单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2981	2025-04-06	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals SH3D21 promotes hepatocellular carcinoma progression by activating the PI3K/AKT/mTOR pathway 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0302766 PMID:40179068	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，揭示了SH3D21通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了SH3D21作为新型遗传生物标志物在肝细胞癌中的表达和功能，并证实其通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路促进肿瘤进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SH3D21在肝细胞癌中的表达特征、临床意义及其促癌机制	肝细胞癌患者样本和癌细胞系	癌症基因组学	肝细胞癌	RNA测序（bulk和单细胞）、qRT-PCR、CCK-8实验、集落形成实验、Western blot	NA	基因表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的肝细胞癌样本
2982	2025-04-06	Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations 2025, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012878 PMID:40179341	研究论文	该研究开发了一个名为scTSS的计算流程，用于预测和比较单细胞群体中的转录起始位点（TSS）	scTSS能够同时处理配对端和单端5'单细胞RNA测序数据，并进行差异TSS使用分析	当前方法缺乏在单细胞环境中的比较评估，且主要针对配对端数据	开发一个计算流程以分析单细胞分辨率下的转录起始位点	单细胞群体中的转录起始位点（TSS）	生物信息学	NA	5'单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Binomial广义线性混合模型	RNA测序数据	两种不同疾病的单细胞数据
2983	2025-04-06	Unraveling the spatial and signaling dynamics and splicing kinetics of immune infiltration in osteoarthritis synovium 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521038 PMID:40181977	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态、剪接动力学及信号通路	首次构建了骨关节炎滑膜的空间和转录图谱，鉴定了驱动免疫浸润的关键基因和转录因子，并提出了潜在的治疗靶点	样本量较小（8例OA和4例健康滑膜样本），且仅基于计算预测提出治疗靶点，需进一步实验验证	解析骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态和分子机制	骨关节炎患者和健康人的滑膜组织	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq, 空间转录组学, Spatrio, STT分析, NMF, CellPhoneDB, pyLIGER	空间过渡张量(STT), 非负矩阵分解(NMF)	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	8例OA患者和4例健康人的滑膜样本
2984	2025-04-06	A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1509771 PMID:40182050	研究论文	本研究基于自噬和衰老相关基因构建了一个胃癌预后模型，用于预测免疫浸润、免疫治疗效果并指导个性化治疗	首次结合自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型，并验证其在免疫治疗和个性化治疗中的潜在应用	研究结果需要进一步通过大规模临床试验验证	开发一个能够预测胃癌预后和免疫治疗效果的模型	胃癌患者	数字病理学	胃癌	基因表达分析、单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
2985	2025-04-06	Temporal and spatial distribution of histone acetylation in mouse molar development 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19215 PMID:40183048	研究论文	本研究通过小鼠磨牙模型，揭示了组蛋白乙酰化修饰在牙齿发育过程中的时空分布及其作用机制	首次系统描绘了牙齿发育过程中组蛋白H3和H4及其乙酰化位点的分布模式，并鉴定了关键组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶	研究仅局限于小鼠磨牙模型，人类牙齿发育中的组蛋白乙酰化机制仍需进一步验证	揭示组蛋白乙酰化修饰与牙齿发育的关联机制	小鼠磨牙发育过程中的上皮细胞和间充质细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）和免疫组织化学	NA	基因表达数据和蛋白质定位数据	NA
2986	2025-04-06	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光标记技术，揭示了HGF-Met信号通路在肾脏上皮小管互连中的作用机制	首次发现HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合，且独立于细胞增殖过程	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人类组织或成年组织中验证	探究上皮小管互连的分子机制及其在肾脏发育中的作用	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序，荧光标记技术	NA	基因表达数据，图像数据	小鼠胚胎肾脏样本
2987	2025-04-06	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞和聚类	利用张量亲和力学习模块挖掘细胞的局部-全局平衡拓扑结构，设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞	在无监督场景下发现scRNA-seq数据的真实细胞类型仍然具有挑战性	提高单细胞RNA测序数据中细胞异质性研究的精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	宫颈癌	scRNA-seq	scTSNN	单细胞RNA测序数据	合成数据集和scRNA-seq数据集（包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞）
2988	2025-04-06	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	研究发现NOTCH3+干细胞在脑膜瘤的发生和放疗抵抗中起关键作用，并提出了一种新的治疗策略	首次报道了血管周围NOTCH3+干细胞在脑膜瘤发生和放疗抵抗中的作用，并发现了一种通过稳定NOTCH3负调控区域的抗体来抑制肿瘤生长和增强放疗敏感性的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和异种移植实验，临床转化效果需进一步验证	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型及信号机制，并寻找有效的系统性治疗方法	人类、狗和小鼠的脑膜瘤组织	肿瘤学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术	基因工程小鼠模型和异种移植模型	基因表达数据、影像数据	涉及人类、狗和小鼠的脑膜瘤样本，具体数量未明确说明
2989	2025-04-06	Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state 2024-Apr-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011 PMID:38521057	研究论文	利用自发荧光成像技术研究神经干细胞激活状态	首次发现静止和激活状态的神经干细胞具有独特的自发荧光特征，并可作为生物标志物	研究仅限于小鼠神经干细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探索神经干细胞激活状态的生物标志物及其与代谢重塑的关系	小鼠神经干细胞（NSCs）	生物医学成像	NA	荧光寿命成像（FLIM）和单细胞RNA测序	NA	图像和转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及单细胞分辨率分析
2990	2025-04-06	Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis 2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-023-02829-3 PMID:37344856	研究论文	本研究探讨了孕酮（PRG）通过Id2/Pim1轴减弱Th17细胞在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中的致病性	首次通过单细胞RNA测序构建了PRG治疗的EAU模型小鼠的高维免疫图谱，揭示了PRG通过调节Th17/Treg平衡及Id2/Pim1轴缓解炎症的机制	研究仅使用动物模型，尚未在人体中进行验证	探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型小鼠	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞RNA测序	EAU动物模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
2991	2025-04-06	Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues 2023-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-05795-1 PMID:36922587	research paper	该研究开发了两种空间表观基因组和转录组联合分析技术，用于在小鼠和人类脑组织中同时检测染色质可及性、组蛋白修饰和基因表达	首次实现了空间分辨的全基因组表观组和转录组联合分析，能够在近单细胞分辨率下同时检测多种分子层信息	技术尚未应用于更广泛的生物样本和疾病模型	研究表观遗传机制如何控制组织中的转录表型和细胞动态	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织	空间组学	NA	空间转录组学、空间表观组学、共测序技术	NA	空间组学数据（表观组+转录组）	小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织样本
2992	2025-04-06	Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain 2022-09-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004 PMID:36179668	研究论文	研究揭示了人类胎儿大脑中血管细胞成熟的关键机制及其与神经发生的相互作用	首次在妊娠中期人类大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型的组合，并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中期因子等信号机制促进细胞间通讯和成熟	研究主要关注妊娠中期，未涵盖整个胎儿发育过程	探索人类胎儿大脑血管细胞成熟的机制及其与神经发生的相互作用	人类胎儿大脑中的血管细胞（内皮细胞和周细胞）	发育生物学	NA	荧光激活细胞分选、单细胞转录组学、组织学和超微结构分析	NA	单细胞转录组数据、组织学图像、超微结构数据	妊娠中期人类胎儿大脑样本
2993	2025-04-06	Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01200-7 PMID:35552540	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中肾小管细胞与嗜碱性粒细胞的相互作用机制	首次发现促纤维化肾小管细胞通过分泌CXCL1招募CXCR2嗜碱性粒细胞，并证实后者通过产生IL-6促进T17辅助T细胞募集从而驱动肾脏纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩展	阐明肾脏纤维化的免疫调控机制	肾脏纤维化模型小鼠及人类肾脏组织	单细胞生物学	慢性肾脏病	单细胞测序、免疫染色	NA	单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、免疫组织化学数据	小鼠模型及人类肾脏组织样本（具体数量未明确说明）
2994	2025-04-06	Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram 2021-11, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01264-7 PMID:34711971	研究论文	提出Tangram方法，用于将单细胞/单核RNA测序数据与空间数据对齐，以重建器官的生物图谱	Tangram方法能够将sc/snRNA-seq数据与多种空间数据形式对齐，包括MERFISH、STARmap、smFISH、Spatial Transcriptomics (Visium)和组织学图像，支持多模态数据如SHARE-seq	未提及具体样本量的限制或方法在特定数据集上的性能限制	克服现有技术在空间分辨率和基因通量上的限制，重建器官的生物图谱	健康小鼠脑组织	数字病理	NA	sc/snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, Spatial Transcriptomics (Visium), SHARE-seq	深度学习	单细胞转录组数据、空间数据、组织学图像	未明确提及样本量
2995	2025-04-06	Human oral mucosa cell atlas reveals a stromal-neutrophil axis regulating tissue immunity 2021-07-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.05.013 PMID:34129837	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的细胞景观，并发现了一种基质-中性粒细胞轴在调节组织免疫中的作用	首次构建了人类口腔黏膜的单细胞转录组图谱，揭示了基质细胞与中性粒细胞在牙周炎中的关键作用	研究样本可能不足以代表所有人群的口腔黏膜状态	理解口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的组织特异性病理生理学	健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织	digital pathology	periodontitis	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptome data	健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织样本
2996	2025-04-06	A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa190 PMID:34020546	综述	本文综述了15种利用单细胞RNA测序数据进行调控网络推断的计算方法	全面评估了单细胞分辨率下基因调控网络推断方法的性能、对数据丢失的敏感性和时间复杂性	未涉及所有现有的单细胞数据分析方法，且主要基于模拟数据评估	帮助生命科学家选择合适的分析方法，并为计算科学家开发新方法提供参考	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2997	2025-04-06	Cell-type specific analysis of physiological action of estrogen in mouse oviducts 2021-05, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202002747R PMID:33818810	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了雌激素在小鼠输卵管中各细胞类型中的生理作用	首次在单细胞水平上揭示了雌激素对输卵管不同细胞类型的差异性调控，并鉴定了可作为细胞和区域特异性标记的基因	研究主要基于小鼠模型，人类输卵管中的结果需要进一步验证	阐明雌激素如何调控输卵管微环境	小鼠输卵管中的上皮细胞、基质细胞和肌肉细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交、细胞类型特异性基因敲除	小鼠模型	基因表达数据	使用卵巢切除-激素替代小鼠模型
2998	2025-04-06	The Nuclear Receptor ESRRA Protects from Kidney Disease by Coupling Metabolism and Differentiation 2021-02-02, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.011 PMID:33301705	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究肾脏疾病中细胞多样性和代谢与分化耦合的机制	揭示了肾脏疾病中近端小管细胞代谢与分化的耦合机制，并发现核受体ESRRA和PPARA在此过程中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，人类患者样本验证有限	探究肾脏疾病的发病机制及潜在治疗靶点	小鼠肾脏组织和人类患者样本中的近端小管细胞	单细胞测序	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型和人类患者样本
2999	2025-04-06	Single-Cell Profiling of Ebola Virus Disease In Vivo Reveals Viral and Host Dynamics 2020-11-25, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.10.002 PMID:33159858	研究论文	通过单细胞转录组学和CyTOF技术，研究埃博拉病毒感染期间猕猴外周免疫细胞的动态变化	首次在体内使用单细胞技术揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用	研究仅使用猕猴作为模型，可能无法完全反映人类感染情况	揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用	猕猴外周免疫细胞	病毒学	埃博拉病毒感染	单细胞转录组学, CyTOF	NA	转录组数据, 蛋白质数据	100,000个转录组和15,000,000个蛋白质谱
3000	2025-04-05	Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV 2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000935 PMID:40178436	review	探讨急性HIV感染期间宿主免疫系统表观遗传重编程的机制	揭示了HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	理解急性HIV感染期间表观遗传重编程对免疫失调的影响	宿主免疫系统在急性HIV感染期间的表观遗传变化	NA	HIV感染	全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性分析	NA	表观遗传数据、转录组数据	NA