单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32005 篇文献，本页显示第 30141 - 30160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 30141 | 2024-08-09 |
scCATCH: Automatic Annotation on Cell Types of Clusters from Single-Cell RNA Sequencing Data
2020-Mar-27, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.100882
PMID:32062421
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研究论文 | 介绍了一种名为scCATCH的单细胞聚类自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释细胞类型 | scCATCH通过基于证据的评分和组织特异性细胞注释策略，实现了高一致性的细胞类型注释，并优于现有的Seurat等方法 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在六个来自不同组织的已发表的单细胞RNA测序数据集中，scCATCH准确注释了67%-100%的聚类（平均83%） | NA | NA | NA | NA |
| 30142 | 2024-08-09 |
Epithelial Vegfa Specifies a Distinct Endothelial Population in the Mouse Lung
2020-03-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.009
PMID:32059772
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研究论文 | 本文研究了小鼠肺部由上皮细胞VEGFA指定的一种特殊内皮细胞群体 | 首次揭示了上皮细胞VEGFA在小鼠肺部指定一种特殊内皮细胞群体中的作用 | NA | 探讨上皮细胞VEGFA在小鼠肺部内皮细胞分化中的作用 | 小鼠肺部的内皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 约15%的肺部内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30143 | 2024-08-09 |
A Comparative Analysis of Single-Cell Transcriptome Identifies Reprogramming Driver Factors for Efficiency Improvement
2020-Mar-06, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2019.12.035
PMID:32045876
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研究论文 | 本文通过比较分析单细胞转录组，识别出提高重编程效率的驱动因子 | 发现了在核移植2细胞和4细胞胚胎中不完全激活的途径，以及在正常发育的核移植胚胎中发育转录因子的显著表达变化 | NA | 阐明体细胞核移植重编程的潜在分子机制并提高其效率 | 体细胞核移植胚胎中的重编程过程 | 生物技术 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 涉及核移植2细胞和4细胞胚胎的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30144 | 2024-08-09 |
Occludin protects secretory cells from ER stress by facilitating SNARE-dependent apical protein exocytosis
2020-03-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1909731117
PMID:32051248
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研究论文 | 本文研究了闭合蛋白通过促进SNARE依赖的顶端蛋白胞吐作用保护分泌细胞免受内质网压力的影响 | 首次揭示了闭合蛋白在保护乳汁产生细胞免受内质网压力中的作用，并提出其他紧密连接成分可能参与类似功能的可能性 | NA | 探讨闭合蛋白在乳腺生理中的作用及其对乳汁产生细胞内质网压力的影响 | 闭合蛋白在乳汁产生细胞中的功能及其对内质网压力的影响 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 突变小鼠的乳腺组织 | NA | NA | NA | NA |
| 30145 | 2024-08-09 |
Origin and functional heterogeneity of fibroblasts
2020-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.201903188R
PMID:32037627
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综述 | 本文综述了成纤维细胞的起源、功能异质性及其在疾病中的作用 | 探讨了成纤维细胞的发育起源、分子和功能定义、表观遗传控制及其免疫调节功能的演变 | NA | 探讨成纤维细胞的起源和功能异质性 | 成纤维细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因工程小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30146 | 2024-08-09 |
CellTagging: combinatorial indexing to simultaneously map lineage and identity at single-cell resolution
2020-03, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-019-0247-2
PMID:32051617
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellTagging的方法，通过组合细胞索引技术同时捕获细胞谱系信息和细胞身份 | CellTagging方法能够与高通量单细胞RNA测序结合，通过连续的细胞标记构建多层次的谱系树 | 目前的单细胞方法在细胞处理过程中通常会丢失谱系关系 | 开发一种能够同时映射细胞谱系和身份的高通量单细胞技术 | 细胞谱系信息和细胞身份 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30147 | 2024-08-09 |
Elevated circulating Th2 but not group 2 innate lymphoid cell responses characterize canine atopic dermatitis
2020-Mar, Veterinary immunology and immunopathology
IF:1.4Q2
DOI:10.1016/j.vetimm.2020.110015
PMID:32058160
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研究论文 | 研究探讨了犬类特应性皮炎中Th2细胞和2型先天淋巴细胞（ILC2）的反应特征 | 描述了先前未被特征化的犬类ILC2样细胞和Th2细胞，并发现它们在体外产生2型细胞因子并表达转录因子Gata3 | NA | 旨在深入了解导致犬类特应性皮炎的免疫学和遗传学途径，以促进新型治疗方法的开发 | 犬类特应性皮炎中的Th2细胞和ILC2细胞 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 30148 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Atlas of Murine Endothelial Cells
2020-02-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.01.015
PMID:32059779
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研究论文 | 本文构建了一个包含来自11种小鼠组织的超过32,000个单个内皮细胞转录组图谱，并识别了78个内皮细胞亚群 | 首次系统地描述了小鼠内皮细胞在不同组织中的异质性，并揭示了内皮细胞在不同血管床和组织类型中的代谢基因特征 | NA | 研究内皮细胞在不同组织中的转录组异质性 | 小鼠内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过32,000个单个内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30149 | 2024-08-09 |
Immune cell landscaping reveals a protective role for regulatory T cells during kidney injury and fibrosis
2020-02-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.130651
PMID:32051345
|
研究论文 | 本文通过比较两种导致肾脏再生或纤维化的老鼠模型，利用单细胞RNA测序技术分析了免疫细胞组成，揭示了调节性T细胞在肾脏损伤和纤维化中的保护作用 | 本文首次揭示了调节性T细胞在肾脏损伤和纤维化中的保护作用，并展示了其在不同环境下的功能可塑性 | NA | 研究免疫细胞在肾脏损伤、再生和纤维化过程中的变化 | 老鼠模型中的免疫细胞组成和基因表达 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种老鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 30150 | 2024-08-09 |
Amniotic fluid cell-free transcriptome: a glimpse into fetal development and placental cellular dynamics during normal pregnancy
2020-02-12, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-020-0690-5
PMID:32050959
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研究论文 | 本研究探讨了正常妊娠期间羊水细胞游离转录组的变化，以及这些变化如何反映胎儿发育和胎盘细胞动态 | 首次报道了在正常妊娠中，单细胞基因组特征可以在羊水中追踪，并显示出复杂的表达模式 | 需要更大的异质性队列、评估潜在的混杂因素和新的分析方法来定义正常的表达和剪接模式 | 研究正常妊娠期间羊水细胞游离转录组的变化，以发现生物标志物 | 羊水样本中的基因表达和剪接模式 | NA | NA | 人类转录组阵列 | NA | 转录组数据 | 30例中期妊娠和68例足月妊娠的羊水样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30151 | 2024-08-09 |
Transcriptional Programs Define Intratumoral Heterogeneity of Ewing Sarcoma at Single-Cell Resolution
2020-02-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.049
PMID:32049009
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序数据和时间分辨的EWSR1-FLI1结合位点及开放染色质区域的映射，揭示了Ewing肉瘤内转录程序异质性的来源 | 首次详细描述了EWSR1-FLI1活性驱动的特定和直接增强子驱动程序，并揭示了Ewing肉瘤肿瘤内异质性的来源 | NA | 探究Ewing肉瘤细胞如何驱动转录程序的异质性 | Ewing肉瘤细胞及其转录程序的异质性 | 数字病理学 | Ewing肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多种细胞类型和模型系统 | NA | NA | NA | NA |
| 30152 | 2024-08-09 |
CLEAR: coverage-based limiting-cell experiment analysis for RNA-seq
2020-02-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-020-02247-6
PMID:32039730
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CLEAR的工作流程，用于从限制细胞RNA测序（lcRNA-seq）数据中识别可靠定量的转录本，以进行差异表达基因（DEG）分析 | CLEAR算法填补了lcRNA-seq数据预处理中的一个重要空白，有助于转录组分析和DEG分析 | NA | 开发和评估一种新的算法CLEAR，用于从lcRNA-seq数据中选择稳健/低噪声的转录本 | 从慢性淋巴细胞白血病（CLL）的CD5+和CD5-细胞中提取的总RNA，以及来自小鼠齿状回（DG）的FACS分选细胞 | 数字病理学 | 白血病 | RNA测序 | NA | 文本 | 涉及慢性淋巴细胞白血病（CLL）的CD5+和CD5-细胞，以及来自小鼠齿状回（DG）的FACS分选细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30153 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing of immune cells in gastric cancer patients
2020-02-10, Aging
DOI:10.18632/aging.102774
PMID:32039830
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胃癌患者中T细胞的异质性，并识别了不同的免疫细胞亚型及其异质转录因子，描绘了它们的发展轨迹 | 研究发现了在胃癌组织中，IRF8转录因子在CD8肿瘤浸润淋巴细胞中的下调现象，以及血液中CD8 T细胞IRF8水平较低的胃癌患者往往处于更晚期疾病阶段 | NA | 探索胃癌患者中免疫细胞的异质性，为胃癌的靶向免疫治疗提供理论基础 | 胃癌患者的T细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 30154 | 2024-08-09 |
An optimized workflow for single-cell transcriptomics and repertoire profiling of purified lymphocytes from clinical samples
2020-02-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-58939-y
PMID:32042039
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研究论文 | 本文探讨了从临床样本中纯化淋巴细胞的单细胞转录组学和 repertoire 分析的优化工作流程 | 本文比较了十种细胞计数、活力改善和淋巴细胞富集方法，发现基于台盼蓝的自动计数器高估了细胞活力，而先进的样本清洁程序显著影响了总细胞产量，同时仅适度增加了细胞活力 | 本文未提及具体的局限性 | 建立适用于临床环境的单细胞转录组学工作流程，以促进这项新兴免疫监测技术从实验室到临床的转化 | 从少量血液中提取的冷冻保存样本的单细胞基因表达和 repertoire 分析 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达和克隆型 repertoire | 少量血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30155 | 2024-08-09 |
A claustrum in reptiles and its role in slow-wave sleep
2020-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-1993-6
PMID:32051589
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和病毒追踪连接性技术，在澳大利亚鬃狮蜥（Pogona vitticeps）中发现了哺乳动物扣带回的同源结构，并研究了其在慢波睡眠中产生尖波的作用。 | 首次在爬行动物中发现扣带回的同源结构，并揭示了其在慢波睡眠中产生尖波的作用及其广泛的脑区连接性。 | NA | 研究爬行动物中扣带回的同源结构及其在慢波睡眠中的功能。 | 澳大利亚鬃狮蜥和龟类中的扣带回结构及其功能。 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学，病毒追踪 | NA | 转录组数据 | 涉及澳大利亚鬃狮蜥和龟类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 30156 | 2024-08-09 |
Very rapid cloning, expression and identifying specificity of T-cell receptors for T-cell engineering
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0228112
PMID:32040512
|
研究论文 | 本文介绍了一种快速克隆、表达和鉴定T细胞受体特异性的平台，用于T细胞工程。 | 本文创新地结合了全外显子测序、转录组测序和单细胞RNA测序数据，建立了识别TCRαβs识别抗原的平台。 | NA | 开发一种快速识别肿瘤反应性TCRs的平台，用于T细胞的生物工程。 | T细胞受体（TCRαβ）的克隆、表达和特异性鉴定。 | 生物工程 | NA | 全外显子测序、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 数百个单个T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30157 | 2024-08-09 |
The application of single-cell sequencing technology in the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma
2019-Dec, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm.2019.11.116
PMID:32042806
|
研究论文 | 本文综述了单细胞测序技术在肝细胞癌诊断和治疗中的应用 | 单细胞测序技术能够揭示传统组织学无法检测到的细胞间的遗传异质性 | NA | 探讨单细胞测序技术在肝细胞癌临床诊断、治疗和预后中的应用 | 肝细胞癌的肿瘤细胞异质性 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组和表观基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30158 | 2024-08-09 |
Evolving Transcriptomic Profiles From Single-Cell RNA-Seq Data Using Nature-Inspired Multiobjective Optimization
2021 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2020.2971993
PMID:32031947
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研究论文 | 本文提出了一种基于自然启发多目标优化的进化多目标盲压缩感知（EMOBCS）方法，用于从单细胞RNA-seq数据中提取转录组谱 | 引入了基于人工蜂群的多目标盲压缩感知，通过提出秩概率模型和两种新的搜索策略，优化了两个目标函数，以无偏的方式合作卷积框架 | NA | 解决现有算法在处理单细胞RNA-seq数据时遇到的高维度和过早收敛问题 | 单细胞RNA-seq数据中的转录组谱 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | EMOBCS | RNA-seq数据 | 10个单细胞RNA-seq数据集及一个案例研究 | NA | NA | NA | NA |
| 30159 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome analysis of human skin identifies novel fibroblast subpopulation and enrichment of immune subsets in atopic dermatitis
2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.01.042
PMID:32035984
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了特应性皮炎患者皮肤中细胞群的详细图谱，并发现了新的成纤维细胞亚群及免疫子集的富集情况 | 本研究首次在特应性皮炎患者的病变和非病变皮肤样本中发现了独特的COL6A5+COL18A1+成纤维细胞亚群，并揭示了其与免疫细胞的潜在相互作用 | 研究样本量较小，仅包括5名特应性皮炎患者和7名健康对照者 | 构建特应性皮炎患者与健康对照者皮肤细胞的高分辨率图谱，并评估细胞组成和细胞特异性基因表达的变异性 | 特应性皮炎患者的皮肤样本与健康对照者的皮肤样本 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 5名特应性皮炎患者（4个病变样本和5个非病变样本）和7名健康对照者 | NA | NA | NA | NA |
| 30160 | 2024-08-09 |
γδ T-cell Receptors Derived from Breast Cancer-Infiltrating T Lymphocytes Mediate Antitumor Reactivity
2020-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0513
PMID:32019779
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研究论文 | 本文通过分子和功能分析，研究了直接接触乳腺癌肿瘤细胞的肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞（γδ TIL）的T细胞受体（TCR），发现γδ TILs可以通过其独特的γδ TCR配对介导肿瘤反应性，并可能成为工程化免疫细胞用于过继细胞疗法的有价值工具。 | 本文通过单细胞测序重建匹配的Vδ2 TCRγ和TCRδ对，发现γδ TILs对乳腺癌和其他肿瘤类型具有活性，且这种反应性模式依赖于TCRγ和TCRδ链，而不依赖于通过其他先天免疫受体的额外共刺激。 | NA | 研究肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞的T细胞受体在乳腺癌中的分子和功能特性及其抗肿瘤反应性。 | 肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞及其T细胞受体在乳腺癌中的作用。 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 分子数据 | 来自乳腺癌病变组织的档案材料中的肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞 | NA | NA | NA | NA |