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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2981 | 2025-11-05 |
Multi-omics analysis of the potential association between ageing and rheumatoid arthritis and screening of potential therapeutic targets
2025-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology
DOI:10.1080/21691401.2025.2582448
PMID:41185125
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研究论文 | 通过多组学方法探索衰老与类风湿关节炎之间的关联并筛选潜在治疗靶点 | 首次通过整合基因组数据库、转录组数据和单细胞RNA测序系统揭示衰老与RA的分子联系 | 分子机制研究仍需进一步实验验证 | 探索衰老与类风湿关节炎的关联机制并识别治疗靶点 | 类风湿关节炎患者与衰老相关基因 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 多组学分析,单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习算法 | 转录组数据,基因组数据 | 基于GBD数据库1990-2021年55岁及以上人群数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2982 | 2025-11-05 |
Single-Cell Analysis, Spatial Transcriptomics and Molecular Docking Unveil Potential Therapeutic Targets for Carotid Atherosclerosis
2025-Nov-04, Balkan medical journal
IF:1.9Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序、空间转录组学和分子对接技术揭示颈动脉粥样硬化的潜在治疗靶点 | 首次整合单细胞测序、空间转录组学和分子对接技术系统解析颈动脉粥样硬化的细胞亚群特征和潜在治疗靶点 | 数据来源于公共数据库,缺乏实验验证 | 解析颈动脉粥样硬化的细胞亚群特征并发现潜在治疗靶点 | 颈动脉粥样硬化斑块中的细胞亚群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 空间转录组学, 分子对接 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2983 | 2025-11-05 |
Research on the mechanism of compound mylabris capsules regulating ferroptosis in lung adenocarcinoma based on bioinformatics and experimental validation
2025-Nov-04, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003735
PMID:41186509
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证探讨复方斑蝥胶囊通过调控铁死亡抑制肺腺癌的作用机制 | 首次报道复方斑蝥胶囊通过调控铁死亡缓解肺腺癌,并鉴定出CA9、EZH2、NQO1和TERT等关键基因 | 研究主要基于公共数据库和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究复方斑蝥胶囊调控肺腺癌细胞铁死亡的分子机制 | 肺腺癌细胞系A549和H1650 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟,Lasso回归,Boruta算法,RFE算法 | 机器学习模型 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | TCGA和GEO数据库中肺腺癌相关数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2984 | 2025-11-05 |
Immune cell quantification of in situ inflammation partitions human lupus nephritis into mechanistic subtypes
2025-Nov-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI192669
PMID:40906524
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研究论文 | 通过免疫细胞定量分析将人类狼疮性肾炎划分为机制亚型 | 使用高维共聚焦显微镜、空间转录组学和计算机视觉技术量化免疫细胞群体,首次发现狼疮性肾炎和肾移植排斥反应中免疫细胞亚群形成相同的独特生态位 | 样本量相对有限(54例活检组织),研究结果需要更大规模验证 | 解析人类狼疮性肾炎的炎症机制和异质性 | 狼疮性肾炎和肾移植排斥反应的肾脏活检组织 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 高维共聚焦显微镜, 空间转录组学, 计算机视觉 | 计算机视觉技术 | 图像, 空间转录组数据 | 54例去标识化肾脏活检组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2985 | 2025-11-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals multiple pathways involving pulmonary immune and epithelial cells through which aryl hydrocarbon receptor activation attenuates acute respiratory distress syndrome
2025-Nov-03, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf295
PMID:41182312
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了芳香烃受体激活通过调节肺免疫和上皮细胞的多条通路来减轻急性呼吸窘迫综合征 | 首次在单细胞水平系统揭示AhR激活通过调节多种细胞类型和信号通路来缓解ARDS的机制 | 研究基于小鼠模型,结果需在人类中验证;仅使用LPS诱导的ARDS模型 | 探究芳香烃受体激活对急性呼吸窘迫综合征的保护作用机制 | LPS诱导的ARDS小鼠模型中的肺组织细胞 | 单细胞生物学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2986 | 2025-11-05 |
Effector Functions of Conventional and Unconventional Mycobacterium tuberculosis (Mtb)-Specific T Cells
2025-Nov-03, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041829
PMID:41184129
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综述 | 本文综述了结核分枝杆菌特异性T细胞的效应功能及其在免疫防御中的作用 | 整合单细胞和空间转录组学最新发现,揭示T细胞亚群的异质性、功能可塑性和空间区隔化 | NA | 探讨T细胞在结核分枝杆菌免疫防御中的效应功能和免疫病理作用 | 结核分枝杆菌特异性T细胞(包括常规和非常规T细胞) | 免疫学 | 结核病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2987 | 2025-11-05 |
DISSyphilis and the Risk of HIV Infection: A Mendelian Randomization Study
2025-Nov, AIDS research and human retroviruses
IF:1.5Q4
DOI:10.1089/AID.2024.0005
PMID:39086230
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应 | 首次使用孟德尔随机化方法证实梅毒与HIV感染之间的直接因果关系,并发现RPAIN基因变异在疾病进展中的关键作用 | 研究依赖于公开数据库的基因组数据,样本特征和人群异质性可能影响结果推广 | 评估梅毒对HIV感染的因果效应及潜在分子机制 | 梅毒和HIV感染相关的基因组数据及基因表达数据 | 生物信息学 | HIV感染/梅毒 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 基因组关联分析 | 加权中位数, MR Egger, 逆方差加权 | 基因组数据, 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 从GEO数据库和基因组关联研究获取的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 基因组关联分析 | NA | NA |
| 2988 | 2025-11-05 |
BDNF as a Key Mediator in Eosinophilic Inflammation in CRSwNP: Insights From Transcriptomic and Functional Analysis
2025-Nov, International forum of allergy & rhinology
IF:7.2Q1
DOI:10.1002/alr.23628
PMID:40600933
|
研究论文 | 本研究通过转录组学和功能分析揭示了BDNF在慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中作为嗜酸性粒细胞炎症关键介质的作用机制 | 首次在CRSwNP中系统阐明BDNF通过上皮细胞-嗜酸性粒细胞相互作用驱动嗜酸性炎症的分子机制 | 样本量相对有限(23例组织样本和95例鼻腔分泌物),且为观察性研究 | 探究BDNF在CRSwNP嗜酸性炎症中的调控作用和功能机制 | 鼻腔黏膜组织、鼻腔分泌物、原代人鼻上皮细胞和嗜酸性粒细胞 | 生物医学研究 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | bulk RNA测序, ELISA, 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, Transwell实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质定量数据, 细胞功能数据 | 23例鼻腔黏膜样本和95例鼻腔分泌物样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2989 | 2025-11-05 |
Single-cell transcriptome atlas and genome-wide Mendelian randomization reveal chemokine involvement in diverse immune cells in type 2 diabetes
2025-Nov, International journal of obesity (2005)
DOI:10.1038/s41366-025-01846-x
PMID:40684027
|
研究论文 | 通过单细胞转录组图谱和全基因组孟德尔随机化分析揭示趋化因子在2型糖尿病多种免疫细胞中的参与机制 | 整合孟德尔随机化、动物模型验证和单细胞RNA测序构建2型糖尿病免疫病理中趋化因子信号传导的系统级框架 | 研究主要基于小鼠模型和外周血单核细胞,需要进一步在人类组织和更多细胞类型中验证 | 阐明趋化因子在2型糖尿病免疫失调中的因果作用和细胞特异性机制 | 2型糖尿病相关免疫细胞和趋化因子信号通路 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 孟德尔随机化 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 血清学数据 | 链脲佐菌素诱导的小鼠2型糖尿病模型的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2990 | 2025-11-05 |
Multi-omics integration reveals key miRNAs, immune inflammation, and signaling pathways in Alzheimer's disease: Implications for targeted therapy
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147874
PMID:41005404
|
研究论文 | 通过多组学整合分析揭示阿尔茨海默病中关键miRNAs、免疫炎症和信号通路的作用机制 | 整合三种组学数据集识别出AD相关关键miRNAs和信号通路,并提出免疫调节与神经再生相结合的治疗框架 | 候选miRNAs对成熟神经元标志物作用有限,需要合适的神经元环境才能诱导神经元分化 | 阐明阿尔茨海默病的分子机制并探索靶向治疗策略 | 阿尔茨海默病患者的多组学数据及神经元细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | miRNA-seq, RNA-seq, 单细胞转录组学 | NA | 测序数据 | 三种组学数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2991 | 2025-11-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals LGALS9+ epithelial and COMP+ stromal cell crosstalk driving keratoconus pathogenesis
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147969
PMID:41022233
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示圆锥角膜发病机制中LGALS9+上皮细胞与COMP+基质细胞的相互作用 | 首次识别出圆锥角膜特异性细胞亚群——LGALS9阳性角膜上皮细胞和COMP阳性角膜基质细胞,并发现它们通过LGALS9-CD44/CD45和血小板反应蛋白信号通路形成促纤维化和促炎症网络 | 样本量较小(5例患者和5例对照),需要更大规模研究验证发现 | 研究圆锥角膜的细胞景观,揭示导致疾病进展的关键病理细胞群和信号通路 | 圆锥角膜患者和健康对照者的角膜组织 | 单细胞组学 | 圆锥角膜 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 免疫荧光, 蛋白质印迹 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质数据 | 5例圆锥角膜患者和5例健康对照的角膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2992 | 2025-11-05 |
Comprehensive single-cell analysis reveals mast cells' roles in cancer immunity
2025-Nov, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03590-y
PMID:41073552
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示肥大细胞在肿瘤微环境中的功能多样性及其对癌症免疫的影响 | 首次在15种实体瘤中系统鉴定出10种肥大细胞状态,发现具有抗原呈递功能的C7-HLA-DR簇可增强免疫治疗效果 | 研究样本量相对有限(264名患者),未涉及所有癌症类型 | 探究肥大细胞在肿瘤微环境中的功能多样性及其对免疫治疗的影响 | 15种实体瘤中的肥大细胞 | 单细胞生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 264名患者的385个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2993 | 2025-11-05 |
Vemurafenib Activates PSMB9 to Induce Ferroptosis via Free Iron Accumulation and Inhibits Melanoma Progression
2025-Nov, Journal of biochemical and molecular toxicology
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jbt.70577
PMID:41183120
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研究论文 | 本研究揭示了威罗菲尼通过激活PSMB9诱导铁死亡并抑制黑色素瘤进展的新机制 | 首次发现威罗菲尼通过靶向PSMB9调节游离铁水平诱导铁死亡的抗黑色素瘤机制 | NA | 探索威罗菲尼在黑色素瘤治疗中的作用机制 | 黑色素瘤细胞 | 生物医学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学分析,网络药理学,功能实验 | NA | 转录组数据,实验数据 | TCGA数据库数据及体外实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2994 | 2025-11-05 |
Hidden network preserved in Slide-tags data allows reference-free spatial reconstruction
2025-Oct-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65295-w
PMID:41173855
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研究论文 | 通过重新分析Slide-tags数据发现隐藏的细胞-磁珠网络,实现无需参考的空间重建 | 发现Slide-tags数据中意外形成的空间信息细胞-磁珠网络,将其重新定义为基于网络的测序成像方法 | NA | 开发无需预索引阵列的空间组织重建方法 | Slide-tags空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 网络优化模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | Slide-tags | 基于预解码磁珠阵列的空间条形码标记技术 |
| 2995 | 2025-11-05 |
The involvement of microglia and the CXCL16-CXCR6 axis in the recruitment of CD8+ T cells to an amyloidogenic mouse brain
2025-Oct-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-22137-5
PMID:41174156
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研究论文 | 本研究探讨小胶质细胞和CXCL16-CXCR6轴在淀粉样蛋白小鼠脑中招募CD8+ T细胞的作用 | 首次揭示在APP/PS1小鼠模型中,小胶质细胞通过CXCL16-CXCR6轴参与CD8+ T细胞脑部招募的机制,并发现PLX5622敏感的小胶质细胞在此过程中并非必需 | 研究主要基于小鼠模型,未来需要体内分析进一步解析CD8+ T细胞招募机制 | 阐明阿尔茨海默病中CD8+ T细胞脑部招募的分子机制 | APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠的脑组织及细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,体外细胞实验 | NA | 基因表达数据,细胞计数数据 | 公开可用的单细胞RNA测序数据集,永生化和原代小鼠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2996 | 2025-11-05 |
Transcriptomic response analysis of rubber tree saplings to water-deficit stress at single-cell resolution
2025-Oct-31, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09046-z
PMID:41174182
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了橡胶树幼苗在水分胁迫下的细胞和分子响应机制 | 首次构建了橡胶树树皮在水分胁迫下的高分辨率单细胞转录组图谱,系统揭示了不同细胞类型对干旱胁迫的响应特征 | 研究仅分析了4天和7天两个时间点的胁迫响应,未涵盖更长期的适应过程 | 探究橡胶树对水分胁迫的分子适应机制,为提升其抗旱性提供理论基础 | 橡胶树幼苗的树皮组织 | 植物生物学 | 非疾病研究(植物胁迫响应) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17,994个单个细胞,来自对照、4天和7天干旱胁迫的树皮组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴式单细胞RNA测序技术 |
| 2997 | 2025-11-05 |
Pan-Cancer Landscape of Magnesium Homeostasis: Bulk Omics Research and Single-Cell Sequencing Validation
2025-Oct-31, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-025-00294-1
PMID:41174507
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研究论文 | 本研究全面分析了33种癌症类型中镁稳态的作用,探索其在肿瘤发生、免疫调节和治疗潜力中的意义 | 首次在泛癌水平系统研究镁稳态,结合批量组学分析和单细胞测序验证,提出镁稳态评分作为预后生物标志物 | 需要进一步的临床验证来推进个性化癌症治疗 | 全面分析镁稳态在多种癌症类型中的作用机制 | 33种癌症类型的肿瘤样本和CD8+T细胞 | 生物信息学 | 多种癌症 | 批量组学分析, 单细胞测序 | NA | 基因组数据, 单细胞测序数据 | 33种癌症类型的多组学数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量组学分析 | NA | NA |
| 2998 | 2025-11-05 |
From pixels to cell types: a comprehensive review of computational methods for spatial transcriptomics deconvolution
2025-Oct-31, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00055-2
PMID:41174717
|
综述 | 本文全面回顾了空间转录组学反卷积的二十种计算方法,分析其方法论基础和技术特点 | 首次系统对比分析二十种空间转录组反卷积算法的方法论基础、计算原理和处理范式 | NA | 为研究人员提供空间转录组反卷积计算方法的全面理解和实践指导 | 空间转录组反卷积计算方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2999 | 2025-11-05 |
An integrative analysis of transcriptome, methylome and single-cell RNA sequencing data identifies UBE2H as a marker of oxaliplatin resistance in colorectal cancer
2025-Oct-31, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03996-4
PMID:41174727
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研究论文 | 通过整合转录组、甲基化组和单细胞RNA测序数据,识别出UBE2H作为结直肠癌奥沙利铂耐药性的生物标志物 | 首次通过多组学整合分析揭示UBE2H与奥沙利铂耐药性的关联,并发现其与免疫耗竭和增殖性未分化细胞的联系 | 研究主要基于细胞系和公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 识别结直肠癌奥沙利铂耐药性的预测生物标志物 | 结直肠癌细胞系和公共数据库中的结直肠癌样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组测序, DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型 | 基因表达数据, 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | TCGA数据集和五个GEO数据集中的结直肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 3000 | 2025-11-05 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2025-Oct-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12126-3
PMID:41168710
|
研究论文 | 提出一种基于条件变分自编码器的新方法sysVI,用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 采用VampPrior和循环一致性约束,解决了现有方法在整合跨系统数据集时过度去除生物信号的问题 | NA | 开发能够有效整合跨系统单细胞RNA测序数据集的计算方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |