单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 40356 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-06-10 |
Single-cell profiling of the subgingival bacteria reveals transcriptional heterogeneity and niche-specific programs
2026-Mar-11, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2026.01.017
PMID:41720093
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序框架分析龈下细菌异质性和生态位特异性程序，揭示牙周炎发病机制 | 首次在单细胞分辨率下分析龈下细菌的转录异质性，构建了包含285个物种、133,458个细胞的图谱，并鉴定出与疾病相关的功能亚群 | 未提及方法局限性，但可能存在低微生物量和宿主污染的技术挑战 | 探索健康与牙周炎状态下龈下细菌的功能异质性和生态位特异性程序 | 龈下细菌群落 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 16个龈下样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 282 | 2026-06-10 |
Distinct spatial patterning and transcriptomic landscapes of human neural organoids by localized delivery of morphogens
2026-Mar-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.01.008
PMID:41734763
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研究论文 | 本研究通过一种无Matrigel的被动扩散形态原梯度发生器（PdMG），在人类神经类器官中建立稳定的外源空间形态原梯度，模拟脑区域化模式 | 首次开发无Matrigel的被动扩散形态原梯度发生器，在人类神经类器官中可靠建立陡峭的外源空间形态原梯度，实现背腹前脑、吻尾前中脑和吻尾前后脑样模式化 | 未明确说明局限性 | 利用模式化神经类器官模型模拟调控关键细胞命运特化和轴形成的时空形态原动态 | 人类神经类器官 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 空间转录组学分析平台 |
| 283 | 2026-06-10 |
Interferon-γ-Responsive Microglia-Derived Extracellular Vesicles Inhibited Neurogenesis After Stroke via MicroRNA-199a-5p/SIRT1 Axis
2026-Mar-03, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.043532
PMID:41717953
|
研究论文 | 本研究揭示了干扰素-γ反应性小胶质细胞来源的细胞外囊泡通过miR-199a-5p/SIRT1轴抑制中风后神经发生 | 首次发现干扰素-γ反应性小胶质细胞来源的细胞外囊泡通过miR-199a-5p/SIRT1轴抑制中风后神经发生，为缺血性中风治疗提供了新靶点 | NA | 研究干扰素-γ反应性小胶质细胞在神经系统功能恢复中的作用及其机制 | 成年雄性小鼠的脑组织、神经干细胞（NSCs） | machine learning | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、miRNA测序、免疫染色、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）、酶联免疫吸附测定（ELISA）、荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据、miRNA表达数据 | 小鼠脑组织样本，具体数量未说明 | Illumina | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、miRNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）使用10x Genomics平台，miRNA测序使用Illumina NovaSeq |
| 284 | 2026-06-10 |
Nuclear condensates of BZU2/ZmMUTE modulate transcription to realize structural heterogeneity of the maize stomatal complex
2026-Mar-03, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koag040
PMID:41718014
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研究论文 | 本文揭示了玉米BZU2/ZmMUTE核凝聚体通过液-液相分离调控气孔复合体细胞异质性的机制 | 首次发现转录因子ZmMUTE通过液-液相分离形成核凝聚体，调控玉米四细胞气孔复合体的功能与空间异质性，并揭示其内在无序区IDR4在DNA结合、靶基因激活及细胞间移动中的多重作用 | 未明确说明具体局限性 | 探究转录因子ZmMUTE在玉米气孔发育中如何通过动态活性实现细胞命运决定的结构异质性 | 玉米四细胞气孔复合体及其发育过程中的细胞类型异质性 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 玉米样本的基因型和单细胞RNA-seq分析 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于细胞类型特异性转录程序分析 |
| 285 | 2026-06-10 |
A Chromosome-level Assembly and Functional Genomic Resources for the Model Annelid Capitella teleta
2026-Mar-02, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evag041
PMID:41732109
|
研究论文 | 结合长读长和短读长测序与Hi-C技术，构建了模式环节动物 Capitella teleta 的染色体级核基因组和线粒体基因组，并提供了功能基因组资源 | 首次利用Hi-C染色质构象捕获技术实现了环节动物 C. teleta 的染色体水平组装，揭示了核基因组与线粒体基因组的重排现象，并整合了多种组学数据（RNA-seq、ATAC-seq、EM-seq）以鉴定新细胞类型特异性基因标记 | 未提及具体限制 | 为模式环节动物 Capitella teleta 提供更新的高质量基因组组装和功能基因组资源，促进动物与基因组进化研究 | 实验室品系的环节动物 Capitella teleta | 基因组学 | 不适用 | 长读长测序, 短读长测序, Hi-C染色质构象捕获, RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | 不适用 | 基因组序列, RNA-seq数据, ATAC-seq数据, EM-seq数据 | 一个实验室品系样本 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 |
| 286 | 2026-06-10 |
Multifunctional LepR⁺ skeletal stem/progenitor cells for bone and marrow homeostasis
2026-Mar, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-026-01698-z
PMID:41711875
|
综述 | 综述了LepR⁺骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs）在骨形成和骨髓稳态中的多功能作用 | 通过Cre/loxP遗传小鼠模型和单细胞转录组学，揭示了LepR⁺ SSPCs在发育、成年、衰老和骨折愈合中的功能与谱系可塑性 | 未提及具体的局限性 | 总结LepR⁺ SSPCs的研究历史与进展，强调其在稳态和病理条件下的作用 | LepR⁺骨骼干细胞/祖细胞（SSPCs） | 机器学习 | NA | Cre/loxP遗传标记，单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 287 | 2026-06-10 |
BiGCN Learns B Cell Functional States by Integrating Single-Cell Transcriptomes and BCR Repertoires
2026-Mar, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202501919
PMID:41725270
|
研究论文 | 提出BiGCN方法，通过图卷积网络融合单细胞转录组和BCR数据，高精度表征B细胞功能状态 | 首次将单细胞转录组和BCR数据在统一嵌入空间内显式整合，利用图卷积网络实现B细胞状态和克隆关系的高保真表征 | 未提及模型对大规模数据的计算效率或对新组织类型的泛化能力等局限性 | 开发整合单细胞转录组和BCR数据的计算方法，揭示B细胞完整功能多样性 | B淋巴细胞的功能状态和克隆关系 | 机器学习 | 传染病,自身免疫病,癌症 | 单细胞RNA测序(ScRNA-seq), 单细胞BCR测序(ScBCR-seq) | 图卷积网络(GCN) | 基因表达数据和BCR序列数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞BCR测序 | NA | NA |
| 288 | 2026-06-10 |
Single-cell transcriptomics reveals phenotypic and functional alterations of erythroid progenitor cells in tuberculosis patients
2026-Mar, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland)
DOI:10.1016/j.tube.2026.102746
PMID:41734583
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示结核病患者红细胞祖细胞的表型和功能改变 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了不同结核病阶段和不同组织部位中红细胞祖细胞的异质性，揭示了其与免疫细胞的双向通讯，并建立了基于红细胞祖细胞特征基因的潜伏结核感染预测模型 | 主要基于公开数据集分析，缺乏独立的验证队列；部分发现（如代谢重编程）需要进一步的实验验证 | 探究结核病不同阶段（潜伏感染、活动性结核、播散性结核）红细胞祖细胞的动态变化及其与免疫细胞的相互作用 | 红细胞祖细胞及其与免疫细胞（巨噬细胞、树突状细胞、单核细胞）的相互作用 | 单细胞转录组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | 分类和聚类模型 | 单细胞转录组数据 | 健康对照、潜伏结核感染、结核病、播散性结核病患者的外周血单核细胞样本，以及结核病肺组织和邻近未受累区域样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2026-06-10 |
Aging-associated differences in mammary tumor-initiating populations and immune evasion pathways in breast cancer
2026-Feb-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2523254123
PMID:41719331
|
研究论文 | 利用大鼠乳腺肿瘤模型整合多组学分析，揭示衰老如何影响乳腺癌起始细胞群体和免疫逃逸通路 | 首次在体内模型中揭示衰老通过染色体不稳定驱动抗原呈递缺陷促进免疫逃逸的分子机制，并发现人类乳腺癌中同源染色体区域缺失与预后相关性 | 主要基于大鼠模型，人类数据为关联分析，未进行功能验证实验 | 解析衰老对乳腺癌发生发展、分子表型和免疫逃逸的影响机制 | N-甲基-N-亚硝基脲诱导的大鼠乳腺肿瘤模型及对应的人类乳腺癌数据 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | bulk和单细胞转录组测序、全外显子测序、组织病理分析 | NA | 转录组数据、外显子测序数据、组织病理图像 | 大鼠模型（具体样本量未提供），人类乳腺癌数据（具体数量未提供） | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, whole-exome sequencing | NA | NA |
| 290 | 2026-06-10 |
Integrating scRNA-seq and snRNA-seq with spatial transcriptomics to unlock the xylem puzzle
2026-Feb-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04007-z
PMID:41724975
|
研究论文 | 整合scRNA-seq和snRNA-seq与空间转录组学技术，解析杨树次生木质部发育的完整历程 | 首次整合单细胞RNA测序和单细胞核RNA测序数据，克服了原生成分分离对晚期木质部细胞的限制，构建了从形成层祖细胞到次生细胞壁沉积和程序性细胞死亡的完整发育图谱 | 未提及 | 重建木质部形成的完整发育景观，揭示次生细胞壁沉积和程序性细胞死亡的转录协调机制 | 杨树茎发育中的木质部细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞核RNA测序, 激光捕获显微切割, 支持向量机 | 支持向量机 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞核RNA-seq | NA | NA |
| 291 | 2026-06-10 |
Single-cell immunophenotyping identifies CD8+GZMK+IFNG+ T cells as a key immune population in cutaneous Lyme disease
2026-Feb-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.196741
PMID:41729083
|
研究论文 | 通过单细胞免疫表型分析，鉴定出CD8+GZMK+IFNG+ T细胞是皮肤莱姆病中的关键免疫群体 | 首次在莱姆病红斑迁移病变中发现克隆扩增的CD8+GZMK+IFNG+ T细胞，并揭示其炎症潜力和早期抗Borrelia burgdorferi防御作用 | 未提及具体限制 | 比较莱姆病红斑迁移病变与自体未受累皮肤中的T细胞反应，以深入理解皮肤屏障对蜱传病原体的防御机制 | 莱姆病患者的红斑迁移病变和自体未受累皮肤的T细胞 | 数字病理学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序、适应性免疫受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 扩大样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 292 | 2026-06-10 |
HDAC1 modulates sepsis-induced immunosuppression by driving the exhaustion of CD8+ T cells
2026-Feb-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197224
PMID:41729078
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研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去乙酰化酶1（HDAC1）通过驱动CD8+ T细胞耗竭来介导脓毒症诱导的免疫抑制的机制 | 首次揭示HDAC1通过与NFAT1直接相互作用促进其核转位，进而上调抑制性分子表达，驱动CD8+ T细胞耗竭，并确认HDAC1作为脓毒症免疫抑制的潜在治疗靶点 | 主要为小鼠模型和体外实验，临床样本量可能有限，且HDAC1抑制剂的长期安全性和有效性未详细评估 | 阐明HDAC1在脓毒症诱导的CD8+ T细胞耗竭中的作用及其分子机制 | 脓毒症患者外周血样本和小鼠脓毒症模型中的CD8+ T细胞 | 机器学习 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 脓毒症患者外周血样本及小鼠模型样本（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于小鼠肺部细胞分析 |
| 293 | 2026-06-10 |
WWP2 underlies ROS-induced granulosa cell apoptosis by promoting ubiquitination of BAK in polycystic ovary syndrome
2026-Feb-23, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08500-y
PMID:41730845
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研究论文 | 本研究揭示了泛素连接酶WWP2通过促进BAK泛素化在多囊卵巢综合征中调节氧化应激诱导的颗粒细胞凋亡的分子机制 | 首次证明WWP2在多囊卵巢综合征颗粒细胞凋亡中的作用，并阐明其通过BAK泛素化调节线粒体凋亡的具体分子机制 | NA | 阐明活性氧（ROS）如何通过E3泛素连接酶WWP2调节多囊卵巢综合征中颗粒细胞的凋亡机制 | 多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞以及KGN细胞系和Wwp2基因敲除的小鼠模型 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 临床颗粒细胞样本和PCOS小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-06-10 |
Single-cell and spatial transcriptomics define 20E-driven developmental reprogramming in silkworm wing disc
2026-Feb-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69518-6
PMID:41730863
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学构建家蚕翅原基10个时间点的时空单细胞图谱，揭示20-羟基蜕皮酮驱动的发育重编程机制 | 首次构建家蚕翅原基高分辨率时空单细胞图谱，提出五阶段基因转换模型，并揭示20E激素快速加速细胞命运转变的机制 | 未提及具体局限性 | 阐明昆虫翅发育的时空逻辑及激素驱动的发育重编程机制 | 家蚕翅原基 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 图像 | 家蚕翅原基10个时间点样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 295 | 2026-06-10 |
Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer
2026-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69797-z
PMID:41723121
|
研究论文 | 通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序分析肝癌中肿瘤细胞与微环境的共依赖性关系 | 提出深度学习策略将肿瘤细胞状态与其周围环境架构进行空间映射，并发现不同的肿瘤细胞状态可形成独特的“村庄”结构，每个村庄由特定的微环境支持 | 未提及具体局限性 | 理解肿瘤如何建立其独特的空间景观以及驱动肿瘤适应性的因素 | 来自50个肿瘤标本的超过200万个细胞，以及740名肝癌患者的单细胞、空间和批量转录组数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间单细胞成像、单细胞RNA测序 | 深度学习 | 图像、转录组数据 | 50个肿瘤标本、740名肝癌患者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 296 | 2026-06-10 |
Utilizing bulk and single-cell RNA sequencing to identify potential biomarkers linked to angiogenesis and integrated stress response in chondrosarcoma
2026-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40800-3
PMID:41723200
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研究论文 | 利用批量与单细胞RNA测序识别与软骨肉瘤血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物 | 首次通过综合批量与单细胞RNA测序分析，确定HSPA8、LMNA和SERPINH1作为软骨肉瘤中与血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物，并揭示其调控网络及细胞互作机制 | 样本量有限且主要依赖公开数据库，部分分析结果尚未在独立队列中验证，分子机制验证仍停留在表达水平 | 鉴定软骨肉瘤中与血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物，并阐明其分子机制 | 软骨肉瘤患者样本 | 机器学习 | 软骨肉瘤 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来源于GEO数据库的多个数据集（GSE30835、GSE22855、GSE184118） | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 297 | 2026-06-10 |
Milk fat globule-EGF factor 8 enhances the proliferation and migration of thyroid carcinoma cells through epithelial-mesenchymal transition and PI3K/AKT signaling pathway
2026-Feb-21, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-026-04242-5
PMID:41723511
|
研究论文 | 发现MFG-E8通过EMT和PI3K/AKT信号通路促进甲状腺癌细胞增殖和迁移 | 首次揭示MFG-E8在甲状腺癌中的表达和功能，特别是其与侵袭性亚型的关系及潜在临床应用价值 | 未提及具体局限性，需进一步验证临床转化价值 | 研究MFG-E8在甲状腺癌中的表达、功能及作用机制 | 甲状腺癌细胞系及乳头状甲状腺癌组织样本 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组测序、质谱分析、免疫组化、Western blotting、RT-PCR | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、组织图像 | 包含甲状腺癌组织和细胞系样本，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | 未提供具体平台配置细节 |
| 298 | 2026-06-10 |
Multi-species integration, alignment and annotation of single-cell RNA-seq data with CAMEX
2026-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69696-3
PMID:41723123
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research paper | 介绍CAMEX，一种利用异构图神经网络进行多物种单细胞RNA-seq数据整合、比对和注释的工具 | 利用多对多同源关系进行跨物种整合，并在多种跨物种基准数据集上表现优于现有方法 | 未在标题和摘要中明确提及，可能包括对极远缘物种的适用性验证不足 | 解决跨物种单细胞RNA-seq数据整合和注释的挑战，揭示细胞起源与进化机制 | 来自一个到十一个物种的单细胞RNA-seq数据 | machine learning | NA | scRNA-seq | 异构图神经网络 (GNN) | 单细胞RNA-seq数据 | 多个跨物种基准数据集，物种数量从1到11种 | NA | scRNA-seq | NA | NA |
| 299 | 2026-06-10 |
Spatial multiomics reveals irreversible electroporation-induced immuno-metabolic characteristics of the inflammatory margin in liver cancer
2026-Feb-20, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09742-4
PMID:41714782
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研究论文 | 结合空间转录组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序和CyTOF技术，揭示不可逆电穿孔（IRE）诱导的肝癌炎症边缘中的免疫代谢特征 | 首次通过多组学方法精确定位IRE诱导的炎症边缘，并发现Ly6CPD-L1+脂质相关巨噬细胞（LAMs）的显著浸润及其免疫抑制表型与脂质代谢重编程的关联 | 研究仅在雄性C57BL/6小鼠原位肝癌模型中进行，尚未在人类样本中验证 | 阐明IRE消融后肝癌炎症边缘的免疫和代谢变化，为联合治疗提供潜在代谢靶点 | 雄性C57BL/6小鼠的原位肝癌模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, CyTOF | NA | 空间转录组数据, 空间代谢组数据, 单细胞RNA测序数据, CyTOF数据 | 未指定具体样本数量 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 单细胞RNA测序, CyTOF | NA | NA |
| 300 | 2026-06-10 |
Single-cell transcriptomic analysis and machine learning identify ATAD3A as a key gene that stabilizes mitochondrial-endoplasmic reticulum membranes, promoting bladder cancer progression
2026-Feb-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07857-0
PMID:41715136
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析和机器学习识别ATAD3A作为稳定线粒体内质网膜的关键基因，促进膀胱癌进展 | 首次将线粒体相关内质网膜（MAM）与膀胱癌化疗耐药联系起来，通过机器学习和多组学分析鉴定ATAD3A为预测耐药的关键基因 | 未提及具体局限性 | 探究线粒体内质网膜在膀胱癌进展和化疗耐药中的作用机制 | 膀胱癌患者样本、细胞模型和动物模型 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA测序、单细胞转录组分析、空间转录组学 | 随机森林模型、LASSO-Cox回归 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |