单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32055 篇文献，本页显示第 30161 - 30180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 30161 | 2024-08-09 |
Characteristics, dynamic changes, and prognostic significance of TCR repertoire profiling in patients with renal cell carcinoma
2020-05, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.5396
PMID:32073142
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研究论文 | 本研究探讨了肾细胞癌（RCC）肿瘤负荷对T细胞受体β链（TCRB）多样性的基线和动态影响，并评估了基线TCRB多样性对预后的预测价值 | 发现高基线TCRB多样性与更好的预后相关，特别是在IV期患者中，且肿瘤负荷对免疫状态有不同影响 | 研究样本量相对较小，且仅限于RCC患者 | 探索RCC肿瘤负荷对T细胞受体多样性的影响及其对预后的预测意义 | RCC患者及良性肾病患者的外周TCRB库 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 高通量TCRB测序、转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA, 10x Genomics） | NA | TCRB序列数据、转录组数据 | 45名RCC患者和2名良性肾病患者的外周TCRB库，28名患者手术前后的外周白细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30162 | 2024-08-09 |
scTSSR: gene expression recovery for single-cell RNA sequencing using two-side sparse self-representation
2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa108
PMID:32073600
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研究论文 | 本文开发了一种名为scTSSR的插补方法，用于恢复单细胞RNA测序中的基因表达 | scTSSR通过使用双边稀疏自表示模型，同时利用来自相似基因和相似细胞的信息来填补缺失事件 | NA | 恢复单细胞RNA测序中的真实基因表达水平，以便进行下游分析 | 单细胞RNA测序中的基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双边稀疏自表示模型 | 基因表达矩阵 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30163 | 2024-08-09 |
CMF-Impute: an accurate imputation tool for single-cell RNA-seq data
2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa109
PMID:32073612
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研究论文 | 本文提出了一种基于协同矩阵分解的方法CMF-Impute，用于单细胞RNA测序数据中的缺失值填补 | CMF-Impute方法考虑了细胞和基因之间的关联，能够更准确地填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 协同矩阵分解 | 基因表达矩阵 | 六个真实单细胞RNA测序数据集和三个模拟数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 30164 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Size-Dependent Effects of Polystyrene Microplastics on Immune and Secretory Cell Populations from Zebrafish Intestines
2020-03-17, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.9b06386
PMID:32092251
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术探讨了聚苯乙烯微塑料对斑马鱼肠道细胞群体的大小依赖性影响 | 首次揭示了不同大小的聚苯乙烯微塑料对斑马鱼肠道免疫细胞和分泌细胞的具体影响，并发现了这些微塑料与肠道微生物群变化的关联 | 研究仅限于斑马鱼，且样本仅包括暴露于三种不同大小微塑料的肠道细胞 | 深入理解聚苯乙烯微塑料对斑马鱼肠道细胞群体的大小依赖性影响及其与肠道微生物群的相互作用 | 斑马鱼肠道细胞及肠道微生物群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 12,000个来自暴露于100 nm、5 μm和200 μm聚苯乙烯微塑料21天的斑马鱼肠道细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30165 | 2024-08-09 |
High-Resolution Dissection of Chemical Reprogramming from Mouse Embryonic Fibroblasts into Fibrocartilaginous Cells
2020-03-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2020.01.013
PMID:32084387
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研究论文 | 本文通过化学混合物VCRTc在小鼠胚胎成纤维细胞中直接重编程为PRG4+软骨细胞，并研究了这一过程中的细胞转录组变化及其在体内的修复效果 | 首次使用化学方法直接将小鼠胚胎成纤维细胞重编程为软骨细胞，并展示了其在体内修复关节表面的效果 | NA | 探索通过化学重编程方法生成软骨细胞的可行性及其在关节损伤修复中的应用 | 小鼠胚胎成纤维细胞和化学诱导的软骨细胞 | 细胞生物学 | 关节疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30166 | 2024-08-09 |
Ascl2-Dependent Cell Dedifferentiation Drives Regeneration of Ablated Intestinal Stem Cells
2020-03-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.12.011
PMID:32084390
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研究论文 | 研究探讨了肠道干细胞（ISCs）在LGR5干细胞被清除后通过细胞去分化进行再生的机制 | 揭示了ASCL2依赖的去分化过程在肠道干细胞再生中的关键作用，并通过单细胞RNA测序分析了去分化的转录路径 | NA | 研究肠道干细胞在清除后的再生机制 | 肠道干细胞及其再生过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30167 | 2024-08-09 |
Distinct Mesenchymal Cell Populations Generate the Essential Intestinal BMP Signaling Gradient
2020-03-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.01.008
PMID:32084389
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研究论文 | 本研究通过结合全装高分辨率显微镜与集合和单细胞RNA测序，识别了三种不同的PDGFRA间质细胞类型，揭示了它们在肠道BMP信号梯度形成中的作用 | 首次详细描述了肠道间质细胞的精细解剖、分子和功能细节，以及这些细胞在组织自我更新所需的信号梯度中的细胞基础 | NA | 揭示肠道间质细胞结构及其在组织自我更新中的作用 | 肠道间质细胞及其在BMP信号梯度中的作用 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30168 | 2024-08-09 |
New insights into the early mechanisms of epileptogenesis in a zebrafish model of Dravet syndrome
2020-03, Epilepsia
IF:6.6Q1
DOI:10.1111/epi.16456
PMID:32096222
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术在斑马鱼模型中引入突变，探索Dravet综合征早期癫痫发生机制及5HT2受体激动剂芬氟拉明的潜在疾病修饰作用。 | 首次在斑马鱼模型中揭示Dravet综合征早期发病机制，并提供芬氟拉明可能的疾病修饰证据。 | NA | 确定Dravet综合征新生儿脑发育期间癫痫发作的最早细胞缺陷，并研究芬氟拉明的潜在疾病修饰活性。 | 斑马鱼模型中的Dravet综合征。 | 数字病理学 | 癫痫 | CRISPR/Cas9 | NA | 单细胞RNA测序 | 15个突变斑马鱼样本，16个野生型样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30169 | 2024-08-09 |
Advanced maternal age alters expression of maternal effect genes that are essential for human oocyte quality
2020-02-25, Aging
DOI:10.18632/aging.102864
PMID:32096767
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了母亲年龄对人类卵子质量的影响，并识别了受高龄影响的基因 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了高龄母亲卵子中差异表达的基因，并验证了关键基因对卵子质量和早期胚胎发育的影响 | 研究样本量较小，仅包括来自IVF或ICSI患者的六个年轻卵子和六个高龄卵子 | 探讨母亲年龄对人类卵子质量的影响及其分子机制 | 人类成熟卵子的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6个年轻卵子和6个高龄卵子 | NA | NA | NA | NA |
| 30170 | 2024-08-09 |
Metabolic Changes Accompanying Spermatogonial Stem Cell Differentiation
2020-02-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.014
PMID:32097651
|
综述 | 本文通过分析最近发表的小鼠和人类睾丸scRNA-seq数据库，比较了不同阶段精原干细胞的代谢基因表达谱 | 首次探讨了精原干细胞分化过程中伴随的代谢变化 | NA | 探讨精原干细胞分化过程中的代谢变化及其与外部微环境的关系 | 精原干细胞及其分化过程中的代谢变化 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类睾丸样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30171 | 2024-08-09 |
Persistent features of intermittent transcription
2020-02-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-60094-3
PMID:32081955
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞RNA测序数据参数化方法，用于估计基因激活概率及其峰值转录率，并应用于成年小鼠不同组织的单细胞mRNA计数分析。 | 提出了一种新的参数化方法来估计基因激活概率和峰值转录率，这些参数不依赖于计数波动背后的机制。 | 研究结果可能受到实验过程中固有的技术噪声的影响。 | 探索基因表达异质性并分析不同组织中基因转录的持久特征。 | 单细胞RNA测序数据和成年小鼠不同组织的基因表达。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠不同组织的单细胞mRNA计数 | NA | NA | NA | NA |
| 30172 | 2024-08-09 |
A deep adversarial variational autoencoder model for dimensionality reduction in single-cell RNA sequencing analysis
2020-Feb-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3401-5
PMID:32085701
|
研究论文 | 本文提出了一种基于对抗变分自编码器（DR-A）的单细胞RNA测序数据降维方法 | DR-A利用了一种新颖的基于对抗变分自编码器的框架，适用于无监督学习任务，能够提供更准确的低维表示 | NA | 克服单细胞RNA测序数据高维度和大量丢失事件的挑战，实现有效的数据降维 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗变分自编码器 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30173 | 2024-08-09 |
Defining the emergence of myeloid-derived suppressor cells in breast cancer using single-cell transcriptomics
2020-02-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aay6017
PMID:32086381
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学技术，通过比较携带乳腺肿瘤的小鼠与野生型小鼠的脾脏髓系细胞，确定了乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）的分子特征 | 本研究揭示了MDSCs通过异常的中性粒细胞成熟轨迹在脾脏中出现，并赋予其免疫抑制细胞状态，同时确定了MDSCs特异的基因签名和表面标记CD84，以改进乳腺癌中MDSCs的检测和富集 | NA | 确定乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）的分子特征 | 乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）及其与正常髓系细胞的差异 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 14,646个单细胞转录组 | NA | NA | NA | NA |
| 30174 | 2024-08-09 |
Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution
2020-02-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14777-0
PMID:32080185
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组和表位分析，结合通路和谱系分析，从发育角度研究了小鼠唾液腺鳞状细胞癌模型中的肿瘤发生过程 | 提供了全面的细胞图谱，并描述了肿瘤特异性细胞的发育轨迹，强调了使用定义的遗传模型系统的力量 | NA | 理解肿瘤起始、进展和转移的基础 | 小鼠唾液腺鳞状细胞癌模型中的肿瘤发生过程 | 数字病理学 | 唾液腺鳞状细胞癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30175 | 2024-08-09 |
Tracking intratumoral heterogeneity in glioblastoma via regularized classification of single-cell RNA-Seq data
2020-Feb-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3390-4
PMID:32070274
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研究论文 | 本文提出了一种基于稀疏逻辑回归的分类方法，用于分析胶质母细胞瘤（GBM）的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，以识别区分不同细胞群体（肿瘤细胞和正常细胞）的基因特征 | 通过网络基础的twiner正则化方法，识别肿瘤核心和从肿瘤边缘起源的浸润性肿瘤细胞之间共享的基因签名，作为潜在的疾病生物标志物 | NA | 旨在识别区分胶质母细胞瘤克隆的基因，以及在不同胶质母细胞瘤肿瘤克隆（包括迁移细胞）中发挥相似作用的基因，从而为治疗研究提供潜在目标 | 胶质母细胞瘤（GBM）的细胞和分子异质性 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 稀疏逻辑回归 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30176 | 2024-08-09 |
Exploring and analysing single cell multi-omics data with VDJView
2020-02-18, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-020-0696-z
PMID:32070336
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研究论文 | 开发了一种名为VDJView的工具，用于同时分析和可视化单细胞多组学数据，包括基因表达、免疫受体和临床元数据 | VDJView是一个易于使用的R shiny网络应用程序，集成了多种基因表达和TCR分析工具，能够处理来自板式分类或高通量单细胞平台的数据 | NA | 开发一种工具，使没有深厚生物信息学技能的研究人员能够分析免疫单细胞RNA测序数据，并加速假设测试、数据解释和细胞异质性的发现 | 单细胞RNA测序数据，包括基因表达、TCR序列、表面蛋白定量和抗原特异性 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 分析了多个10X scRNA-seq数据集，包括150,000个CD8+ T细胞和563个单细胞（板式分类）来自11个受试者 | NA | NA | NA | NA |
| 30177 | 2024-08-09 |
Prospective isolation of chondroprogenitors from human iPSCs based on cell surface markers identified using a CRISPR-Cas9-generated reporter
2020-02-18, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-020-01597-8
PMID:32070421
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术编辑的COL2A1-GFP报告基因hiPSC细胞系，结合表面标记筛选，鉴定并分离出表达CD146、CD166和PDGFRβ的人诱导多能干细胞来源的软骨祖细胞，以提高软骨分化的纯度和效率。 | 本研究首次鉴定并分离出表达特定表面标记的hiPSC来源的软骨祖细胞，这些细胞具有高软骨形成潜力，为软骨组织工程或疾病模型研究提供了纯化的细胞来源。 | NA | 本研究旨在通过鉴定和利用细胞表面标记来纯化和提高人诱导多能干细胞软骨分化的效率和纯度。 | 人诱导多能干细胞（hiPSCs）及其软骨祖细胞。 | 再生医学 | 骨关节炎 | CRISPR-Cas9技术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞表面标记，RNA序列 | 本研究涉及的细胞群体中，表达CD146、CD166和PDGFRβ的软骨祖细胞占16.8%。 | NA | NA | NA | NA |
| 30178 | 2024-08-09 |
A Highly Conserved Circular RNA Is Required to Keep Neural Cells in a Progenitor State in the Mammalian Brain
2020-02-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.083
PMID:32075758
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研究论文 | 研究了高度保守的环状RNA circSLC45A4在维持哺乳动物大脑神经前体细胞状态中的作用 | 首次揭示了circSLC45A4在维持神经前体细胞状态中的关键作用 | NA | 探讨circSLC45A4在神经前体细胞维持中的功能 | 人类神经母细胞瘤细胞系和小鼠大脑发育过程中的神经前体细胞 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类神经母细胞瘤细胞系和小鼠大脑发育过程中的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30179 | 2024-08-09 |
Kernel Differential Subgraph Analysis to Reveal the Key Period Affecting Glioblastoma
2020-02-17, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom10020318
PMID:32079293
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研究论文 | 本文开发了一种探索核心差异子图（KDS）的标准（CKDS），并应用于模拟数据集和三个单细胞RNA测序数据集，以揭示影响胶质母细胞瘤发展的关键分化期。 | 提出了新的CKDS算法，考虑了KDS的连通性、规模、节点拓扑差异及基因功能相关性，并在模拟数据集上表现优于现有方法。 | NA | 探索胶质母细胞瘤的机制，并识别导致剧烈变化的核心差异子图（KDS）。 | 胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化过程。 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | CKDS算法 | 基因网络数据 | 三个单细胞RNA测序数据集，包括胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化。 | NA | NA | NA | NA |
| 30180 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing in Human Retinal Degeneration Reveals Distinct Glial Cell Populations
2020-02-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9020438
PMID:32069977
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了一位70岁视网膜退化患者的视网膜组织，并与对照组进行比较，识别了不同的胶质细胞群。 | 首次在人类视网膜退化背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质细胞的独特转录组特征。 | 研究样本量较小，仅基于一位患者的视网膜组织进行分析。 | 探讨视网膜退化疾病中胶质细胞的分子特征。 | 视网膜退化患者的视网膜组织及对照组的视网膜组织。 | 数字病理学 | 视网膜退化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5个样本（1个视网膜退化患者和4个对照患者） | NA | NA | NA | NA |