单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-07-26	A Network Medical Framework based on Inflammatory Genes to Identify Drug Candidates for Abdominal Aortic Aneurysms 2024, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/1874467217666230517104426 PMID:37198994	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和RNA测序的生物医学数据，以及药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用的网络医学数据，识别了腹主动脉瘤的关键靶点和潜在药物化合物	提出了一个基于炎症基因的网络医学框架，用于识别腹主动脉瘤的潜在药物候选物，并发现了与免疫评分和炎症通路密切相关的关键靶点SLC2A3和IER3	研究主要依赖于计算模拟和体外数据，尚未进行体内实验验证	识别腹主动脉瘤的关键靶点和潜在治疗药物	腹主动脉瘤的单细胞RNA测序和RNA测序数据，药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用网络	数字病理学	腹主动脉瘤	scRNA-seq, RNA-seq	网络医学框架	基因表达数据，药物-靶标相互作用数据，蛋白质-蛋白质相互作用数据	AAA和非动脉瘤对照样本中的10种细胞类型
282	2025-07-26	Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers 2023-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01536-3 PMID:36593397	研究论文	开发了一种名为SPOTS的高通量空间转录组和蛋白质分析技术，用于整合空间转录组学和蛋白质组学数据	SPOTS技术首次实现了高通量的空间转录组和蛋白质同时分析，显著提高了信号分辨率和细胞聚类能力	未提及该技术在特定组织类型或疾病模型中的验证情况	解决空间转录组学和蛋白质组学数据整合的实验限制	生物组织的空间转录组和蛋白质数据	空间组学	NA	SPOTS (Spatial PrOtein and Transcriptome Sequencing)	NA	空间转录组数据、蛋白质数据	NA
283	2025-07-26	Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype 2023-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008 PMID:36931600	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新发现的表型	首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中发现并描述了IgE抗体分泌细胞的转录组特征及其与IgD和记忆B细胞的克隆关系	样本量较小（n=3），可能影响结果的普遍性	研究IgE抗体分泌细胞在过敏性真菌性鼻窦炎中的特征和功能	过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中的CD19和CD19抗体分泌细胞	免疫学	过敏性真菌性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3例患者的鼻息肉样本
284	2025-07-26	T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma 2022-02, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01623-z PMID:35027754	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗时，T细胞特征与毒性反应之间的关系	首次发现循环中激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个预处理因素与严重irAE发展相关	样本量相对较小(n=27, 26和18)，且仅针对黑色素瘤患者	探索与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征	接受抗PD-1单药或抗PD-1与抗CTLA-4联合ICIs治疗的黑色素瘤患者	免疫学	黑色素瘤	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、批量RNA测序和批量T细胞受体(TCR)测序	NA	血液样本	93份治疗前和早期治疗血液样本，3个患者队列(n=27, 26和18)
285	2025-07-25	A novel immunocompetent transgenic mouse model of DHF reveals Syk-mediated Th2-polarized cytokine storm as a key driver of vascular leakage 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2531178 PMID:40623122	研究论文	该研究建立了一种新型免疫活性转基因小鼠模型，用于研究登革热出血热（DHF）的发病机制	首次建立了具有完整先天/适应性免疫的免疫活性小鼠模型，揭示了Syk介导的Th2极化细胞因子风暴是血管渗漏的关键驱动因素	NA	研究登革热出血热（DHF）的发病机制	hTim4转基因C57BL/6J小鼠和人类DHF组织	免疫病理学	登革热出血热	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	转基因小鼠模型	RNA测序数据和转录组数据	NA
286	2025-07-25	PD-1 regulates tumor-infiltrating CD8+ T cells in both a cell-intrinsic and a cell-extrinsic fashion 2025-Oct-06, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230542 PMID:40705010	研究论文	研究PD-1在肿瘤浸润CD8+ T细胞中的细胞内在和外在调控机制	开发了一种可诱导的PD-1敲除模型，揭示了PD-1抑制剂通过非细胞自主机制增强T细胞功能的新机制	研究仅基于MC38肿瘤细胞模型，未在其他肿瘤模型中验证	探究PD-1缺失对CD8+ T细胞功能的影响及其在肿瘤微环境中的作用机制	PD-1缺失和表达的CD8+ T细胞	癌症免疫治疗	癌症	单细胞RNA-seq和TCR-seq	可诱导PD-1敲除模型	基因表达数据和T细胞受体序列数据	MC38肿瘤细胞模型中的CD8+ T细胞
287	2025-07-25	POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer 2025-Sep, Molecular and clinical oncology IF:1.4Q4 DOI:10.3892/mco.2025.2877 PMID:40692747	research paper	该研究揭示了POSTN在胃癌相关成纤维细胞中的特异性激活及其与患者不良预后的关联	首次发现POSTN在CAFs中的显著上调及其通过YAP1/TEAD1共转录因子的直接调控机制	研究主要基于公共数据库和免疫组化数据，缺乏体内实验验证	探究胃癌肿瘤微环境中CAF相关标志物的临床意义及其在耐药性中的作用	胃癌患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	digital pathology	gastric cancer	免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、临床样本数据	内部队列胃癌患者样本及公共数据库数据
288	2025-07-25	Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era 2025-Aug, Molecular ecology IF:4.5Q1 DOI:10.1111/mec.17378 PMID:38721834	perspective	探讨基因组时代下非模式生物基因表达研究的生态与进化研究新方向	提出利用长读长测序和单细胞RNA测序技术解决传统RNA测序在非模式生物研究中的局限性	未具体说明技术应用中的实际挑战或数据解读难度	推动生态基因组学中基因表达研究的精度与深度	非模式生物的基因表达	生态基因组学	NA	长读长测序(long-read sequencing), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
289	2025-07-25	NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells 2025-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014 PMID:39733935	研究论文	本文研究了NFATc1在过敏性接触性皮炎中对IL-17产生的CD8 T细胞（Tc17细胞）的诱导作用	揭示了NFATc1在调控CD8 T细胞向Tc17细胞分化中的关键作用，并提出了NFATc1作为减轻CD8 T细胞介导的过敏反应的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究NFATc1在过敏性接触性皮炎中的作用机制	小鼠模型中的CD8 T细胞	免疫学	过敏性接触性皮炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠和Nfatc1xCd4-cre小鼠
290	2025-07-25	Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution 2025-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70276 PMID:40692664	研究论文	本研究通过单细胞分辨率探讨了长期高脂饮食对衰老过程中骨髓微环境的影响	揭示了长期高脂饮食导致骨髓微环境中成骨向成脂转变的机制，并发现了骨髓与大脑之间可能的信号交流轴	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明长期高脂饮食如何影响衰老过程中的骨髓和实体器官	衰老小鼠的骨髓微环境	生物医学	骨质疏松症	单细胞转录组学	LHA小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
291	2025-07-25	SETDB1 ensures the continuity of embryonic to adult neural stem cells through metabolic alterations in the dentate gyrus 2025-Jul-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424315122 PMID:40699919	研究论文	本文揭示了SETDB1通过代谢改变在胚胎神经祖细胞向成人神经干细胞（aNSCs）转变过程中的关键作用	发现SETDB1通过调控COX6B2影响氧化磷酸化（OXPHOS），从而控制aNSCs的命运，防止其向星形胶质细胞分化	研究主要聚焦于齿状回发育过程中的SETDB1功能，可能不适用于其他脑区	探究胚胎神经祖细胞如何转变为成人神经干细胞并维持其池的机制	胚胎神经祖细胞、成人神经干细胞（aNSCs）、星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
292	2025-07-25	Targeting tumor-associated CCR2+ macrophages to inhibit pancreatic cancer recurrence following irreversible electroporation 2025-Jul-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw2937 PMID:40700478	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了不可逆电穿孔（IRE）后胰腺导管腺癌（PDAC）模型的肿瘤免疫微环境，发现IRE诱导了CCR2肿瘤相关巨噬细胞（CCR2 TAM）介导的免疫抑制微环境，并开发了一种新型巨噬细胞蛋白脂质体（mPLV）共封装CCR2拮抗剂PF-4136309和吉西他滨，以抑制肿瘤复发	揭示了CCR2 TAM在IRE诱导的免疫抑制中的作用，并开发了新型mPLV药物递送系统以增强IRE的临床潜力	研究仅限于临床前PDAC模型，尚未进行人体试验	探索IRE治疗后PDAC复发机制并开发抑制复发的治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	单细胞RNA测序	临床前PDAC模型	RNA测序数据	NA
293	2025-07-25	Generation of Porcine Blastoids from Embryonic Stem Cells 2025-Jul-25, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_651 PMID:40705202	research paper	该研究开发了一种从猪胚胎干细胞生成类囊胚结构的方法	首次报道了从猪胚胎干细胞生成类囊胚结构的三维两步分化策略	未提及体内发育潜能或功能验证	建立大型动物胚胎发育研究模型	猪胚胎干细胞	发育生物学	NA	3D细胞培养	类囊胚模型	单细胞转录组数据	未明确样本数量
294	2025-07-25	Prognostic significance of somatic mutations in myeloid cells of men with chronic heart failure - interaction between loss of Y chromosome and clonal haematopoiesis 2025-Jul-24, European journal of heart failure IF:16.9Q1 DOI:10.1002/ejhf.3778 PMID:40702883	研究论文	探讨男性慢性心力衰竭患者骨髓细胞中体细胞突变的预后意义，特别是Y染色体缺失与克隆性造血之间的相互作用	首次揭示Y染色体缺失(LOY)与克隆性造血(CHIP)在慢性心力衰竭患者中的相互作用及其对预后的影响	研究仅针对男性患者，未包括女性患者的数据	评估LOY和CHIP突变对慢性心力衰竭患者预后的影响	781名男性慢性心力衰竭患者	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	781名男性慢性心力衰竭患者
295	2025-07-25	Enhancing and accelerating cell type deconvolution of large-scale spatial transcriptomics slices with dual network model 2025-Jul-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf419 PMID:40704686	研究论文	提出一种名为jMF2D的双网络模型，用于增强和加速大规模空间转录组切片的细胞类型反卷积	jMF2D通过联合学习细胞类型相似性网络，整合scRNA-seq和空间转录组数据，提高了反卷积的准确性和效率，节省了约90%的运行时间	未明确提及具体局限性	开发一种高效准确的细胞类型反卷积算法，用于分析空间转录组数据	scRNA-seq和空间转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组	非负矩阵分解算法（jMF2D）	RNA-seq数据	多种平台生成的不同数据集
296	2025-07-25	Single-Cell RNA Sequencing of Murine Limbal Epithelia Reveals Gas1 as a Novel Stem/Progenitor Cell Marker for the Corneal Epithelium 2025-Jul-24, Cornea IF:1.9Q2 DOI:10.1097/ICO.0000000000003938 PMID:40704715	研究论文	通过单细胞RNA测序技术发现Gas1作为角膜上皮干细胞/祖细胞的新标记物	首次发现Gas1作为角膜上皮干细胞/祖细胞的新标记物，可用于识别和富集这些细胞	研究仅在鼠类模型中进行，尚未在人类样本中验证	鉴定角膜上皮干细胞/祖细胞的标记物	鼠类角膜缘上皮细胞	数字病理学	角膜疾病	scRNA-seq, SmartSeq-2, 流式细胞术, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	5至60周龄小鼠
297	2025-07-25	Early immune response to Coccidioides is characterized by robust neutrophil and fibrotic macrophage recruitment and differentiation 2025-Jul-24, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.00442-25 PMID:40704794	research paper	该研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序技术，探究了早期免疫系统对球孢子菌的反应，特别是中性粒细胞和纤维化巨噬细胞的招募与分化	揭示了PD-L1中性粒细胞和Spp1巨噬细胞在炎症和纤维化中的关键作用，为治疗干预提供了潜在靶点	研究使用的是高剂量减毒菌株的小鼠模型，可能与人类自然感染情况存在差异	阐明球孢子菌病严重进展的免疫学机制	小鼠肺部早期免疫反应	免疫学	球孢子菌病(山谷热)	单细胞RNA测序	小鼠感染模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本量(小鼠模型)
298	2025-07-25	Decoding epithelial-fibroblast interactions in lung adenocarcinoma through single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06250-6 PMID:40705084	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，解析了肺腺癌中上皮细胞与成纤维细胞间的相互作用及其在肿瘤微环境中的动态变化	整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了肺腺癌中上皮细胞与成纤维细胞亚群的关键互作及其在肿瘤进展中的作用	样本量相对较小（21例患者），可能限制了结果的普遍性	揭示肺腺癌肿瘤微环境中上皮细胞与基质细胞的相互作用及其在肿瘤进展中的角色	肺腺癌患者的上皮细胞和成纤维细胞亚群	数字病理学	肺腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, CNV分析	Seurat, Harmony, CellChat, MEBOCOST, CellTrek	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	21例肺腺癌患者
299	2025-07-25	Identification of key targets and exploration of therapeutic molecular mechanisms of natural compound tangeretin in osteosarcoma 2025-Jul-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03221-8 PMID:40705154	研究论文	本研究通过综合方法鉴定了天然化合物tangeretin在骨肉瘤治疗中的关键靶点，并探索了其抗肿瘤分子机制	首次结合WGCNA、网络药理学和单细胞测序技术，系统性地揭示了tangeretin在骨肉瘤中的治疗靶点和作用机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索天然化合物tangeretin在骨肉瘤治疗中的分子机制和潜在靶点	骨肉瘤细胞和天然化合物tangeretin	肿瘤药理学	骨肉瘤	CCK-8检测、WGCNA、网络药理学、RT-qPCR、分子对接、单细胞测序	多基因诊断模型	基因表达数据	NA
300	2025-07-25	Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis 2025-Jul-24, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03596-1 PMID:40705269	research paper	通过综合生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性自然流产之间的共同致病机制	首次发现FXYD1作为EM和RSA的共同枢纽基因，并揭示其在两种疾病中的潜在诊断价值和免疫细胞浸润相关性	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证FXYD1的功能机制	探索子宫内膜异位症和复发性自然流产的共享分子机制	子宫内膜异位症(EM)和复发性自然流产(RSA)患者的基因表达数据	生物信息学	子宫内膜异位症, 复发性自然流产	加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单细胞RNA测序, ROC分析	NA	基因表达数据	来自GSE7305(EM)和GSE165004(RSA)数据集