单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-20	Multi-Omics Analysis and Real-World Data Validation of Serine Metabolism-Related Genes in Colorectal Cancer 2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70721 PMID:40660426	研究论文	本研究通过多组学分析和真实世界数据验证，探讨了丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的作用	首次在泛癌分析中系统研究了丝氨酸代谢相关基因的表达模式、遗传变异及其临床意义，并在结直肠癌中进行了深入验证	研究主要基于TCGA和GTEx数据库，可能受到样本来源和数量的限制	阐明丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的表达模式及其临床意义	结直肠癌患者样本和泛癌分析数据	癌症代谢研究	结直肠癌	转录组学、基因组学、表观遗传学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	TCGA和GTEx数据库样本，以及两个独立的真实世界结直肠癌队列
282	2025-07-20	Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193 PMID:40662787	research paper	本文介绍了一种名为FiTree的树状多类型分支过程模型，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观	FiTree模型结合了上位适应性参数化和贝叶斯推断方案，能够统一癌症进展的概率图模型与群体遗传学	NA	研究肿瘤进化的适应性景观，为治疗策略提供依据	肿瘤的进化历史和突变效应	computational biology	acute myeloid leukemia	single-cell sequencing	tree-structured multi-type branching process	mutation trees	NA
283	2025-07-20	Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253 PMID:40662778	research paper	提出了一种基于Wasserstein-1（W1）对偶公式的新型求解器，用于单细胞扰动预测，解决了Wasserstein-2（W2）最优传输求解器在优化过程中的复杂性和收敛速度慢的问题	利用W1对偶公式简化了优化问题，避免了耗时的min-max优化，并通过对抗训练恢复传输映射，实现了比W2 OT求解器更快的速度和更高的可扩展性	W1对偶求解仅揭示了传输方向，不直接提供唯一的最优传输映射，需要通过额外步骤恢复	开发一种快速且可扩展的Wasserstein-1神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测	单细胞数据分布	machine learning	NA	Wasserstein-1 (W1) neural optimal transport solver	NA	single-cell RNA-seq data	NA
284	2025-07-20	Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241 PMID:40662783	research paper	该论文提出了一种将层次信息整合到基于注意力的多实例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测	在基于注意力的多实例学习框架中整合了单细胞RNA测序数据的层次结构信息，提高了模型性能和可解释性	未明确提及具体局限性	改进患者表型预测方法，特别是利用单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据和患者表型数据	machine learning	NA	scRNA-seq	attention-based MIL	RNA测序数据	未明确提及具体样本量，但提到对有限样本量具有鲁棒性
285	2025-07-20	Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194 PMID:40662790	research paper	本文改进了Tangram工具，以提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的可靠性和一致性	通过基因子集训练、细胞过滤、正则化引入和邻域信息整合，提高了Tangram在细胞映射中的一致性	研究结果依赖于基因表达稀疏性，可能不适用于所有类型的数据集	提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合工具的可靠性和一致性	Tangram工具及其在单细胞RNA测序与空间转录组数据整合中的应用	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	Tangram	基因表达数据	真实和模拟的小鼠数据集
286	2025-07-20	Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201 PMID:40662792	research paper	提出了一种跨模态统一表示学习框架（CUCA），用于从组织学图像中识别细粒度细胞类型	利用跨模态嵌入对齐范式，协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距	可能忽略了基因表达数据中的关键分子特征	通过组织学图像预测细粒度细胞类型，以深入了解肿瘤生物学	组织学图像和空间转录组学数据	digital pathology	tumor	spatial transcriptomics	cross-modal unified representation learning framework (CUCA)	image, gene expression data	三个数据集
287	2025-07-20	Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268 PMID:40662813	研究论文	本研究评估了五种空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性，并开发了一个模拟框架进行比较	首次系统评估RNA去卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态比较的模拟框架	在解析稀有细胞类型时，染色质可及性去卷积表现略逊于RNA去卷积	评估现有空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性	空间染色质可及性数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间染色质可及性分析、空间转录组分析	Cell2location、RCTD	空间多组学数据	基于模拟框架生成的数据集（具体数量未说明）
288	2025-07-20	Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70406 PMID:40665579	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的复杂相互作用，并探讨了靶向CSCs的治疗策略及其临床转化挑战	系统整合了CSC的基础机制与临床转化研究，为理解肿瘤生物学和开发精准治疗策略提供了全面框架	未明确提及具体研究的样本量或实验数据限制	探讨癌症干细胞在肿瘤发生、转移、复发和治疗抵抗中的作用，并评估靶向CSCs的治疗策略	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤生物学	癌症	多组学分析、谱系追踪、单细胞测序技术	NA	NA	NA
289	2025-07-20	The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy 2025-Jun-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01498-6 PMID:40588764	研究论文	探讨CXCL16/CXCR6轴在CAR T细胞治疗中免疫效应细胞相关神经毒性综合征(ICANS)中的作用	首次发现CXCR6+ T细胞在ICANS中的富集及其与CXCL16表达髓系细胞的空间关联，为ICANS的发病机制提供了新的分子机制解释	样本量较小(n=11)，且部分数据来自单个死亡病例的尸检组织	阐明CAR T细胞治疗中ICANS的潜在分子机制	接受CAR T细胞治疗后发生ICANS的患者(n=11)及其对照样本	免疫治疗	神经毒性综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光	NA	外周血和脑脊液样本、尸检脑组织	11例ICANS患者(分级:1级3例，2级4例，3级1例，4级3例)及对照组样本
290	2025-07-20	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌(NSCLC)中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药的转化框架	开发了一种Accelerated Oblique Random Survival Forest模型，在预测准确性上优于传统Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的一流生物标志物	研究样本量相对较小(n=156)，且功能研究仅基于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	识别免疫检查点阻断(ICB)疗效的决定因素，并开发预测NSCLC免疫治疗反应的生物标志物	非小细胞肺癌(NSCLC)患者样本和Lewis肺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、机器学习	Accelerated Oblique Random Survival Forest	多组学数据、单细胞数据	156例NSCLC患者样本
291	2025-07-20	A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity 2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.25.661552 PMID:40667305	研究论文	本文提出了一种可扩展的全光学方法，用于以细胞类型特异性映射突触连接	利用光学工具和空间转录组学技术，实现了高灵敏度、高通量和细胞类型特异性的突触连接映射	目前仅在小鼠运动皮层中进行了验证，尚未在其他脑区或物种中测试	开发一种高通量的光学方法来映射神经回路中的突触连接	小鼠运动皮层中的神经元	神经科学	NA	光学工具、空间转录组学	NA	光学成像数据、基因表达数据	超过1000个运动皮层神经元
292	2025-07-20	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	research paper	该研究揭示了前庭毛细胞中动纤毛的双重分子特性，结合了初级纤毛和运动纤毛的结构与功能特征	首次定义了动纤毛作为一种独特细胞器，具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并支持其作为毛束内主动力生成元件的新作用	动纤毛在结构和分子组成方面的定义仍不完全	阐明前庭毛细胞中动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞
293	2025-07-20	MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf569 PMID:40568942	研究论文	MEBOCOST是一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法，用于检测单细胞间的代谢介导的细胞间通讯	开发了MEBOCOST算法，填补了代谢介导的细胞间通讯检测方法的空白	未明确提及具体限制	研究代谢介导的细胞间通讯（mCCC）及其在生物学和疾病中的作用	人类白色脂肪组织和小鼠棕色脂肪组织中的单细胞	生物信息学	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和代谢通量平衡分析	MEBOCOST算法	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括人类和小鼠的组织样本
294	2025-07-20	ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation 2025-Jun-19, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.002 PMID:40562034	研究论文	本研究通过结合化学筛选与单细胞RNA测序技术，开发了ChemPerturb-seq方法，用于系统性分析小分子处理后人β细胞的分子变化，并发现了一种能增强人β细胞皮下移植后存活的小分子混合物	开发了ChemPerturb-seq方法，结合化学筛选与单细胞RNA测序，系统性分析小分子处理后的细胞分子变化，并发现性别特异性的小分子混合物增强移植效果	发现的小分子混合物在雌性小鼠中效果显著，但在雄性小鼠中效果有限，存在性别差异的局限性	寻找能增强人β细胞皮下移植后存活和功能的小分子混合物	人β细胞和原代胰岛	生物医学工程	糖尿病	scRNA-seq, ChemPerturb-seq	AI-powered website (ChemPerturbDB)	单细胞RNA测序数据	人β细胞和原代胰岛，移植至雌性和雄性小鼠
295	2025-07-20	Epigenetic Reprogramming of Autophagy Leads to Uncovering a Novel Therapeutic Target for Mutant IDH1 Astrocytomas 2025-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.08.584091 PMID:38559270	研究论文	本文揭示了自噬在突变IDH1星形细胞瘤中的关键作用，并探索了通过阻断自噬途径增强放射敏感性的新治疗策略	发现自噬是突变IDH1胶质瘤生存的关键途径，并证明通过系统性递送靶向Atg7的siRNA纳米颗粒抑制自噬可增强放射敏感性，实现肿瘤消退和长期生存	研究主要基于体外细胞实验和基因工程小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索突变IDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗靶点	人类和小鼠的突变IDH1胶质瘤细胞及患者样本	肿瘤生物学	胶质瘤	RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq	基因工程小鼠模型	基因组数据、转录组数据	人类和小鼠的突变IDH1胶质瘤细胞及患者样本（具体数量未明确说明）
296	2025-07-20	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	研究论文	研究探讨了调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT）在结肠炎中的作用及其通过抑制γδ T细胞缓解炎症的机制	揭示了DNT细胞通过E-cadherin和NKG2D增强对γδ T细胞的细胞毒性，从而缓解结肠炎的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠结肠炎模型中的DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序和细胞过继转移	NA	基因表达数据和细胞表型数据	小鼠模型中的DNT细胞和γδ T细胞群体
297	2025-07-20	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的微血管增殖（MVP）机制，揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在MVP中的作用及其与免疫抑制和不良预后的关联	首次在胶质母细胞瘤中通过单细胞RNA测序鉴定了与MVP相关的间充质干细胞和成纤维细胞，并发现了PDGFRB作为驱动基因的新作用	研究样本量较小（16例），且仅针对原发性胶质瘤患者	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制的关系	16例原发性胶质瘤患者的CD45-CD105+血管/血管周围基质细胞和CD45+CD105±免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，RNA速度分析，数字空间分析	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
298	2025-07-20	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次揭示了紫杉醇通过诱导内皮细胞衰老导致血脑屏障功能障碍的转录组学机制，并发现VTN和PTN通路在衰老状态中的富集	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何影响血脑屏障完整性的基因表达模式	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	转录组学	化疗相关认知障碍	scRNA-seq	小鼠模型	转录组数据	紫杉醇处理组和对照组小鼠的脑组织样本
299	2025-07-20	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-Jun, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	研究论文	通过单细胞转录组学技术揭示疟原虫var基因表达的可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	首次在单细胞水平上揭示了疟原虫var基因表达的多样性，包括单等位基因表达、多基因共表达及低表达状态	研究仅使用了实验室克隆株3D7和IT4，未涵盖自然感染情况下的寄生虫多样性	探究疟原虫var基因表达调控机制及其在免疫逃避中的作用	恶性疟原虫克隆株3D7和IT4	单细胞转录组学	疟疾	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	实验室克隆株3D7和IT4寄生虫系
300	2025-07-20	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术快速推断形态合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法开发Proseg，相比现有方法在性能和计算效率上表现更优，并显著提高了难以分割的肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）的检测准确性	NA	提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割方法（Proseg）	空间转录组数据	来自三种商业平台生成的数据集以及肾细胞癌患者样本