单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-07	Identification of hemocyte types and characterization of their immune function in the house fly based on morphological observation and single-cell RNA sequencing 2025-Jul-03, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104358 PMID:40617446	研究论文	本研究结合形态学观察和单细胞RNA测序技术，对家蝇幼虫的血细胞类型及其免疫功能进行了分类和功能分析	首次在家蝇幼虫中鉴定出五种血细胞类型，并基于形态学、流式细胞术和基因表达谱分析了它们的免疫功能	研究仅针对家蝇幼虫，结果可能不适用于其他发育阶段或其他昆虫物种	深入了解家蝇的免疫机制	家蝇幼虫的血细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、形态学观察、流式细胞术	NA	基因表达数据、显微镜图像	家蝇幼虫血细胞
282	2025-07-07	An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis 2025-Jul-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03306-6 PMID:40604997	研究论文	研究口服生物可利用的BRD4抑制剂在博来霉素诱导的纤维化中破坏致病性上皮-间充质生态位扩展的作用	设计并合成了一种高效、选择性、口服生物可利用的BRD4抑制剂（ZL0969），并验证其在减少肌成纤维细胞形成和致病性肺泡祖细胞群扩展中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨BRD4信号在博来霉素诱导的肺损伤中祖细胞扩展中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型及人类IPF样本	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	基因表达数据	C57BL6小鼠及人类IPF样本
283	2025-07-07	α7 nicotinic acetylcholine receptors regulate radial glia fate in the developing human cortex 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61167-5 PMID:40593693	研究论文	本研究阐明了烟碱型乙酰胆碱受体（nAChRs）在人类皮质发育过程中对祖细胞和放射状胶质细胞（RG）的作用	发现CHRNA7和人类特有的CHRFAM7A在SOX2+祖细胞和神经元中的表达，以及CHRFAM7A在RG末端的富集，揭示了YAP1作为nAChR信号的关键下游效应物	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探究烟碱型乙酰胆碱受体在人类皮质发育中的具体作用机制	人类皮质发育中的祖细胞和放射状胶质细胞	神经生物学	神经发育疾病	单细胞RNA测序、器官型切片培养、分散培养	NA	基因表达数据	NA
284	2025-07-07	Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61375-z PMID:40593761	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA测序技术，对代谢RNA标记技术进行了基准测试，以优化基因表达动态的测量	首次对十种化学转化方法进行了全面比较，并优化了在斑马鱼胚胎细胞中的应用，提高了合子基因的检测能力	研究仅基于Drop-seq平台和斑马鱼胚胎细胞，可能不适用于其他平台或生物系统	优化代谢RNA标记技术在高通量单细胞RNA测序中的应用，以提高基因表达动态的测量精度	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）	单细胞RNA测序	NA	代谢RNA标记技术、高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	52,529个细胞（基准测试）和9,883个斑马鱼胚胎细胞（应用测试）
285	2025-07-07	Single-cell transcriptomics analysis reveals a disrupted NK-T cell interaction network in liver metastatic cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06241-0 PMID:40594834	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了肝转移癌中NK-T细胞相互作用网络的破坏	首次在肝转移癌中详细描述了NK-T细胞的相互作用网络及其功能影响	研究样本来自多种癌症类型，可能影响结果的普遍性	揭示NK-T细胞在肝转移癌中的相互作用及其功能	肝转移癌患者的NK和T细胞	数字病理学	肝转移癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自鼻咽癌、甲状腺癌、乳腺癌、结直肠癌和宫颈癌的肝转移及邻近组织样本
286	2025-07-07	Spatial profiling of chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded tissues 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60882-3 PMID:40595535	研究论文	介绍了一种名为spatial FFPE-ATAC-seq的新方法，用于在原位分析存档组织中的染色质可及性	克服了福尔马林诱导的交联挑战，实现了高分辨率的染色质景观映射，同时保留了组织结构	NA	开发一种新方法以利用FFPE样本进行表观基因组研究，研究基因调控和疾病机制	小鼠和人类组织（包括脑和胸腺）以及人类黑色素瘤	表观基因组学	黑色素瘤	spatial FFPE-ATAC-seq, 单细胞RNA测序	NA	染色质可及性数据	小鼠和人类组织样本，包括脑、胸腺和人类黑色素瘤样本
287	2025-07-07	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Jun-30, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析发现ETS2是促进骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键基因，并揭示了ETS2通过靶向CEBPB调控OC分化的机制	首次发现ETS2通过靶向CEBPB调控破骨细胞分化，并验证了ETS2敲低可缓解OA进展	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	揭示骨关节炎进展中破骨细胞分化的分子机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM小鼠模型	基因表达数据	DMM模型小鼠
288	2025-07-07	Spatial Transcriptomics Unveils Regional Heterogeneity and Subclonal Dynamics in the Lung Adenocarcinoma Microenvironment 2025-Jun-30, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108929 PMID:40617150	研究论文	本研究利用空间转录组学揭示了肺腺癌微环境中的区域异质性和亚克隆动态	通过空间转录组学技术，克服了单细胞转录组学缺乏空间信息的局限，全面解析了肺腺癌的细胞景观	研究仅基于一个空间转录组学样本，样本量较小，可能影响结果的普适性	探索肺腺癌微环境的空间功能和异质性	肺腺癌组织及其微环境	数字病理学	肺腺癌	空间转录组学，单细胞转录组学	NA	转录组数据	125,203个单细胞和3,990个空间转录组学spots
289	2025-07-07	Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma 2025-Jun-23, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101199 PMID:40554953	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体（GPER）在胃印戒细胞癌（GSRC）中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的机制	首次揭示了GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化，从而增强YAP活性，并发现YAP与GPER启动子结合形成正反馈循环	研究主要基于体外细胞实验和裸鼠移植瘤模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明GPER在GSRC中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的分子机制	胃印戒细胞癌（GSRC）细胞系和裸鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、体外细胞功能实验、裸鼠移植瘤模型	NA	分子生物学数据、细胞实验数据、动物实验数据	未明确说明具体样本数量，涉及GSRC细胞系和裸鼠模型
290	2025-07-07	SOX11 and GLIS2: Novel Biomarkers for Understanding the Progression of Oral Leukoplakia 2025-Jun-20, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100872 PMID:40543136	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，探讨了口腔白斑病（LP）的转录调控机制，并鉴定了SOX11和GLIS2作为LP特异性分子标志物	首次将SOX11和GLIS2鉴定为口腔白斑病的特异性分子标志物，并揭示其通过调控EMT和血管生成影响病变发展的机制	研究样本量有限，且未进行功能性实验验证SOX11和GLIS2的具体作用机制	探索口腔白斑病进展的分子机制并鉴定相关生物标志物	口腔白斑病组织和口腔鳞状细胞癌（OSCC）样本	分子生物学	口腔癌	单细胞RNA测序，大块RNA测序，免疫组化染色	NA	RNA测序数据，临床生存数据，免疫组化数据	口腔白斑病组织样本和TCGA数据库中的OSCC样本
291	2025-07-07	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-06, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	本研究利用空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了R6/2亨廷顿病小鼠脑部在不同时间和区域的分子模式变化	整合了10× Genomics Visium空间转录组学和匹配的单核RNA测序数据，揭示了亨廷顿病小鼠脑部的区域、时间和细胞类型特异性调控通路	研究仅针对R6/2小鼠模型，可能不完全反映人类亨廷顿病的所有特征	理解亨廷顿病的分子机制和细胞调控通路	R6/2亨廷顿病小鼠脑部	生物信息学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部在出生后第0天 (P0)、4周和12周的时间点
292	2025-07-07	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	研究论文	本文研究了Y染色体缺失(LOY)在癌症和T细胞中的并发影响及其与患者预后的关系	首次建立了免疫细胞LOY与恶性细胞LOY之间的联系模型，解释了PBMCs中LOY与癌症死亡率增加的关系	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步实验验证机制	探究PBMCs中LOY驱动癌症死亡率的机制以及LOY在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系	29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据，以及自体和同源小鼠模型	癌症基因组学	上皮癌	bulk RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的数据及小鼠模型
293	2025-07-07	Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656393 PMID:40502193	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了唐氏综合征患者肝脏代谢的广泛变化	首次在唐氏综合征中发现胆汁酸水平升高和肝脏功能障碍的蛋白质特征，并通过小鼠模型验证了这些发现	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证需要进一步扩大	探究唐氏综合征对肝脏代谢的影响	唐氏综合征患者和小鼠模型	代谢组学	唐氏综合征	多组学分析、RNA测序、单细胞转录组学	Dp16小鼠模型	血浆样本、RNA测序数据	400多人的血浆样本和小鼠模型
294	2025-07-07	Targeting caseinolytic mitochondrial matrix peptidase, a novel contributor to the pathobiology of high-risk multiple myeloma 2025-May-29, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024781 PMID:39912779	研究论文	本研究通过单细胞转录组学鉴定了线粒体酪蛋白水解蛋白酶（CLPP）在多发性骨髓瘤中的过度表达及其与不良预后的关联，并探讨了CLPP抑制剂的治疗潜力	首次发现CLPP在多发性骨髓瘤中的关键作用，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	探索多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找新的治疗靶点	CD138+肿瘤性浆细胞与正常浆细胞的比较	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但包括新诊断和复发/难治性患者样本
295	2025-07-07	Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data 2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009 PMID:39963994	研究论文	介绍了一个名为Deconer的全面评估工具包，用于评估基于参考的去卷积方法在基因表达数据中的应用	提供了首个全面的评估工具包Deconer，用于系统比较16种基于参考的去卷积方法，并提供了多种可视化界面和数据集	未提及具体的局限性	评估和改进基于参考的去卷积方法在细胞类型去卷积分析中的性能	基因表达数据，包括批量测序和单细胞测序数据	生物信息学	NA	基因表达分析	NA	基因表达数据	未提及具体样本数量
296	2025-07-07	Splicing regulatory dynamics for precision analysis and treatment of heterogeneous leukemias 2025-May-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr1471 PMID:40333990	研究论文	本研究开发了一种名为OncoSplice的无监督计算工作流程，用于全面定义肿瘤分子景观，特别是在急性和儿童急性髓系白血病（AML）中	开发了OncoSplice工作流程，首次在没有罕见突变的情况下，全面解析了AML的分子亚型，并发现了一种主导的剪接亚型	研究主要聚焦于AML，未涉及其他类型的白血病或癌症	探索剪接调控在白血病中的动态变化，以提供精准分析和治疗策略	急性和儿童急性髓系白血病（AML）患者	计算生物学	白血病	长读单细胞RNA测序	无监督学习	RNA测序数据	多个AML队列中的成人和儿童患者样本
297	2025-07-07	B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates 2024-07-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022717 PMID:38558106	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了B细胞靶向CAR T细胞治疗后CARneg旁观者T细胞的激活及其在增强肿瘤反应中的潜力	首次全面鉴定和分析了B细胞靶向CAR T细胞治疗后CARneg旁观者CD8+ T细胞的表型和转录组特征，揭示了其通过非T细胞受体依赖机制高效杀伤白血病细胞的新机制	研究样本量有限，且主要基于非人灵长类动物模型和部分患者样本，需要更大规模的临床研究验证	探索CAR T细胞治疗后CARneg旁观者T细胞的激活机制及其在抗白血病反应中的作用	非人灵长类动物和患者的T细胞	免疫治疗	B细胞恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	非人灵长类动物模型和患者样本（临床试验#NCT03369353）
298	2025-07-06	Single-cell sequencing reveals the expansion and diversity of T cell subsets in the bone marrow microenvironment of chronic myeloid leukemia 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101626 PMID:40612663	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了慢性髓性白血病（CML）患者骨髓微环境中T细胞亚群的扩增和多样性变化	首次在单细胞水平上系统解析了CML患者骨髓T细胞图谱，发现了CD8终末效应（TE）细胞的显著增加及CD4初始T细胞的减少	研究样本量未明确说明，且仅聚焦于T细胞亚群未涵盖其他免疫细胞类型	解析CML骨髓免疫微环境中T细胞亚群的动态变化	慢性髓性白血病患者的骨髓T细胞	单细胞组学	慢性髓性白血病	多层级单细胞测序（含T细胞受体测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确（CML患者骨髓样本）
299	2025-07-06	Exploring the untapped potential of single-cell and spatial omics in plant biology 2025-Aug, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70220 PMID:40398874	综述	本文探讨了单细胞和空间组学技术在植物生物学中的未开发潜力及其当前应用	强调了单细胞和空间组学技术在植物生物学中的新兴应用及其未来潜力	植物特有的技术挑战如细胞壁复杂性和抗体资源有限	推动植物科学领域的重大发现	植物生物学中的单细胞和空间组学技术	植物生物学	NA	单细胞转录组、染色质可及性分析、空间转录组学、多组学、谱系追踪、分子记录、高通量遗传和化学扰动表型分析	NA	分子和细胞动态数据	多个模型植物物种
300	2025-07-06	Identification of novel macrophages and bone morphogenetic protein signals causing ectopic calcification and impairing muscle regeneration 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112841 PMID:40612505	研究论文	本文研究了异位钙化的机制，发现F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞和BMP信号在异位钙化中的作用，并提出BMP抑制剂作为潜在治疗方法	发现了F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞在钙化肌肉中的特异性增加，并证实BMP信号和内皮-间质转化(EndoMT)在异位钙化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	探究异位钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠肌肉组织中的巨噬细胞和BMP信号通路	分子生物学	肌肉疾病	单细胞测序分析、谱系追踪分析	小鼠模型	基因表达数据	使用notexin和BaCl注射的小鼠模型