单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-10-24 |
Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141
PMID:40840441
|
研究论文 | 开发空间差异分析方法用于揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系 | 提出空间差异分析方法，能够检测选择性剪接和等位基因特异性表达，在神经元和肿瘤细胞分析中表现出优于现有工具的准确性和灵敏度 | NA | 开发新方法以更好地理解单细胞和空间转录组数据中的细胞异质性和基因表达动态 | 神经元、肿瘤细胞、正常人类细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、全外显子组测序 | 空间差异分析方法 | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 282 | 2025-10-24 |
Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629785
PMID:39763720
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研究论文 | 提出一种名为RASP的计算高效空间转录组数据降维方法 | 开发了随机化两阶段PCA框架，比现有技术快数个数量级，支持非转录组协变量的灵活整合 | NA | 开发计算高效的空间转录组数据降维方法 | 人类和小鼠组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 随机化主成分分析(PCA) | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 10x Visium, 10x Xenium, 同时包含Stereo-Seq和MERFISH技术 |
| 283 | 2025-10-24 |
Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas
2025-Aug, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02285-0
PMID:40775269
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研究论文 | 本研究构建了跨物种单细胞肾脏图谱并开发了CellSpectra计算工具，用于分析个体患者细胞类型特异性通路基因表达协调变化 | 开发了能量化基因表达协调变化的CellSpectra计算工具，创建了包含140个样本、超过100万细胞的跨物种单细胞肾脏图谱 | NA | 推进单细胞方法在临床精准医学中的应用，解决个体患者细胞类型特异性分子变化识别难题 | 人类和啮齿类动物的肾脏细胞 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | CellSpectra计算工具 | 单细胞基因表达数据 | 140个样本，超过100万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 284 | 2025-10-23 |
MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626766
PMID:39677693
|
研究论文 | 开发用于图像空间转录组学数据质量控制的自动化计算工具MerQuaCo | 首个能够自动检测和量化空间转录组学数据缺陷的计算工具，无需人工输入 | 研究基于641个小鼠脑切片数据，主要针对Vizgen MERSCOPE平台 | 开发空间转录组学数据质量控制的自动化方法 | 641个新鲜冷冻成年小鼠脑切片 | 空间转录组学 | NA | 图像空间转录组学 | NA | 空间转录组图像数据 | 641个小鼠脑切片 | Vizgen | 空间转录组学 | MERSCOPE | Vizgen MERSCOPE平台 |
| 285 | 2025-10-23 |
Integrated transcriptomics of human blood vessels defines a spatially controlled niche for early mesenchymal progenitor cells
2024-10-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.015
PMID:39025061
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研究论文 | 本研究通过空间和单细胞转录组学揭示了人类血管壁中早期间充质祖细胞的分布特征和功能特性 | 首次详细描绘了人类血管外膜干细胞微环境，发现CD201(PROCR)高表达定义了更原始的间充质祖细胞亚群 | NA | 表征人类血管周围祖细胞的表型、潜能和微解剖分布 | 人类血管组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 286 | 2025-10-23 |
Accurate estimation of rare cell type fractions from tissue omics data via hierarchical deconvolution
2023-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.532820
PMID:36993280
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研究论文 | 提出一种名为HiDecon的分层反卷积方法，用于从组织组学数据中准确估计稀有细胞类型的比例 | 使用单细胞RNA测序参考和分层细胞类型树来建模细胞类型间的相似性和分化关系，通过跨层级协调细胞比例来校正估计偏差 | 需要单细胞RNA测序参考数据，且在细胞类型高度相关或极稀有情况下仍可能存在估计挑战 | 开发能够准确估计组织中细胞类型比例的方法，特别是针对稀有细胞类型 | 组织样本中的细胞类型比例 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，分层反卷积 | 分层反卷积模型 | 批量转录组数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 287 | 2025-10-22 |
SAMHD1 deficiency disrupts macrophage autophagy-lysosomal homeostasis and promotes inflammation via the mTOR-MITF-CTSD axis in ulcerative colitis
2025-Oct, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147188
PMID:40886983
|
研究论文 | 本研究揭示了SAMHD1通过调控mTOR-MITF-CTSD轴维持巨噬细胞自噬-溶酶体稳态并抑制溃疡性结肠炎炎症的机制 | 首次发现SAMHD1在溃疡性结肠炎巨噬细胞中的关键调控作用，并阐明其通过mTOR-MITF-CTSD轴影响自噬-溶酶体功能的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 探究SAMHD1在溃疡性结肠炎发病机制中的作用及其分子调控机制 | 巨噬细胞、髓系特异性SAMHD1缺陷小鼠、结肠组织 | 分子生物学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 288 | 2025-10-22 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.02.662808
PMID:40631124
|
研究论文 | 本研究通过条件性敲除Ptbp1基因评估其在视网膜神经发生和细胞命运决定中的作用 | 首次在发育过程中系统性评估Ptbp1在视网膜神经发生中的功能，挑战了Ptbp1作为神经发生主要抑制因子的传统观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育，未评估其他神经系统区域；主要使用小鼠模型，物种特异性需进一步验证 | 评估Ptbp1在发育性神经发生中的作用机制 | 小鼠视网膜祖细胞和Müller胶质细胞 | 发育神经生物学 | 神经系统发育疾病 | 条件性基因敲除, bulk RNA-Seq, 单细胞RNA测序, 免疫染色 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 剪接模式数据, 转录组数据 | 胚胎期E16和成熟期小鼠视网膜样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 289 | 2025-10-22 |
CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116184
PMID:40886314
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了结核病中CD8+ T细胞的不同谱系，并发现CD226在效应T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键共刺激作用 | 首次发现CD226是区分结核病中效应性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因，并证明CD226对CD8+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞具有关键共刺激功能 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型，未在人类样本中验证 | 研究慢性结核分枝杆菌感染如何影响肺实质CD8+ T细胞的多样性及其识别感染巨噬细胞的机制 | C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 感染6周和41周的C57BL/6J小鼠细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 290 | 2025-10-22 |
Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection
2025-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624469
PMID:39605457
|
研究论文 | 本研究揭示了磷脂爬行酶1(PLSCR1)通过调控干扰素-λ受体1(IFN-λR1)和干扰素-λ信号通路在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制 | 首次发现PLSCR1作为转录激活因子直接结合Ifn-λr1启动子，并在肺上皮细胞表面与IFN-λR1相互作用，其脂质爬行酶活性对抗流感功能非必需 | 仅使用有限动物模型研究组织水平作用机制 | 阐明PLSCR1在甲型流感病毒感染中的抗病毒机制 | 小鼠模型、气道上皮细胞 | 分子生物学 | 流感病毒感染 | 单细胞RNA测序、转录组分析 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2025-10-22 |
OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data
2025-Sep-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950
PMID:40675159
|
研究论文 | 开发了一种分布无关的细胞反卷积模型OmicsTweezer，用于多组学数据分析 | 通过整合最优传输与深度学习技术，在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异 | NA | 开发能够克服批次效应和数据分布差异的细胞反卷积方法 | 批量组学数据中的细胞类型比例估计 | 机器学习 | 前列腺癌, 结肠癌 | 最优传输, 深度学习 | 深度学习模型 | 批量RNA-seq, 批量蛋白质组学, 空间转录组学 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 292 | 2025-10-22 |
Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.21.624653
PMID:39605709
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研究论文 | 提出一种基于谱图理论的空间转录组数据分析方法，通过将空间坐标投影到形态学相关曲线上来识别空间可变基因 | 引入谱图理论构建反映组织形态的一维曲线坐标系，并开发广义加性模型直接建模基因计数，无需标准化处理 | 方法主要适用于隐含一维结构的组织区域，对复杂二维空间模式的适用性未充分验证 | 开发更有效的空间可变基因识别方法 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 广义加性模型(GAM) | 空间基因表达数据 | 多个实验数据集 | NA | 空间转录组学,Slide-seq,MERFISH | NA | NA |
| 293 | 2025-10-22 |
CCL26 and CXCL12 Promote Release of Insulin-Sensitizing Adipose Tissue Macrophage sEVs from Subcutaneous Adipose Tissue in Obesity
2025-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.670151
PMID:40894782
|
研究论文 | 本研究揭示了皮下脂肪组织巨噬细胞通过释放小细胞外囊泡改善胰岛素敏感性的新机制 | 首次发现皮下脂肪组织巨噬细胞释放的sEVs具有改善胰岛素敏感性的功能，并阐明CCL26和CXCL12在此过程中的调控作用 | 研究主要聚焦于肥胖模型，具体分子机制仍需进一步验证 | 探究皮下脂肪组织在肥胖中对代谢功能障碍的保护机制 | 皮下脂肪组织巨噬细胞及其释放的小细胞外囊泡 | 细胞生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2025-10-22 |
Single-cell clonal lineage tracing identifies the transcriptional program controlling the cell fate decisions by neoantigen-specific CD8 + T cells
2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.13.670223
PMID:40894735
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研究论文 | 通过单细胞克隆谱系追踪揭示新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录程序 | 首次结合单细胞转录组和TCR分析，系统描绘了新抗原特异性CD8+T细胞在肿瘤和引流淋巴结中的克隆扩增与分化轨迹 | 研究仅限于小鼠前列腺癌模型，尚未在人类患者中直接验证 | 解析新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控机制 | 小鼠前列腺癌模型中的新抗原特异性CD8+T细胞 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组测序, TCR谱分析, 克隆谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据, TCR序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 295 | 2025-10-22 |
Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.26.625488
PMID:39651240
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示三刺棘鱼在精子发生过程中不存在减数分裂性染色体失活现象 | 首次在三刺棘鱼中发现性染色体在减数分裂期间保持基因表达活性，未形成浓缩的性染色体小体，这与哺乳动物等物种的MSCI模式截然不同 | 研究仅针对三刺棘鱼一个物种，需要更多鱼类物种的验证来确认MSCI在硬骨鱼类中的保守性 | 探究三刺棘鱼在精子发生过程中是否存在减数分裂性染色体失活现象 | 三刺棘鱼的性染色体(X和Y染色体)及其在精子发生过程中的基因表达模式 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 免疫荧光图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 296 | 2025-10-22 |
Astragalus polysaccharide reduces the severity of acute pancreatitis under a high-fat diet through enriching L. reuteri and propionate
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140021
PMID:39837455
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研究论文 | 本研究探讨黄芪多糖通过富集罗伊氏乳杆菌和丙酸盐减轻高脂饮食下急性胰腺炎严重程度的机制 | 首次揭示黄芪多糖通过调节肠道菌群-胰腺轴缓解急性胰腺炎的具体机制，发现罗伊氏乳杆菌和丙酸盐的协同保护作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 研究黄芪多糖对高脂饮食诱导的急性胰腺炎的保护作用及其机制 | 高脂饮食诱导的急性胰腺炎小鼠模型 | 生物医学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2025-10-22 |
The endothelial growth factor Angiopoietin-2 is an accurate prognostic biomarker in patients with acetaminophen-induced acute liver failure
2025-Feb-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322567
PMID:40034764
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研究论文 | 本研究评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的价值 | 首次发现血管生成素-2在急性肝衰竭患者中具有优越的预后预测价值，特别是在早期就诊患者中优于MELD评分 | 样本量相对有限（总样本量123例），需要在更大规模研究中进一步验证 | 评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的有效性 | 对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭患者 | 生物标志物研究 | 急性肝衰竭 | 单细胞RNA测序，生物标志物检测 | NA | 基因表达数据，临床数据 | 123例患者（凤凰队列43例+ALFSG队列80例） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2025-10-22 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对两种真菌病原体的特异性反应 | 首次报道了使用单细胞转录组分析人类气道上皮细胞感染曲霉菌和球孢子菌的研究 | 动物模型不能完全重现人类疾病，需要使用先进模型研究人类-真菌病原体相互作用 | 研究人类气道上皮细胞对不同真菌病原体的细胞特异性反应机制 | 原代人类气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 299 | 2025-10-22 |
Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607670
PMID:39211069
|
研究论文 | 开发了用于单细胞DNA甲基化数据分析的R软件包Amethyst，并发现人脑胶质细胞中存在非典型甲基化模式 | 开发了首个用于图谱级单细胞甲基化测序数据分析的综合性R软件包，并首次在人星形胶质细胞和少突胶质细胞中发现非典型甲基化模式 | 未明确说明软件包的性能限制或计算资源要求 | 开发单细胞DNA甲基化数据分析工具并探索人脑细胞中的甲基化模式 | 人外周血单核细胞(PBMC)、人脑皮层组织、星形胶质细胞和少突胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA甲基化测序 | NA | 单细胞甲基化测序数据 | 图谱级脑数据集，包含PBMC和脑皮层样本 | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 300 | 2025-10-22 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集 | 通过引入代表正常组织的背景数据集，增强目标数据集中感兴趣模式的识别，同时减少共享主导模式的影响 | 方法依赖于背景数据集的选择，可能对结果产生影响 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |