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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-04-01 |
TGF-β-p-STAT1-LAIR2 axis has a "self-rescue" role for exhausted CD8+ T cells in hepatocellular carcinoma
2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00830-9
PMID:37223874
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研究论文 | 本研究揭示了在肝细胞癌中,TGF-β通过激活p-p38诱导CD8+ T细胞耗竭,但同时通过TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴启动细胞内在的“自我拯救”机制,以缓解耗竭状态 | 首次描述了肝细胞癌中CD8+ T细胞通过TGF-β-p-STAT1-LAIR2轴进行“自我拯救”以对抗耗竭的新机制,并发现通过TAK-981放大该信号可改善T细胞功能 | 该“自我拯救”行为对TGF-β刺激具有时间和剂量限制,且易被更强的抑制信号所掩盖 | 探究TGF-β对肝细胞癌中浸润CD8+ T细胞的调控作用及分子机制 | 肝细胞癌中浸润的CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 流式细胞术、质谱流式细胞术、免疫组化、RNA-seq、单细胞RNA-seq、ATAC-seq、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告基因检测 | NA | 单细胞转录组数据、染色质可及性数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 282 | 2026-04-01 |
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular characteristics of high-grade and metastatic bladder cancer
2023-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-023-00820-x
PMID:37170046
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高级别和转移性膀胱癌的细胞和分子特征 | 首次在单细胞水平上比较了膀胱癌的原发肿瘤和淋巴结转移样本,揭示了恶性细胞在转移过程中的突变和表型变化,并发现了iCAF和TAM在T细胞耗竭及肿瘤微环境形成中的早期作用 | 样本量有限,仅分析了少数患者的组织样本,且未进行功能验证实验 | 探究高级别和转移性膀胱癌的细胞和分子特征,以寻找潜在治疗靶点 | 膀胱癌患者的癌旁正常组织、原发肿瘤和淋巴结转移样本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 50,158个细胞,来自多个组织样本(具体患者数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 283 | 2026-04-01 |
Unsupervised removal of systematic background noise from droplet-based single-cell experiments using CellBender
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01943-7
PMID:37550580
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度生成模型的工具CellBender,用于无监督去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声 | 提出了一种基于液滴式检测噪声生成现象学的深度生成模型,能准确区分含细胞与无细胞液滴,学习背景噪声特征,并以端到端方式提供无噪声量化 | NA | 去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声,以提高数据质量 | 液滴式单细胞实验数据,包括scRNA-seq、snRNA-seq和CITE-seq | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、CITE-seq | 深度生成模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 284 | 2026-04-01 |
Protocol for multi-modal single-cell RNA sequencing on M. tuberculosis-infected mouse lungs
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102102
PMID:36853694
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研究论文 | 本文介绍了一种用于结核分枝杆菌感染小鼠肺组织的多模态单细胞RNA测序实验方案 | 开发了能够同时获取感染细胞的转录组、表面标志物表达和细菌表型的多模态单细胞RNA测序技术 | NA | 阐明不同免疫细胞在控制或促进结核分枝杆菌感染中的作用机制 | 结核分枝杆菌感染的小鼠肺组织巨噬细胞 | 数字病理学 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | NA |
| 285 | 2026-04-01 |
Lineage plasticity enables low-ER luminal tumors to evolve and gain basal-like traits
2023-03-01, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01621-8
PMID:36859337
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研究论文 | 本研究揭示了低雌激素受体(ER)表达的管腔型乳腺肿瘤可通过谱系可塑性演化并获得基底样特征 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序证明低ER管腔肿瘤可通过谱系可塑性演化出基底样特征,并发现SOX10是这一过程的关键驱动因子 | 研究主要基于MMTV-PyMT小鼠模型,人类肿瘤中的验证尚需进一步研究 | 探究低ER管腔型乳腺肿瘤如何演化并获得基底样特征的分子机制 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型及乳腺肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | MMTV-PyMT小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2026-04-01 |
Colorectal cancer organoid models uncover oxaliplatin-resistant mechanisms at single cell resolution
2022-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-022-00705-5
PMID:36136268
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研究论文 | 本研究通过建立结直肠癌患者来源类器官模型,并利用单细胞RNA测序技术,在单细胞分辨率下揭示了奥沙利铂耐药的机制 | 首次结合患者来源类器官模型与单细胞RNA测序技术,在单细胞水平系统解析结直肠癌对奥沙利铂的耐药机制,并识别出关键的耐药相关基因和转录因子 | 研究仅基于两株患者来源类器官模型,样本量较小,且耐药机制的体内验证和临床转化潜力有待进一步研究 | 研究结直肠癌对奥沙利铂化疗耐药的分子机制,以寻找潜在的治疗靶点 | 结直肠癌患者来源的类器官模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两株患者来源类器官(分别来自奥沙利铂耐药和初治患者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 287 | 2026-04-01 |
Molecular signaling in pancreatic ductal metaplasia: emerging biomarkers for detection and intervention of early pancreatic cancer
2022-Apr, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-022-00664-x
PMID:35290607
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综述 | 本文综述了胰腺导管化生(PDM)的分子信号机制及其作为早期胰腺癌检测和干预新兴生物标志物的研究进展 | 整合了基因工程小鼠模型、细胞谱系追踪和单细胞测序等新技术,揭示了PDM形成和演化的新细胞与分子机制,并强调了PDM相关生物标志物在早期胰腺癌筛查中的转化潜力 | NA | 探讨PDM的生物学机制及其在胰腺癌早期检测和干预中的临床意义 | 胰腺导管化生(PDM)及其与胰腺上皮内瘤变(PanIN)和胰腺导管腺癌(PDA)的关联 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序、细胞谱系追踪、基因工程小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 288 | 2026-04-01 |
A comprehensive prognostic signature for glioblastoma patients based on transcriptomics and single cell sequencing
2021-Aug, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-021-00612-1
PMID:34142341
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞测序分析,构建了一个用于胶质母细胞瘤患者的综合预后模型 | 结合TCGA和CGGA数据库的转录组数据与单细胞测序,识别出7个新的预后标志基因,并构建了包含遗传特征、年龄、IDH突变状态及治疗信息的综合预后模型,尤其在老年患者中表现良好 | 模型主要基于回顾性数据库分析,需要前瞻性临床研究进一步验证其普适性和临床应用价值 | 揭示胶质母细胞瘤的潜在预后标志基因,阐明其功能,并构建有效的预后预测模型 | 胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序, 单细胞测序, 实时PCR | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | TCGA和CGGA数据库中的胶质母细胞瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 289 | 2026-04-01 |
1p/19q co-deletion status is associated with distinct tumor-associated macrophage infiltration in IDH mutated lower-grade gliomas
2021-Feb, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-020-00561-1
PMID:32915415
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研究论文 | 本研究探讨了1p/19q共缺失状态在IDH突变低级别胶质瘤中与肿瘤相关巨噬细胞浸润的关联 | 首次揭示了1p/19q共缺失状态通过M-CSF和TGFβ1信号通路影响IDH突变胶质瘤中TAM表型和浸润的机制 | 研究主要基于TCGA数据库和单细胞测序数据,样本量有限,且动物模型结果需进一步验证 | 确定1p/19q共缺失状态是否影响IDH突变低级别胶质瘤中TAM的表型或流行率 | IDH突变的低级别胶质瘤患者样本和胶质瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 免疫染色 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫染色图像 | 230个TCGA数据库样本及IDH突变LGG单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 290 | 2026-04-01 |
Variance-adjusted Mahalanobis (VAM): a fast and accurate method for cell-specific gene set scoring
2020-09-18, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa582
PMID:32633778
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Variance-adjusted Mahalanobis (VAM)的新方法,用于单细胞RNA测序数据中的基因集评分,以提高细胞特异性通路分析的准确性和计算效率 | VAM方法首次支持细胞水平的基因集推断,通过整合Seurat框架,能有效处理单细胞RNA测序数据中的技术噪声、稀疏性和大样本量,并提供快速的gamma近似分布用于统计推断 | 未在摘要中明确提及具体限制,但可能依赖于模拟和真实数据的验证范围 | 开发一种快速且准确的细胞特异性基因集评分方法,以改善单细胞RNA测序数据的统计分析和可视化 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵和通路水平聚合 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Variance-adjusted Mahalanobis (VAM) 方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 291 | 2026-04-01 |
Single-cell RNA-seq identifies unique transcriptional landscapes of human nucleus pulposus and annulus fibrosus cells
2020-09-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-72261-7
PMID:32943704
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了健康人类椎间盘髓核和纤维环细胞的独特转录组景观,并鉴定了差异表达基因和关键转录因子 | 首次在单细胞水平上定义了健康人类椎间盘髓核和纤维环的转录组图谱,识别了2,196个差异表达基因,并确定了FOXM1和KDM4E作为各自细胞类型的特征转录因子 | 研究仅基于非退行性腰椎间盘样本,可能无法完全代表疾病状态或其他椎间盘区域 | 阐明健康人类椎间盘髓核和纤维环细胞的分子通路和转录网络,以理解椎间盘疾病的潜在机制 | 人类椎间盘髓核和纤维环细胞 | 数字病理学 | 椎间盘疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 非退行性腰椎间盘样本中的原代细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 292 | 2026-04-01 |
scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks
2020-09-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa506
PMID:32588900
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络(GANs)的单细胞RNA测序数据插补方法scIGANs,用于解决scRNA-seq数据中的dropout问题 | 使用生成细胞而非观察细胞进行插补,避免了传统方法的过平滑问题,并平衡了主要和稀有细胞群体的性能 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一种有效的单细胞RNA测序数据插补方法,以增强下游分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络(GANs) | RNA测序数据 | 超过100,000个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 293 | 2026-04-01 |
Harnessing Expressed Single Nucleotide Variation and Single Cell RNA Sequencing To Define Immune Cell Chimerism in the Rejecting Kidney Transplant
2020-09, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020030326
PMID:32669324
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和表达的单核苷酸变异,定义了肾移植排斥反应中免疫细胞的嵌合状态 | 开发了一种基于表达SNV和scRNA-seq的新方法,首次在单细胞水平上准确区分肾移植中供体和受体来源的免疫细胞,并揭示了它们在排斥反应中的不同转录特征 | 样本量较小(仅5个肾移植活检核心),且为观察性研究,无法确定因果关系 | 探究肾移植中供体来源免疫细胞的持久性及其在排斥反应中的作用 | 人类肾移植活检样本中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 肾移植排斥 | 全外显子组测序,单细胞RNA测序 | NA | DNA序列数据,单细胞RNA表达数据 | 5个人类肾移植活检核心,共81,139个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 294 | 2026-03-31 |
Happening in the Prostate Tumor Microenvironment: Ion Channels and Extrachromosomal DNA Driving Phenotypic Plasticity
2026-May, The Prostate
DOI:10.1002/pros.70139
PMID:41632930
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综述 | 本文综述了离子通道和染色体外DNA在前列腺癌肿瘤微环境中的关键作用,并分析了单细胞RNA测序数据以揭示其表达谱 | 整合了离子通道和染色体外DNA在前列腺癌表型可塑性中的协同作用机制,并通过单细胞RNA测序数据提供了细胞类型特异性的表达证据 | 这是一篇综述性文章,主要基于现有证据进行分析,未进行新的实验验证 | 阐明离子通道和染色体外DNA如何驱动前列腺癌的表型可塑性、治疗抵抗和疾病进展 | 前列腺癌肿瘤微环境中的肿瘤细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个公开可用的单细胞RNA测序数据集(原发性前列腺癌和去势抵抗性前列腺癌) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 295 | 2026-03-31 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals intra-tumoral heterogeneity and immunotherapy strategies in high-grade serous ovarian cancer
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115266
PMID:41907410
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了高级别浆液性卵巢癌的瘤内异质性,并探讨了免疫治疗策略 | 利用单细胞RNA测序技术系统解析HGSOC的细胞组成变化,发现MHC class Ⅰ高表达上皮细胞与患者预后改善及CD8 T细胞激活的关联 | 研究样本量有限,需在更大队列中验证;机制研究主要基于相关性分析,缺乏直接功能实验验证 | 解析高级别浆液性卵巢癌的瘤内异质性并探索免疫治疗新策略 | 高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据,免疫组化图像数据 | 未明确样本数量,包含原始队列和额外验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 296 | 2026-03-31 |
Integrated multi-omics identifies macrophage ARG1-mediated deacetylation with causal and diagnostic implications in ischemic stroke
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115269
PMID:41907424
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据,识别了缺血性卒中中与去乙酰化相关的基因特征,并验证了ARG1在免疫调节中的因果和诊断作用 | 首次整合患者和模型的多组学数据,识别出52个差异表达的去乙酰化相关基因,并构建了一个三基因诊断特征,同时通过孟德尔随机化验证了ARG1的因果作用 | 研究主要基于观察性数据和模型验证,需要进一步实验验证机制 | 探究缺血性卒中中表观遗传去乙酰化与免疫异质性的关联 | 缺血性卒中患者和MCAO小鼠模型 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | 多组学整合分析、单细胞RNA测序、RT-qPCR、孟德尔随机化 | NA | 多组学数据、单细胞RNA测序数据、基因表达数据 | 缺血性卒中患者和MCAO小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 297 | 2026-03-31 |
AK5 suppresses breast cancer progression and modulates anti-PD-L1 efficacy via the miR-182-5p/PD-L1 axis
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115260
PMID:41907408
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研究论文 | 本文揭示了腺苷酸激酶5(AK5)在乳腺癌中的肿瘤抑制功能,并通过调控miR-182-5p/PD-L1轴影响抗PD-L1治疗的疗效 | 首次发现AK5作为新型肿瘤抑制因子,通过其激酶活性非经典地调控miR-182-5p成熟,进而影响PD-L1表达,为免疫治疗增敏提供了新靶点 | NA | 探究AK5在乳腺癌进展中的作用及其对抗PD-L1治疗疗效的调控机制 | 乳腺癌细胞及患者样本 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 298 | 2026-03-31 |
SC-MO-GRN-DB: A comprehensive repository for single-cell multiomic gene regulatory networks
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115323
PMID:41907425
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研究论文 | 介绍了一个名为SC-MO-GRN-DB的公开数据库,该数据库整合了实验验证的基因调控网络和匹配的单细胞多组学数据集 | 开发了首个专注于单细胞多组学基因调控网络的综合数据库,涵盖多种分子模态和超过2200万条调控边 | 未明确提及数据库的更新频率、数据覆盖范围或潜在偏差 | 解决现有基因调控网络资源主要依赖转录组数据而忽视表观遗传机制的问题,为GRN推断方法的评估和改进提供平台 | 人类和小鼠组织中的基因调控网络及单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、染色质可及性测序、染色质免疫沉淀测序、DNA甲基化测序、染色质构象测序、基因扰动筛选 | NA | 单细胞多组学数据 | 超过200万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞ChIP-seq, 单细胞DNA甲基化测序, 单细胞Hi-C, 单细胞CRISPR-seq | NA | NA |
| 299 | 2026-03-31 |
KRT15 identified by scRNA-Seq and machine learning as stemness regulator and prognostic biomarker in ESCC
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115020
PMID:41907411
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和机器学习识别KRT15作为食管鳞状细胞癌中的干细胞样亚群标志物,并验证其促进肿瘤进展和预后不良的作用 | 首次结合单细胞测序与机器学习算法筛选ESCC干细胞样亚群特异性标志物KRT15,并系统验证其功能调控作用及临床预后价值 | 研究未深入探讨KRT15调控干细胞特性的具体分子机制,且临床样本量有限 | 探究食管鳞状细胞癌中癌症干细胞异质性及关键分子机制,寻找预后生物标志物和治疗靶点 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞及患者临床样本 | 机器学习 | 食管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | 机器学习算法 | 单细胞测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 300 | 2026-03-31 |
Single-cell transcriptomic analyses reveal angiogenic vascular responses to chronic cerebral hypoperfusion
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115331
PMID:41907427
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠慢性脑低灌注模型中血管细胞(特别是尖端细胞)的转录组变化,并探讨了Apln/Aplnr信号通路在血管修复中的作用 | 识别出一种独特的血管内皮尖端细胞类型,并验证了Apln/Aplnr信号在促进血管生成和改善认知功能中的关键作用 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本;且仅关注了42天后的时间点,缺乏更长期的动态观察 | 阐明慢性脑低灌注下血管损伤与修复的机制,为血管性认知障碍和痴呆(VD)的治疗提供新靶点 | 小鼠大脑组织(在不对称颈总动脉狭窄诱导的慢性脑低灌注42天后采集) | 数字病理学 | 血管性认知障碍和痴呆 | 单细胞RNA测序,免疫染色,免疫印迹,细胞培养实验 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据,蛋白质数据 | 小鼠大脑组织(具体数量未在摘要中明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |