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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2981 2026-02-24
Human vascularized macrophage-islet organoids to model immune-mediated pancreatic β cell pyroptosis upon viral infection
2024-Nov-07, Cell stem cell IF:19.8Q1
研究论文 本研究开发了一种人源血管化巨噬细胞-胰岛类器官模型,用于模拟病毒感染下免疫介导的胰腺β细胞焦亡 首次利用人源多能干细胞构建血管化巨噬细胞-胰岛类器官,结合GeoMx空间多组学平台和单细胞RNA测序技术,揭示了TNFSF12-TNFRSF12A信号通路在促炎巨噬细胞介导的β细胞焦亡中的作用 研究主要基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂免疫微环境;样本来源和数量可能有限 研究病毒感染下免疫介导的胰腺β细胞损伤机制 人源多能干细胞衍生的血管化巨噬细胞-胰岛类器官、COVID-19胰腺尸检样本、暴露于SARS-CoV-2或CVB4病毒的人胰岛 数字病理学 糖尿病 单细胞RNA测序、空间多组学分析 类器官模型 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 未明确具体样本数量,包括COVID-19胰腺尸检样本和病毒感染的人胰岛样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 GeoMx GeoMx空间多组学平台
2982 2026-02-24
Single cell RNA-seq reveals cellular and transcriptional heterogeneity in the splenic CD11b+Ly6Chigh monocyte population expanded in sepsis-surviving mice
2024-Nov-06, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脓毒症存活小鼠脾脏CD11b+Ly6Chigh单核细胞群体的细胞和转录异质性 首次在脓毒症存活小鼠模型中,利用单细胞RNA测序技术深入解析了脾脏CD11b+Ly6Chigh髓系细胞的转录异质性,并识别出具有免疫抑制能力的增殖性M-MDSCs亚群 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证;且仅关注了脾脏中的特定髓系细胞群体,可能未全面反映全身免疫状态 旨在理解脓毒症幸存者免疫失调的细胞和分子基础 C57BL/6J和BALB/c小鼠脾脏中的CD11b+Ly6Chigh髓系细胞 单细胞组学 脓毒症 单细胞RNA测序,流式细胞术,吞噬和糖酵解功能测定 NA 单细胞转录组数据,流式细胞数据 C57BL/6J和BALB/c小鼠的假手术和CLP手术组 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2983 2026-02-24
Review of multi-omics data resources and integrative analysis for human brain disorders
2021-07-17, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3
综述 本文综述了人类脑部疾病的多组学数据资源及整合分析方法 及时更新了快速发展的多组学数据资源,并涵盖了单细胞组学和空间转录组学等新兴技术 NA 总结人类脑部健康与疾病的多组学数据资源及整合分析方法 人类大脑,包括健康对照和神经精神疾病患者 生物信息学 神经精神疾病 多组学数据整合分析 NA 多组学数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 NA NA
2984 2026-02-23
Accurate classification of ependymomas and medulloblastomas using Raman spectroscopy and pilot transcriptomic profiling
2026-May-05, Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy
研究论文 本研究利用拉曼光谱准确区分后颅窝室管膜瘤和髓母细胞瘤,并通过初步空间转录组分析提供生物学背景 首次将拉曼光谱与空间转录组分析结合,用于区分室管膜瘤和髓母细胞瘤,揭示了与脂质代谢和血管生成相关的生化差异 患者层面的性能需在更大队列中进一步验证,研究为回顾性设计且样本量有限 评估拉曼光谱在区分室管膜瘤和髓母细胞瘤中的准确性,并探索其作为无标记辅助诊断技术的潜力 后颅窝室管膜瘤和髓母细胞瘤的冷冻及FFPE组织样本 数字病理学 脑肿瘤 拉曼光谱,空间转录组学 PCA-SVM分类器 光谱数据,转录组数据 34个样本(21个冷冻,13个FFPE) 10x Genomics 空间转录组学 10x Genomics Xenium In Situ 10x Genomics Xenium In Situ v2 FFPE工作流程
2985 2026-02-23
Monocyte-derived macrophages promote retinal damage after ischemic stroke via IL-1β-dependent mechanism
2026-May, Experimental neurology IF:4.6Q1
研究论文 本研究揭示了缺血性中风后单核细胞来源的巨噬细胞通过IL-1β依赖机制促进视网膜损伤 首次结合单细胞RNA测序、Cx3cr1Ccr2报告小鼠和CCL2中和抗体干预,明确了中风后浸润的单核细胞来源巨噬细胞在视网膜中的扩增和促炎表型,并通过IL-1β中和抗体及Nlrp3缺陷小鼠证实了其IL-1β依赖的损伤机制 研究基于小鼠MCAO模型,结果在人类中的直接适用性需进一步验证;未详细探讨其他炎症因子或细胞类型的潜在作用 探究缺血性中风后视网膜损伤的炎症机制,特别是单核细胞来源巨噬细胞的作用 小鼠(包括Cx3cr1Ccr2报告小鼠和Nlrp3缺陷小鼠)的视网膜组织及其中风后变化 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序, 视网膜bulk RNA测序, 免疫荧光染色, Luminex检测, 视网膜电图, TUNEL染色, 苏木精-伊红染色 NA RNA测序数据, 图像数据, 电生理数据 未明确样本数量,但涉及多种小鼠模型和实验方法 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
2986 2026-02-23
Single-cell RNA-seq reveals cellular dynamics and emergency hematopoiesis in banana shrimp Penaeus merguiensis hemocytes upon Yellow Head Virus infection
2026-Apr, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了香蕉虾在黄头病毒感染下的血细胞动态变化和紧急造血反应 首次整合香蕉虾13种主要组织数据建立参考转录组,并利用单细胞RNA测序解析YHV感染下的血细胞景观变化,强调了单细胞分析在准确解读宿主-病原体相互作用中的必要性 研究主要关注血细胞,未涉及其他免疫组织或长期感染动态,且样本量相对有限 探究香蕉虾对黄头病毒感染的细胞免疫反应机制 香蕉虾(Penaeus merguiensis)的血细胞 单细胞组学 病毒感染 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA测序数据 未明确具体样本数量,但涉及正常和YHV感染条件下的血细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2987 2026-02-23
Therapeutic reprogramming of circulating myeloid cells via signal regulatory protein α extracellular vesicles in acute kidney injury
2026-Mar, Kidney international IF:14.8Q1
研究论文 本文探讨了通过表达高亲和力信号调节蛋白α变体的细胞外囊泡靶向CD47,以治疗急性肾损伤 开发了表达高亲和力SIRPα变体的细胞外囊泡,用于系统性靶向循环髓系细胞中的CD47,提供了一种新型免疫调节策略 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且长期疗效和安全性未充分评估 研究靶向CD47的细胞外囊泡在急性肾损伤中的治疗潜力 人类急性肾损伤样本和小鼠模型(顺铂和双侧缺血/再灌注) 数字病理学 急性肾损伤 单细胞RNA测序,CD47蛋白染色 NA RNA测序数据,蛋白质染色图像 人类急性肾损伤标本和两种小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2988 2026-02-23
Mechanistic insights from transcript analysis of long-term pig to non-human primate kidney xenografts
2026-Mar, Kidney international IF:14.8Q1
研究论文 本文通过转录分析探讨了猪到非人灵长类动物肾脏异种移植物的长期机制,揭示了稳定移植物中转录升高、VEGFA损失与血栓性微血管病相关,以及异种移植物中供体内皮转录损失和受体内皮转录获得的新颖过程 研究发现异种移植物中供体内皮转录损失和受体内皮转录及蛋白的意外获得,这是一种在异种移植物中检测到的新过程,与同种异体移植中的抗体介导排斥反应形成对比 研究基于非人灵长类动物模型,可能不完全适用于人类临床环境,样本数量有限(58个样本),且依赖于转录分析,需要进一步功能验证 研究猪肾脏异种移植物在非人灵长类动物中的长期转录机制,以了解异种移植与同种异体移植的不同机制 eGenesis猪肾脏异种移植物在猕猴中的样本,包括供体、灌注后、协议和终末样本 数字病理学 肾脏疾病 转录分析、空间转录组学、抗体检测 NA 转录数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 58个样本来自猕猴中的猪肾脏异种移植物 NA 空间转录组学 NA NA
2989 2026-02-23
Lactate metabolism-driven tumor heterogeneity and molecular signatures in intrahepatic cholangiocarcinoma
2026-Feb-21, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,系统表征了肝内胆管癌中乳酸代谢驱动的异质性及其分子和功能意义 首次在单细胞水平系统表征了肝内胆管癌中乳酸代谢的异质性,并利用多种机器学习算法识别出12个与乳酸代谢相关的特征基因,其中CYC1被鉴定为主要驱动基因 研究主要基于转录组数据,功能验证仅限于细胞系实验,缺乏体内模型和临床样本的进一步验证 系统表征肝内胆管癌中乳酸代谢驱动的异质性及其分子和功能意义 肝内胆管癌恶性细胞 机器学习 肝内胆管癌 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 定量PCR, 细胞功能实验 LASSO, 随机森林, 梯度提升机, 自适应最佳子集选择, 决策树 RNA测序数据, 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
2990 2026-02-23
Pancancer Fine-Mapping of Mutational Intolerance Identifies CHEK1 as an Immunosuppressive Driver in Lung Adenocarcinoma
2026-Feb-21, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究开发了miDriver计算框架,通过泛癌-正常组织突变对比识别了1,020个突变不耐受基因,并揭示了CHEK1作为肺腺癌中免疫抑制驱动因子的作用机制 提出了基于泛癌-正常组织突变对比的计算框架miDriver,首次系统识别了1,020个突变不耐受基因,并发现CHEK1通过调控MIF表达驱动M2样巨噬细胞极化的新机制 研究基于13种癌症类型的8,096个肿瘤样本,可能未覆盖所有癌症类型;体内实验的临床转化潜力需进一步验证 识别癌症中突变不耐受基因的功能作用及其作为治疗靶点的潜力 13种癌症类型的8,096个肿瘤样本,重点关注肺腺癌中的CHEK1基因 计算生物学 肺腺癌 CRISPR筛选、单细胞转录组学、多重免疫荧光 计算框架miDriver 基因组突变数据、单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据 8,096个肿瘤样本(涵盖13种癌症类型) NA 单细胞RNA-seq NA NA
2991 2026-02-23
Intratumoral Parvimonas micra promotes esophageal squamous cell carcinoma via p-cresol-induced Treg differentiation
2026-Feb-20, Science advances IF:11.7Q1
研究论文 本研究通过宏基因组测序和单细胞RNA测序,揭示了食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤内微生物群中Parvimonas micra的富集及其通过代谢产物p-甲酚促进调节性T细胞分化,从而驱动肿瘤生长的机制 首次在ESCC中系统揭示了肿瘤内微生物Parvimonas micra通过代谢产物p-甲酚调控肿瘤免疫微环境(诱导Treg分化)的具体分子机制,建立了微生物-代谢物-免疫抑制-肿瘤生长的完整因果链条 样本量相对有限(119对肿瘤-正常组织),且机制研究主要基于细胞和动物实验,在人体内的直接验证尚需进一步研究 探究食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤内微生物群的组成、功能及其与肿瘤免疫微环境的相互作用机制 食管鳞状细胞癌(ESCC)患者的肿瘤组织及配对正常组织 肿瘤微生物组学 食管鳞状细胞癌 宏基因组测序, 单细胞RNA测序 NA 基因组序列数据, 单细胞转录组数据 119对肿瘤-正常组织用于宏基因组测序;45个样本用于单细胞RNA测序 NA 宏基因组测序, 单细胞RNA-seq NA NA
2992 2026-02-23
SCMO: a deep learning model integrating the single-cell resolution TME ecosystem and multi-omics for survival prediction in CRC patients
2026-Feb-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究开发了一个名为SCMO的深度学习模型,通过整合单细胞分辨率下的肿瘤微环境生态系统特征和多组学数据,用于结直肠癌患者的生存预测 首次将单细胞分辨率下的肿瘤微环境生态系统特征与多组学数据整合到一个深度学习模型中,用于生存预测,并利用集成梯度算法和空间转录组数据增强模型可解释性 模型在测试集中的1年预测AUC相对较低(0.639),且样本量(213个单细胞样本)可能限制其泛化能力 提高结直肠癌患者生存预测的准确性,并识别潜在的药物靶点 结直肠癌患者 机器学习 结直肠癌 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学整合分析 自归一化神经网络 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据,临床数据,基因组数据,转录组数据,微生物数据 213个结直肠癌单细胞RNA测序样本(包含339,060个细胞),以及来自TCGA-CRC队列的批量RNA测序数据 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学,批量RNA-seq NA NA
2993 2026-02-23
CD68 Identified as a Regulator of Human Melanocyte Development and Function
2026-Feb-19, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了传统巨噬细胞标记物CD68在人类黑素细胞发育和功能调控中的新作用 首次将CD68确立为黑素细胞生物学的调控因子,超越了其作为免疫细胞标记物的传统认知 研究基于人类胚胎干细胞分化模型,可能无法完全反映体内黑素细胞发育的复杂性 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
2994 2026-02-23
M5C-driven stabilization of SERPINB5 promotes cervical cancer progression and chemotherapy resistance
2026-Feb-11, Cell death & disease IF:8.1Q1
研究论文 本研究首次绘制了宫颈癌中RNA 5-甲基胞嘧啶(m5C)的碱基分辨率转录组图谱,揭示了m5C通过稳定SERPINB5 mRNA促进宫颈癌进展和化疗耐药的机制 首次在宫颈癌中生成碱基分辨率的m5C转录组图谱,并结合空间转录组学和单细胞RNA-seq技术,鉴定出SERPINB5作为m5C调控的新型致癌效应因子 NA 阐明m5C在宫颈癌中的功能机制和治疗相关性 宫颈癌 数字病理学 宫颈癌 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA 转录组数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq NA NA
2995 2026-02-23
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular and Molecular Differences Between Myxofibrosarcoma and Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma
2026-Feb-10, Medical sciences (Basel, Switzerland)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序比较了黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤的细胞与分子差异 首次在单细胞水平上揭示了这两种肉瘤亚型在细胞组成、通路活性和细胞间配体-受体相互作用方面的差异 样本量较小(仅5个肿瘤样本),需要进一步验证 阐明黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤之间的细胞和转录组差异,以改善其鉴别诊断 黏液纤维肉瘤和未分化多形性肉瘤的肿瘤样本 单细胞组学 肉瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 5个肿瘤样本(包含两种亚型) NA 单细胞RNA-seq NA NA
2996 2026-02-23
Single-cell Transcriptomic Profiling Reveals Diagnostic of T Cell-platelet Aggregates in Peripheral Blood for Coronary Vulnerable Plaques
2026-Feb-04, Journal of cardiovascular translational research IF:2.4Q3
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了外周血中T细胞-血小板聚集体在冠状动脉易损斑块诊断中的作用,并利用机器学习筛选出五个潜在的非侵入性生物标志物 首次在单细胞水平上发现并验证了循环T细胞-血小板聚集体与易损斑块的相关性,并利用机器学习方法从高维数据中筛选出具有诊断价值的生物标志物组合 样本量相对有限,且为横断面研究,需要更大规模的前瞻性队列验证生物标志物的临床实用性 开发非侵入性生物标志物用于冠状动脉易损斑块的诊断 冠状动脉疾病患者的外周血单核细胞 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序 Boruta, LASSO回归, SVM-RFE 单细胞转录组数据 冠状动脉疾病患者与对照者的外周血单核细胞样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2997 2026-02-05
Single-cell transcriptomics identifies fibroblast associated immune heterogeneity and prognostic signatures in bladder cancer
2026-Feb-03, Scientific reports IF:3.8Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
2998 2026-02-05
Integrative analysis of transcriptome and single-cell sequencing combined with experimental validation identifies biomarkers associated with T cell and senescence in sepsis
2026-Feb-03, Scientific reports IF:3.8Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
2999 2026-02-23
Interpretable inflammation landscape of circulating immune cells
2026-Feb, Nature medicine IF:58.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学技术,描绘了感染、免疫介导炎症性疾病和癌症中循环免疫细胞的炎症过程,构建了一个包含超过650万个外周血单个核细胞的单细胞图谱 通过大规模单细胞图谱学习循环免疫细胞的全面炎症模型,并利用无监督和可解释机器学习开发疾病分类框架 研究主要基于外周血单个核细胞,可能未完全涵盖组织特异性炎症反应 全面理解循环免疫细胞的炎症过程,开发炎症性疾病的分类框架 循环免疫细胞,特别是外周血单个核细胞 单细胞转录组学 感染、免疫介导炎症性疾病、癌症 单细胞转录组学 无监督机器学习、可解释机器学习 单细胞RNA-seq数据 1,047名患者(56%女性,43%男性),超过650万个外周血单个核细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3000 2026-02-23
An integrated single-cell lung cancer atlas reveals distinct fibroblast phenotypes between adenocarcinoma and squamous cell carcinomas
2026-Jan-23, NPJ precision oncology IF:6.8Q1
研究论文 本研究通过整合公共可用的单细胞RNA测序数据,构建了一个非小细胞肺癌的综合图谱,揭示了肺腺癌和肺鳞状细胞癌之间肿瘤微环境异质性、细胞组成以及癌症相关成纤维细胞亚型的显著差异 首次通过整合大规模公共单细胞RNA测序数据,系统比较了肺腺癌和肺鳞状细胞癌中肿瘤微环境的异质性,并明确了两种亚型中占主导地位的癌症相关成纤维细胞亚型及其与预后的不同关联 研究依赖于公共数据集,可能存在批次效应;研究结果主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平验证;共培养实验在体外进行,可能无法完全模拟体内复杂的肿瘤微环境 探究非小细胞肺癌中肺腺癌和肺鳞状细胞癌之间肿瘤微环境,特别是癌症相关成纤维细胞亚型的差异及其与预后的关系 非小细胞肺癌患者肿瘤组织中的细胞,特别是癌症相关成纤维细胞 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 整合了公共可用的大规模单细胞RNA测序数据集(具体样本数量未在摘要中明确给出) NA 单细胞RNA-seq NA NA
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