同的脂肪组织来源干细胞（ASCs）和三种不同的前脂肪细胞（PAs），并发现了新的细胞表面标记物，这些标记物与传统的ASCs和前脂肪细胞标记物结合使用，可以通过流式细胞术区分这些APC亚群 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现 | 旨在深入研究脂肪组织的基本生物学特性，以推动解决肥胖问题的创新解决方案 | 健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞（APCs） | 数字病理学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究涉及健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30287 | 2024-08-09 |
A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis
2019-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-019-0417-z
PMID:31768046
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，鉴定了一种表达微管聚合促进蛋白家族成员3（Tppp3）的细胞群作为潜在的肌腱干细胞，并探讨了血小板衍生生长因子（PDGF）信号在肌腱再生和纤维化中的共同作用。 | 首次发现Tppp3+Pdgfra+细胞群作为肌腱干细胞，并揭示了PDGF信号在肌腱再生和纤维化中的双重作用。 | 研究主要集中在实验室条件下，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。 | 探讨肌腱损伤后的再生机制及PDGF信号在其中的作用。 | 肌腱干细胞及其在肌腱再生和纤维化中的作用。 | 生物医学 | 肌腱损伤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 30288 | 2024-08-09 |
Stalled developmental programs at the root of pediatric brain tumors
2019-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-019-0531-7
PMID:31768071
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研究论文 | 本文通过生成单细胞转录组图谱，研究了儿童脑肿瘤的起源和发展状态 | 首次生成了胚胎期脑桥和前脑的单细胞转录组图谱，并揭示了特定神经前体细胞分化障碍是这些儿童癌症的共同机制 | NA | 识别儿童脑肿瘤的脆弱发展状态 | 儿童脑肿瘤的起源和发展状态 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过65,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30289 | 2024-08-09 |
The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics
2019-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13056-x
PMID:31780648
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research paper | 本文描述了如何避免t-SNE在单细胞转录组数据分析中的常见缺陷，并开发了一种更忠实的t-SNE可视化协议 | 提出了包括PCA初始化、高学习率和多尺度相似性核的t-SNE改进协议，并在大规模数据集上使用夸张和基于下采样的初始化 | NA | 改进t-SNE在单细胞转录组数据可视化中的应用 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | t-SNE | t-SNE | RNA-seq数据 | 数千个基因和数百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30290 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals compartmental remodeling of tumor-infiltrating immune cells induced by anti-CD47 targeting in pancreatic cancer
2019-11-27, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-019-0822-6
PMID:31771616
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨了抗CD47靶向治疗在胰腺癌中对肿瘤浸润免疫细胞隔室重塑的影响 | 首次展示了抗CD47治疗在胰腺癌中通过增加具有抗肿瘤功能的促炎性巨噬细胞和减少抗炎性巨噬细胞来重塑肿瘤内淋巴细胞和巨噬细胞隔室 | 研究结果在不同胰腺癌细胞系建立的肿瘤模型中显示出差异性反应，表明治疗效果可能受特定细胞系的影响 | 探讨靶向CD47的单克隆抗体是否能通过改变肿瘤微环境增强胰腺癌对免疫检查点抑制剂的反应 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境及CD47靶向治疗对其影响 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 106例PDAC病例及多个小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 30291 | 2024-08-09 |
Invariant patterns of clonal succession determine specific clinical features of myelodysplastic syndromes
2019-11-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13001-y
PMID:31772163
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研究论文 | 本研究通过分析1809名骨髓增生异常综合症（MDS）患者的单细胞测序数据，推断克隆结构，并评估突变在克隆结构中的位置，以揭示MDS的临床特征 | 本研究识别了37种显著的突变组合，其中12种影响临床表型，5种与不良预后相关，并能预测对去甲基化治疗的反应 | NA | 探究骨髓增生异常综合症的克隆结构及其对临床特征的影响 | 骨髓增生异常综合症患者的克隆结构和突变组合 | NA | 骨髓增生异常综合症 | 单细胞测序 | PyClone生物分析管道 | 基因组数据 | 1809名MDS患者 | NA | NA | NA | NA |
| 30292 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of Oligodendrocytes and Their Precursor Cells
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-32-9636-7_5
PMID:31760638
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研究论文 | 本文探讨了少突胶质细胞及其前体细胞的异质性 | 通过单细胞RNA测序分析，识别出成熟的少突胶质细胞中的六个不同群体和OPCs中的一个群体，展示了这些细胞在发育和区域上的不均匀性 | NA | 研究少突胶质细胞及其前体细胞的多样性及其在中枢神经系统中的功能 | 少突胶质细胞及其前体细胞的异质性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30293 | 2024-08-09 |
Gene Expression-Based Identification of Antigen-Responsive CD8+ T Cells on a Single-Cell Level
2019, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2019.02568
PMID:31781096
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研究论文 | 本文研究了如何在未筛选的单细胞基因表达数据中识别人类同源抗原反应性CD8 T细胞及其受体 | 开发了一种基于机器学习的分类器，能够从非选择性群体中敏感且特异地检测病毒反应性CD8 T细胞 | NA | 研究如何识别抗原反应性CD8 T细胞及其受体 | 人类同源抗原反应性CD8 T细胞及其受体 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序和qPCR | 机器学习 | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 30294 | 2024-08-09 |
The Tumor Suppressor Role of Zinc Finger Protein 671 (ZNF671) in Multiple Tumors Based on Cancer Single-Cell Sequencing
2019, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2019.01214
PMID:31781507
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据集（scRNA-seq）探讨了锌指蛋白671（ZNF671）在多种肿瘤中的肿瘤抑制作用 | 首次通过单细胞测序技术揭示了ZNF671在多种肿瘤中的肿瘤抑制功能，并探讨了其在异质性癌细胞群体中的作用 | 研究主要基于单细胞测序数据，可能需要进一步的实验验证 | 确定ZNF671在癌症单细胞中的功能状态及其在肿瘤中的作用 | 锌指蛋白671（ZNF671）及其在多种肿瘤中的功能 | 数字病理学 | 多种肿瘤 | 单细胞测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞测序数据 | 涉及14种癌症相关的ZNF671单细胞测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 30295 | 2024-08-09 |
Single-Cell Genome and Transcriptome Sequencing Library Construction Using Combination of MDA and Nextera Library Prep Method
2016-Jan, Current protocols in molecular biology
DOI:10.1002/0471142727.mb0723s113
PMID:31773914
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研究论文 | 本文描述了使用多重置换扩增（MDA）和Nextera文库制备方法进行单细胞基因组和转录组测序文库构建的完整工作流程 | 本文结合了MDA和Nextera文库制备方法，提高了单细胞测序的质量和鲁棒性 | NA | 探索单细胞分析在生命科学和医学中的应用，特别是罕见细胞类型、异质样本和与镶嵌性或变异性相关的表型的研究 | 单细胞的基因组和转录组 | 生命科学 | NA | NGS | NA | 基因组和转录组数据 | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30296 | 2024-08-09 |
Nature-Inspired Compressed Sensing for Transcriptomic Profiling From Random Composite Measurements
2021-Sep, IEEE transactions on cybernetics
IF:9.4Q1
DOI:10.1109/TCYB.2019.2951402
PMID:31751263
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研究论文 | 本文提出了一种基于差分进化和压缩感知的数学框架DECS，用于从低维随机复合测量中重建高维基因表达数据 | DECS方法利用基因表达数据的固有稀疏性，能够从低维随机复合测量中学习稀疏模块字典和水平，以显著的量级（例如200倍）重建高维基因表达数据 | NA | 解决基因表达数据与随机复合测量之间关系的长期挑战 | 基因表达数据 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | 差分进化（DE） | 基因表达数据 | 九个GSE数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 30297 | 2024-08-09 |
Genomic and transcriptomic profiling of carcinogenesis in patients with familial adenomatous polyposis
2020-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2019-319438
PMID:31744909
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序、全基因组测序和单细胞RNA测序，探讨了家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者从癌前腺瘤到腺癌的遗传改变和转录组转变 | 首次全面分析了FAP患者从腺瘤到腺癌的基因组和转录组变化，揭示了代谢重编程在癌前阶段的发生 | 研究样本量较小，仅包括六名FAP患者和一名MUTYH相关息肉病患者 | 探讨FAP患者从癌前腺瘤到腺癌的遗传改变和转录组转变 | FAP患者的正常组织、多区域采样的不同阶段腺瘤和腺癌 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 全外显子测序、全基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 56个外显子、56个基因组和8,757个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30298 | 2024-08-09 |
Single-cell TCR sequencing of gut intraepithelial γδ T cells reveals a vast and diverse repertoire in celiac disease
2020-03, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-019-0222-9
PMID:31728027
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研究论文 | 研究通过单细胞TCR测序技术分析了未经治疗和接受无麸质饮食治疗的乳糜泻患者的肠道上皮内γδ T细胞的TCR库 | 首次在大规模单细胞配对γδ TCR测序研究中揭示了乳糜泻患者γδ TCR库的扩大和多样性增加 | 未能提供乳糜泻特异性γδ TCR的证据，对识别乳糜泻相关γδ TCR配体的挑战 | 探究乳糜泻患者肠道上皮内γδ T细胞的TCR库特征及其与疾病的关系 | 乳糜泻患者的肠道上皮内γδ T细胞 | 数字病理学 | 乳糜泻 | 单细胞TCR测序 | NA | 序列数据 | 未经治疗的乳糜泻患者8例（1821个细胞），接受无麸质饮食治疗的乳糜泻患者5例（436个细胞），对照组7例（1068个细胞） | NA | NA | NA | NA |
| 30299 | 2024-08-09 |
Single-cell characterization and metabolic profiling of in vitro cultured human skeletal progenitors with enhanced in vivo bone forming capacity
2020-03, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/sctm.19-0151
PMID:31738481
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研究论文 | 研究了无血清预处理对人类骨膜来源细胞的细胞和分子变化，以及其在体内骨形成能力增强的机制 | 首次揭示了无血清预处理通过激活与骨发育和骨折愈合相关的通路和转录调控因子，增强体内骨形成能力 | NA | 探索无血清预处理对人类骨膜来源细胞的影响及其在体内骨形成中的作用 | 人类骨膜来源细胞及其在无血清预处理后的变化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30300 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis reveals differential nutrient absorption functions in human intestine
2020-02-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20191130
PMID:31753849
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自人类回肠、结肠和直肠的14,537个上皮细胞，揭示了小肠和大肠在营养吸收功能上的差异 | 发现了人类大肠中类似潘氏细胞的存在，并鉴定了人类瞬时增殖细胞和杯状细胞的新标记基因 | NA | 详细描述人类肠道细胞组成和功能，以更好地理解人类肠道疾病 | 人类肠道上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14,537个上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |